Já se passaram dois meses da viagem de Gibbs e McGee ao Paraguai, e a equipe segue à procura dos colegas desaparecidos. Vance e Torres vão depor sobre o caso no Congresso.

O NCIS é acionado quando o corpo de um oficial, desaparecido há um ano e meio, é encontrado em um cemitério.

Durante uma vigilância com a Metro P.D., o parceiro de Torres desaparece misteriosamente. Além disso, a amiga de Ducky, Cadence Darwin, apresenta-lhe uma nova oportunidade.

A psicóloga forense Jacqueline “Jack” Sloane se junta à equipe, para alegria de Vance. Além disso, Torres e Bishop vão para o mar investigar o sequestro de um oficial.

Depois que Reeves viu seu amigo ser sequestrado, o NCIS descobre que o principal suspeito desapareceu há dois dias com informações militares confidenciais.

Depois que um suboficial é encontrado morto em um campo de golfe, McGee passa horas no rádio amador da vítima tentando localizar uma testemunha-chave.

Gibbs começa a própria investigação quando um condenado jura que foi incriminado. O agente do FBI Fornell se junta à equipe.

Uma pessoa do NCIS interessada em um caso de suborno e fraude é encontrada morta. Além disso, McGee e Delilah discordam sobre se devem descobrir o sexo do bebê.

Os planos da equipe para o Dia de Ação de Graças são colocados em espera enquanto eles rastreiam um traficante de armas. Além disso, Abby leva Delilah ao hospital.

Torres e Sloane comandam a equipe de proteção de um senador dos EUA no Afeganistão e devem voltar ao país quando descobrem que o filho do político está na UTI.

Torres e Bishop se disfarçam como um casal criminoso, durante uma operação do NCIS para rastrear drogas ilegais saindo da marina civil de Norfolk.

Depois que uma oficial aparentemente feliz e bem-sucedida parece ter tirado a própria vida, Gibbs e a equipe conduzem uma investigação completa.

Depois que McGee e Torres visitam a casa de uma estudante que testemunhou um atropelamento, ela e os pais fogem. Além disso, a filha de Vance é presa por furto.

Quando o corpo de um oficial desaparecido é encontrado, Gibbs e a equipe devem trabalhar com o ex-agente do FBI Tobias Fornell, o investigador que foi contratado para encontrá-lo.

O NCIS faz um acordo com Paul Triff para lhe dar uma licença de 48 horas em sua antiga residência, agora a casa de McGee, em troca de informações para condenar Gabriel Hicks.

A equipe trabalha para limpar o nome de um sargento aposentado, quando cianeto é encontrado em um dos pacotes que ele envia aos oficiais da ativa.

Gibbs e Ducky veem um antigo bastão de guerra na televisão que poderia ser a arma do crime desaparecida em um caso arquivado há 16 anos.

Gibbs recebe a custódia de proteção de uma refugiada órfã de 10 anos, Elena, quando um caso do NCIS revela que ela é o alvo de uma gangue violenta.

NCIS procura um suboficial suspeito de agressão que escapa quando o xerife que o transportava cai em um lago. Além disso, Torres trabalha com uma testemunha deficiente visual.

Sara Carter implora a Gibbs para investigar a morte da mãe. Além disso, Abby ganha uma reserva de jantar para dois em um restaurante novinho e deve decidir qual colega levar.

Quando as evidências revelam que alguém do NCIS é o alvo mais recente de um assassino, a equipe deve pesquisar em arquivos de casos antigos para descobrir quem busca vingança.

Enquanto Gibbs participa do velório de um amigo que se perdeu no mar, ele descobre que o “falecido” está escondido em um abrigo.

Sloane tem certeza de que o homem que a manteve como refém e a torturou no Afeganistão está vivo. Vance e Gibbs temem que ela esteja disposta a arriscar tudo para destruí-lo.