세계 인구 대부분이 특이체질인 ‘개성’을 타고나는 가운데 미도리야 이즈쿠는 아무 개성이 없는 ‘무개성’이다. 그럼에도 히어로의 꿈을 포기하지 않은 채 명문 유에이 고교에 입학을 희망한다. 하지만 반 친구들과 역시 유에이 고교에 가려는 카츠키에게 멸시를 받고 우울해한다. 마음을 다잡는 중에 빌런의 공격을 받은 미도리야는 자신의 우상인 올마이트의 도움을 받아 목숨을 건진다. 눈 앞에 있는 최고의 히어로, 무개성인 자신의 처지.

자신의 우상인 올마이트를 만난 미도리야. 무개성인 자신의 처지를 이야기하며 그럼에도 히어로가 될 수 있냐고 묻는다. 고개를 들었을 때 눈 앞에 있는 사람은 근육질이 아닌 삐쩍 마른 병약한 올마이트였다. 빌런과의 싸움으로 큰 부상을 입었던 올마이트는 항상 목숨을 걸어야 하는 히어로에 무개성인 미도리야는 적합하지 않다고 말한다.

올마이트는 자신의 개성인 ‘원 포 올’에 대해 미도리야에게 이야기하고 그 후계자로 미도리야를 지목한다. 이를 받아들이기로 한 미도리야는 ‘원 포 올’을 받아들일 수 있는 체력 조건을 만들기 위해 10개월간 힘든 트레이닝을 이어간다. 유에이 고교 입학시험 당일 몸은 완성되고 마침내 ‘원 포 올’을 받게 된다. 입시를 위해 바로 유에이 고교에 간 미도리야는 카츠키를 만나고 오차코와 텐야와도 마주친다. 실기시험 시작 전, 미도리야는 다시 한 번 마음을 다잡는다.

스타트라인 드디어 시작된 유에이 고교 입학 실기시험! 다른 수험생들이 순조롭게 포인트를 쌓는 동안 헤매기만 하는 미도리야. 그때 거대한 기믹이 나타나고 미도리야는 위험에 처한 오차코를 돕기 위해 뛰어든다. 기믹을 쓰러뜨리는 데는 성공하지만 큰 부상을 입은 미도리야는 오차코의 도움으로 무사히 착지한다. 하지만 그 사이 시험은 종료되고 실기시험은 0포인트인 채로 끝이 난다. 잔뜩 풀이 죽어 있는 미도리야에게 유에이 고교에서 보낸 결과 통지서가 도착하고 그 안의 홀로그램 속에는 올마이트의 메시지가 담겨 있다. ‘희생정신’으로 레스큐 포인트를 얻은 미도리야는 유에이 고교에 당당히 합격한다.

꿈에 그리던 유에이 고교에 입학한 미도리야. 카츠키, 이이다 텐야, 우라라카 오차코와 같은 반이 된다. 담임인 아이자와는 입학 첫날부터 개성 파악 테스트를 시작한다. 게다가 테스트 결과가 최하위인 학생은 제적 시키겠다는데... 개성을 마음껏 사용하는 테스트에서 모두 놀라운 기록을 내지만 아직 개성을 조정할 수 없는 미도리야는 초라한 점수를 이어간다. 그런 사정을 눈치챈 아이자와는 미도리야에게 히어로의 가능성이 없다고 본다. 하지만 포기를 모르는 미도리야는 순간 ‘원 포 올’을 조정해 좋은 기록을 낸다. 이에 아이자와의 마음이 움직이고 올마이트는 감동한다.

미도리야는 힘겨운 노력에도 불구하고 체력 테스트에서 최하위를 기록한다. 하지만 미도리야의 가능성을 본 아이자와는 성적에 따른 제적 처리를 없던 일로 한다. 한편, 무개성이라 알고 있던 미도리야가 개성을 사용하자 카츠키는 잔뜩 화가 난다. 유에이 고교에서 새로운 친구들과의 고교 생활이 시작되고 드디어 올마이트가 담당하는 히어로 기초학 시간이 된다. 두 사람이 한 팀으로 각각 히어로, 빌런 역할을 맡아 전투 훈련을 하게 된 1학년 A반. 미도리야와 우라라카의 A팀은 히어로, 카츠키와 이이다의 D팀은 빌런으로 맞붙는다. 처음엔 움츠러들었던 미도리야도 카츠키에게 지기 싫은 마음에 마음을 다잡는다.

전투 훈련에 돌입한 네 사람. 미도리야는 카츠키를, 우라라카는 이이다를 각각 상대한다. 아직 개성을 조정할 수 없는 미도리야는 개성을 사용하지 않은 채 작전을 세우며 맞서고, 카츠키는 코스튬 장치를 이용해 점점 더 압박해 온다. 우라라카 역시 이이다를 상대하기가 쉽지 않다. 점점 격해지는 훈련을 지켜보던 올마이트는 교사로서의 입장과, 격정적으로 감정을 표출하는 미도리야를 멈추기 싫은 입장 사이에서 갈등한다. 무개성인 척 자신을 속여 왔다고 오해한 카츠키는 미도리야의 진심어린 말에도 아랑곳없이 달려들지만, 미도리야와 우라라카의 합동 작전에 빌런팀은 히어로팀에 패하고 만다.

미도리야의 작전으로 카츠키와 이이다에게 승리한 히어로 팀. 패한 카츠키는 충격에 휩싸인다. 이어서 다른 팀들의 전투 훈련도 계속된다. 카츠키의 오해를 풀고 싶은 미도리야는 ‘원 포 올’에 대해 털어놓지만 카츠키는 진지하게 받아들이지 않는다. 전투 훈련을 통해 자존심이 상한 카츠키는 울분을 삼키며 마음을 다잡고, 그런 모습을 본 미도리야 또한 각오를 다진다.

한편, 올마이트를 향한 검은 그림자가 드리우는데…

이이다와 우라라카의 표로 학급 반장이 된 미도리야. 부담스러워 하던 중에 올마이트를 취재하려는 기자들이 유에이에 들어오게 되고, 보안 경보로 인해 위험한 상황이란 오해로 학교 식당 안은 아수라장이 된다. 이이다의 기지로 소란은 가라앉고 그 통솔력에 감탄한 미도리야는 반장 자리를 이이다에게 넘긴다. 한편 유에이의 보안을 뚫은 미심쩍은 상황에 교사들은 긴장한다. 1-A반은 USJ로 인명 구조 훈련을 가고 훈련에 돌입하기 직전 빌런들의 습격을 받는데…

갑자기 USJ에 나타난 빌런 연합. 아이자와는 학생들을 보호하기 위해 혼자 맞서 싸우지만 쿠로기리의 ‘워프’ 개성으로 학생들은 제각기 흩어진다. 반장인 이이다는 이 사실을 알리기 위해서 USJ를 빠져나갈 시도를 한다. 상황을 모르는 올마이트는 유에이의 교장과 이야기를 나누며 연락이 닿지 않는 것을 신경 쓴다. 각 재난 존에 떨어진 학생들은 각자의 개성으로 빌런과 대치하고 수난 존에 떨어진 미도리야, 아스이, 미네타도 개성을 이용해 무사히 탈출에 성공한다.

뿔뿔이 흩어진 채 빌런들을 상대하고 있는 유에이 학생들, 토도로키는 압도적인 힘으로 빌런들을 무력화시키고 야오요로즈, 카미나리, 지로는 호흡을 맞춰 빌런을 무찌른다. 바쿠고, 키리시마와 다른 학생들도 힘껏 빌런들에게 맞선다. 무사히 수난 존에서 탈출한 미도리야, 아스이, 미네타는 개조인간 노우무에게 만산창이가 되는 아이자와를 본 후 공포에 휩싸인다. 한편, 이이다가 탈출한 것을 안 시가라키는 우선 물러나기로 하지만 마지막으로 아스이와 미도리야를 공격한다. 둘의 목숨이 위험한 순간 올마이트가 USJ에 도착한다.

미도리야 일행의 목숨이 위험한 순간 USJ에 나타난 올마이트. 하지만 노우무와 쿠로기리의 합동 공격으로 위기에 처한다. 이를 본 미도리야는 올마이트를 돕기 위해 달려들고 때마침 바쿠고, 토도로키, 키리시마가 합류해 위기를 넘긴다. 올마이트와 노우무의 대결을 지켜본 미도리야 일행은 그 압도적인 힘에 감탄하고 올마이트는 시가라키와의 대결을 눈앞에 둔다.

힘겹게 노우무를 물리친 올마이트. 시가라키와 쿠로기리는 끝까지 올마이트를 상대하려고 하고 올마이트의 활동 한계 시간은 다 되어간다. 이를 눈치챈 미도리야는 그들에게 달려들고 시가라키에 의해 목숨이 위험해진 순간 유에이 고교의 교사들인 프로 히어로들이 도착한다. 시가라키와 쿠로기리는 탈출 후 빌런 연합의 배후들과 훗날을 기약한다. 올마이트는 프로 히어로 못지않게 용감히 빌런에 맞선 1학년 A반 학생들을 자랑스러워 한다. 한편, 또 다른 적은 어둠 속에서 모습을 드러내는데...

빌런연합의 USJ 습격사건 이후 유에이 고교 교사들은 막연한 불안감에 휩싸이고 미도리야는 ‘원 포 올’을 완벽히 자기 것으로 만들기 위해 마음을 다잡는다. 빅 이벤트 ‘유에이 체육대회’가 다가오는 가운데 유에이 학생들은 우승을 향한 전의를 불태우고 우라라카는 히어로를 꿈꾸는 이유를 털어놓는다.

유에이 체육대회에 대한 올마이트의 기대를 들은 미도리야는 마음이 복잡해지고 1학년 A반 친구들은 각자 열심히 체육대회를 준비한다. 미도리야가 다른 과 학생들의 열의, 토도로키의 선전포고, 바쿠고의 진지함에 자극을 받은 가운데 드디어 체육대회가 시작된다.

드디어 시작된 유에이 체육대회의 제1종목은 장애물 경기. 토도로키가 선두로 나선 가운데 1학년 A반을 비롯한 다른 과 학생들도 각자 나름의 개성과 아이템으로 전력 질주한다. 무사히 첫 번째, 두 번째 관문을 통과한 미도리야는 마지막 관문 앞에서 계획을 세운다. 과연 미도리야는 제1종목을 무사히 통과할 수 있을까?

유에이 체육대회의 제1종목에서 천만 포인트를 획득한 미도리야는 제2종목인 기마전에서 팀 결성에 어려움을 겪는다. 우여곡절 끝에 우라라카, 토코야미, 하츠메와 한팀이 되고 팀원들의 능력으로 포인트를 지켜간다. 1학년 A반 모두가 미도리야 팀을 공격하는 가운데 1학년 B반의 계획이 드러나고, 미도리야 팀 앞을 토도로키 팀이 가로막는다.

유에이 체육대회의 제2종목인 기마전에서 포인트가 가장 높은 미도리야 팀은 모든 팀의 표적이 되고, B반인 모노마 팀은 바쿠고 팀을 계속 자극한다. 미도리야 팀은 천만 포인트를 되찾기 위해 토도로키 팀에게 달려들고 바쿠고 팀까지 합세한 가운데 시합은 종료된다. 각자 시합 결과에 아쉬움을 갖는 중에 최종 종목에 진출할 16명이 발표된다.

유에이 체육대회의 새 종목은 1대 1 토너먼트. 미도리야에 대한 올마이트의 총애를 느낀 토도로키는 미도리야를 출구로 불러서 미도리야 만큼은 꼭 이기겠다는 의지를 보이는데…

신소의 개성인 ‘세뇌’에 걸려든 미도리야는 장외패의 위기에서 알 수 없는 힘의 도움을 받아 2회전에 진출한다. 토도로키는 아버지인 엔데버와 신경전을 벌인 후 세로와의 시합에 나선다.

결승 토너먼트에 올라간 유에이 학생들은 각자 최선을 다해 승부를 겨룬다. 한편 바쿠고와의 시합을 앞둔 우라라카는 잔뜩 긴장해 있지만 이이다와 미도리야에게 자극을 받아 마음을 다잡는다.

드디어 시작된 바쿠고와 우라라카의 대결. 실력의 열세 속에서 최선을 다한 우라라카는 결국 패배한다. 그런 우라라카를 안타까워하던 미도리야는 우연히 엔데버와 마주치고 다시 한 번 토도로키의 아픔을 느낀다. 2회전에서 맞붙게 된 미도리야와 토도로키는 스테이지에서 마주 서게 된다.

미도리야와 토도로키의 제2회전 제1시합이 드디어 시작된다. 토도로키의 월등한 실력에 맞서기 위해 ‘원 포 올’을 사용하던 미도리야는 아버지에 대한 원망으로 왼쪽 힘을 사용하지 않는 토도로키를 자극한다. 미도리야에 의해 엄마와의 기억이 떠오른 토도로키는 마침내 왼쪽 힘을 사용하고 두 사람은 온 힘을 다해 대결을 펼친다.

토도로키와의 시합에서 진 미도리야는 크게 다치고 자괴감에 빠지지만 무개성이었단 올마이트의 말에 자신감을 얻는다. 8강과 4강을 거쳐 결승전은 토도로키와 바쿠고의 대결로 결정된다. 한편, 이이다의 형인 잉게니움은 히어로 킬러 스테인을 쫓다가 위기에 처하고 빌런연합은 스테인과 접촉을 시도한다.

토도로키와 바쿠고의 결승전은 토도로키가 왼쪽 힘을 사용하지 않은 채 끝이 난다. 토도로키는 병원으로 어머니를 찾아가고 미도리야는 ‘원 포 올’을 제대로 다루기 위한 고민을 다시 시작한다.

히어로 사무소에서의 직장체험을 앞두고 A반 학생들은 코드네임인 히어로명을 만든다. 올마이트의 옛 스승인 그랜 토리노에게 지명을 받은 미도리야는 1주일간의 직장체험을 위해 그랜 토리노를 찾아간다.

유에이 고교 1학년들은 프로 히어로 사무소에서 각자 직장 체험을 시작한다. 그랜 토리노와 만난 미도리야는 ‘원 포 올’을 제대로 다루기 위해 노력하고 새로운 깨달음을 얻는다.

미도리야를 비롯한 A반 학생들은 저마다 직장 체험을 이어나간다. 미도리야는 그랜 토리노와 훈련을 하면서 조금씩 성장해간다. 형에 대한 복수심으로 스테인을 찾던 이이다는 드디어 스테인과 마주 서게 된다.

이이다는 히어로 킬러 스테인에게 죽임을 당하기 직전에 미도리야의 도움으로 목숨을 건진다. 미도리야까지 스테인의 개성에 당하지만, 때마침 나타난 토도로키 덕분에 위기를 넘긴다. 형의 복수만을 생각했던 이이다는 미도리야와 토도로키의 모습에 깨달음을 얻는다.

미도리야와 토도로키는 힘겹게 스테인과 맞서고, 이이다는 이 두 사람의 모습에 히어로로서의 마음가짐을 다시 한 번 깨닫는다. 세 사람의 합동작전으로 어렵게 스테인을 사로잡았지만 미도리야가 노우무에게 끌려가게 된다. 그 순간 스테인이 개성을 써서 노우무를 처치하고 그대로 정신을 잃는다.

히어로 킬러 스테인이 체포되고 전국이 스테인에 대한 뉴스로 가득하다. 미도리야, 이이다, 토도로키는 함께 스테인과 맞선 후에 조금 더 성장하고 가까워진다. 스테인의 사상에 이끌린 빌런들은 빌런연합으로 모여들기 시작한다.

미도리아들이 스테인과 싸우던 그 때, 1-A 멤버들은 직장 체험으로 분투한다. 그런 가운데 해난 히어로 셀키 아래 훈련에 매달렸던 츠유짱에게 밀항자가 나타났다는 신고가 들어오는데…

직장체험을 마치고 돌아온 1-A반은 각자의 직장체험에 대한 이야기를 나눈다. 히어로 기초학 시간에 한층 발전한 미도리야의 모습에 올마이트와 반 친구들은 놀라워하고 바쿠고는 압박감을 느낀다. 올마이트는 ‘원 포 올’과 ‘올 포 원’에 대해 미도리야에게 설명하고 자신의 이야기를 하는 데 망설인다.

기말고사를 앞둔 1학년 A반은 시험 성적 걱정에 어수선하고 야오요로즈는 반 친구들과 스터디를 한다. 기말고사 필기시험을 마친 A반은 실기시험장으로 향하지만 실기 내용은 예상과 달리 학생 2인 1조와 유에이 교사의 대결이다. 아스이와 토코야미 조는 대결 상대인 엑토플라즘과 마준한다.

아스이, 토코야미 팀과 이이다, 오지로 팀은 각각 엑토플라즘과 파워 로더를 상대로 기말고사 실기시험에서 승리한다. 자신감이 떨어진 야오요로즈는 자신의 생각은 뒤로 한 채 토도로키에게 의지하지만 곧 자신감을 되찾고 이레이저 헤드에게 승리한다. 한편 우라라카, 아오야마 팀은 13호를 상대로 고전한다.

우라라카와 아오야마 팀, 지로와 코다 팀, 하가쿠레와 쇼지 팀, 미네타와 세로 팀은 각각 13호, 프레젠트 마이크, 스나이프, 미드나이트를 상대로 대결을 벌인다. 그리고 드디어 마지막 열 번째 대결인 미도리야와 바쿠고 팀 대 올마이트의 대결이 시작된다.

기말고사 실기시험 열 번째 대결인 미도리야, 바쿠고 팀 대 올마이트. 미도리야와 바쿠고가 의견 차이를 좁히지 못하는 가운데 올마이트의 공격을 받고 그 압도적인 힘에 기가 눌린다. 미도리야와의 협력을 거부하던 바쿠고는 점차 생각을 바꿔 올마이트에게 함께 맞서고 마침내 실기시험을 통과한다. 한편 스테인 추종자들이 빌런연합의 시가라키를 찾아온다.

히어로 킬러 추종자인 토가, 다비가 빌런 연합에 찾아오자 시가라키는 화를 낸다. 모두 다 함께 합숙을 떠나게 된 1학년 A반은 들뜬 마음에 쇼핑몰에 가기로 한다. 혼자 남게 된 미도리야는 시가라키를 만나서 이야기를 나누게 되고 우라라카 덕분에 위험한 순간을 벗어난다. 시가라키는 올마이트에 대한 적개심을 불태우고 여름방학을 앞둔 미도리야는 히어로를 향한 노력을 계속한다.

1학기를 마친 유에이 고교는 여름방학에 들어갔지만 미도리야는 자율 훈련을 계속한다. 카미나리와 미네타는 훈련을 핑계로 미도리야와 학교 수영장으로 향하고 두 사람의 바람과는 달리 수영장엔 남녀학생 모두가 모이게 된다. 체력 훈련 중 미도리야, 이이다, 토도로키는 지난 일을 회상한다. 한편 올마이트와 츠카우치는 빌런연합에 대한 경계를 늦추지 않고 시가라키는 새로운 계략을 준비한다.

설레는 마음으로 합숙을 떠난 1-A반은 합숙을 함께할 와일드 와일드 푸시캣츠를 만나게 되고 그들이 준비한 마수의 숲에서 혹독한 합숙 첫째 날을 시작한다. 한편 미도리야는 히어로를 싫어하는 소년 코타에게 마음이 쓰인다. A반은 합숙 둘째 날 개성을 키우기 위한 훈련을 시작하고 시가라키는 이들을 향한 공격을 준비한다.

유에이 히어로과 1학년 A반과 B반은 각자의 개성을 키우기 위한 훈련에 들어간다. 미도리야는 히어로와 초인사회를 증오하는 코타를 안타까워한다. 다비가 주축이 된 개벽행동대는 A반과 B반이 담력시험을 하는 도중에 공격을 시작한다.

개벽행동대의 습격에 프로 히어로들은 각자의 자리에서 빌런을 상대한다. 코타는 부모의 원수인 머스큘러와 맞닥뜨리게 되고 위기의 순간에 미도리야가 나타난다. 테츠테츠는 빌런과 맞서기로 결심하고 머스큘러의 압도적인 힘에 속수무책으로 당하던 미도리야는 코타를 지키기 위해 온 힘을 다한다.

머스큘러에게 승리한 미도리야는 만덜레이의 텔레파스를 이용해 모두에게 전투를 허가한다는 아이자와의 말을 전한다. 테츠테츠와 켄도는 머스타드, 바쿠고와 토도로키는 문 피시를 각각 상대한다. 바쿠고에게 향하던 미도리야는 쇼지와 함께 폭주하는 다크 섀도를 목격한다.

미도리야와 쇼지는 폭주하는 다크 섀도를 문 피시를 상대하는 바쿠고, 토도로키에게 데려간다. 미도리야 일행은 바쿠고를 보호하며 시설로 향하고 토가를 상대하던 우라라카와 아스이도 합류한다. 하지만 곧 Mr.컴프레스가 바쿠고와 토코야미를 데려간 걸 눈치채고 이들을 되찾기 위해 Mr.컴프레스를 뒤쫓던 미도리야 일행은 다비가 있는 곳에 다다른다.

미도리야, 토도로키, 쇼지는 바쿠고와 토코야미를 구하기 위해 다비 일행을 상대한다. 다비는 쿠로기리의 워프 게이트를 이용해 바쿠고를 데리고 사라진다. 학생이 빌런에게 납치된 사건으로 언론과 유에이 고교는 혼란에 빠지고 미도리야는 바쿠고를 구하지 못했다는 생각에 괴로워한다. 그때 키리시마와 토도로키는 직접 바쿠고를 구하러 가자는 제안을 한다.

토도로키와 키리시마는 미도리야에게 바쿠고를 구하러 갈 계획을 전한다. 이이다, 야오요로즈까지 합세한 이 5명은 빌런연합의 아지트가 있는 카미노 구에 도착하고, 유에이에 대한 대중의 싸늘한 시선을 느낀다. 한편 시가라키는 바쿠고에게 빌런연합의 일원이 되길 제안한다.

미도리야, 토도로키, 이이다, 키리시마, 야오요로즈는 수신기를 따라 노우무 생산 공장에 도착한다. 한편 바쿠고는 빌런연합을 도발하며 탈출할 기회를 노린다. 이때 올마이트를 비롯한 프로 히어로가 들이닥친다. 노우무 생산공장에 프로 히어로가 나타나자 미도리야 일행은 안심하지만 올 포 원의 등장에 공포에 휩싸인다.

올마이트를 비롯한 프로 히어로들과 경찰은 빌런연합의 은신처를 습격하지만 올 포 원이 시가라키 일행과 바쿠고를 자신이 있는 곳으로 이동시킨다. 곧 올마이트와 올 포 원의 싸움이 시작되고 미도리야 일행은 바쿠고를 구할 계획을 세운다. 올 포 원은 올마이트에게 선대 계승자인 시무라 나나의 얘기를 꺼낸다.

원 포 올과의 힘겨운 전투 중에 올마이트의 쇠약해진 모습이 세상에 드러난다. 시가라키가 스승인 시무라 나나의 손자인 걸 알게 된 올마이트는 충격에 빠진다. 불리한 상황 속에서도 올마이트는 포기하지 않고 올 포 원과 올마이트는 마지막 일격을 위해 서로에게 달려든다. 미도리야는 올마이트가 보낸 메시지에 눈물을 흘린다.

유에이 고교는 학생 전원 기숙사제 도입을 추진하고 학부모 의견 수렴을 위해 올마이트, 아이자와가 가정방문을 시작한다. 미도리야의 앞날에 불안을 느낀 미도리야 엄마는 유에이에 계속 다니는 것을 반대하고 미도리야는 코타에게 받은 편지를 보여주며 꼭 히어로가 되겠다고 다짐한다.

유에이 고교 1학년 A반 학생들은 기숙사에서의 새로운 생활을 시작한다. 기숙사 생활 첫날 ‘방 공개 대회’를 열고 서로의 방을 공개한다. 아스이는 바쿠고를 구하러 갔던 5명에게 눈물로 자신의 마음을 털어놓는다.

본격적인 기숙사 생활이 시작되고 1학년 A반 학생들은 필살기를 만들라는 아이자와의 말에 따라 유에이 교사들과 훈련을 시작한다. 하지만 부상 후유증으로 팔 사용이 조심스러운 미도리야는 고민에 빠지고 그런 미도리야에게 올마이트는 조언을 해준다. 미도리야, 이이다, 우라라카는 코스튬 개량 건으로 하츠메를 다시 만나게 되고 하츠메의 말에 깨달음을 얻은 미도리야는 새로운 풀카울 스타일을 생각해낸다.

유에이 고교 1학년 A반 학생들은 기숙사에서의 새로운 생활을 시작한다. 기숙사 생활 첫날 ‘방 공개 대회’를 열고 서로의 방을 공개한다. 아스이는 바쿠고를 구하러 갔던 5명에게 눈물로 자신의 마음을 털어놓는다.

집중 공격을 받은 유에이 1학년 A반은 각자의 필살기로 위기를 넘기지만 신도의 공격으로 뿔뿔이 흩어지게 된다. 미도리야는 홀로 시케츠 고교 우츠시미의 공격을 받고 세로와 우라라카의 합류로 위험에서 벗어난다. 한편 토도로키는 혼자 세이진 고교 일행을 상대하게 된다.

토도로키는 세이진 고교에게 승리해서 1차 전형을 통과하고 대기실에서 마주친 요아라시는 토도로키에게 적개심을 보인다. 야오요로즈, 지로, 아스이, 쇼지는 세이아이 학원 인테리 사이코의 계략으로 위기에 빠지고 바쿠고, 키리시마, 카미나리도 시케츠의 시시쿠라와 마주한다. 한편 아이자와는 조크에게 1학년 A반에 대한 기대감을 드러낸다.

바쿠고는 시시쿠라의 개성에 당해서 둥글게 뭉쳐지지만 카미나리가 기지를 발휘한 덕에 카미나리와 함께 개에서 풀려난다. 미도리야, 우라라카, 세로는 각자의 개성을 사용한 작전으로 무사히 1차 시험을 통과한다. 아오야마는 자신보다 A반을 더 생각하는 이이다를 위해 네빌 레이저로 다른 학생들을 유인하고 남아 있던 A반 학생들까지 모여서 합동 작전을 펼친다.

가까스로 임시 면허 1차 시험을 전원 통과한 유에이. 그리고 통과한 100명을 기다리고 있는 마지막 시험은 재해 현장을 무대로 바이스탠더가 되어 사람들을 구조하는 구조 실기가 기다리고 있는데...

나의 히어로 아카데미아 특별편. 여름방학 특별 강습 첫날에 미도리야, 이이다, 우라라카, 토도로키, 바쿠고, 아스이는 빌런과의 대치 상황을 가정한 체포 훈련에 들어간다. 미도리야 일행은 보성상점을 습격하고 인질극을 벌이며 경찰과 대치 중인 빌런을 제압하기 위해 나서지만 뜻밖의 상황이 이들을 기다리고 있었다. 한편 올마이트는 젊은 시절 함께한 동료의 딸인 멜리사에게 메일을 받고 미도리야와 함께 아이 아일랜드로 떠나게 되는데…

가면허 자격시험 2차 전형 중에 프로 히어로 갱 오르카가 빌런 역할로 나타난다. 토도로키와 요아라시는 갱 오르카를 막기 위해 나서지만 곧 서로에게 적개심을 드러내며 다투기 시작한다. 두 사람의 다툼에 신도가 위험에 처하고 미도리야의 외침에 둘은 정신을 가다듬고 함께 갱 오르카에게 맞선다. 2차 전형이 끝나고 드디어 합격자 명단이 공개된다.

드디어 가면허 시험 합격자가 발표되고 합격한 학생들이 기뻐하는 가운데 토도로키, 바쿠고, 요아라시가 불합격한다. 하지만 다시 한 번 기회가 주어진단 걸 안 세 사람은 합격을 다짐한다. 한편 올마이트는 올 포 원을 찾아가 시가라키의 행방을 묻지만 올 포 원은 빈정대며 올마이트를 자극한다. 바쿠고는 미도리야를 불러내 올마이트의 관계에 대해 추궁하며 싸움을 건다.

올마이트와 미도리야 사이의 비밀을 안 바쿠고는 미도리야에게 싸움을 건다. 올마이트 은퇴에 대한 죄책감에 괴로워하는 바쿠고의 본심을 안 미도리야는 진심으로 바쿠고와 대결을 펼친다. 두 사람의 대결이 끝나고 올마이트가 이들 앞에 나타나는데…

트와이스인 부바이가와라는 다중인격으로 괴로워하면서 빌런연합과 함께할 빌런을 찾아 거리를 돌아다니던 중 사예팔재회를 발견한다. 한편 새학기 시작으로 분주한 1학년 A반에 유에이 빅3가 찾아온다.

1학년 A반은 빅3의 엉뚱한 모습에 당황하고, 토오가타 밀리오는 갑자기 A반 모두에게 자신과 싸울 것을 제안한다. 토오가타는 순식간에 A반을 제압하고 인턴에 대한 그의 믿음에 A반은 의욕이 불타오른다. 한편 시가라키 앞에 트와이스가 데려온 오버홀이 나타나는데...

유에이 고교 기숙사로 기자가 찾아온다. 학생들의 생활을 취재하러 온다지만, 아무래도 다른 목적이 있는 듯한데. 설마 미도리야와 올마이트의 관계를 눈치챈 건 아니겠지?

학생들이 인턴 활동을 할 곳을 찾느라 분주한 동안에도 악의 세력은 은밀히 움직이고 있었다. 단신으로 빌런 연합을 찾아온 야쿠자 오버홀, 시가라키에게 대담한 제안을 한다.

인턴 활동을 위해 Sir 나이트아이를 찾아온 미도리야. 하지만 계약을 맺고 싶으면 3분 안에 인감을 빼앗아 직접 찍어 보라는데. 그의 개성을 안다면 이거 사실상 거절 아닌가?

토오가타와 순찰하던 중 요주의 인물 오버홀과 맞닥뜨린 미도리야. 조용히 자리를 피하고 싶지만, 오버홀에게 쫓기던 소녀가 미도리야를 붙잡는다. 겁에 질려 떨리는 팔로.

프로 히어로 팻껌의 사무소에서 키리시마가 인턴 활동을 시작한다. 이 지역에선 요즘 불량배들이 밥 먹듯 싸운다니, 키리시마가 활약할 기회가 있겠는걸. 격투가 특기니까.

오버홀에 관한 정보를 나누기 위해 히어로들이 모였다. 이 자리에서 오버홀과 있던 소녀의 비밀을 알게 된 미도리야. 그날 구해주지 못했단 죄책감이 마음을 무겁게 짓누른다.

오버홀의 은신처가 밝혀질 때까지 대기하는 인턴들. 아무렇지 않은 척 생활하지만 미도리야의 멘탈은 이미 한계에 달했다. 친구들이 건넨 작은 격려에도 왈칵 눈물을 쏟고.

사예팔재회의 본거지 돌입 작전이 시작됐다. 에리를 구하겠단 일념으로 선두에 선 미도리야와 토오가타. 하지만 적인 이리나카의 개성으로 지하는 살아 있는 미궁으로 변한다.

아이자와를 위해 팻껌과 키리시마가 몸을 날린다. 괴력을 소유한 전투광 랏파와 방어막을 가진 텐가이와의 2 대 2 대결. 강적이지만 우리의 키리시마는 쉽게 깨지지 않는다고!

온몸이 부서지기 직전이지만 키리시마는 결국 승리를 거둔다. 한편 미궁에 갇힌 미도리야와 히어로들을 새로운 적들이 습격해 오는데. 이 녀석들, 이미 익히 아는 얼굴이다.

가장 선두에 섰던 토오가타가 미궁을 돌파해 마침내 오버홀을 따라잡았다. 하지만 그런 토오가타를 막아서는 새로운 적들. 어쨌건 서둘러야 한다, 지금 에리가 눈앞에 있으니.

이번에는 우리 차례다. 위기에 빠진 토오가타를 구하기 위해 달려온 미도리야와 히어로들. 전세가 역전됐지만 에리를 포기 못 하는 오버홀은 결국 극단적인 변신을 감행한다.

돌입 작전 개시 직후, 저택 밖에서는 활력을 흡수하는 적 때문에 류큐와 학생들이 궁지에 몰렸다. 이때 지원군으로 등장한 미도리야. 먼저 안으로 들어갔던 네가 어떻게?

사투 끝에 오버홀을 물리치고 에리를 구해낸 미도리야. 잠시 한숨 돌리는가 싶었지만, 체포된 오버홀을 이송 중인 경찰차 앞을 낯익은 적들이 막아선다. 바로 빌런 연합이.

오버홀의 음모는 막았지만 아직 빌런 연합은 건재하다. 새삼 각오를 다진 미도리야와 인턴들은 일단 학교로 돌아오는데. 그러고 보니 아직 가면허를 못 딴 친구들도 있었네?

가면허 재시험을 위해 보강을 받는 탈락자들. 그런데 이번 과제가, ‘천방지축 초등학생들의 마음을 사로잡기’라니. 토도로키라면 몰라도 바쿠고한테 이게 가능한 일이려나.

자신들의 개성을 과신하며 과감히 도전해 오는 초등학생들. 여기서 봐주면 더 건방져질 게 뻔하다. 초등학생을 상대로 진심 싸워야 할지 말지, 토도로키와 친구들은 갈등한다.

가을과 함께 유에이 고교에도 축제가 찾아왔다. 모처럼 열리는 ‘학교틱’한 이벤트. 1학년 A반도 행사를 준비해야 하는데. 뭐지, 이 열기는? 수업 때와는 완전히 다르잖아.

축제 행사를 위해 담당 파트를 나눈 1학년 A반. 역시 축제는 준비하는 과정도 즐겁다니까. 한편 초대받지 않은 예비 불청객이 유에이 고교를 찾아올 계획을 세우고 있는데.

밴드 팀, 연출 팀, 댄스 팀으로 나누어 맹연습을 하는 A반 친구들. 그러던 중 에리가 유에이 고교를 방문한다. 사회와 격리돼 있던 소녀에게 학교란 어떤 느낌으로 다가올까?

드디어 축제 날이 밝았다. 아침 일찍부터 공연에 쓸 도구를 사러 간 미도리야는 수상한 남녀 2인조를 만나는데. 잠깐만, 이 남자 목소리... 어디선가 들어본 기억이 있어.

젠틀 크리미널과 러브러버의 목적은 모르겠지만, 이들이 학교에 침입하는 순간, 축제는 중지된다. 그렇기에 필사적으로 막아서는 미도리야. 우리의 축제를 망치게 할 순 없어!

자수 의사를 밝힌 젠틀 크리미널을 뒤로 하고 미도리야는 학교로 달려간다. 에리와 토오가타 그리고 많은 이들에게 보답하기 위해 준비한 무대. 부디 모두가 즐겨 주기를.

올마이트 은퇴 후 처음으로 대중 앞에 발표되는 히어로 랭킹. 세간의 이목이 쏠린 무대에서, 2위에 오른 호크스가 일인자 엔데버를 도발해 온다. 단순한 건방은 아닌 듯한데.

엔데버와 호크스가 대화하는 와중에 신형 개조 인간이 습격해 온다. 미지의 강적을 만났지만, 엔데버는 물러설 생각이 추호도 없다. 그것이 일인자이자 아버지의 몫이기에.

유에이 고교로 빌런이 침입했다! 출동 요청을 받은 1학년 A반 학생들. 각자의 개성을 구사해 현장을 정리하려는 찰나, 빌런들을 눈앞에서 마주한다. 아니, 너희가 빌런이라고?

지금까지와는 차원이 다른 개조 인간 하이엔드. 그 괴물과 격전을 마친 엔데버가 입원을 한다. 한편 호크스는 누군가와 은밀히 접촉하는데, 설마 저자는 빌런 연합 소속의...

최초의 원 포 올과 손을 맞잡은 미도리야. 꿈이었지만 그 순간의 감각은 선명히 남아 있다. 한편 오늘의 수업은 A반과 B반의 대항전. 자, 어디가 더 뛰어난지 결판을 내자고!

드디어 대항전이 시작됐다. 첫판부터 시시다의 힘을 앞세워 밀어붙이는 B반. A반도 신소를 중심으로 반격을 준비하는데. ‘페르소나 코드’라니, 그건 어떤 새 장비일까?

1차전 뒤 승자도 패자도 시합 내용을 반성하는 모습, 역시 학생답다. 2차전에선 야오요로즈 대 켄도, 두 소녀가 오랜만에 만나는데. 어, 둘이 서로를 은근히 의식하고 있었네.

플랜 B로 반격에 나서는 B반. A반의 리더 야오요로즈를 고립시키는 데 성공한다. 그리고 일대일 승부를 걸어오는 켄도. 아뿔싸, 근접전은 야오요로즈에게 너무 불리한데.

잠시 휴식을 취하는 사이 올마이트가 미도리야에게 어떤 당부를 한다. 곧이어 시작된 3차전에서 A반 공격의 중심은 역시 토도로키. 하지만 그건 B반에서도 이미 예상한 바다.

호네누키의 공격에 이이다가 비장의 새 기술로 맞선다. 한편 토도로키의 개성이 테츠테츠에게 통하지 않는데. 반전에 반전을 거듭하는 3차전, 과연 어느 팀이 승리할 것인가?

현재까지는 박빙, 이번 4차전을 이기는 반이 승기를 잡는다. 하지만 B반의 작전에 말려든 A반은 시작부터 위기를 맞고, 이때 바쿠고가 뜻밖의 행동으로 모두를 놀라게 한다.

A반과 B반의 대결 5차전, 드디어 마지막 시합이 시작됐다. 선두에서 선 미도리야를 일대일로 막아서며 도발을 걸어오는 모노마. 결국 말려든 미도리야는 서서히 흥분하는데.

간신히 미도리야의 폭주가 진정되고, 선생님들은 시합을 속행시킨다. 난전이 된 A반과 B반의 대결. 한편 모노마는 미도리야의 힘 '원 포 올'을 훔치기 위해 기습을 감행한다.

신소의 히어로과 편입 발표와 함께 두 반의 치열했던 대항전이 막을 내린다. 하지만 그 검은 힘은 무엇이었을까? 미도리야는 답을 알아내려 바쿠고와 모의 전투를 해 본다.

마운트 레이디와 미디어 대응 연습을 하는 1학년 A반. 모의 인터뷰지만 역시나 '개성’이 넘친다. 한편 아무도 모르는 사이 한 지방 도시에선 새로운 재앙이 시작되고 있었다.

넘버 원 히어로 엔데버 밑에서 인턴 일을 시작한 미도리야, 토도로키, 바쿠고. 출동한 현장에서 함께 빌런을 제압하려는 순간, 하늘에 날아든 또 한 명의 히어로를 마주한다.

호크스가 준 책에 충격적인 경고가 암호로 숨겨져 있었다니! 이번 인턴 교육의 진짜 목적도 이해하게 된 엔데버. 결국 현재 넘버 원 히어로인 그가 직접 학생 지도에 나선다.

우라라카와 아스이가 인턴 중인 류큐의 사무소로 협력 요청이 들어왔다. 셀키 선장님이 밀수선 수색을 지원해 달라는데. 아무래도 그 배에 매우 위험한 약물이 실린 듯하다.

엔데버와 쇼토 부자에게 뜻밖의 식사 초대를 받은 미도리야와 바쿠고. 쇼토의 누나 후유미가 준비한 식탁에 모두 둘러앉는데. 역시 이 가족은 화목해지려면 갈 길이 멀다.

식사를 마치고 엔데버와 기숙사로 돌아가는 학생들. 이때 이들의 차를 막아서는 빌런. 엔데버를 동경한다는 그놈은 차남 나츠오를 인질로 잡고 미치광이 같은 요구를 해 온다.

새해 첫 수업, A반 학생들은 인턴 활동 성과를 공유하기 위해 훈련장으로 나간다. 이때 담임인 아이자와를 찾는 긴급 호출. 쿠로기리와 관련된 새로운 사실이 밝혀진 듯하다.

두 달 전, 시가라키 앞에 돌연 모습을 드러낸 괴력의 거인. 그 정체는 올 포 원의 충직한 부하, 기간토마키아였다. 놈은 시가라키를 올 포 원의 후계자로 인정할 수 없다는데.

주민의 90%가 이능력 해방군의 해방전사가 된 데이카시. 그 한복판에 발을 들인 빌런 연합과 이들을 맞이하는 해방군의 간부 하나바타. 이제 두 세력의 충돌은 피할 수 없다.

빌런 연합 대 이능력 해방군의 총력전. 가짜 트와이스 군단에 붙잡힌 토가가 위험에 처하자, 진짜 트와이스는 새로운 개성에 눈을 뜬다. 한편, 다비는 게텐과 대치하는데.

결국 시가라키가 리 디스트로를 지상으로 끌어내렸다. 하지만 거대화한 리 디스트로는 압도적인 힘을 발휘하고. 위기에 빠진 시가라키는 잊었던 어린 시절의 기억이 떠오른다.

자신과 가족에게 일어났던 참극, 올 포 원과의 만남. 모든 것을 기억해 낸 시가라키는 결국 각성한다. 그리고 그 힘은 리 디스트로를 궁지로 몰아넣고, 도시를 붕괴시키는데.

더욱 큰 힘을 원하는 시가라키는 지옥 같은 고통을 맛보게 될 4개월간의 수면에 들어간다. 한편 유에이의 학생들은 올마이트 앞에서 인턴 경험을 통해 얻은 성과를 선보인다.

호크스로부터 시가라키가 이끄는 초현실 해방 전선의 정보를 얻은 히어로와 경찰들은 이들을 소탕하기 위해 모이고 히어로과 학생들 또한 이 작전에 참여한다. 히어로들은 두 팀으로 나눠 각자 군가 산장과 쟈쿠 병원으로 향하고 올 포 원의 심복인 가라키를 붙잡는다. 그때 갑자기 나타난 노우무가 히어로들을 공격하는데…

가라키 확보를 위해 쟈쿠 병원에 돌입한 엔데버 팀은 대량의 노우무와 접전을 벌인다. 한편 No.5 히어로 미르코는 앞서 가라키를 쫓지만 가라키는 최강 노우무 하이엔드를 깨우고 그녀는 압도적인 힘을 가진 하이엔드와 맞서 싸우는데…

엣지쇼트 팀은 군가 산장을 향해 습격을 시작하고 히어로과 학생들과 프로 히어로들은 적들을 차례로 쓰러뜨린다. 한편 정체를 드러낸 호크스는 트와이스에게 투항을 권하지만 트와이스는 배신감에 그를 공격하고 갑자기 나타난 다비의 공격으로 호크스는 위기에 빠지는데...

호크스는 계속되는 다비의 공격에 위기를 맞고 쟈쿠 병원에선 엔데버 일행이 하이엔드를 상대로 고전한다. 미르코는 하이엔드와의 싸움 중 캡슐에 든 시가라키를 찾아내지만 큰 부상을 당하고 프레젠트 마이크의 마지막 일격으로 캡슐이 파괴되는데...

다비의 공격으로 중상을 입은 호크스는 마지막 순간 토코야미에 의해 구출되고 쟈쿠 병원에선 결국 시가라키가 깨어난다. 미도리야는 머릿속에서 들리는 초대 원 포 올의 목소리에 당황하고 시가라키의 개성으로 순식간에 모든 것이 붕괴되는데...

게텐의 가세로 군가 산장은 점점 아수라장으로 변하고 시가라키의 명령을 받은 기간토마키아는 움직이기 시작한다. 한편 엔데버는 시가라키를 막으려고 고군분투하고 시가라키는 원 포 올을 뺏기 위해 미도리야를 노리는데...

시가라키는 엔데버와 류큐의 공격에도 불구하고 아이자와에게 달려들고 미도리야는 그런 시가라키를 막아선다. 한편 기간토마키아는 연합 멤버들과 함께 시가라키에게 향하고 히어로들은 그를 막기 위해 총력을 다하는데...

야오요로즈는 기간토마키아를 막기 위해 A반, B반 학생들을 진두지휘하고 유에이 학생들은 그에 따라 작전을 실행한다. 한편 시가라키는 한계를 뛰어넘은 채 움직이며 아이자와를 노리는데...

기간토마키아를 막아섰던 히어로들은 모두 쓰러지고 히어로과 학생들은 망연자실한다. 한편 개성 소실탄을 맞은 아이자와는 스스로 다리를 잘라내고 말소가 해제된 시가라키는 다시 붕괴를 시도하는데...

치명상을 입은 바쿠고의 모습에 분노한 미도리야는 시가라키에게 달려들고 원 포 올의 세계에서 뜻밖의 인물들을 만난다. 토가는 할머니로 변신해 우라라카를 유인하고 그녀를 공격하며 질문을 하는데...

우라라카에게 달려든 토가는 미도리야를 향한 우라라카의 마음을 눈치채고 시가라키는 올 포 원의 만류에도 공격 의지를 멈추지 않는다. 토도로키와 하도가 시가라키를 공격하는 순간 기간토마키아가 이를 방해하고 다비는 엄청난 사실을 털어놓는데...

위기의 순간 나타난 베스트 지니스트는 케이블을 이용해 기간토마키아와 연합 멤버들을 포박하고 스피너는 시가라키를 깨우기 위해 애쓴다. 시가라키에게 명령을 받은 기간토마키아는 힘을 강화하며 포박에서 벗어나려 하고 니어 하이엔드까지 가세해 베스트 지니스트를 공격하려고 한다. 그때 에리의 도움으로 개성을 회복한 토오가타가 나타나 다른 일행과 함께 베스트 지니스트를 엄호한다. 한편 엔데버가 충격에서 벗어나지 못한 가운데 토도로키와 다비의 싸움은 계속되고 미도리야의 말에 정신을 차린 엔데버는 기간토마키아에게 일격을 가하고 쓰러진다. 때마침 기간토마키아에게 마취약의 효과가 나타나고 Mr.컴프레스는 위기를 벗어날 방법을 생각한다.

Mr.컴프레스는 자신의 살을 도려내 지니스트의 구속에서 벗어나고 개성을 사용해 동료들을 구하며 시가라키가 깨어날 시간을 번다. 스피너의 기지로 시가라키가 눈을 뜨지만 그는 올 포 원에게 잠식된 상태였는데...

히어로들의 노력에도 결국 시가라키는 도주하고 남은 빌런 연합과 해방 전선 멤버들은 체포된다. 폐허로 변한 쟈쿠 시는 사람들의 절망으로 가득 차고 히어로를 향한 불신감은 점점 커져가는데...

시가라키의 몸을 차지한 올 포 원은 니어 하이엔드를 앞세워 타르타로스를 공격하고 올 포 원 본체는 수감돼 있던 빌런들과 함께 탈옥한다. 한편 인턴 학생들과 히어로들은 센트럴 병원에서 치료를 받고 토도로키는 다비를 떠올리며 괴로워하는데...

호크스는 불우했던 자신의 어린 시절 꿈을 꾸며 베스트 지니스트와 어머니를 찾아가고 그 도중 마주한 도시는 탈옥한 빌런들로 혼란에 빠져 있었다. 한편 목숨을 건진 엔데버는 토우야 생각에 괴로워하며 눈물을 흘리는데...

엔데버의 병실에 모인 토도로키가 가족들은 토우야의 어린 시절을 회상하며 자신들의 과오를 반성하고 다비를 막을 것을 다짐한다. 힌편 호크스와 베스트 지니스트는 엔데버를 찾아와 그를 격려하고 호크스는 원 포 올의 정체에 대해 묻는데

미도리야는 원 포 올 안에서 역대 계승자들과 마주하게 되고 그들에게 원 포 올의 진실에 대해 듣게 된다. 자신이 마지막 계승자란 걸 알게 된 미도리야에게 시무라 나나는 시가라키를 죽일 수 있냐고 묻는데

시민들을 대피시키려는 신도와 나카가메 앞에 머스큘러가 나타나고 이에 맞서던 신도는 위기에 처한다. 그 순간 미도리야가 나타나 그를 구하고 역대 계승자들의 개성을 골고루 사용하며 머스큘러를 제압하는데...

원 포 올 역대 계승자 9명은 모두 올 포 원을 쓰러뜨리기 위해 미도리야에게 협력 하기로 하고 톱 히어로 3명은 난동을 부리는 탈옥범을 처리하며 정보를 얻으려 애쓴다. 그러던 중 이동하던 미도리야에게 갑자기 총알이 날아드는데...

미도리야는 역대 계승자들의 개성을 이용해서 레이디 나강에게 맞서지만 실패한다. 전직 공안 직속 히어로였던 레이디 나강은 자신이 히어로 사회를 혐오하며 올 포원의 계획에 가담한 이유를 말하는데...

미도리야와 히어로들은 나강이 말한 저택으로 향하지만 그곳엔 미도리야를 자극하는 올 포 원의 영상만이 남아 있었다. 초조한 미도리야는 올마이트의 안전을 위해 그를 밀어내고 올마이트는 무력감에 괴로워하는데...

이즈쿠를 걱정하는 1학년 A반 학생들. 이즈쿠가 혼자 싸우지 않고 학교로 돌아오도록, 지금 쓸 수 있는 모든 힘을 쏟아붓는다.

유에이 고교로 피난한 시민들은 이즈쿠가 돌아오자 자신들이 위험해질 수 있다며 격렬히 항의한다. 이를 본 오챠코가 시민들을 설득하기 위해 나선다.

자책감을 느끼던 올마이트는 뜻밖의 정보를 얻고 다시 마음을 다잡는다. 그리고 얼마 뒤, 이즈쿠와 친구들은 빌런들과의 결전에 나서는 올마이트를 돕기로 결심한다.