Patrick gyilkosság vádjával börtönbe kerül, ráadásul nem kér ügyvédet. A csapat biztos benne, hogy több évre lecsukják, mivel Jane állításával ellentétben az áldozatnál nem volt fegyver, és semmivel sem bizonyítható, hogy a halott valóban Red John. Az egymillió dolláros óvadékot Patrick még könnyen előteremti a rács mögül, az esküdteket meggyőzni azonban már sokkal nehezebb feladat.

Lisbon csapatát felfüggesztették, Jane-t azonban nem. Ezért Bertram új ügynökök mellé osztja, és rögtön meg is kapja az első megbízást. Egy személyi edző meggyilkolásának ügyében kell kutatnia. Patrick miközben a gyilkos után nyomoz, azon mesterkedik, hogy Teresa és csapata státuszba kerülhessen. Persze Bertram erről hallani sem akar.

Jane-t és a CBI-t egy gyermekrabláshoz riasztják. A kisfiú édesanyja ismeri Jane-t, ezért kifejezetten őt kérte. A család mégis hitetlenül fogadja a CBI és különösen Jane ténykedését az ügyben, ám épp ennek a hitetlenségnek köszönhetően tud Jane csapdát állítani a gyermekrablónak.

Egy felvonulás során gyilkosság történik. Az áldozat egy fotós, aki hajléktalanokról készített képsorozatokat. A helyszínre érve Jane megállapítja, hogy az a gyilkosság talán csak elterelés volt, és a valódi célpont a város polgármestere, aki vezeti a menetet. Így szúrják ki a tömegből Henry Tibbst, a meglehetősen labilis természetű férfit.

Egy Sacramento közeli szigeten találnak egy halott fiatal lányt. Az első jelek arra utalnak, hogy a víz vetette partra, és még a szárazföldön ölték meg, ám ezt az elméletet Jane odautazása után hamar megdönti. A zárt közösség tagjai nehezen viselik az idegen jövevényt és persze a CBI-t, de mikor meghallják, hogy minden bizonnyal közöttük van a lány gyilkosa, kisiskolás módjára követik a nyomozást Jane irányítása alatt.

A CBI egy sorozatgyilkos után kezdi meg a nyomozást. A vizsgálatba bevonják James Panzert is, aki régóta figyeli és követi sorozatgyilkos ténykedéseit. Jane-nek meggyőződése lesz, hogy Panzer maga az elkövető. Bizonyítani azonban nem tudják, így televíziós vitát rendez vele, ahol Panzer elég csúnyán lejáratja Red Johnt. A válasz nem késlekedik, újra megjelenik a kacsintó figura - Panzer holtteste felett.

Egy mulató előtt megölik Yolit, a beépített rendőrnőt. A nő a feladata az lett volna, hogy az ismert alvilági figura, Omar Vega bizalmába férkőzzön és elősegítse a letartóztatását. Lisbon és csapata együtt nyomoz a sacramentói kábítószer-ellenes osztállyal, akiknél számos hasonló beépülés történik. Jane rájön, hogy Yoli korrupciót sejtett az osztályon, így a rendőrök között kell keresni a gyilkost.

Dugan, a híres focista ellen merényletet kísérelnek meg, ám a robbanásban nem ő hal meg, hanem az egyik társa. A dolgot azonban csak néhányan tudják, és a CBI titokban is tartaná, hogy így találják meg a gyilkost. Az áldozat édesanyja két napot ad Lisbonéknak, hogy felgöngyölítsék az ügyet. Jane-nek természetesen megvan a terve. Dugant szellemként megidézve próbálja tőrbe csalni az elkövetőt.

Megölnek egy városi tűzoltót. Alighogy a CBI kiér a helyszínre, Jane-re is rátámadnak. Kis híján vízbe fojtják, úgy kell újraéleszteni. Másnapra jobban lesz, de csak látszólag. Szinte semmire sem emlékszik. Ettől függetlenül segít felgöngyölíteni az ügyet a társainak. Már csak nekik kéne valahogy elérni, hogy Jane visszakapja az emlékeit, mert a férfi el akarja hagyni a CBI-t.

Az FBI újra előveszi a Panzer gyilkosságot, melyet egykor Red John módszerével azonosítottak. Felmerül a gyanú, hogy a sorozatgyilkos mégis él, ezért Darcy ügynököt állítják az ügyre, ám őt Red John azonnal felismeri. Jane ekkor közbelép, és úgy irányítja a nyomozás szálait, hogy ne kerüljön nyilvánosságra, hogy Red John életben van.

Egy kaliforniai maffiózó fiát megölik. A helyszínelés után Van Pelt az egyik tanúval visszaindulna, de előbb eltévednek, majd egy bérgyilkos az életükre tör. Autójukkal balesetet szenvednek és miután mindez egy erdő közepén történik, el is tévednek. A helyi erők azonnal megkezdik a keresését, miközben a CBI a gyilkosság ügyében nyomoz. Jane rájön, hogy a maffiacsaládnál titokban hatalomátvétel készült.

Theissens, az ismert, de jobb napokat is megért divattervező holttestére bukkannak. A férfi a nagy visszatérésre készült, amihez egy vadonatúj kollekciót tervezett. A gyilkosság gyanúja egykori támogatójára, majd haragosára terelődik, egy francia divatgurura, ám őt tisztázzák a körülmények. Jane ezek után Theissens stábját, fotósát és modelljeit kezdi vizsgálni, s közben azt a hírt kapja telefonon Red John egykori kedvesétől, hogy a sorozatgyilkos a házában van, és tisztázni szeretné magát.

Eve Mulberryt, a híres borásznőt gyilkosság vádjával készülnek elítélni. A több hónapos per után elérkezett a ítélethirdetés napja. Ám Jane tudja, hogy a nő ártatlan, ezért ráveszi Lisbont egy kis magánnyomozásra, az ügyészség és a bíróság nem is felháborodására. Alig egy napjuk van bebizonyítani Eve ártatlanságát.

Erica Flynn, akit elítéltek emberölésért, jelentkezik a CBI-nál, hogy tudomása van a mostani áldozat gyilkosának kilétéről, és hajlandó segíteni a nyomozásban, amennyiben arra az időre felügyelet mellett kijöhet a börtönből. Jane persze sejti, hogy a nő egyúttal a szökését is tervezi, ám a főnök parancsára végül is megvalósul az együttműködés. Az ügyet viszonylag hamar felgöngyölítik, minden simán megy, egészen addig, míg Erica meg nem szökik.

Gabriel Meadowst, a Világosság Egyház ellen tiltakozó aktivistát holtan találják a lakásán. A férfi számos lejárató cikket írt a Bret Stiles által vezetett közösségre nézve, így értelemszerűen ott kezdik el a keresést. A nyomozás során az Egyház feje is gyanúba keveredik, ám Jane rájön, hogy a Stiles szándékosan keverte gyanúba magát. Kiderül továbbá az is, hogy Meadowsnak volt egy belső informátora. Már csak el kell érni, hogy a bennfentes felfedje a kilétét.

Az FBI Jane segítségét kéri egy gyilkossági ügyben. Miután az áldozat hozzátartozóinak politikai kapcsolatai vannak, az illetékesek ragaszkodnak a közbenjárásához. Ez azonban csupán ürügy arra, hogy Susan Darcy, az FBI ügynöke közelebbi kapcsolatba kerüljön Jane-nel, és kiderítsen róla egyet s mást. Eközben Lisbon és csapata is egy gyilkossági ügyön dolgozik, ám Jane segítsége nélkül úgy tűnik, el kell engedniük a gyanúsítottat.

A CBI egy végső stádiumú rákos beteg holtestére bukkan. A morbid eset előtt Jane is értetlenül áll. A nyomok egy egészségügyi intézethez vezetnek, ahol a beteget gyógyszeresen kezelték, majd eljutnak egy természetgyógyászhoz, aki varázsteájával igyekezett segíteni a szenvedőn. Az áldozat tetemes örökséget hagyott gyermekeire, így ők is a gyanúsítottak közé kerülnek, ahogy a feleség is, aki szintén rákosnak adja ki magát, noha nem az.

Egy elítélt holttestére bukkannak az egyik kisváros közelében. A férfiról kiderül, hogy szabadulása után új életet akart kezdeni, és talált is munkát magának egy kaszinóban, de mikor kiderült róla, hogy priusza van, elbocsátották. A gyanú a kaszinó tulajdonosaira terelődik, ám eközben újabb eset is történik. Az áldozat egyik ismerősét elrabolják, és a kedvesét megzsarolják. A férfinak, aki mellesleg Jane barátja, ki kell rabolnia a kaszinót, és a pénzért cserébe szabadon engedik a nőt. Jane készséggel segédkezik a rablásban.

Gabriel Meadowst, a Világosság Egyház ellen tiltakozó aktivistát holtan találják a lakásán. A férfi számos lejárató cikket írt a Bret Stiles vezette vallási közösségről, így ott kezdik el a nyomozást. Az ügy során az egyház vezetője is gyanúba keveredik, ám Jane rájön, hogy a Stiles szándékosan keverte gyanúba magát. Kiderül az is, hogy Meadowsnak belső informátora volt, és ő szolgáltatta a cikkek alapanyagait. Jane-nek és Lisbonnak el kell elérni, hogy az informátor felfedje kilétét.

Egy férfi égett holttestére találnak egy kocsiban. A vizsgálati anyagok szerint a 19 éves Archie Bloom az áldozat. A nyomozás során három gyanúsított is előkerül: a fiú apja, munkatársa és a fiú szeretője. Bizonyítékok alapján végül kiderül, hogy mi történt, ám Jane érzi, hogy valami sántít az ügyben, és úgy tűnik, igaza van.

A Santa Marta-i partoknál találnak egy fiatal szörföst fiút, aki egy tengeri hulladékgyűjtő és roncsbúvárkodó cégnél dolgozott. A helyi hiedelem szerint számos hajó elsüllyedt az évszázadok alatt a Santa Marta-i partoknál, köztük egy Fremont nevű, mellyel az északi indiánok adóját szállították aranyban. A kincs azonban sosem került meg. Jane úgy hiszi, a fiú ráakadt a roncsra, és az aranyra is, és emiatt kellett meghalnia.

Egy gyártelep tartályában holttestet találnak. Kiderül, hogy egy brókercég dolgozója, Antonio Castro az áldozat, akit már majd egy éve eltűntnek nyilvánítottak. A CBI forró nyomon indul, és megtudják, hogy Castro az eltűnése előtt komoly összegeket sikkasztott a vállalatnál, amiről addig a cég vezetői nem beszéltek, hogy megőrizzék jó hírnevüket. Jane-nek megvan a maga gyanúsítottja, de mert szinte lehetetlen rábizonyítani a gyilkosságot, Jane különös módszerhez folyamodik.

Fél évvel azután, hogy Jane megvált az CBI-tól, újra felbukkan. Elmondja Lisbonnak, hogy idegösszeomlását és hisztériáját azért színlelte, hogy Red John figyelmét felkeltse, ami sikerült. A gyilkos egyik követőjével üzen Jane-nek: baráti jobbot nyújt, és segítséget biztosít neki egy új élet kezdéséhez. Jane úgy dönt, belemegy a játékba, s az ajánlatot elfogadva igyekszik kézre keríteni Red Johnt.