最近まで25歳のバリー･アレンはたびたび遅刻しながらも、セントラル･シティの警察署で科学捜査官として働く、平凡な人生を歩んでいた。そして自分の育ての親ジョー･ウェスト刑事の娘であり、親友のアイリス･ウェストに密かな恋心を抱いていた。実は14年前、バリーの母が殺され、バリーの父ヘンリー･アレンがその容疑者として終身刑を言い渡されたとき、バリーはウェストに引き取られたのだった。だがバリーは、真犯人が自分の父ではなく、謎の“黄色いスーツの男”だとずっと言い続けてきた。９か月前のある日、ＳＴＡＲ（スター）ラボの粒子加速器が大爆発してしまい、雷に打たれたバリーはダークマターの影響を受け、超スピードで動く能力を得て、世界一速い男になる。だがその夜、特殊な能力を得たのはバリーだけではなかった。ダークマターはメタヒューマンをも生みだし、メタヒューマンたちは、自らの特殊能力でセントラル･シティを破壊しようとするのだった。バリーは、強力な脅威たちからセントラル･シティの住民たちを守るため、ケイトリン･スノー、シスコ･ラモン、ハリソン･ウェルズ博士など、新たに仲間となったＳＴＡＲ（スター）ラボの研究員たちに支えられながら、フラッシュとしての道を歩み出す。だがある日、バリーが“黄色いスーツの男”ことリバース･フラッシュに出会うと、事態は一変する。ファースト･シーズン最終話で、リバース･フラッシュはついに、バリーの勇敢な仲間によって倒される。だが、セントラル･シティ上に現れたブラック･ホールの特異点は、街を脅威にさらすだけでなく、異世界への入り口を開いてしまう。 セカンド･シーズンは、セントラル･シティが特異点の脅威にさらされた数カ月後から幕を開ける。エディの死に対して今も自責の念に駆られているバリーは、仲間たちを危険から守るために彼らを突き放し、一人でセントラル･シティを守ろうと決意していた。だが、アトム･スマッシャーというメタヒューマンがセントラル･シティに襲いかかったとき、アイリスは、セントラル･シティの市民を救うためには仲間の助けが必要だとバリーに言う。そんな中、シスコはメタヒューマン対策本部でウェストを手伝っていた。

アース２からやってきた謎の男ジェイ･ギャリックがＳＴＡＲ(スター)ラボに姿を現す。彼は、ズームという俊足で邪悪な男がフラッシュを破滅させようとしていると警告する。この見知らぬ男を信用するかどうかの決断に迫られる中、バリーたちは、新たな強いメタヒューマンと対峙することになる。そんな中、ウェストは、メタヒューマン対策本部に入りたいと強く志願する警官、パティ･スピボットの対応に追われていた。

バリーたちは、キャプテン･コールドが誘拐されたことを知り、スナートを助けるために不安ながらも彼の妹リサと手を組むことにする。だが、スナートが父のルイスと共に強盗を働いていることを知ったバリーは、裏切られた気持ちを禁じ得ない。一方、スナート家には隠された秘密があった。そしてリサは、証拠としてあるものをバリーたちに見せる。そんな中、ウェストは苦渋の決断を迫られていた。

バリーたちは、シュタイン教授がファイヤーストームとして結合するための新たなパートナーを探す。そして、ＳＴＡＲ（スター）ラボチームは、有力な候補者として“ジャックス”ことジェファーソン･ジャクソンに会うが、ケイトリンは、ジャックスとシュタイン教授の相性が合わないのではないかと懸念する。一方、アイリスはあることでウェストを驚かせ、バリーとパティの仲は親密になっていく。

バリーはドクター･ライトがアース２からこの世界へやって来たことを知り、彼女を捕まえようとする。ジェイは、アース２ではドクター･ライトが脅威となる人物ではなかったため“彼女とは話し合えば問題はない”とバリーに伝える。だがフラッシュとの戦いで、彼女はバリーの視覚を奪い、ズームについて驚くべき事実を明かす。そしてバリーがパティとデートに出かけたとき、ある事件が起こる。

ゴリラのグロッドがセントラル･シティへ再びやって来て、ケイトリンを誘拐する。バリーたちは手遅れになる前にケイトリンを助け出そうと、必死に捜し回る。一方シスコは、ジッターズの店員、ケンドラ･ソーンダーズとの初デートを計画するが、ある日、ケンドラについて衝撃の事実を知ってしまう。そんな中、パティは、バリーが隠し事をしているのではないかと疑い始めていた。

8-1「レジェンド・オブ・トゥデイ」 【※「The Flash/フラッシュ」と「ARROW/アロー」のクロスオーバー。ARROW/アロー第8話「レジェンド・オブ・イエスタデイ」の前編エピソード】 ケンドラ･ソーンダーズを狙うヴァンダル･サベッジが、セントラル･シティにやって来てケンドラとシスコに襲いかかる。2人を助けたバリーは、サベッジの手強さを痛感し、オリバーたちのいるスター･シティへケンドラを連れて行く。だが“翼の生えた男”ことホークマンがケンドラを連れ去ると、事態は急激に変化する。一方、ウェルズ博士はバリーの走りを速める血清を開発しジェイに試そうとしていた。※「ARROW/アロー」と「The Flash/フラッシュ」のクロスオーバー。 8-2「レジェンド・オブ・イエスタデイ」 【※このエピソードは、「ARROW / アロー＜フォース・シーズン＞」第８話「レジェンド・オブ・イエスタディ」となります。本作フラッシュの第８話「レジェンド・オブ・トゥデイ」とあわせてお楽しみください。】 オリバーとバリー・アレンは、ケンドラ・ソーンダーズとカーター・ホールを遠隔の地へ連れていき、ヴァンダル・サベッジから彼らの身を隠し、サベッジを倒す方法を見出そうとする。マルコムは、サベッジとアロー、フラッシュ、を引き合わせようとするが、計画どおりにいかない。一方、フェリシティとテア、ディグル、そしてローレルは、チーム・フラッシュとともに活動する中で、サベッジを破滅させるに十分な武器を考えつく。

レナード･スナートことキャプテン･コールドとジェームズ･ジェシーことトリックスターをアイアンハイツ刑務所から脱獄させるため、マーク･マードンことウェザー･ウィザードがセントラル･シティに戻ってきた。クリスマスの時期、彼らにこの街を乗っ取られないよう、バリーは悪党たちを止めなければならない。一方、ウェストとアイリスはウォリー･ウェストと初めて対面する。

パティとの仲が深まってきたため、バリーは自分がフラッシュであることを彼女に打ち明けようと思い始める。パティは、バリーが隠し事をしているのではないかと疑いを抱いていた。一方、ウェストとアイリスはウォリーについてもっと知ろうとする。そしてＳＴＡＲ（スター）ラボチームはある計画を実行するため、１人のメタヒューマンを捕まえようとする――それは、時の流れを遅くする能力を持っているメタヒューマンだった。

未来が変わったことにより、シスコは、もうこの世に存在しないはずのイオバード･ソーンのバイブを感じるが、バリーたちは彼の言うことを信じない。だがリバース･フラッシュはマーキュリー･ラボを襲撃し、クリスティナ･マギーを連れ去ってしまう。それは、ある物を手に入れるためにマギーの力が必要だったからだ。一方、アイリスとフランシーヌは本音で語り合い、アイリスは弟のウォリーと仲を深めようとして彼に歩み寄っていく。

バリーはウェルズ博士と手を組み裂け目を閉じる方法を探りだそうとするが、タールピットと呼ばれるメタヒューマンが登場し、状況は一変する。タールピットは液体のアスファルトに変身できるのだ。一方、ウォリーの趣味がドラッグレースだと知ったアイリスは、彼の身を案じる。そして、ウォリーが趣味を諦める気はないと言うと、アイリスはある大胆な行動に出る。だが、そのために彼女自身が危険にさらされてしまう。

バリー、ウェルズ博士とシスコはアース２へ行き、ウェルズ博士の娘ジェシーをズームから救おうとする。バリーはアース２のアイリスとウェストに遭遇して驚く。また、キラーフロストとデスストームに対面するが、戦う準備はまったくできていなかった。一方、アース１ではジオマンサーと呼ばれるメタヒューマンがセントラル･シティを攻撃し、ジェイが代わりにフラッシュの役割を担って街を救うことになる。

アース２への旅のスリルに満ちた結末を描いたエピソード。ズームはある人物を必死に捜していたが、ＳＴＡＲ（スター）ラボチームもズームの隠れ家を早急に見つけようと必死だった。チームはアース２にいる人物の中で、最も意外な人物から手助けしてもらうことになる。一方、アース１ではジェイにジオマンサーを封じさせるため、ケイトリンがヴェロシティ･ナインを完成させようとしていた。

キングシャークがA.R.G.U.S（アーガス）の施設から逃げ出したため、ライラ･マイケルズとジョン･ディグルがセントラル･シティへやって来る。彼らは、キングシャークがバリーを殺そうとしていると警告しに来たのだ。バリーはキングシャークを捜すが、まったく姿が見当たらない。一旦捜すのをやめてウェスト家へ行くバリー。だがそこに、キングシャークが姿を現し、ウェスト、アイリス、ウォリー、そしてバリーに襲いかかるのだった。

ある夜、バリーたちは気分転換のために出掛けるが、悪事を働く俊足の人物に遭遇する。街の人々はその人物をフラッシュだと誤解する。その速さからヴェロシティ･ナインを使っていることに気づいたバリーたちに、あることがひらめく。一方アイリスは、新たな上司から課題を突きつけられる。そして、２人の間に漂っていた険悪なムードが一転、甘いムードになったことに驚く。

ズームの衝撃の正体が発覚し、アース２へ戻ってズームを倒すというバリーの決意は、今まで以上に強固になる。バリーは俊敏さをさらに高めるため、過去へ戻って、大敵であるイオバード･ソーンことウェルズ博士からコツを教えてもらおうとする。バリーはそこで、おなじみの敵ハートリー･ラサウェイと旧友のエディ･ソーンに会い驚いてしまう。そんな中、アイリスは前に進むために過去と決着をつける。

タキオン装置を手に入れたバリーは、自分がズームより俊敏に動けるという確信を持つ。そして、ズームを捕らえるために裂け目を開けたいと思う。ハリーは最初、それを実行することに強く反対するが、バリーに説得され、シスコが裂け目を開く能力を持っていると明かす。一方アース２では、ハンター･ゾロモンのつらい出来事が明らかになる。また、フラッシュはあるものを諦めなければならなくなる。

とてつもない力を持つメタヒューマン、グリフィン･グレイが、ハリーをアース１のウェルズ博士だと勘違いし、誘拐する。メタヒューマンになったため体にある変化が起きるグレイは、ウェルズ博士に治してもらいたかったのだ。一方バリーは、もう１人のウェルズもグレイの居場所を突き止められることに気づき、ジェシーに協力を要請する。そんな中、ウォリーはウェストに詰め寄り、フラッシュについてあることを白状させようとしていた。

セントラル･シティを乗っ取ろうとするズームが、アース１に戻ってくる。バリーとウェルズ博士はズームを倒す作戦を練るが、バリーはリスクの高い計画を実行すべきか悩み、２人の父にアドバイスを求める。一方シスコは、アース２の悪党ラプチャーをバイビングして驚く。ラプチャーはシスコの兄ダンテのドッペルゲンガーで、報復のためにアース１にやって来た。そしてアイリスは、ついにバリーへの気持ちを伝える決意をする。

バリーがいなくなってしまいＳＴＡＲ（スター）ラボチームは、戻ってきたなじみの敵ガーターに自分たちだけで対応することになる。ガーターが前回と同様、アイリスを狙っていることが判明したため、アイリスは、ガーターをＳＴＡＲ（スター）ラボへ閉じ込めるためのおとりになることを志願する。一方、バリーは元の世界に戻ろうと奮闘していた。

ズームがアース２のメタヒューマンたちの軍をセントラル･シティに放ち、バリーは軍のリーダーを見て戦慄する。なんとそれはブラック･サイレンこと、アース２でのブラック・キャナリーのドッペルゲンガーだったのだ。一方ウォリーは、メタヒューマンを倒そうとするフラッシュを助けようと街へ出るが、ウェストはウォリーが心配でたまらない。そして、アイリスとヘンリーは、ズームと対戦するバリーを心から心配していた。

ついに本当の計画を明かすズーム。そして、なんとしてもズームを阻止すると誓うバリー。壮絶な対決が繰り広げられる、セカンド･シーズン最終話