Com apenas 24 horas de energia e impossibilitados de usar o Stargate, a equipe de Atlantis precisa novamente salvar a cidade da destruição. Enquanto isso, a Dr. Weir luta para sobreviver.

Enquanto Carter e Apollo procuram a desaparecida cidade de Atlantis, Sheppard e sua equipe arriscam a vida em uma missão para roubar um Z.P.M dos Replicantes

Ronon reencontra um grupo de Satedanos que pedem para ele deixar Atlantis e se unir a eles. Samantha Carter chega em Atlantis para assumir o comando.

Após uma descoberta, a equipe começa a ter sonhos envolvendo Sheppard.

Sheppard é capturado por uma raça que viaja pelo espaço e deseja usar seu gene antigo para seus próprios fins.

Quando uma infecção mortal faz membros chaves de Atlantis perderem a memória, resta a Teyla e Ronon, encontrar a cura. Mas quando os fuzileiros começam a caçar todos e ninguém lembra o motivo, o trabalho fica ainda mais difícil.

Durante uma visita a New Athos, Teyla e a Dra. Keller precisam fugir de uma tribo primitiva de guerreiros. Teyla faz uma surpreendente descoberta.

A equipe conhece um homem com poderes proféticos extraordinários e que faz uma previsão sombria sobre o futuro de Atlantis. Enquanto isso, eles se unem a um Wraith na tentativa de consertar um vírus que Rodney criou para deter os replicantes e que não funcionou corretamente. E Woolsey chega em Atlantis para realizar uma avaliação do comando de Carter.

Quando uma misteriosa sonda cai na cidade, a equipe é convencida de que os Replicantes os encontraram.

A equipe de Atlantis une as forças a um Wraith que foi capturado em uma missão, para fazer contato com a frota Wraith.

A equipe consegue uma nave-colmeia Wraith após uma batalha com os Replicantes, e descobre algo novo sobre seu inimigo.

Quando Atlantis é colocada sob quarentena, todos ficam presos em uma sala com outra pessoa. Enquanto lidam com questões pessoais, eles tentam descobrir o motivo da quarentena, e uma forma de saírem dali.

Enquanto acompanha uma princesa em uma peregrinação para ser coroada rainha, Sheppard e McKay se deparam com um inimigo bem familiar.

Após a morte de seu pai, Sheppard volta à Terra e descobre que os cientistas criaram um Replicador com traços humanos que agora está à solta.

A coronel Carter se une ao Dr. Mckay e a Dra. Keller em uma missão fora da Terra para convencer a população de um planeta, açoitado por terremotos, a buscar outro local para viver. No entanto, a situação foge do controle quando eles caem em um buraco e ficam presos em uma velha mina Genii.

Quando o coronel Carter convida Tealc para ir a Atlantis aconselhar Ronon, que será examinada pelo I.O.A, surgem informações que os Wraith descobriram a Estação Espacial Midway, agora em completa operação.

Enquanto uma doença se espalha pela Galáxia Pegasus, Teyla acredita que o pai de seu filho está tentando se comunicar com ela.

Após um retorno inesperado, o Dr. Carson Beckett conta que foi mantido em cativeiro. Depois de reencontrar alguns companheiros Athosian desaparecidos, Teyla começa a pensar num plano para garantir a fuga deles, se conseguir encontrá-los a tempo.

Sheppard volta de uma missão e encontra Atlantis abandonada e cercada por dunas de areia.