Um mês após o sequestro do diretor Vance, Gibbs é nomeado diretor interino em sua ausência enquanto a equipe busca ao redor do globo por seu paradeiro.

Depois que um tenente da Marinha é encontrado assassinado em sua banheira de hidromassagem, a equipe entrevista várias famílias no bairro peculiar da vítima. Além disso, Torres deve enfrentar as consequências depois de uma saída com Palmer.

Um dos agentes do NCIS fica impressionado depois que a equipe investiga uma explosão em frente à casa do suboficial da Marinha Todd Nicholas e sua esposa, a popular estrela de reality show Sheba Nicholas. Além disso, Vance continua fisioterapia pelas lesões sofridas quando ele foi mantido como refém.

As férias tranquilas de Gibbs em sua remota cabana são interrompidas por uma visita surpresa de Tobias Fornell e do capitão da Marinha Phillip Brooks, bem como por um telefonema do NCIS pedindo sua ajuda para localizar um ladrão escondido na floresta perto dele.

Uma fita de 50 anos gravada por uma vítima de assassinato é encontrada, e a equipe NCIS tenta exonerar Ray Jennings, o fuzileiro que cumpre a prisão perpétua pelo crime.

Torres reconhece a vítima de uma cena de crime no Halloween como sendo uma amiga de treinamento.

Um mural de um artista de rua e ativista é roubado, e a investigação do NCIS leva a uma conspiração em relação a um empreiteiro da Marinha e à segurança dos mamíferos oceânicos. Além disso, Bishop compartilha uma conexão especial com o artista de rua.

McGee e Bishop viajam para o Afeganistão depois que um caso de assassinato nos Estados Unidos está ligado a uma série de soldados mortos por fogo amigo no exterior. Além disso, Kasie deixa o laboratório e acompanha Torres em campo para processar provas forenses adicionais.

O principal suspeito de um caso de roubo não resolvido é libertado da prisão, e a equipe do NCIS retoma sua investigação com uma emboscada disfarçada.

Os planos de feriados da equipe são suspensos quando a investigação do assassinato de um veterano da Marinha inclui a descoberta de um bebê recém-nascido que não tem nenhuma identificação e nenhum vínculo aparente com a família.

O Secretário de Defesa Wynn Crawford encerra a investigação de assassinato de Gibbs e exige que os agentes especiais McGee e Torres sejam presos por suas ações no caso.

Um velho amigo da família pede a Gibbs que se junte a ele em uma viagem para procurar por uma pulseira de identificação militar perdida. Além disso, um tenente da Marinha em custódia de proteção do NCIS é envenenado por um traficante de drogas infame.

Quando uma criança de 9 anos desnutrida e confusa é encontrada escondida em uma unidade de armazenamento, a NCIS reabre um antigo caso de pessoa desaparecida, pois se acredita que a menina seja filha de um recruta da Marinha que desapareceu há 10 anos. Além disso, Bishop descobre que a Agente Especial Ziva David se manteve no caso por muito tempo após o NCIS parar oficialmente de investigar.

McGee relutantemente visita sua escola depois que a distinta senha de computador que ele usou quando adolescente está ligada ao assassinato de um empreiteiro do departamento de defesa. O caso aumenta quando um intruso invade a casa de McGee em uma tentativa de roubar seu arcaico computador de ensino médio.

A equipe NCIS investiga a morte de um homem ao mar em um destróier da Marinha. Além disso, Torres fica frustrado com a designação de Vance para orientar três alunos do ensino médio.

Jimmy está dividido entre a família e o trabalho depois que seu sogro, Ed, pede a ele que mexa com as evidências da atual investigação de assassinato do NCIS. Além disso, Anthony DiNozzo Sr., amigo de pôquer de Ed, se oferece para ajudar no caso.

Um submarino nuclear fica sem comunicação enquanto Gibbs e Bishop estão a bordo para conduzir uma investigação de assassinato.

Torres confia nas habilidades investigativas de sua equipe depois que ele acorda em um barco de pesca dilapidado, coberto de sangue e incapaz de lembrar as últimas 12 horas.

Após um atirador ativo causar o fechamento de um hospital naval, a equipe NCIS procura por um suspeito que fugiu do local. Além disso, alguém do passado de Sloane estava dentro do hospital e é uma testemunha chave no caso.

A NCIS investiga o assassinato de um major da marinha que teria sido morto no ataque de 11 de setembro no Pentágono, depois que restos humanos foram descobertos em um canteiro de obras. Uma história pessoal com a vítima leva Gibbs a resolver seu crime.

Depois de inserir DNA de um caso arquivado no sistema, Kasie resolve um homicídio de 30 anos atrás, mas uma brecha no sistema legal pode libertar o suspeito. Além disso, McGee visita uma empresa de tecnologia de elite no Vale do Silício que lhe oferece uma posição altamente remunerada.

Depois que a NCIS encontra uma conta bancária secreta do governo que está financiando uma rede nacional de vigilantes de justiça, a equipe deve determinar quem está atuando como juiz e júri.

A equipe NCIS investiga o assassinato de um Sargento da Marinha que foi saudado como herói de guerra por seus esforços no exterior. Além disso, Gibbs pede conselhos à doutora Grace Confalone após ele estranhamente abandonar sua equipe na investigação de uma cena criminal.

O ex-agente do FBI Tobias Fornell pede a Gibbs que faça o que for necessário para derrubar traficantes e fornecedores na região depois que sua filha, Emily Fornell, é hospitalizada por overdose de opiáceos. Gibbs é assombrado pelos aspectos pessoais do caso e sua história com vigilantes de justiça.