2256年、惑星連邦宇宙艦隊所属のバーナム中佐は、ジョージャウ船長とともに干ばつで絶滅の危機にあった惑星を救う。その後USSシェンジョウで、今度は惑星連邦領のはずれにある連星系へ向かい、損傷した恒星間リレーの調査を行う。リレーの損傷原因を調べていたUSSシェンジョウは謎の物体を発見する。

クリンゴンのトゥクヴマの船には、聖なるビーコンに呼応した名家のリーダーたちが、ホログラムの姿で集結していた。トゥクヴマは24の名家に団結と連邦との対決を説くが、トゥクヴマを見下しているコルだけは話を聞こうとしない。その後、応援の連邦船が多数到着し、ジョージャウはクリンゴンとの対話を試みるが……。

終身刑になったバーナムは護送船で刑務所へ送られるが、突然の事故で生命の危機に陥るも、新造船のUSSディスカバリーに助けられる。USSディスカバリーは一見、科学調査船のようだった。ブリッジには副長に昇進したサルーがおり、驚きの表情でバーナムを見る。そしてバーナムはロルカ船長の命令で、護送船の修理が終わるまで機関部に配属されることになる。

宇宙艦隊へ再び奉仕するチャンスを与えられたバーナムは、階級がないまま臨時の科学部員としてロルカの研究室で勤務することになる。そこにはあらゆる種族のあらゆる武器が集められており、グレンで遭遇した怪物もフィールドの檻に閉じ込められていた。バーナムはランドリーとともに、その怪物から武器を作り出す研究に従事する。

戦略会議に出席したロルカは、クリンゴンへの秘密漏えいを防ぐため、戦闘とジャンプを控えるよう提督たちに言い渡される。その帰路でクリンゴンの襲撃に遭い、ルレルが指揮する囚人船に監禁される。同房には連邦士官のタイラー大尉と、ハリー・マッドという不審な民間人がいた。

バルカンのサレク大使は、極秘任務でかに座星系へ飛び立つ。クリンゴン帝国を支配するコル将軍に追放された2つの名家から接触があり、交渉によって和平の道を模索するためだった。しかし交渉会場へ向かう途中、バルカンの理論至上主義者が、人間に肩入れするサレクを暗殺しようとする。これを撃退したサレクだったが、重傷を負って意識を失う。

タイラーという気になる存在ができたバーナムだが、バルカン育ちで中佐という地位だったことから、彼と親しい関係を築く術を知らなかった。船内パーティーでも親しくなるチャンスを逃してしまい、そのままタイラーとともにブリッジへ呼び出される。ブリッジへ呼び出されたわけは、絶滅危惧種の宇宙クジラが発見されたからだった。

コルの乗る死者の船がパーヴォへ向かってくるため、ロルカは迎え撃とうとする。しかしパーヴォでの任務の失敗を受け、宇宙艦隊上層部は艦隊をすべて連邦領内へ引き上げさせることにする。テラル提督に宇宙基地へ撤退するよう命じられたロルカは、一瞬で到着する胞子ジャンプではなくワープで基地へ向かい、時間稼ぎをする。その間にバーナムたちはクリンゴンの遮蔽を見破る方法を考える。

見知らぬ宇宙にジャンプしたUSSディスカバリーは、クリンゴン船の残骸から回収したデータなどから、ここが平行宇宙であることを知る。胞子ドライブを搭載していないディファイアントがここへ来た方法が分かれば、元の宇宙に戻れるかもしれないと考えたロルカたちは、ある計画を立てる。

ISSシェンジョウへ潜入したバーナムはUSSディファイアントの機密情報を手に入れたが、テランのクルーに気づかれずにディスカバリーへ送る方法を見出せていなかった。そして平行宇宙では奴隷であるサルーに身の回りの世話をさせつつ、テランのしきたりに馴染んでいく自分を恐れていた。一方、ディスカバリーでは心神喪失状態のスタメッツがカルバーを殺害したとみなされていた。

バーナムはロルカとともにジョージャウ皇帝のいる宮廷船カロンへ向かう。そこでロルカは拷問ブースに入れられるが、バーナムは皇帝のもてなしを受ける。この宇宙ではバーナムは皇帝の愛する養女だった。しかしバーナムはロルカと手を組んで皇帝の玉座を狙ったと疑われ、皇帝に処刑されそうになる。

ロルカは捕らわれていたランドリーや部下たちを解放して、再びジョージャウ皇帝に反旗を翻す。手始めに前回のクーデター計画を皇帝側に密告したスタメッツを捕らえ、彼が開発した生物兵器で衛兵たちを虐殺する。そしてジョージャウや近衛兵をおびき寄せて攻撃を加える。

バーナムが平行宇宙から連れてきたジョージャウ皇帝は客室に勾留される。一方ルレルの治療によって目覚めたタイラーは自由こそ奪われなかったが、階級や特権をはく奪され、クルーたちの冷たい視線にさらされる。ティリーやデトマーはタイラーをいたわるが、バーナムは殺されそうになったことを忘れられず、彼を避けるようになる。

クリンゴン艦隊が地球へ迫る中、ジョージャウに扮した皇帝がディスカバリーを指揮しクロノスへ向かう。ジョージャウはクロノスの情報を得ようとルレルを拷問するが口を割らない。かわりにヴォークの記憶にアクセスできるタイラーが作戦に最適な場所を教える。しかし神殿の場所はシールドにより探知できず、クロノスに上陸しなければ分からない。