Тіло Орочімару досягло своєї межі і настав час ритуалу. Однак у Саске інші плани і він прагне стати мішенню для прикутого до ліжка Орочімару.

Орочімару виявляє справжню огидну форму, якої набуло його тіло в результаті багаторічних експериментів над собою. Чи зможе Саске перемогти цю загрозливу форму, чи Орочімару все ще має кілька козирів у рукавах?

Після того як Саске за допомогою свого шарінґана повертає Орочімару назад, він звільняє одного з піддослідних Орочімару, Суйґецу. Вирішивши зібрати команду для досягнення своїх цілей, він вирішує звернутися за допомогою до Суйґецу. Суйґецу погоджується, але лише за умови, що спершу зробить обхідний шлях до Країни Хвиль.

Другим членом команди Саске виявляється жінка на ім'я Карін. Після того, як Саске і Суйґецу прибувають до Південної Притулку, Саске просить Карін піти з ними. Незважаючи на вагання та сварки з Суйґецу, Карін зрештою погоджується, згадавши свою першу зустріч з Саске. Саске наказує Суйґецу звільнити полонених, після чого вони вирушають вербувати останнього члена команди - Дзюґо.

Успішно завербувавши Карін, Саске шукає останнього члена свого взводу - Джуґо. Карін попереджає Саске та Суйґецу про неконтрольовані вбивчі інстинкти Дзюґо, але коли вони прибувають до північної криївки, то знаходять іншу справу, яку мають вирішити першочергово. У той же час ніндзя Конохи дізнаються шокуючу новину.

Успішно переконавши Дзюґо приєднатися до його команди, Саске нарешті має всіх, хто потрібен для його взводу. Він називає свій взвод "Команда Хебі" і пояснює справжню причину, чому він зібрав їх усіх разом. Повернувшись до Конохи, Наруто здогадується, що планує Саске і пропонує всім новий план: вони повинні знайти і захопити Ітачі Учіху.

Понад десять років тому П'ять Великих Націй були в розпалі Третьої Великої Війни Ніндзя. Майбутній Четвертий Хокаге Мінато Намікадзе доручає молодому Какаші, Обіто з клану Учіха, та Рін місію на мосту Каннабі...

Обіто ігнорує наказ Какаші продовжувати місію і вирушає рятувати Рін, яку викрали Скелясті ніндзя. Але вороги виявляють прибуття Обіто і перемагають його. Какаші прибуває в останню хвилину і рятує Обіто...

Коли Акацукі запечатує ще одного хвостатого звіра, Ітачі та Кісаме отримують попередження, що за ними полює Саске зі своєю групою. І Коноха, команда Хебі готуються вирушати на пошуки Ітачі, але Саске спершу вирушає до старого сховища Учіхи.

Какаші розділяє дві команди на п'ять окремих груп, кожній з яких допомагає пара його собак-ніндзя, щоб знайти підказки про місцезнаходження Ітачі та Саске. Несподівано для всіх, знайомі вороги поклали око на групу Наруто і Саске.

Зустрівшись, Саске та Дейдара вступають у бій. Обмінявшись кількома ударами, щоб перевірити Саске на міцність, Дейдара викликає свого особливого глиняного дракона і наносить дальні удари по Саске з висоти пташиного польоту. Завдяки підтримці Тобі, битва, здається, переходить до Дейдари.

Шаринґан Саске виявляється кращим за вибухівку Дейдари. Дейдара створює один зі своїх найкращих витворів, C4 Karura, щоб знищити його. Що тепер робитиме Саске?

Використовуючи себе як вибухівку, Дейдара створює вибух діаметром десять кілометрів, від якого не зможе втекти навіть Саске. Це кінець Саске? В іншому місці хтось підходить до лідера Акацукі і дає йому наказ зловити самого Наруто. Хто ж цей справжній організатор змови Акацукі, що ховається в тіні?

Поки Саске відпочиває після битви з Дейдарою, ніндзя Листя натрапляють на його слід. Помітивши, що за ними стежать, Карін намагається направити їх у хибному напрямку, а члени команди Хебі вирушають до найближчої схованки Акацукі в надії знайти Ітачі. Що станеться, коли Наруто і Саске зустрінуться з Ітачі окремо?

Ставши ґенинами, Джірайя, Цунаде та Орочімару потрапляють до майбутнього взводу Третього Хокаґе. Спостерігаючи за просторово-часовим ніндзюцу Сарутобі, Джирайя з головою поринає у його вивчення. Одного разу Джірайя збивається зі шляху і натрапляє на гору Міубоку. Там він зустрічає Великого Жаб'ячого Мудреця, який передбачив його прихід. Дізнайтеся про походження Жаб'ячого Мудреця Джірайї!

У Країні Дощу Джірайя вирішує деякий час опікуватися трьома маленькими сиротами. Яхіко, веселий хлопець, хоче, щоб Джірайя навчив його, Конана та Наґато бути шинобі, але він не наважується на це, доки не побачить дивний феномен у Наґато. Який секрет ховається за очима Рінненґана Наґато? Що станеться з цими трьома дітьми?

Поки члени команди Хебі прямують до місцезнаходження Ітачі, Джірайя проникає в Село Прихованого Дощу в надії зібрати інформацію про лідера Акацукі. Джірайя захоплює двох ніндзя Дощу і допитує їх про Пейна, але те, що він дізнається, шокує навіть його.

Маючи підозри щодо нападу Дев'ятихвостого на Село Прихованого Листя багато років тому, Джірайя розповідає одній зі своїх жаб, що може настати час, коли Наруто знадобиться доступ до повної сили лиса. Закінчивши допити, Джирайя вирушає на пошуки Пейна, але натрапляє на Конана. Чи існує зв'язок між Джирайєю, Конаном і таємничим Пейном? В іншому місці один з тіньових клонів Наруто натрапляє на команду Хебі.

Не маючи іншого вибору проти потужних і дивних викликів Пейна, Джірайя зазнає потужної трансформації, щоб виступити проти Пейна за допомогою Жаб'ячих Мудреців. Чи вистачить Джірайї цього режиму відлюдника, щоб здолати не лише Пейна, з яким він бореться, а й ще двох?

Тепер Джірайя протистоїть двом новим Пейнам, кожен з яких володіє іншими здібностями, ніж той, з яким він боровся. Хто ж такий Біль і скільки їх існує?

Джірайя усвідомлює, що всі шестеро Пейнів - це ніндзя, яких він зустрічав раніше. Зібравши докупи різні шматочки інформації, Джірайя з'ясовує справжню особистість Пейна, але Пейн не має наміру дозволити Джірайї піти з цією інформацією живим. В іншому місці відбувається доленосна зустріч Ітачі та Саске, і Саске передбачає смерть Ітачі.

Довгоочікувана битва Саске з Ітачі починається з того, що брати Учіха кидають один в одного ґендзюцу за ґендзюцу. Саске, здається, загнав Ітачі в кут і ставить йому кілька запитань про різанину в Учіха.

Чи Ітачі не єдиний, хто брав участь у різанині в Учіха? І чи Саске все ще не володіє достатньою ненавистю, щоб перемогти Ітачі?

Ітачі відкриває Саске, що Мадара - другий винуватець вбивства Учіха, а також історію шаринґану Манґекьо та перших двох Учіха, які його здобули: Мадара та його брат. Одне питання все ще залишається відкритим: Чому Ітачі насправді зберіг життя Саске?

Успішно вирвавшись із Цукійомі Ітачі, Саске бере гору над ослабленим братом. Не маючи іншого виходу, Ітачі активує свою другу здатність Манґекьо - Аматерасу, чорне полум'я, яке, як кажуть, горітиме вічно.

Коли Саске нарешті виконав свою мету - вбив Ітачі та помстився за свій клан, він втрачає свідомість від виснаження. Звістка про його перемогу доходить до ніндзя Листя і Тобі, які мчать до місця, де знаходиться Саске. Що Тобі планує з ним зробити і хто першим дістанеться до Саске?

Прагнучи завоювати довіру Саске, Мадара відкриває йому походження Конохи. Мадара і майбутній Перший Хокаґе заснували село дуже давно, але суперництво між ними одного дня спричинило ланцюг подій, що привели до ТОЇ ночі, ночі, коли Ітачі Учіха знищив клан Учіха.

Після того, як Мадара закінчує розповідати Саске про своє минуле, він відкриває незбагненну правду про різанину Ітачі з кланом Учіха. Що насправді сталося тієї ночі? Чому Ітачі приєднався до Акацукі? І з якої причини він зберіг життя Саске?

Команди Конохи вирішують повернутися додому, коли Саске згадує, що бачив, як Ітачі плакав після різанини. Він усвідомлює, що не може відновити клан Учіха так, як це уявляв собі Ітачі. Мадара, щасливий, що може використати Саске для себе, доручає Таку захопити Восьмихвостого, поки Акацукі полює на двох останніх. Така вистежує господаря, Бі-Вбивцю, у Країні Блискавок і вступає з ним у бій. Бі вдається здолати Джуґо та Суґецу, перш ніж Саске виходить на нього сам на сам.

Саске б'ється з Бі-Вбивцею і отримує поранення від його мечів. Карін зцілює його, Саске, Суйґецу та Джуґо починають спільну атаку на Бі, доки той не вирішує використати силу Восьмихвостого. Саске отримує поранення і знову відроджується Джуґо, який в результаті регресує у віці. Зцілившись, Саске напускає на Бі Аматерасу, і нарешті йому вдається підкорити його. Тим часом двоє Хмарних ніндзя спостерігають за боєм зі скелі і помічають на Саске герб Учіхи. Вони поспішають повідомити новину старшому братові Бі, Райкаґе.