Merlin é informado pelo Grande Dragão que é seu destino garantir que o jovem Príncipe Arthur seja mantido seguro. Qualquer um pego fazendo mágica é punido com a morte e Merlin não é fã de Arthur. Quando a vida de Arthur está em perigo, Merlin se vê testado.

Uma praga mortal se espalha por Camelot. Quando parece que a feitiçaria pode ser a única explicação possível, Merlin e Gaius correm para encontrar uma cura, enquanto Gwen é presa e condenada à morte por praticar bruxaria.

Com os olhos fixos em Merlin, Nimueh o engana para beber de um cálice envenenado, e ele fica gravemente doente. Arthur se aventura nas profundezas da floresta de Balor para encontrar o antídoto, mas mal sabe ele que está caindo em uma armadilha.

Merlin é salvo de uma terrível besta alada por um heróico estranho - um jovem chamado Lancelot, que sonha em se tornar um Cavaleiro de Camelot. Para agradecê-lo, Merlin fornece registros falsificados do nobre nascimento de Lancelot e Lancelot é aceito. No entanto, com a besta alada - descoberta como um Grifo - ainda à solta, a decisão de Merlin pode ter consequências de longo alcance não apenas para Lancelot, mas também para Camelot...

Quando Lady Morgana é acometida por uma doença misteriosa, Gaius fica sem uma cura. Felizmente, um novo médico, Edwin Muirden, está à disposição para trazer a ala do rei de volta à beira do abismo.

Morgana tem um pesadelo e vê a morte de Arthur nas mãos de uma estranha, mas linda garota. Enquanto isso, caçando na floresta, Merlin e Arthur salvam a mesma garota, Sophia, e seu pai, Aulfric, do ataque de bandidos e os trazem para Camelot como refúgio. Morgana percebe que Sophia é a garota de seu pesadelo e tenta avisar Arthur, que está apaixonado por ela. À medida que a verdade sobre o dom mágico de Morgana para ver eventos futuros se revela, o mesmo acontece com o plano de pai e filha de derrubar o reino de Camelot sacrificando Arthur em troca da vida eterna.

Merlin se torna amigo de Morgana quando ajuda um menino a se esconder. Os dois tentam trazer o menino de volta de onde ele veio, mas as coisas ficam ruins quando Uther anuncia que qualquer um que ajudar o menino será executado.

O passado de Uther volta para assombrá-lo quando um misterioso Cavaleiro Negro interrompe as comemorações da maioridade de Arthur, lançando sua manopla e desafiando os Cavaleiros de Camelot para um combate. O Cavaleiro Negro, aparentemente imparável, facilita o trabalho de seus combatentes. Mas quem é o Cavaleiro Negro e por que Uther está tão inquieto?

Merlin fica surpreso quando sua mãe, Hunith, aparece em Camelot - machucada, espancada e desesperada pela ajuda de Uther. Ela explica a Uther que um bandido chamado Kanen e seus homens estão atacando sua aldeia exigindo toda a colheita ou ele os matará. Quando Uther se recusa a ajudar, Merlin deixa Camelot para proteger sua mãe e amigos. Para a surpresa de Merlin, Arthur, Morgana e Gwen unem forças com ele para salvar sua aldeia - mas a que custo?

Arthur traz uma maldição sobre Camelot. Ansioso para ajudar seu povo, ele pede conselhos a Anhora. Mas ele é corajoso o suficiente para enfrentar os desafios à frente?

O pai de Gwen, Tom, ajuda um feiticeiro chamado Tauren a transformar chumbo em ouro usando uma pedra mágica. Enquanto Tauren escapa, Tom é pego e aguardará julgamento. Enquanto procura por Gwen, Morgana encontra a pedra mágica e Merlin pode senti-la. Quando Tom é morto por Uther, Morgana quer se vingar de Uther.

Em uma caçada, Arthur se depara com uma criatura de grande poder da antiga religião. Quando Gaius os informa que só pode ser morto por magia, Uther se recusa a ouvir e envia seus cavaleiros para matá-lo. Arthur é mortalmente ferido e Merlin deve ir para a Ilha dos Abençoados para salvá-lo. Mas ele será capaz de pagar o preço?