Uma nova equipe Stargate, liderada pela Dra. Elizabeth Weir (Torri Higginson), embarca numa missão perigosa numa galáxia distante, onde descobre a cidade perdida de Atlantis – e um novo e mortal inimigo que se alimenta do medo humano.

Uma nova equipe Stargate, liderada pela Dra. Elizabeth Weir (Torri Higginson), embarca numa missão perigosa numa galáxia distante, onde descobre a mítica cidade perdida de Atlantis – e um novo e mortal inimigo.

Atlantis é ameaçada quando uma entidade alienígena é libertada por engano. As experiências de McKay com tecnologia alienígena não trazem bons resultados.

Um grupo no Saltador de Poças ficam presos num portal. O problema pode ser fatal se eles não agirem rápido.

Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.

Sheppard e seu grupo chegam a um planeta totalmente habitado por crianças. Elas acreditam que sua religião conseguiu manter os Wraith afastados por quinhentos anos.

A equipe Atlantis encontra uma civilização humana que pode ter desenvolvido uma arma formidável contra os Wraith.

Teyla apresenta a equipe Atlantis aos Genii, um simples grupo de fazendeiros que escondem um segredo perigoso.

A equipe Atlantis encontra um caminho de volta à Terra, mas logo descobre que poderá não conseguir retornar a Atlantis.

Uma grande tempestade ameaça destruir a cidade. Enquanto isso, a equipe Atlantis enfrenta a ameaça dos Genii.

O major Sheppard faz um perigoso jogo de Gato e Rato com soldados que assumiram o controle de Atlantis e estão fazendo Weir e McKay reféns.

A equipe de Sheppard investiga uma nave abatida dos Wraith e acabam ficando presos em um planeta juntamente com um sobrevivente da raça Wraith.

Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.

A equipe encontra um mundo que seria o local ideal para aqueles que fogem dos Wraith. No entanto, os habitantes deste paraíso acreditam que seu Deus não permitirá que isso aconteça.

Uma mulher é encontrada em animação suspensa em Atlantis. A equipe fica chocada ao constatar tratar-se da Dra. Weir, que conta ao grupo sobre sua viagem de 10 mil anos ao passado da cidade.

A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente, está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.

Os integrantes da expedição Atlantis encontram uma brecha para enviar transmissões a Terra e gravam mensagens em vídeo para seus entes queridos.

Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade, e descobre que ela pode "sentir" os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta, no qual as vítimas dos wraiths retornam "miraculosamente". Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?

Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.

Um novo contingente militar da Terra é enviado para assumir o comando de Atlantis, e defende-la de um iminente ataque dos Wraith.

O Tenente Ford recupera-se tão rapidamente de seu encontro com os wraiths que o Dr. Beckett começa a perceber que Ford pode ter sido infectado por uma enzima dos wraiths. Mas o alívio da equipe após ter sobrevivido ao primeiro ataque dos wraiths à Atlantis dura pouco, pois seus inimigos já estão planejando a próxima onda de ataque. McKay elabora um plano drástico, mas o tempo se esgota rapidamente.

Quando um cientista morre, McKay acredita que a causa foi um problema técnico. Porém, quando outro cientista é morto, McKay começa a suspeitar de sabotagem. McKay descobre um vírus wraith que está invadindo rapidamente os controles e deixa a tripulação cada vez mais impotente. A equipe luta contra o tempo para tentar impedir que sua nave se volte contra eles mesmos.

Em sua contínua busca por Ford, que foi infectado pelos wraiths, a equipe encontra Ronon Dex, um guerreiro corajoso que sobreviveu a uma batalha com um wraith e tem fugido desde então. Ronon conta que sabe o paradeiro de Ford. Mas quando encontram Ford, a equipe rapidamente percebe que pode não ser capaz de salvar Ford daquilo em que ele se tornou.

Após ser resgatado de um dardo wraith, o Dr. McKay e o novo membro da equipe Tenente Laura Cadman, ficam presos no equipamento de transporte. O Dr. Zalenka consegue materializar McKay, mas o nosso cientista brilhante descobre que há uma visita inesperada em seu próprio corpo: a mente de Cadman foi extraída com ele e está dentro da sua mente!

A equipe visita um planeta tecnologicamente avançado, habitado por uma civilização misteriosamente não atingida pelos wraiths. A equipe conta à Dra. Weir sobre sua descoberta e ela começa a suspeitar que esse ambiente idílico pode ser o resultado de um pacto sinistro entre o líder do planeta e os wraiths.

A equipe de Atlantis pode ter encontrado uma nova fonte de energia para sua cidade a partir de uma tecnologia não aperfeiçoada pelos anciões. No entanto, as esperanças transformam-se em medo quando os primeiros testes de McKay resultam em uma morte. Será que McKay conseguirá desvendar a complicada tecnologia dos anciões sem colocar Sheppard e a si mesmo em perigo mortal?

A equipe encontra um cientista chamado Zaddik que vive com Ellia, uma criança wraith. O Dr. Beckett reúne-se com Zaddik, na esperança de efetuar um experimento controlado em Ellia, utilizando um retrovírus que ele vem desenvolvendo. No entanto, a fórmula ainda não aperfeiçoada provoca o efeito contrário ao desejado.

Após seu encontro com a criança wraith mutante, Sheppard começa a apresentar sintomas similares aos apresentados por Ford após o ataque espectro. O Dr. Beckett percebe que uma pequena quantidade do retrovírus está na corrente sanguínea de Sheppard. A equipe precisa descobrir urgentemente uma saída para salvar a vida de Sheppard.

A equipe descobre centenas de tripulantes congelados em câmaras de estase interligadas a uma interface de realidade virtual. Sheppard entra numa câmera vazia e se conecta à interface. No entanto, uma das câmaras contém um wraith. Eles precisam encontrar um modo de impedir que este wraith descubra os segredos que eles próprios buscam dos anciões.

Sheppard, McKay, Teyla e Ronon caem em uma emboscada e tornam-se prisioneiros do Tenente Aiden Ford. Decidido a provar a todos que a enzima wraith é ao mesmo tempo segura e útil, Ford os contamina com a droga. Ele ordena que a equipe auxilie em uma missão especial: a destruição de uma nave colmeia wraith.

Sheppard, Teyla, Ronon e Ford tentam escapar da nave na qual estão presos como reféns. No planeta de Ford, McKay infecta a si mesmo com uma grande dose de enzima wraith para ter força e derrubar seus guardas. McKay e Caldwell precisam arquitetar um plano para trazer o resto da equipe de volta em segurança.

A equipe de Atlantis descobre um portal com gravações dos anciões, e Sheppard é acidentalmente puxado para o outro lado. A Dra. Weir descobre que Sheppard foi transportado para outro tempo. No entanto, há um aviso inscrito na pedra: uma vez cruzado o portal, não há mais possibilidade de volta.

A equipe descobre que os goa'ulds colocaram uma bomba em Atlantis, e qualquer sobrecarga poderá detonar a explosão. A cidade precisa permanecer invisível para os wraiths, mas isso pode causar a explosão da fonte de energia. A Dra. Weir descobre que o culpado é um membro da sua equipe.

O Dr. McKay fica preso em um Saltador que está afundando no oceano, e precisará contar com a ajuda de Samantha Carter para sobreviver.

A equipe descobre uma réplica exata de Atlantis em um planeta que estão explorando. O planeta é defendido pelo Protetor, que utiliza a tecnologia para manter os habitantes na linha e os Wraith afastados.

A equipe descobre duas cápsulas de salvamento flutuando no espaço e acaba transferindo as mentes dos indivíduos para Sheppard e para a Dra. Weir. A situação piora quando a equipe descobre que os dois querem se matar.

Um Genii entra em contato com Atlantis para trocar um ZPM por armas para a rebelião que pretende realizar com um golpe de estado nos Genii.

O tenente suspeita que seja um Wraith transformado em humano, por uma nova droga do Dr. Beckett.

O Dr. McKay precisa salvar sua equipe quando eles ficam presos em um planeta com um super vulcão e, aparentemente, não há como escapar dali.

Atlantis se alia a uma facção Wraith comandada por Michael, o Wraith que tentaram transformar em humano, para destruir inimigos em comum.

Duas naves-colmeia Wraith capturaram o Dr. McKay e Ronon e seguem em direção a Terra. Resta ao Major Sheppard resgatá-los e descobrir uma maneira de impedir que os Wraith transformem o planeta em uma fonte de alimentação.

Depois de transformar a tripulação de uma nave-colmeia Wraith em humanos, a equipe Atlantis precisa decidir seu destino. Enquanto isso, a Dra. Weir se vê diante da análise detalhada de Richard Woolsey e o I.O.A.

Um homem de outro mundo causa um efeito incomum na equipe Atlantis, que passa a se comportar de forma estranha. Os poucos membros da equipe que não foram afetados terão de descobrir a causa do problema.

Sheppard, Teyla e Ronon são atacados em um planeta coberto por florestas. Ronon percebe que esteve lá antes e descobre que sua primeira visita acabou surtindo um terrível efeito.

A Dra. Weiner acompanha a equipe de Sheppard em uma missão até uma civilização avançada que teve uma relação com Atlantis no passado. Com isso, eles descobrem uma ligação com uma descoberta feita previamente na cidade.

A Dra. Weir acorda em um sanatório fora de Washington D.C. e é informada que Atlantis e o Programa Stargate só existem em sua imaginação.

A motivação do jovem John Sheppard para ingressar nas forças armadas é revelada.

Rodney volta à Terra para visitar sua irmã Jeannie.

Sheppard e Ronon ficam sob influência de um aparelho Wraith de alteração da mente, que ameaça forçar toda equipe a matar uns aos outros!

Enquanto testam um mecanismo do stargate que irá permitir que a viagem entre Atlantis e a Terra seja realizada em cerca de 30 minutos (a ponte intergaláctica McKay-Carter), McKay, Sheppard e a equipe, descobrem uma antiga nave viajando quase na velocidade da luz. Quando a Dra. Weir conversa com os viajantes, ela fica surpresa por eles pedirem que os membros da expedição deixem a cidade de Atlantis.

A missão do major-general Jack O'Neil de defender Atlantis, falha quando ele e Richard Woolsey são feitos prisioneiros durante um ataque dos replicantes na cidade. A equipe de Sheppard, a Dra. Weir e o Dr. Carson roubam um Saltador de Possas do Comando Stargate na Terra e voltam à galáxia Pegasus com um plano para retornar Atlantis.

As baleias de Lantea se concentram ao redor da cidade e os habitantes de Atlantis começaram a sofrer terríveis problemas de saúde. Será que elas estão ali para se comunicar ou para atacar?

Enquanto investiga relatos sobre um "super-herói" em outro planeta, a equipe do coronel Sheppard se depara com dois velhos conhecidos.

Ao desativar sistemas desnecessários em Atlantis, McKay é atingido por uma antiga e estranha máquina. Ele começa a ter superpoderes, mas as coisas nunca são como parecem, e Rodney e a equipe precisam lutar contra suas mutações para salvar sua vida

Para passar o tempo, Sheppard e McKay disputam secretamente um jogo de estratégia em tempo real que eles descobrem em Atlantis. Para a surpresa de ambos, eles se dão conta que aquele é mais do que um simples jogo...

A equipe Atlantis encontra os últimos sobreviventes de uma civilização que foi colocada em animação suspensa a bordo de uma estação espacial. À medida em que alguns deles são despertados, problemas do passado ameaçam exterminar a estação, incluindo Sheppard.

A equipe tenta relaxar durante uma folga obrigatória até que a cidade e a Expedição são destruídas por explosões.

A equipe sai em busca de uma fonte de energia alternativa localizada abaixo da superfície do oceano lanteano. Ao chegarem na estação de força, Teyla sente a presença de um Wraith por perto.

Quando Atlantis perde contato com um assentamento taraniano, a equipe de Sheppard parte para a investigação, e descobre que Michael, tem feito experiências envolvendo o vírus Iratus.

O coronel Abe Ellis chega a Atlantis com uma nova nave terráquea, a Apollo, e uma nova missão. A Dra. Weir tem dúvidas quanto a missão, acreditando que ela pode iniciar uma guerra com um inimigo muito poderoso. Quando a missão dá errada, Wier precisa tomar uma atitude radical para salvar Atlantis.

Com apenas 24 horas de energia e impossibilitados de usar o Stargate, a equipe de Atlantis precisa novamente salvar a cidade da destruição. Enquanto isso, a Dr. Weir luta para sobreviver.

Enquanto Carter e Apollo procuram a desaparecida cidade de Atlantis, Sheppard e sua equipe arriscam a vida em uma missão para roubar um Z.P.M dos Replicantes

Ronon reencontra um grupo de Satedanos que pedem para ele deixar Atlantis e se unir a eles. Samantha Carter chega em Atlantis para assumir o comando.

Após uma descoberta, a equipe começa a ter sonhos envolvendo Sheppard.

Sheppard é capturado por uma raça que viaja pelo espaço e deseja usar seu gene antigo para seus próprios fins.

Quando uma infecção mortal faz membros chaves de Atlantis perderem a memória, resta a Teyla e Ronon, encontrar a cura. Mas quando os fuzileiros começam a caçar todos e ninguém lembra o motivo, o trabalho fica ainda mais difícil.

Durante uma visita a New Athos, Teyla e a Dra. Keller precisam fugir de uma tribo primitiva de guerreiros. Teyla faz uma surpreendente descoberta.

A equipe conhece um homem com poderes proféticos extraordinários e que faz uma previsão sombria sobre o futuro de Atlantis. Enquanto isso, eles se unem a um Wraith na tentativa de consertar um vírus que Rodney criou para deter os replicantes e que não funcionou corretamente. E Woolsey chega em Atlantis para realizar uma avaliação do comando de Carter.

Quando McKay e sua irmã Jeanie Miller são sequestradas na Terra, Sheppard e Ronon precisam contar com a ajuda de NID para encontrá-los.

Quando uma misteriosa sonda cai na cidade, a equipe é convencida de que os Replicantes os encontraram.

A equipe de Atlantis une as forças a um Wraith que foi capturado em uma missão, para fazer contato com a frota Wraith.

A equipe consegue uma nave-colmeia Wraith após uma batalha com os Replicantes, e descobre algo novo sobre seu inimigo.

Quando Atlantis é colocada sob quarentena, todos ficam presos em uma sala com outra pessoa. Enquanto lidam com questões pessoais, eles tentam descobrir o motivo da quarentena, e uma forma de saírem dali.

Enquanto acompanha uma princesa em uma peregrinação para ser coroada rainha, Sheppard e McKay se deparam com um inimigo bem familiar.

Após a morte de seu pai, Sheppard volta à Terra e descobre que os cientistas criaram um Replicador com traços humanos que agora está à solta.

A coronel Carter se une ao Dr. Mckay e a Dra. Keller em uma missão fora da Terra para convencer a população de um planeta, açoitado por terremotos, a buscar outro local para viver. No entanto, a situação foge do controle quando eles caem em um buraco e ficam presos em uma velha mina Genii.

Quando o coronel Carter convida Tealc para ir a Atlantis aconselhar Ronon, que será examinada pelo I.O.A, surgem informações que os Wraith descobriram a Estação Espacial Midway, agora em completa operação.

Enquanto uma doença se espalha pela Galáxia Pegasus, Teyla acredita que o pai de seu filho está tentando se comunicar com ela.

Após um retorno inesperado, o Dr. Carson Beckett conta que foi mantido em cativeiro. Depois de reencontrar alguns companheiros Athosian desaparecidos, Teyla começa a pensar num plano para garantir a fuga deles, se conseguir encontrá-los a tempo.

Sheppard volta de uma missão e encontra Atlantis abandonada e cercada por dunas de areia.

A Coronel Carter, que tenta liderar uma missão de resgate para salvar vários membros da equipe que ficaram em Atlantis, não tem conhecimento que Michael está se aproximando deles com um grande cruzador.

Depois que a Dra. Keller retira Beckett da câmara de estase, ela é tomada por uma entidade perigosa que começa a assumir o comando de Atlantis.

Ronon é capturado por seu ex-amigo, Tyre, que planeja entregá-lo para os espectros com o objetivo de reconquistar a simpatia deles.

A equipe de Sheppard encontra a nave terráquea Daedalus, que está abandonada e sem energia.

Quando Sheppard e sua equipe estão prestes a retornar de uma missão em outro mundo com o seu Saltador de Poças, o sistema do veículo fica descontrolado.

McKay começa a perder a memória após contrair a "Segunda Infância", uma versão de Pegasus do Mal de Alzheimer.

Sheppard e Beckett são aterrorizados por criaturas mortais em um planeta que abriga uma das instalações de pesquisa de Michael.

A equipe de Sheppard acompanha Todd, o Espectro, em uma missão para negociar uma aliança com outra Colmeia. Teyla tem um papel fundamental nesta questão ao ser cirurgicamente alterada para ser uma rainha espectro.

Quando Keller é sequestrada ao viajar para outro mundo com o objetivo de ajudar um povo ameaçado pelos espectros. Ronon e McKay ficam encarregados de encontrá-la. Logo vem à tona que o sequestrador é um Corredor.

Daniel Jackson visita Atlantis para realizar algumas pesquisas sobre Janus, um cientista Ancião.

Sheppard precisa resgatar McKay e Daniel Jackson de um laboratório Ancião que pertenceu a Janus antes que Todd, que sequestrou a Daedalus, chegue lá primeiro.

Sheppard e sua equipe deve convencer a cidade inteira à evacuar a área, antes que a nave colmeia chegue.

Quando os espectros descobrem que um pequeno grupo de sobreviventes da droga Hoffan modificada, que foi liberada por Michael, estão escondidos em uma vila em outro planeta, Sheppard e sua equipe precisam evacuar tal vila.

Michael cerca Atlantis na tentativa de sequestrar o filho de Teyla.

Enquanto explora a ilha principal do planeta de Atlantis, Sheppard é capturado por uma pessoa que se acreditava estar morta.

McKay volta à Terra para testemunhar a apresentação da mais recente descoberta de seu rival.

Quando uma nave-colmeia dos espectros entra na órbita de Atlantis e envia uma mensagem de socorro, Sheppard leva uma equipe para investigar e descobre que os espectros contraíram uma estranha doença.

Uma ladra utiliza um aparelho de transferência dos Anciãos para trocar de consciência com a Dra. Keller. Enquanto ela tenta fugir de Atlantis, a Dra. Keller precisa lidar com os cúmplices da ladra e os furiosos aldeões, que estão em seu encalço.

O detetive John Sheppard investiga uma série de assassinatos incomuns em Las Vegas.

Todd informa Atlantis que um espectro perigoso adquiriu vários ZPMs para fornecer energia para uma nova e formidável nave-colméia. Depois que a Daedalus tenta combatê-la, mas não consegue vencer, a equipe recebe uma mensagem.