1학기를 마친 유에이 고교는 여름방학에 들어갔지만 미도리야는 자율 훈련을 계속한다. 카미나리와 미네타는 훈련을 핑계로 미도리야와 학교 수영장으로 향하고 두 사람의 바람과는 달리 수영장엔 남녀학생 모두가 모이게 된다. 체력 훈련 중 미도리야, 이이다, 토도로키는 지난 일을 회상한다. 한편 올마이트와 츠카우치는 빌런연합에 대한 경계를 늦추지 않고 시가라키는 새로운 계략을 준비한다.

설레는 마음으로 합숙을 떠난 1-A반은 합숙을 함께할 와일드 와일드 푸시캣츠를 만나게 되고 그들이 준비한 마수의 숲에서 혹독한 합숙 첫째 날을 시작한다. 한편 미도리야는 히어로를 싫어하는 소년 코타에게 마음이 쓰인다. A반은 합숙 둘째 날 개성을 키우기 위한 훈련을 시작하고 시가라키는 이들을 향한 공격을 준비한다.

유에이 히어로과 1학년 A반과 B반은 각자의 개성을 키우기 위한 훈련에 들어간다. 미도리야는 히어로와 초인사회를 증오하는 코타를 안타까워한다. 다비가 주축이 된 개벽행동대는 A반과 B반이 담력시험을 하는 도중에 공격을 시작한다.

개벽행동대의 습격에 프로 히어로들은 각자의 자리에서 빌런을 상대한다. 코타는 부모의 원수인 머스큘러와 맞닥뜨리게 되고 위기의 순간에 미도리야가 나타난다. 테츠테츠는 빌런과 맞서기로 결심하고 머스큘러의 압도적인 힘에 속수무책으로 당하던 미도리야는 코타를 지키기 위해 온 힘을 다한다.

머스큘러에게 승리한 미도리야는 만덜레이의 텔레파스를 이용해 모두에게 전투를 허가한다는 아이자와의 말을 전한다. 테츠테츠와 켄도는 머스타드, 바쿠고와 토도로키는 문 피시를 각각 상대한다. 바쿠고에게 향하던 미도리야는 쇼지와 함께 폭주하는 다크 섀도를 목격한다.

미도리야, 토도로키, 쇼지는 바쿠고와 토코야미를 구하기 위해 다비 일행을 상대한다. 다비는 쿠로기리의 워프 게이트를 이용해 바쿠고를 데리고 사라진다. 학생이 빌런에게 납치된 사건으로 언론과 유에이 고교는 혼란에 빠지고 미도리야는 바쿠고를 구하지 못했다는 생각에 괴로워한다. 그때 키리시마와 토도로키는 직접 바쿠고를 구하러 가자는 제안을 한다.

토도로키와 키리시마는 미도리야에게 바쿠고를 구하러 갈 계획을 전한다. 이이다, 야오요로즈까지 합세한 이 5명은 빌런연합의 아지트가 있는 카미노 구에 도착하고, 유에이에 대한 대중의 싸늘한 시선을 느낀다. 한편 시가라키는 바쿠고에게 빌런연합의 일원이 되길 제안한다.

미도리야, 토도로키, 이이다, 키리시마, 야오요로즈는 수신기를 따라 노우무 생산 공장에 도착한다. 한편 바쿠고는 빌런연합을 도발하며 탈출할 기회를 노린다. 이때 올마이트를 비롯한 프로 히어로가 들이닥친다. 노우무 생산공장에 프로 히어로가 나타나자 미도리야 일행은 안심하지만 올 포 원의 등장에 공포에 휩싸인다.

올마이트를 비롯한 프로 히어로들과 경찰은 빌런연합의 은신처를 습격하지만 올 포 원이 시가라키 일행과 바쿠고를 자신이 있는 곳으로 이동시킨다. 곧 올마이트와 올 포 원의 싸움이 시작되고 미도리야 일행은 바쿠고를 구할 계획을 세운다. 올 포 원은 올마이트에게 선대 계승자인 시무라 나나의 얘기를 꺼낸다.

원 포 올과의 힘겨운 전투 중에 올마이트의 쇠약해진 모습이 세상에 드러난다. 시가라키가 스승인 시무라 나나의 손자인 걸 알게 된 올마이트는 충격에 빠진다. 불리한 상황 속에서도 올마이트는 포기하지 않고 올 포 원과 올마이트는 마지막 일격을 위해 서로에게 달려든다. 미도리야는 올마이트가 보낸 메시지에 눈물을 흘린다.

유에이 고교는 학생 전원 기숙사제 도입을 추진하고 학부모 의견 수렴을 위해 올마이트, 아이자와가 가정방문을 시작한다. 미도리야의 앞날에 불안을 느낀 미도리야 엄마는 유에이에 계속 다니는 것을 반대하고 미도리야는 코타에게 받은 편지를 보여주며 꼭 히어로가 되겠다고 다짐한다.

유에이 고교 1학년 A반 학생들은 기숙사에서의 새로운 생활을 시작한다. 기숙사 생활 첫날 ‘방 공개 대회’를 열고 서로의 방을 공개한다. 아스이는 바쿠고를 구하러 갔던 5명에게 눈물로 자신의 마음을 털어놓는다.

본격적인 기숙사 생활이 시작되고 1학년 A반 학생들은 필살기를 만들라는 아이자와의 말에 따라 유에이 교사들과 훈련을 시작한다. 하지만 부상 후유증으로 팔 사용이 조심스러운 미도리야는 고민에 빠지고 그런 미도리야에게 올마이트는 조언을 해준다. 미도리야, 이이다, 우라라카는 코스튬 개량 건으로 하츠메를 다시 만나게 되고 하츠메의 말에 깨달음을 얻은 미도리야는 새로운 풀카울 스타일을 생각해낸다.

유에이 고교 1학년 A반 학생들은 기숙사에서의 새로운 생활을 시작한다. 기숙사 생활 첫날 ‘방 공개 대회’를 열고 서로의 방을 공개한다. 아스이는 바쿠고를 구하러 갔던 5명에게 눈물로 자신의 마음을 털어놓는다.

집중 공격을 받은 유에이 1학년 A반은 각자의 필살기로 위기를 넘기지만 신도의 공격으로 뿔뿔이 흩어지게 된다. 미도리야는 홀로 시케츠 고교 우츠시미의 공격을 받고 세로와 우라라카의 합류로 위험에서 벗어난다. 한편 토도로키는 혼자 세이진 고교 일행을 상대하게 된다.

토도로키는 세이진 고교에게 승리해서 1차 전형을 통과하고 대기실에서 마주친 요아라시는 토도로키에게 적개심을 보인다. 야오요로즈, 지로, 아스이, 쇼지는 세이아이 학원 인테리 사이코의 계략으로 위기에 빠지고 바쿠고, 키리시마, 카미나리도 시케츠의 시시쿠라와 마주한다. 한편 아이자와는 조크에게 1학년 A반에 대한 기대감을 드러낸다.

바쿠고는 시시쿠라의 개성에 당해서 둥글게 뭉쳐지지만 카미나리가 기지를 발휘한 덕에 카미나리와 함께 개에서 풀려난다. 미도리야, 우라라카, 세로는 각자의 개성을 사용한 작전으로 무사히 1차 시험을 통과한다. 아오야마는 자신보다 A반을 더 생각하는 이이다를 위해 네빌 레이저로 다른 학생들을 유인하고 남아 있던 A반 학생들까지 모여서 합동 작전을 펼친다.

가까스로 임시 면허 1차 시험을 전원 통과한 유에이. 그리고 통과한 100명을 기다리고 있는 마지막 시험은 재해 현장을 무대로 바이스탠더가 되어 사람들을 구조하는 구조 실기가 기다리고 있는데...

나의 히어로 아카데미아 특별편. 여름방학 특별 강습 첫날에 미도리야, 이이다, 우라라카, 토도로키, 바쿠고, 아스이는 빌런과의 대치 상황을 가정한 체포 훈련에 들어간다. 미도리야 일행은 보성상점을 습격하고 인질극을 벌이며 경찰과 대치 중인 빌런을 제압하기 위해 나서지만 뜻밖의 상황이 이들을 기다리고 있었다. 한편 올마이트는 젊은 시절 함께한 동료의 딸인 멜리사에게 메일을 받고 미도리야와 함께 아이 아일랜드로 떠나게 되는데…

가면허 자격시험 2차 전형 중에 프로 히어로 갱 오르카가 빌런 역할로 나타난다. 토도로키와 요아라시는 갱 오르카를 막기 위해 나서지만 곧 서로에게 적개심을 드러내며 다투기 시작한다. 두 사람의 다툼에 신도가 위험에 처하고 미도리야의 외침에 둘은 정신을 가다듬고 함께 갱 오르카에게 맞선다. 2차 전형이 끝나고 드디어 합격자 명단이 공개된다.

드디어 가면허 시험 합격자가 발표되고 합격한 학생들이 기뻐하는 가운데 토도로키, 바쿠고, 요아라시가 불합격한다. 하지만 다시 한 번 기회가 주어진단 걸 안 세 사람은 합격을 다짐한다. 한편 올마이트는 올 포 원을 찾아가 시가라키의 행방을 묻지만 올 포 원은 빈정대며 올마이트를 자극한다. 바쿠고는 미도리야를 불러내 올마이트의 관계에 대해 추궁하며 싸움을 건다.

올마이트와 미도리야 사이의 비밀을 안 바쿠고는 미도리야에게 싸움을 건다. 올마이트 은퇴에 대한 죄책감에 괴로워하는 바쿠고의 본심을 안 미도리야는 진심으로 바쿠고와 대결을 펼친다. 두 사람의 대결이 끝나고 올마이트가 이들 앞에 나타나는데…

트와이스인 부바이가와라는 다중인격으로 괴로워하면서 빌런연합과 함께할 빌런을 찾아 거리를 돌아다니던 중 사예팔재회를 발견한다. 한편 새학기 시작으로 분주한 1학년 A반에 유에이 빅3가 찾아온다.

1학년 A반은 빅3의 엉뚱한 모습에 당황하고, 토오가타 밀리오는 갑자기 A반 모두에게 자신과 싸울 것을 제안한다. 토오가타는 순식간에 A반을 제압하고 인턴에 대한 그의 믿음에 A반은 의욕이 불타오른다. 한편 시가라키 앞에 트와이스가 데려온 오버홀이 나타나는데...