Parte 1: O episódio começa em um planeta danificado com Tini procurando Synaptak que está preso sob escombros. No entanto, logo que ela o encontra, Vilgax a ataca. Então, Ultimos, o líder da Força Galáctica, chega para batalhar com Vilgax, mas perde. Psyphon, o braço-direito de Vilgax, chega com assistentes e ele manda seus homens trazerem uma máquina para Vilgax.

Parte 2: Após a explosão, Gwen emerge dos escombros por estar protegida por um escudo de energia. Então Macaco-Aranha e Cromático emergem dos escombros e saem. Ben, Gwen e Gosma surgem. Os aliens saem e eles acham que Kevin está agora uma mistura de coisas que ele tinha absorvido anteriormente.

Um homem chegou em uma área deserta e avistou uma máquina. Seu nome foi revelado ser Doge e houve tremores enormes. Um grupo de alienígenas toupeira gigantes emergiu da máquina destruída nos tremores. Doge entrou em seu carro e tentou ligá-lo. Kevin, Gwen e Ben estavam indo para um local em seu carro.

Uma espécie alienígena de cabras humanóides colide na cidade de Walton e são recebidos pela população local.

Em um planeta distante, uma guerra está prestes a começar entre seres vermelhos e seres azuis. Ben, Gwen e Kevin viajam com Ship para este planeta distante; eles recebem uma mensagem de uma menina chamada Probida para parar a guerra. Quando eles chegam, Ben tenta conversar com os alienígenas vermelhos para não lutarem, e então Kevin se encontra com um velho amigo, Argit, e eles começam a vender armas para ambos os lados.

Enquanto Julie está brincando com Ship, os Irmãos Vreedle os ataca. Julie sinaliza para Ben, que chega como Arraia-a-Jato. Ele está preparado para acabar com eles com Enormossauro, mas é forçado a usar Eco Eco. Eles encontram-se sob a ordem do tribunal para "reaver" Ship, para Ben e Kevin irem até o planeta Coda Coda para se livrar da ordem.

Enquanto Ben está escapando de Sunder usando Macaco-Aranha, o Machado de Energia de Sunder atinge o Omnitrix, teletransportar Ben para o Nulificador e sua mão com o Omnitrix na Terra. Enquanto Ben está correndo de um alienígena insectóide, sua mão tenta encontrar Julie, mas é pega por um cachorro.

Um terremoto acorda um oficial Soberano, que foi colocado em estase apenas para ser despertado se os Soberanos perdessem a guerra. Por suas ordens, ele dispara uma arma de último recurso destinada a destruir a Terra. Enquanto isso, sementes de controle mental assumem Max e quatro outras pessoas, usando-as como cérebro de uma bomba viva que exterminará toda a vida no planeta.

Kevin está chateado por não poder voltar à forma humana e ele fica culpando Gwen por não poder ajudar. Encantriz, tentando roubar os poderes de Gwen, encanta Kevin para engana-la e leva -la a uma armadilha. Apesar de descobrir o plano, Gwen vai até lá preparada, mas seus poderes são drenados.

Vilgax liberta Fantasmático de sua prisão, em troca Fantasmático dirá a Vilgax os segredos do Omnitrix, mas Fantasmático o trai e assume Vilgaxia possuindo o seu povo, transformando-os em seus escravos Ectonuritas. Depois de sua batalha com Fantasmático, Vilgax retorna à Terra para procurar a ajuda de Ben. Vilgax, Kevin, Ben e Gwen viajam para Vilgaxia, em Ship, para detê-lo.

Kevin invade o esconderijo de Estrela Sombria. Enquanto eles lutam, Estrela Sombria oferece uma parceria onde ambos irão ganhar suas aparências originais. Ele explica que um artefato místico chamado Dominus Librium tem o poder de transferir energias, a fim de equilibrá-las, assim, devolver ao objeto para sua forma anterior intacta.

Ben, Gwen e Kevin encontram um cubo curioso alienígena em um beco que tem a capacidade de se transformar em uma versão mecânica de tudo o que vê. Depois que ele se transforma em todos eles três e quase os mata, os irmãos Vreedle aparecem e tentam levá-lo à força e vendê-lo no mercado negro. O robô foi levado com sucesso pelos dois.

Zaw-Veenull, embaixador Luodaniano, pede a Ben para entregar seu príncipe herdeiro, Tiffin, para Jarrett, a fim de manter a paz entre as duas espécies (antes que isso acontecesse, o trio planejava ir à praia). Pouco tempo depois eles começam a sua caminhada no espaço, o Omnitrix dá defeito e Ben se transforma em um Apoplexiano chamado Rath que quer lutar contra qualquer coisa que respire.

Gwen rouba um livro de Hex que lhe permite viajar no tempo para que ela possa deter o Omnitrix de sobrecarregar. Professor Paradoxo intervém pouco antes do feitiço ser ativado, avisa Gwen que as consequências de "brincar" com o tempo são extremamente graves.

Quando Ben fica doente, ele tem o prazer de ver um velho amigo: Tetrax. Mas, é pego de surpresa quando Tetrax pede Cromático a Ben. Tetrax transforma Ben em Cromático mas Ben virou Diamante. Ele não tem sequer uma chance de explicar o que aconteceu com Cromático quando Tetrax o ataca exigindo que ele se entregue.

Max envia uma mensagem para os Encanadores, onde Ben está atacando Max em uma estação espacial. Alan, Helen, Manny e Pierce chegam à dita estação espacial e planejam deter Ben. Pierce sugere que trabalhem e fiquem juntos, mas ninguém escuta. Helen, a primeira a deixar o grupo, encontra Ben, mas é derrotada por Eco Eco.

Um criminoso mortal conhecido como Ragnarok se liberta do Nulificador e começa uma busca por uma chave misteriosa. Enquanto isso, Kevin retorna para sua casa e a encontra saqueada. Sua mãe diz que foi ao mercado e confessa a verdade sobre Ragnarok.

Parte 1: Myaxx informa Azmuth de que alguém roubou o Superomnitrix, a mais nova criação de Azmuth. Albedo pegou e completou o Superomnitrix a fim para ele recuperar sua forma, mas o Superomnitrix só tem os aliens de Ben. Vilgax chega e faz uma aliança com Albedo, dizendo que ele não quer o Omnitrix mais e apenas quer matar Ben e controlar o seu mundo.

Parte 2: Após escapar, Ben se expulsa de seus amigos por seu fracasso, pois Vilgax pegou o Omnitrix. Ben, então, apela para a ajuda de Azmuth, e depois de sua conversa, ele acaba voltando para os seus amigos com um plano. Gwen teleporta o grupo para a nave de Vilgax.