Parte 1: O episódio começa em um planeta danificado com Tini procurando Synaptak que está preso sob escombros. No entanto, logo que ela o encontra, Vilgax a ataca. Então, Ultimos, o líder da Força Galáctica, chega para batalhar com Vilgax, mas perde. Psyphon, o braço-direito de Vilgax, chega com assistentes e ele manda seus homens trazerem uma máquina para Vilgax.

Parte 2: Após a explosão, Gwen emerge dos escombros por estar protegida por um escudo de energia. Então Macaco-Aranha e Cromático emergem dos escombros e saem. Ben, Gwen e Gosma surgem. Os aliens saem e eles acham que Kevin está agora uma mistura de coisas que ele tinha absorvido anteriormente.

Um homem chegou em uma área deserta e avistou uma máquina. Seu nome foi revelado ser Doge e houve tremores enormes. Um grupo de alienígenas toupeira gigantes emergiu da máquina destruída nos tremores. Doge entrou em seu carro e tentou ligá-lo. Kevin, Gwen e Ben estavam indo para um local em seu carro.

Uma espécie alienígena de cabras humanóides colide na cidade de Walton e são recebidos pela população local.

Em um planeta distante, uma guerra está prestes a começar entre seres vermelhos e seres azuis. Ben, Gwen e Kevin viajam com Ship para este planeta distante; eles recebem uma mensagem de uma menina chamada Probida para parar a guerra. Quando eles chegam, Ben tenta conversar com os alienígenas vermelhos para não lutarem, e então Kevin se encontra com um velho amigo, Argit, e eles começam a vender armas para ambos os lados.

Enquanto Julie está brincando com Ship, os Irmãos Vreedle os ataca. Julie sinaliza para Ben, que chega como Arraia-a-Jato. Ele está preparado para acabar com eles com Enormossauro, mas é forçado a usar Eco Eco. Eles encontram-se sob a ordem do tribunal para "reaver" Ship, para Ben e Kevin irem até o planeta Coda Coda para se livrar da ordem.

Enquanto Ben está escapando de Sunder usando Macaco-Aranha, o Machado de Energia de Sunder atinge o Omnitrix, teletransportar Ben para o Nulificador e sua mão com o Omnitrix na Terra. Enquanto Ben está correndo de um alienígena insectóide, sua mão tenta encontrar Julie, mas é pega por um cachorro.

Um terremoto acorda um oficial Soberano, que foi colocado em estase apenas para ser despertado se os Soberanos perdessem a guerra. Por suas ordens, ele dispara uma arma de último recurso destinada a destruir a Terra. Enquanto isso, sementes de controle mental assumem Max e quatro outras pessoas, usando-as como cérebro de uma bomba viva que exterminará toda a vida no planeta.

Kevin está chateado por não poder voltar à forma humana e ele fica culpando Gwen por não poder ajudar. Encantriz, tentando roubar os poderes de Gwen, encanta Kevin para engana-la e leva -la a uma armadilha. Apesar de descobrir o plano, Gwen vai até lá preparada, mas seus poderes são drenados.

Vilgax liberta Fantasmático de sua prisão, em troca Fantasmático dirá a Vilgax os segredos do Omnitrix, mas Fantasmático o trai e assume Vilgaxia possuindo o seu povo, transformando-os em seus escravos Ectonuritas. Depois de sua batalha com Fantasmático, Vilgax retorna à Terra para procurar a ajuda de Ben. Vilgax, Kevin, Ben e Gwen viajam para Vilgaxia, em Ship, para detê-lo.

Kevin invade o esconderijo de Estrela Sombria. Enquanto eles lutam, Estrela Sombria oferece uma parceria onde ambos irão ganhar suas aparências originais. Ele explica que um artefato místico chamado Dominus Librium tem o poder de transferir energias, a fim de equilibrá-las, assim, devolver ao objeto para sua forma anterior intacta.

Ben, Gwen e Kevin encontram um cubo curioso alienígena em um beco que tem a capacidade de se transformar em uma versão mecânica de tudo o que vê. Depois que ele se transforma em todos eles três e quase os mata, os irmãos Vreedle aparecem e tentam levá-lo à força e vendê-lo no mercado negro. O robô foi levado com sucesso pelos dois.

Zaw-Veenull, embaixador Luodaniano, pede a Ben para entregar seu príncipe herdeiro, Tiffin, para Jarrett, a fim de manter a paz entre as duas espécies (antes que isso acontecesse, o trio planejava ir à praia). Pouco tempo depois eles começam a sua caminhada no espaço, o Omnitrix dá defeito e Ben se transforma em um Apoplexiano chamado Rath que quer lutar contra qualquer coisa que respire.

No meio da luta contra outro robô Techadon, Ben, como Estrela Polar, Gwen e Kevin são inesperadamente transportados pelo Omnitrix para um planeta alienígena chamado Primus. Eles logo descobrem que não estão sozinhos e que Vilgax está lá para deter o Omnitrix de sua fonte.

Gwen rouba um livro de Hex que lhe permite viajar no tempo para que ela possa deter o Omnitrix de sobrecarregar. Professor Paradoxo intervém pouco antes do feitiço ser ativado, avisa Gwen que as consequências de "brincar" com o tempo são extremamente graves.

Quando Ben fica doente, ele tem o prazer de ver um velho amigo: Tetrax. Mas, é pego de surpresa quando Tetrax pede Cromático a Ben. Tetrax transforma Ben em Cromático mas Ben virou Diamante. Ele não tem sequer uma chance de explicar o que aconteceu com Cromático quando Tetrax o ataca exigindo que ele se entregue.

Max envia uma mensagem para os Encanadores, onde Ben está atacando Max em uma estação espacial. Alan, Helen, Manny e Pierce chegam à dita estação espacial e planejam deter Ben. Pierce sugere que trabalhem e fiquem juntos, mas ninguém escuta. Helen, a primeira a deixar o grupo, encontra Ben, mas é derrotada por Eco Eco.

Um criminoso mortal conhecido como Ragnarok se liberta do Nulificador e começa uma busca por uma chave misteriosa. Enquanto isso, Kevin retorna para sua casa e a encontra saqueada. Sua mãe diz que foi ao mercado e confessa a verdade sobre Ragnarok.

Parte 2: Após escapar, Ben se expulsa de seus amigos por seu fracasso, pois Vilgax pegou o Omnitrix. Ben, então, apela para a ajuda de Azmuth, e depois de sua conversa, ele acaba voltando para os seus amigos com um plano. Gwen teleporta o grupo para a nave de Vilgax.