Los Señores del Sistema buscan ayuda en el SGC para derrotar a Ba'al, quien se ha apoderado de los guerreros de Anubis. Mientras tanto, Carter y Teal'c van en búsqueda de los Asgards para que ayuden a O'Neill, pero se ven atacados por los replicantes.

Con los Replicadores invadiendo Orilla y amenazando con destruir toda la Civilización Asgard, Thor, con la ayuda de los conocimientos de O'Neill, tendrá que encontrar una forma de eliminarlos. Mientras tanto, Quinto mantiene prisionera a la Mayor Carter.

El Comando Stargate es puesto en confinamiento cuando el brote de una extraña "enfermedad", cuyos efectos en realidad tendrían su causa en la posesión por los restos etéreos de Anubis, comienza a afectar a algunos miembros de la base.

A horas de que el Presidente Hayes visite el SGC por primera vez, Jack O'Neill deberá enfrentarse a la desaparición del SG-1 y la exigencia de un rescate por parte de Ba'al.

Daniel queda atrapado cuando una guerra civil se produce en el planeta que estaba visitando. Para regresar a casa, Jackson deberá lograr que el SGC envíe tropas que ayuden a detener a los rebeldes que controlan el Portal.

Teal'c queda atrapado en una máquina de entrenamiento de realidad virtual que deliberadamente le manda pulsos eléctricos cuando él falla sus objetivos. Para salvarlo, Daniel deberá entrar en el juego y ayudarlo a completar las difíciles metas.

Teal'c se muda a un apartamento fuera de la base, donde conoce a Krista, una vecina, y a su abusivo novio. Cuando éste es encontrado muerto, Teal'c es acusado de ser el responsable, pero Daniel decide probar que no es así. Sin embargo, mientras investiga, desaparece.

Alec Colson, el poderoso líder de un conglomerado aeroespacial y biotecnológico, anuncia a los medios de comunicación que los alienígenas existen, que ya han intentado atacar la Tierra una vez, y que los gobiernos han ocultado todo el asunto. Tras darle 24 horas para que revelen la verdad, él muestra a la prensa un Asgard vivo.

Rya'c planea casarse con una chica del Hak'tyl, lo que provoca el enojo de Teal’c. En tanto, Ishta lleva a la gente de Hak'tyl al SGC, debido a que se cree que la localización previa ha sido comprometida. Sin embargo, mientras buscan un nuevo planeta, Ishta es capturada por Moloc y Teal'c buscará salvarla.

Habiendo adquirido recientemente un veneno para simbiontes, la oscura organización "Trust" planea robar el Stargate y eliminar a todos los Goa'uld.

Un Replicante copia de la Coronel Carter contacta con el SGC para informarles que el Quinto ha hecho a todos los Replicantes inmunes al disruptor diseñado por O’Neill. Ella ofrece su ayuda para modificar el arma, pero a cambio pide una cosa: ser destruida.

El Prometeo, al mando del General Hammond, parte rumbo a la Galaxia Pegaso a socorrer a la incomunicada Expedición Atlantis, cuando en el camino reciben una petición de ayuda cercana. Al ir a comprobarla, un Guerrero Kull aborda la nave y transporta a todo la tripulación a un Al’kesh varado. Sólo Daniel Jackson es mantenido en el crucero, y pronto descubre que el “Supersoldado” en realidad es una pirata llamada Vala Mal Doran.

Harry Maybourne se ha convertido en rey del planeta adonde fue enviado para tomar su retiro forzado. Aquel mundo está ahora bajo amenaza de un Goa'uld, por lo que el SG-1 es enviado a sacar a Maybourne de allí. Sin embargo, él no está preocupado por ello, ya que ha encontrado escritos hechos por un viajero del tiempo Antiguo que profetizaban que el SG-1 derrotará a los invasores Goa’uld.

El SGC descubre que el Trust está bajo control Goa'uld, y usando a un Robert Kinsey ahora poseído, planea provocar una guerra nuclear entre EEUU y Rusia. Al borde de la guerra, convencer al Presidente ruso de no atacar puede ser la única opción.

Un barbero de Indiana que posee el gen ATA ha tenido durante más de 7 años visiones sobre las misiones del SG-1, las cuales poco a poco empiezan a arruinar su vida familiar y laboral. A punto de divorciarse, él irrumpe en la casa del General O'Neill y lo amenaza con un arma.

Los Replicantes invaden la Vía Láctea, y RepliCarter secuestra a Daniel Jackson. Mientras una Rebelión Jaffa a punto de sucumbir es liderada por Teal'c en un arriesgado movimiento para tomar el sagrado templo de Dakara, Thor y Sam buscan reconfigurar el disruptor, y O'Neill es advertido de que Anubis envió a Ba’al a apoderarse de un arma en Dakara capaz de acabar con todo en la galaxia.

Los Replicantes alcanzan Dakara y se enfrentan a las fuerzas de Ba'al y Jaffa rebeldes, mientras el SG-1 y Jacob/Selmak intentan usar el superarma para destruirlos.

Daniel Jackson debe elegir entre morir o ascender y ver impotente cómo Anubis pone en marcha un plan para acabar con la vida en la galaxia usando el Arma de Dakara. En tanto, Sam comienza a dudar si casarse o no.

SG-1 usa una Máquina del Tiempo Antigua para viajar atrás en el tiempo al antiguo Egipto para recuperar un mpc. Sin embargo, quedan varados y ocasionan que Ra se lleve el Portal de Giza al dejar la Tierra. El futuro es alterado y el SGC nunca existe.

El SG-1 de la realidad alterna debe ir atrás en el tiempo y arreglar el pasado para salvar el futuro. Para ello, deberán nuevamente reclutar a Teal'c, y buscar al verdadero Daniel Jackson, quien aún está en el Antiguo Egipto.