Tras su devastador ataque en la flota de la Vía Láctea, los Ori dejan la escena para proseguir su santa cruzada y purificar a la galaxia del mal. Mientras los restos de las fuerzas de la Vía Láctea se reagrupan, Vala tiene a su bebe, alterado genéticamente para comandar las fuerzas de los Ori. La nave principal de los Ori llega a Chulak para convertir a los Jaffa.

Buscando el Sangraal, el equipo se topa con problemas cuando padecen una enfermedad del sueño en el planeta Vagonbrei (también conocido como Verus Gen Bree). Mientras tanto, Landry debe decidir si confía o no en Vala para que se quede en el SGC, pero puede que no esté en sus manos.

El SG-1 visita Atlantis con dos objetivos: encontrar nuevas pistas sobre la localización del super arma de Merlin, y deshabilitar el Supergate conectándolo a un agujero negro.

Cuando un Al'kesh se estrella a pocos kilómetros de la base Cheyenne, el equipo encuentra a Ba'al, quien les pide que capturen a sus clones rebeldes a cambio de información sobre el paradero del arma de Merlin.

El equipo descubre unas criaturas que sólo aparecen en los mundos en los que el SGC ha utilizado los sistemas de ocultamiento de los Sodan. Las cosas se ponen peor cuando otra criatura aparece en un bosque de la Tierra en el que se encuentran Mitchell y Landry.

Martin Lloyd contacta con el SGC para pedirles ayuda en la redacción del guion de la película basada en la serie de Wormhole X-treme, lo que permite ver algunas de las fantasías más creativas del equipo. También marca el viaje número 200 de Mitchell a través del Stargate, y es el episodio número 200 de toda la serie.

Surgen mortales batallas entre los Ori, liderados por Adria, y los Jaffa, cuando 100,000 personas son barridas por una poderosa onda energética que Adria cree que es producto del SG-1. Captura a Vala y Daniel y usa sus poderes contra ellos para determinar la naturaleza del arma.

Daniel y Vala están cenando cuando ella es abducida por la Goa'uld Athena, quien intenta sonsacar información de su subconsciente del tiempo en que Vala era una anfitriona. Cuando las cosas van mal, Vala sufre amnesia, se escapa y debe intentar recordar quién es.

El Odyssey y la mayor parte del SG-1 son atacados y capturados por la Alianza Lucian, por lo que Mitchell deberá infiltrarse en la organización para salvar a sus compañeros.

El SG-1 sigue buscando el arma anti-Ori mientras Ba'al parece estar un paso por delante de ellos. Visitan un mundo medieval donde deberán superar una serie de pruebas… que nadie antes ha superado.

Continúa la búsqueda del arma anti-Ori, con Adria pisándoles los talones. Eventualmente encuentran a Merlin, congelado en estasis. Como el primer Sangraal fue destruido, Merlin comienza a construir otro, pero cuando parece que va a morir será Daniel quien tenga que asumir esa responsabilidad.

En un intento de usar la tecnología de Merlin, el SG-1 responde a la llamada de auxilio de un pueblo presionado por Origin. Por otro lado, cuando a Tomin le ordenan convertir a Vala, comienza a cuestionarse su fe.

Carter experimenta con el invento de Merlin, pero sus hallazgos la envían a un universo paralelo en el que los Ori están a escasas horas de destruir el planeta.

Cuando el SG-1 descubre un pueblo que ha sido tentado por la promesa de los Ori sin necesidad de amenazas de destrucción, encuentran que Daniel Jackson ha sido convertido en un Prior. El equipo le captura, y Daniel les asegura que puede destruir a los Priores para siempre.

Tras la destrucción por parte del SG-1 de un envío de Kassa de la Alianza Lucian cerca del planeta Rolan, la Alianza ofrece una recompensa por todos los miembros del equipo. Mientras, Mitchell asiste a la reunión de clase de su instituto con Vala, con cazarecompensas siguiéndoles la pista.

El equipo se traslada a un planeta en el que descubren que él DHD es de mentira y forma parte de una exhibición. Los nativos creen que son terroristas que han tomado rehenes, y el SG-1 se ve forzado a adoptar ese papel para sobrevivir.

Un antiguo enemigo de Teal'c se ha convertido al Origen y ha destruido una reunión de Jaffas en el mundo de Dar Eshkalon que pretendía reflotar el Consejo Jaffa. Perecen muchos Jaffas como consecuencia de ello, y Bra'tac a duras penas conserva la vida. Teal'c buscará venganza, y ni el SG-1 podrá detenerlo.

Jacek, el padre de Vala, ofrece ayuda al SGC para evitar un ataque sobre la Tierra a cambio de santuario.

El equipo usa a Vala como cebo para capturar a Adria, pero Ba'al se entromete y se la lleva.

Los Asgard llaman al SG-1 para comunicarles que tras el fracaso de sus experimentos para detener su degeneración genética se mueren como raza, y han decidido dar todo lo que saben y todo lo que tienen a los Tau'ri. Cuando aparecen los Ori, los Asgard cometen un suicidio masivo, posteriormente ante el ataque Ori y para preservar el legado de los Asgard, Carter crea un campo de dilación temporal alrededor de toda la nave Odyssey para evitar su destrucción.