Patrick gyilkosság vádjával börtönbe kerül, ráadásul nem kér ügyvédet. A csapat biztos benne, hogy több évre lecsukják, mivel Jane állításával ellentétben az áldozatnál nem volt fegyver, és semmivel sem bizonyítható, hogy a halott valóban Red John. Az egymillió dolláros óvadékot Patrick még könnyen előteremti a rács mögül, az esküdteket meggyőzni azonban már sokkal nehezebb feladat.

Lisbon csapatát felfüggesztették, Jane-t azonban nem. Ezért Bertram új ügynökök mellé osztja, és rögtön meg is kapja az első megbízást. Egy személyi edző meggyilkolásának ügyében kell kutatnia. Patrick miközben a gyilkos után nyomoz, azon mesterkedik, hogy Teresa és csapata státuszba kerülhessen. Persze Bertram erről hallani sem akar.

Jane-t és a CBI-t egy gyermekrabláshoz riasztják. A kisfiú édesanyja ismeri Jane-t, ezért kifejezetten őt kérte. A család mégis hitetlenül fogadja a CBI és különösen Jane ténykedését az ügyben, ám épp ennek a hitetlenségnek köszönhetően tud Jane csapdát állítani a gyermekrablónak.

Egy felvonulás során gyilkosság történik. Az áldozat egy fotós, aki hajléktalanokról készített képsorozatokat. A helyszínre érve Jane megállapítja, hogy az a gyilkosság talán csak elterelés volt, és a valódi célpont a város polgármestere, aki vezeti a menetet. Így szúrják ki a tömegből Henry Tibbst, a meglehetősen labilis természetű férfit.

Egy Sacramento közeli szigeten találnak egy halott fiatal lányt. Az első jelek arra utalnak, hogy a víz vetette partra, és még a szárazföldön ölték meg, ám ezt az elméletet Jane odautazása után hamar megdönti. A zárt közösség tagjai nehezen viselik az idegen jövevényt és persze a CBI-t, de mikor meghallják, hogy minden bizonnyal közöttük van a lány gyilkosa, kisiskolás módjára követik a nyomozást Jane irányítása alatt.

A fairmonti rendőrfőnököt holtan találják saját körzetén belül egy erdőben. A CBI nagy erőkkel kezdi meg a nyomozást, és hamarosan meg is találják az első gyanúsítottat, Dimitrij Zubovot egy orosz üzletembert, aki ellen a rendőrfőnök eljárást akart indítani zaklatásért. Kisvártatva azonban még egy gyilkosság történik, ezúttal egy helyi fiatal holttestére bukkannak, aki ismert kábítószeres volt. Az ügyet tovább nehezíti, hogy megjelenik Lisbon öccse, Tommy, mint törvényszolga, azzal a feladattal, hogy egy szökevényt elkapjon, és bíróság elé állítson. A szökevényről is kiderül, hogy gyakran járt Fairmontba.

A CBI egy sorozatgyilkos után kezdi meg a nyomozást. A vizsgálatba bevonják James Panzert is, aki régóta figyeli és követi sorozatgyilkos ténykedéseit. Jane-nek meggyőződése lesz, hogy Panzer maga az elkövető. Bizonyítani azonban nem tudják, így televíziós vitát rendez vele, ahol Panzer elég csúnyán lejáratja Red Johnt. A válasz nem késlekedik, újra megjelenik a kacsintó figura - Panzer holtteste felett.

Egy mulató előtt megölik Yolit, a beépített rendőrnőt. A nő a feladata az lett volna, hogy az ismert alvilági figura, Omar Vega bizalmába férkőzzön és elősegítse a letartóztatását. Lisbon és csapata együtt nyomoz a sacramentói kábítószer-ellenes osztállyal, akiknél számos hasonló beépülés történik. Jane rájön, hogy Yoli korrupciót sejtett az osztályon, így a rendőrök között kell keresni a gyilkost.

Dugan, a híres focista ellen merényletet kísérelnek meg, ám a robbanásban nem ő hal meg, hanem az egyik társa. A dolgot azonban csak néhányan tudják, és a CBI titokban is tartaná, hogy így találják meg a gyilkost. Az áldozat édesanyja két napot ad Lisbonéknak, hogy felgöngyölítsék az ügyet. Jane-nek természetesen megvan a terve. Dugant szellemként megidézve próbálja tőrbe csalni az elkövetőt.

Megölnek egy városi tűzoltót. Alighogy a CBI kiér a helyszínre, Jane-re is rátámadnak. Kis híján vízbe fojtják, úgy kell újraéleszteni. Másnapra jobban lesz, de csak látszólag. Szinte semmire sem emlékszik. Ettől függetlenül segít felgöngyölíteni az ügyet a társainak. Már csak nekik kéne valahogy elérni, hogy Jane visszakapja az emlékeit, mert a férfi el akarja hagyni a CBI-t.

Az FBI újra előveszi a Panzer gyilkosságot, melyet egykor Red John módszerével azonosítottak. Felmerül a gyanú, hogy a sorozatgyilkos mégis él, ezért Darcy ügynököt állítják az ügyre, ám őt Red John azonnal felismeri. Jane ekkor közbelép, és úgy irányítja a nyomozás szálait, hogy ne kerüljön nyilvánosságra, hogy Red John életben van.

Egy kaliforniai maffiózó fiát megölik. A helyszínelés után Van Pelt az egyik tanúval visszaindulna, de előbb eltévednek, majd egy bérgyilkos az életükre tör. Autójukkal balesetet szenvednek és miután mindez egy erdő közepén történik, el is tévednek. A helyi erők azonnal megkezdik a keresését, miközben a CBI a gyilkosság ügyében nyomoz. Jane rájön, hogy a maffiacsaládnál titokban hatalomátvétel készült.

Theissens, az ismert, de jobb napokat is megért divattervező holttestére bukkannak. A férfi a nagy visszatérésre készült, amihez egy vadonatúj kollekciót tervezett. A gyilkosság gyanúja egykori támogatójára, majd haragosára terelődik, egy francia divatgurura, ám őt tisztázzák a körülmények. Jane ezek után Theissens stábját, fotósát és modelljeit kezdi vizsgálni, s közben azt a hírt kapja telefonon Red John egykori kedvesétől, hogy a sorozatgyilkos a házában van, és tisztázni szeretné magát.

Eve Mulberryt, a híres borásznőt gyilkosság vádjával készülnek elítélni. A több hónapos per után elérkezett a ítélethirdetés napja. Ám Jane tudja, hogy a nő ártatlan, ezért ráveszi Lisbont egy kis magánnyomozásra, az ügyészség és a bíróság nem is felháborodására. Alig egy napjuk van bebizonyítani Eve ártatlanságát.

Erica Flynn, akit elítéltek emberölésért, jelentkezik a CBI-nál, hogy tudomása van a mostani áldozat gyilkosának kilétéről, és hajlandó segíteni a nyomozásban, amennyiben arra az időre felügyelet mellett kijöhet a börtönből. Jane persze sejti, hogy a nő egyúttal a szökését is tervezi, ám a főnök parancsára végül is megvalósul az együttműködés. Az ügyet viszonylag hamar felgöngyölítik, minden simán megy, egészen addig, míg Erica meg nem szökik.

Gabriel Meadowst, a Világosság Egyház ellen tiltakozó aktivistát holtan találják a lakásán. A férfi számos lejárató cikket írt a Bret Stiles által vezetett közösségre nézve, így értelemszerűen ott kezdik el a keresést. A nyomozás során az Egyház feje is gyanúba keveredik, ám Jane rájön, hogy a Stiles szándékosan keverte gyanúba magát. Kiderül továbbá az is, hogy Meadowsnak volt egy belső informátora. Már csak el kell érni, hogy a bennfentes felfedje a kilétét.

A CBI egy végső stádiumú rákos beteg holtestére bukkan. A morbid eset előtt Jane is értetlenül áll. A nyomok egy egészségügyi intézethez vezetnek, ahol a beteget gyógyszeresen kezelték, majd eljutnak egy természetgyógyászhoz, aki varázsteájával igyekezett segíteni a szenvedőn. Az áldozat tetemes örökséget hagyott gyermekeire, így ők is a gyanúsítottak közé kerülnek, ahogy a feleség is, aki szintén rákosnak adja ki magát, noha nem az.

Egy elítélt holttestére bukkannak az egyik kisváros közelében. A férfiról kiderül, hogy szabadulása után új életet akart kezdeni, és talált is munkát magának egy kaszinóban, de mikor kiderült róla, hogy priusza van, elbocsátották. A gyanú a kaszinó tulajdonosaira terelődik, ám eközben újabb eset is történik. Az áldozat egyik ismerősét elrabolják, és a kedvesét megzsarolják. A férfinak, aki mellesleg Jane barátja, ki kell rabolnia a kaszinót, és a pénzért cserébe szabadon engedik a nőt. Jane készséggel segédkezik a rablásban.

Gabriel Meadowst, a Világosság Egyház ellen tiltakozó aktivistát holtan találják a lakásán. A férfi számos lejárató cikket írt a Bret Stiles vezette vallási közösségről, így ott kezdik el a nyomozást. Az ügy során az egyház vezetője is gyanúba keveredik, ám Jane rájön, hogy a Stiles szándékosan keverte gyanúba magát. Kiderül az is, hogy Meadowsnak belső informátora volt, és ő szolgáltatta a cikkek alapanyagait. Jane-nek és Lisbonnak el kell elérni, hogy az informátor felfedje kilétét.

Egy férfi égett holttestére találnak egy kocsiban. A vizsgálati anyagok szerint a 19 éves Archie Bloom az áldozat. A nyomozás során három gyanúsított is előkerül: a fiú apja, munkatársa és a fiú szeretője. Bizonyítékok alapján végül kiderül, hogy mi történt, ám Jane érzi, hogy valami sántít az ügyben, és úgy tűnik, igaza van.

A Santa Marta-i partoknál találnak egy fiatal szörföst fiút, aki egy tengeri hulladékgyűjtő és roncsbúvárkodó cégnél dolgozott. A helyi hiedelem szerint számos hajó elsüllyedt az évszázadok alatt a Santa Marta-i partoknál, köztük egy Fremont nevű, mellyel az északi indiánok adóját szállították aranyban. A kincs azonban sosem került meg. Jane úgy hiszi, a fiú ráakadt a roncsra, és az aranyra is, és emiatt kellett meghalnia.

Egy gyártelep tartályában holttestet találnak. Kiderül, hogy egy brókercég dolgozója, Antonio Castro az áldozat, akit már majd egy éve eltűntnek nyilvánítottak. A CBI forró nyomon indul, és megtudják, hogy Castro az eltűnése előtt komoly összegeket sikkasztott a vállalatnál, amiről addig a cég vezetői nem beszéltek, hogy megőrizzék jó hírnevüket. Jane-nek megvan a maga gyanúsítottja, de mert szinte lehetetlen rábizonyítani a gyilkosságot, Jane különös módszerhez folyamodik.

Fél évvel azután, hogy Jane megvált az CBI-tól, újra felbukkan. Elmondja Lisbonnak, hogy idegösszeomlását és hisztériáját azért színlelte, hogy Red John figyelmét felkeltse, ami sikerült. A gyilkos egyik követőjével üzen Jane-nek: baráti jobbot nyújt, és segítséget biztosít neki egy új élet kezdéséhez. Jane úgy dönt, belemegy a játékba, s az ajánlatot elfogadva igyekszik kézre keríteni Red Johnt.