Apophis chegou à Terra com seu exército invasor, e agora o futuro de nosso planeta é incerto. O Coronel Samuels tem um plano para destruir as naves inimigas, mas e se não der certo? Desta vez a Equipe SG-1 conseguirá salvar a Terra?

Um goa'uld invade o corpo de Samantha Carter e consegue se infiltrar no SGC. E se isso não fosse suficientemente ruim, um Ashrak (um goa'uld assassino) está decidido a matar o goa'uld invasor, mesmo se Carter morrer junto.

Enquanto exploravam um planeta, a Equipe SG-1 se depara com um homem que corria desesperado pedindo socorro. Mas ao ajudá-lo, eles acabam acusados de serem cúmplices do mesmo crime que o homem que ajudaram, e todos são enviados ao planeta-prisão Hadante, de onde ninguém jamais conseguiu fugir, sob pena perpétua.

Ao investigarem um belo planeta cheio de plantas e flores, a Equipe SG-1 encontra seres humanos desacordados dentro de estranhas máquinas. Quando se aproximam de quatro daquelas máquinas estranhas, os quatro ficam presos a elas. E num piscar de olhos, Jack e Teal'C se veem de volta a Terra, na companhia de Charles Kawalsky.

Durante uma fuga, Daniel acaba gravemente ferido, e se salva apenas porque ele é colocado em um sarcófago. Mas o que deveria ser bom, se torna um problema quando Daniel acaba viciado no uso do sarcófago e começa a deixar de ser ele mesmo.

Por séculos o Martelo de Thor protegeu Ciméria dos Goa'ulds, mas desde o incidente com Teal'C, os cimerianos ficaram expostos e agora pedem ajuda, pois estão sendo invadidos por um poderoso goa'uld chamado Heru'ur.

A Equipe SG-1 encontra um artefato alienígena com uma fonte de energia com mais de 100.000 anos. Mas, ao levá-lo ao SGC para estudo, o artefato é ativado e rapidamente se torna um ameaça para todo planeta Terra.

Mestre Bra'tac revela a Teal'C que seu filho Rya'c foi sequestrado por Apophis. Mas resgatar o garoto, também significa voltar a Chulak e cair em uma obvia armadilha preparada contra Teal'C.

Enquanto o segredo do Stargate corre perigo nas ruas de Washington, os segredos de Apophis são revelados nas areias de Abydos.

A Equipe SG-1 chega a um planeta de arquitetura avançada, mas completamente desabitado. De repente, Teal'C é atacado por um enorme inseto e acaba infectado pelo veneno do monstro.

Enquanto a Equipe SG-1 segue uma pista para encontrar os Tok'ra, e quem sabe, tentar uma aliança, o General Hammond vai visitar o pai de Sam, o General Jacob Carter, que está morrendo de câncer.

Como a presença da SG-1 e SG-3 é uma séria quebra de segurança, os Tok'ra decidiram se mover para uma nova base, mas pode ser tarde demais: de algum jeito, os Senhores de Sistema descobriram a localização dos Tok'ra e enviaram duas naves de guerra, que estão a apenas um dia de distância.

Trinium, um novo metal descoberto e minerado pela Equipe SG-11 em um planeta distante, promete ser crucial na luta contra os Goa'ulds. Mas toda a Equipe SG-11 desaparece misteriosamente do acampamento. Quando o stargate se ativa, parece que eles finalmente estão retornando, mas uma flecha é atirada através do Stargate em um aviso muito claro: Fiquem longe!

A Equipe SG-1 está interessada em estudar a "Pedra de Toque" um aparelho que controla todo o clima de um planeta que visitaram. Porém, quando retornam ao dito planeta, eles descobrem que a Pedra foi roubada por pessoas que se vestiam igual ao pessoal do SGC. Será que o inimigo conseguiu se infiltrar no SGC?

Depois de ser atacado por um aparelho alienígena, o Coronel O'Neill cai desacordado. Quando acorda, O'Neill parece perfeitamente bem de saúde, tirando o fato de estar falando uma língua alienígena, tendo um comportamento suspeito e construindo aparelhos cujo objetivo, ele nem sequer consegue imaginar.

A Equipe SG-1 encontra Ma'chello, um antigo guerreiro inimigo dos Goa'uld, que passou toda a vida desenvolvendo tecnologias na luta contra os Goa'uld. Depois que Ma'chello e Daniel seguram um estranho aparelho, o velho desmaia e Daniel passa a agir estranhamente. Quando o velho acorda, ele afirma: "Eu sou Daniel Jackson!".

SG-1 recebe um sinal misterioso e eles pensam que foi enviado pelos Tok'ra. No entanto, uma vez no planeta, um Planador da Morte Goa'uld faz um pouso forçado, visivelmente danificado. Mas quando correm para ajudar, eles descobrem que o piloto não era um Tok'ra, mas o próprio Apophis, que suplica por ajuda.

O SGC tem um novo instrumento de exploração, o UAV, uma sonda aérea. Durante um exercício em busca de sinais de vida longe do stargate, o UAV cai sobre uma planta e a câmera capta um dos nativos, seres parecidos com humanos. O SG-1 decide explorar o planeta pessoalmente, mas acaba transmitindo uma epidemia entre a população local. Porém, enquanto tentam ajudar, O'Neill e Daniel também ficam doentes.

Um misterioso visitante chega ao SGC trazendo um aviso: um grupo de rebeldes do povo Re'tu, por seus próprios motivos, decidiram lançar um ataque a Terra. Além de ferozes guerreiros, os Re'tu são invisíveis. E agora, como se defender de um inimigo que nem se pode enxergar?

Essa é uma de suas aventuras mais estranhas e divertidas. Parecia uma viagem de rotina, o SG-1 apenas atravessou o Stargate e mais nada. Mas ao invés de seu destino os nossos heróis acabam voltando a Terra, no ano de 1969. E enquanto tentam sair dessa situação complicada sem quebrar a linha de tempo, eles tentam passar despercebidos com armas alienígenas e um Jaffa na época dos hippies.

O'Neill é acordado depois de ter passado 77 anos em criogenia. O atual general responsável pelo SGC explica que ele fora enviado congelado pelo stargate e que só agora tinham conseguido a tecnologia necessária para trazê-lo de volta. E usando um aparelho de memória, O'Neill passa a relembrar todas as civilizações avançadas que conheceu em busca de quem fez aquilo com ele.