El Coronel Cameron Mitchell es reclutado por el SGC como líder del SG-1, pero se encuentra con que el SG-1 original se ha deshecho. Intentando encontrar una manera de volver a reunirlos, aparece Vala Mal Doran con un artefacto que podría revelar un antiguo tesoro, y él lo emplea como su única oportunidad de reunir al equipo.

Tras superar todas las pruebas en Avalon, el equipo SG-1 descubre el tesoro, junto a un método de comunicación de los Antiguos. Esperando encontrar a los Antiguos, Daniel y Vala toman el control de dos personas en una galaxia lejana. Pero no ocurre lo que esperan.

Daniel y Vala descubren a los Ori, seres que han ascendido al igual que los Antiguos, pero que son malvados y requieren ser adorados por sus seguidores. Al descubrir que existe vida en otra galaxia, envían sus misionarios, los Priores, a través del Stargate. El primer planeta que visitan en la Vía Láctea es P3X-421.

Intentando desconectar el brazalete kor mak ("Avalon"), Daniel, Teal'c, Mitchell, y Vala intentan sacarle información a la persona a la que ella se lo robó en primer lugar. Cuando esa persona desea algo a cambio, descubren que su petición no es tan sencilla de cumplir.

Para poder separar al planeta P8X-412 de la influencia de Origen, el SG-1 es engañado por Vala para que vaya al planeta donde reinó como Goa'uld. Sus habitantes no saben nada de la caída de los parásitos y creen que Vala aún es una diosa, hasta que aparece un Prior que intenta desenmascararla.

Samantha Carter regresa al SGC cuando los Ori toman el control de un planeta llamado Kallana.

Cuando Ba'al contacta con el SGC, descubren que había estado viviendo en la Tierra durante varios meses como jefe de una empresa. Exige que le dejen vivir en paz o hará explotar una bomba de naqahdah en alguna parte de Estados Unidos. Pero Gerak quiere capturarle...

Un grupo de Jaffa legendarios atacan al SG-1 en el planeta P9G-844, capturando a Mitchell. Mientras el resto del equipo debe retirarse, Mitchell es acusado de asesinar a uno de los Jaffa. Como castigo, debe enfrentarse al hermano del Jaffa muerto, pero éste podría ser su salvación.

El SG-1 descubre a un hombre congelado en estasis al estilo de los Antiguos en P3X-584, y lo traen de vuelta al SGC para conocer su historia. Pero cuando Daniel examina su laboratorio, descubre que Anubis lo desarrolló para que fueran un humano genéticamente avanzado.

Cuando una epidemia se extiende por Estados Unidos, la evidencia apunta a los Ori. Intentando encontrar una cura, un viejo amigo (Orlin) toma forma humana para ayudar, pero puede que eso no sea suficiente.

Mientras Orlin trabaja en una cura para la plaga de los Priores, Mitchell y Daniel capturan a un Prior en otro planeta con la idea de avanzar la investigación sobre un antídoto. Teal'c intenta evitar que Gerak, ahora un Prior, corrompa a todo el Consejo Jaffa hacia Origen.

SG-1 descubre a los Galarans, una civilización que floreció bajo la protección de los Asgard. Como los Asgard se han alejado de la Vía Láctea, los Galarans han desarrollado un aparato para la memoria que esperan les permita incrementar su desarrollo tecnológico, y están dispuestos a dárselo a la Tierra a cambio de la tecnología de hiperpropulsión. Cuando Mitchell toma la primera dosis, es acusado de asesinato, y el resto del equipo debe trabajar con los científicos locales para demostrar su inocencia.

Cientos de equipos SG-1 aparecen en el SGC, dando a entender al equipo "real" que cada uno de ellos han sido desplazados por error de distintas realidades paralelas.

El Protectorado de Rand ("Icono") se convierte al Origen, y es recompensado con el diseño de una poderosa arma satélite.

El SG-1 es capturado en un planeta alienígena cuando un acuerdo con la Alianza Lucian se complica... y el Stargate del planeta desaparece.

Los Ori desarrollan un arma biológica conocida como R-75 o los "insectos de los Priores", unos insectos asexuales, de rápida reproducción y omnívoros.

Mitchell y Carter cambian de dimensión, lo que les hace invisibles a los ojos de todos los del SGC. Teal'c y el SG-12 descubren que los Sodan han sido brutalmente atacados.

Vala Mal Doran contacta con el Comando Stargate desde la galaxia nativa de los Ori, y relata su vida de incógnito en un pueblo de seguidores de los Ori que están construyendo la flota de invasión de los mismos.

El SG-1 descubre el pueblo de Camelot en PX1-767 y debe enfrentarse al sistema de seguridad de Merlin para encontrar un arma de los Antiguos. Comienza la invasión Ori.