자신의 우상인 올마이트를 만난 미도리야. 무개성인 자신의 처지를 이야기하며 그럼에도 히어로가 될 수 있냐고 묻는다. 고개를 들었을 때 눈 앞에 있는 사람은 근육질이 아닌 삐쩍 마른 병약한 올마이트였다. 빌런과의 싸움으로 큰 부상을 입었던 올마이트는 항상 목숨을 걸어야 하는 히어로에 무개성인 미도리야는 적합하지 않다고 말한다.

올마이트는 자신의 개성인 ‘원 포 올’에 대해 미도리야에게 이야기하고 그 후계자로 미도리야를 지목한다. 이를 받아들이기로 한 미도리야는 ‘원 포 올’을 받아들일 수 있는 체력 조건을 만들기 위해 10개월간 힘든 트레이닝을 이어간다. 유에이 고교 입학시험 당일 몸은 완성되고 마침내 ‘원 포 올’을 받게 된다. 입시를 위해 바로 유에이 고교에 간 미도리야는 카츠키를 만나고 오차코와 텐야와도 마주친다. 실기시험 시작 전, 미도리야는 다시 한 번 마음을 다잡는다.

스타트라인 드디어 시작된 유에이 고교 입학 실기시험! 다른 수험생들이 순조롭게 포인트를 쌓는 동안 헤매기만 하는 미도리야. 그때 거대한 기믹이 나타나고 미도리야는 위험에 처한 오차코를 돕기 위해 뛰어든다. 기믹을 쓰러뜨리는 데는 성공하지만 큰 부상을 입은 미도리야는 오차코의 도움으로 무사히 착지한다. 하지만 그 사이 시험은 종료되고 실기시험은 0포인트인 채로 끝이 난다. 잔뜩 풀이 죽어 있는 미도리야에게 유에이 고교에서 보낸 결과 통지서가 도착하고 그 안의 홀로그램 속에는 올마이트의 메시지가 담겨 있다. ‘희생정신’으로 레스큐 포인트를 얻은 미도리야는 유에이 고교에 당당히 합격한다.

꿈에 그리던 유에이 고교에 입학한 미도리야. 카츠키, 이이다 텐야, 우라라카 오차코와 같은 반이 된다. 담임인 아이자와는 입학 첫날부터 개성 파악 테스트를 시작한다. 게다가 테스트 결과가 최하위인 학생은 제적 시키겠다는데... 개성을 마음껏 사용하는 테스트에서 모두 놀라운 기록을 내지만 아직 개성을 조정할 수 없는 미도리야는 초라한 점수를 이어간다. 그런 사정을 눈치챈 아이자와는 미도리야에게 히어로의 가능성이 없다고 본다. 하지만 포기를 모르는 미도리야는 순간 ‘원 포 올’을 조정해 좋은 기록을 낸다. 이에 아이자와의 마음이 움직이고 올마이트는 감동한다.

미도리야는 힘겨운 노력에도 불구하고 체력 테스트에서 최하위를 기록한다. 하지만 미도리야의 가능성을 본 아이자와는 성적에 따른 제적 처리를 없던 일로 한다. 한편, 무개성이라 알고 있던 미도리야가 개성을 사용하자 카츠키는 잔뜩 화가 난다. 유에이 고교에서 새로운 친구들과의 고교 생활이 시작되고 드디어 올마이트가 담당하는 히어로 기초학 시간이 된다. 두 사람이 한 팀으로 각각 히어로, 빌런 역할을 맡아 전투 훈련을 하게 된 1학년 A반. 미도리야와 우라라카의 A팀은 히어로, 카츠키와 이이다의 D팀은 빌런으로 맞붙는다. 처음엔 움츠러들었던 미도리야도 카츠키에게 지기 싫은 마음에 마음을 다잡는다.

전투 훈련에 돌입한 네 사람. 미도리야는 카츠키를, 우라라카는 이이다를 각각 상대한다. 아직 개성을 조정할 수 없는 미도리야는 개성을 사용하지 않은 채 작전을 세우며 맞서고, 카츠키는 코스튬 장치를 이용해 점점 더 압박해 온다. 우라라카 역시 이이다를 상대하기가 쉽지 않다. 점점 격해지는 훈련을 지켜보던 올마이트는 교사로서의 입장과, 격정적으로 감정을 표출하는 미도리야를 멈추기 싫은 입장 사이에서 갈등한다. 무개성인 척 자신을 속여 왔다고 오해한 카츠키는 미도리야의 진심어린 말에도 아랑곳없이 달려들지만, 미도리야와 우라라카의 합동 작전에 빌런팀은 히어로팀에 패하고 만다.

미도리야의 작전으로 카츠키와 이이다에게 승리한 히어로 팀. 패한 카츠키는 충격에 휩싸인다. 이어서 다른 팀들의 전투 훈련도 계속된다. 카츠키의 오해를 풀고 싶은 미도리야는 ‘원 포 올’에 대해 털어놓지만 카츠키는 진지하게 받아들이지 않는다. 전투 훈련을 통해 자존심이 상한 카츠키는 울분을 삼키며 마음을 다잡고, 그런 모습을 본 미도리야 또한 각오를 다진다.

한편, 올마이트를 향한 검은 그림자가 드리우는데…

이이다와 우라라카의 표로 학급 반장이 된 미도리야. 부담스러워 하던 중에 올마이트를 취재하려는 기자들이 유에이에 들어오게 되고, 보안 경보로 인해 위험한 상황이란 오해로 학교 식당 안은 아수라장이 된다. 이이다의 기지로 소란은 가라앉고 그 통솔력에 감탄한 미도리야는 반장 자리를 이이다에게 넘긴다. 한편 유에이의 보안을 뚫은 미심쩍은 상황에 교사들은 긴장한다. 1-A반은 USJ로 인명 구조 훈련을 가고 훈련에 돌입하기 직전 빌런들의 습격을 받는데…

갑자기 USJ에 나타난 빌런 연합. 아이자와는 학생들을 보호하기 위해 혼자 맞서 싸우지만 쿠로기리의 ‘워프’ 개성으로 학생들은 제각기 흩어진다. 반장인 이이다는 이 사실을 알리기 위해서 USJ를 빠져나갈 시도를 한다. 상황을 모르는 올마이트는 유에이의 교장과 이야기를 나누며 연락이 닿지 않는 것을 신경 쓴다. 각 재난 존에 떨어진 학생들은 각자의 개성으로 빌런과 대치하고 수난 존에 떨어진 미도리야, 아스이, 미네타도 개성을 이용해 무사히 탈출에 성공한다.

뿔뿔이 흩어진 채 빌런들을 상대하고 있는 유에이 학생들, 토도로키는 압도적인 힘으로 빌런들을 무력화시키고 야오요로즈, 카미나리, 지로는 호흡을 맞춰 빌런을 무찌른다. 바쿠고, 키리시마와 다른 학생들도 힘껏 빌런들에게 맞선다. 무사히 수난 존에서 탈출한 미도리야, 아스이, 미네타는 개조인간 노우무에게 만산창이가 되는 아이자와를 본 후 공포에 휩싸인다. 한편, 이이다가 탈출한 것을 안 시가라키는 우선 물러나기로 하지만 마지막으로 아스이와 미도리야를 공격한다. 둘의 목숨이 위험한 순간 올마이트가 USJ에 도착한다.

미도리야 일행의 목숨이 위험한 순간 USJ에 나타난 올마이트. 하지만 노우무와 쿠로기리의 합동 공격으로 위기에 처한다. 이를 본 미도리야는 올마이트를 돕기 위해 달려들고 때마침 바쿠고, 토도로키, 키리시마가 합류해 위기를 넘긴다. 올마이트와 노우무의 대결을 지켜본 미도리야 일행은 그 압도적인 힘에 감탄하고 올마이트는 시가라키와의 대결을 눈앞에 둔다.

힘겹게 노우무를 물리친 올마이트. 시가라키와 쿠로기리는 끝까지 올마이트를 상대하려고 하고 올마이트의 활동 한계 시간은 다 되어간다. 이를 눈치챈 미도리야는 그들에게 달려들고 시가라키에 의해 목숨이 위험해진 순간 유에이 고교의 교사들인 프로 히어로들이 도착한다. 시가라키와 쿠로기리는 탈출 후 빌런 연합의 배후들과 훗날을 기약한다. 올마이트는 프로 히어로 못지않게 용감히 빌런에 맞선 1학년 A반 학생들을 자랑스러워 한다. 한편, 또 다른 적은 어둠 속에서 모습을 드러내는데...