Duas naves-colmeia Wraith capturaram o Dr. McKay e Ronon e seguem em direção a Terra. Resta ao Major Sheppard resgatá-los e descobrir uma maneira de impedir que os Wraith transformem o planeta em uma fonte de alimentação.

Depois de transformar a tripulação de uma nave-colmeia Wraith em humanos, a equipe Atlantis precisa decidir seu destino. Enquanto isso, a Dra. Weir se vê diante da análise detalhada de Richard Woolsey e o I.O.A.

Sheppard, Teyla e Ronon são atacados em um planeta coberto por florestas. Ronon percebe que esteve lá antes e descobre que sua primeira visita acabou surtindo um terrível efeito.

A Dra. Weiner acompanha a equipe de Sheppard em uma missão até uma civilização avançada que teve uma relação com Atlantis no passado. Com isso, eles descobrem uma ligação com uma descoberta feita previamente na cidade.

A Dra. Weir acorda em um sanatório fora de Washington D.C. e é informada que Atlantis e o Programa Stargate só existem em sua imaginação.

A motivação do jovem John Sheppard para ingressar nas forças armadas é revelada.

Rodney volta à Terra para visitar sua irmã Jeannie.

Sheppard e Ronon ficam sob influência de um aparelho Wraith de alteração da mente, que ameaça forçar toda equipe a matar uns aos outros!

Enquanto testam um mecanismo do stargate que irá permitir que a viagem entre Atlantis e a Terra seja realizada em cerca de 30 minutos (a ponte intergaláctica McKay-Carter), McKay, Sheppard e a equipe, descobrem uma antiga nave viajando quase na velocidade da luz. Quando a Dra. Weir conversa com os viajantes, ela fica surpresa por eles pedirem que os membros da expedição deixem a cidade de Atlantis.

A missão do major-general Jack O'Neil de defender Atlantis, falha quando ele e Richard Woolsey são feitos prisioneiros durante um ataque dos replicantes na cidade. A equipe de Sheppard, a Dra. Weir e o Dr. Carson roubam um Saltador de Possas do Comando Stargate na Terra e voltam à galáxia Pegasus com um plano para retornar Atlantis.

As baleias de Lantea se concentram ao redor da cidade e os habitantes de Atlantis começaram a sofrer terríveis problemas de saúde. Será que elas estão ali para se comunicar ou para atacar?

Enquanto investiga relatos sobre um "super-herói" em outro planeta, a equipe do coronel Sheppard se depara com dois velhos conhecidos.

Ao desativar sistemas desnecessários em Atlantis, McKay é atingido por uma antiga e estranha máquina. Ele começa a ter superpoderes, mas as coisas nunca são como parecem, e Rodney e a equipe precisam lutar contra suas mutações para salvar sua vida

Para passar o tempo, Sheppard e McKay disputam secretamente um jogo de estratégia em tempo real que eles descobrem em Atlantis. Para a surpresa de ambos, eles se dão conta que aquele é mais do que um simples jogo...

A equipe Atlantis encontra os últimos sobreviventes de uma civilização que foi colocada em animação suspensa a bordo de uma estação espacial. À medida em que alguns deles são despertados, problemas do passado ameaçam exterminar a estação, incluindo Sheppard.

A equipe tenta relaxar durante uma folga obrigatória até que a cidade e a Expedição são destruídas por explosões.

A equipe sai em busca de uma fonte de energia alternativa localizada abaixo da superfície do oceano lanteano. Ao chegarem na estação de força, Teyla sente a presença de um Wraith por perto.

Quando Atlantis perde contato com um assentamento taraniano, a equipe de Sheppard parte para a investigação, e descobre que Michael, tem feito experiências envolvendo o vírus Iratus.

O coronel Abe Ellis chega a Atlantis com uma nova nave terráquea, a Apollo, e uma nova missão. A Dra. Weir tem dúvidas quanto a missão, acreditando que ela pode iniciar uma guerra com um inimigo muito poderoso. Quando a missão dá errada, Wier precisa tomar uma atitude radical para salvar Atlantis.