비행기 추락 사고로 어느 낯선 곳에 떨어진 잭은 다친 사람들을 도와 이리저리 바삐 움직이고, 케이트의 도움으로 자신의 상처를 꿰맨다. 잭과 케이트 외에도 쉐넌과 분, 마이클과 월트, 로크, 헐리와 클레어, 진과 선 등 많은 사람들이 생존해 있다. 잭과 케이트, 찰리는 무선 통신기로 구조 신호를 보내기 위해 비행기 조정석이 떨어진 곳으로 떠난다.

무선 통신기는 작동되지 않고, 소이어와 사이드는 추락 사고의 원인을 제공했다며 서로 싸운다. 잭이 파편을 맞은 사람을 구하는 동안 소이어와 사이드, 분과 쉐넌, 케이트, 찰리 일행은 산으로 올라가고, 가는 도중 북극곰을 만나자 소이어가 갖고 있던 총으로 쏘아 죽인다.

산에 갔던 사람들은 확실하지 않은 사실을 알려 공포를 조성하지 말고 비밀에 부치자고 합의한다. 총 때문에 서로 다투던 사람들은 케이트에게 총을 맡기기로 한다. 케이트는 잭에게만 이 사실을 얘기하고, 한편 잭은 우연히 혼수상태 빠진 보안관이 가지고 있던 케이트의 수배 전단을 보게 된다.

식량이 떨어지자 로크는 먹을 것을 찾아 캠프에 왔던 멧돼지들을 잡자고 제안한다. 케이트는 사이드가 만든 안테나를 달기 위해 멧돼지 사냥팀에 합류하고, 로크, 마이클과 함께 사냥을 떠난다.

잭은 물에 빠진 분을 구하지만, 분은 여자를 구하러 가는 자신을 왜 끌고 나왔냐며 오히려 화를 낸다. 헐리와 찰리는 얼마 남지 않은 물을 텐트에 넣어두기로 하고, 잭은 아버지의 환영을 쫒아서 숲으로 들어가버린다.

물을 받으러 계곡에 간 잭은 해변의 캠프를 동굴로 옮기는 게 좋겠다고 생각하고 사람들을 설득한다. 하지만 케이트는 해변에 남아 불을 피우며 구조를 기다려야 한다는 사이드의 의견에 따라 해변에 남기로 결정한다.

사이드와 케이트는 안테나를 달아 구조신호의 발신지를 찾으려 하고, 잭과 찰리는 동굴이 무너지는 바람에 찰리 혼자 탈출하고 잭은 안에 갇히고 만다. 찰리의 약을 보관하기로 한 로크는 세 번 약을 돌려달라고 말하면 돌려주겠다고 하며 본인의 의지로 약을 끊으라고 말한다.

소이어는 분이 쉐넌이 흡입기를 찾아 텐트를 뒤지자, 분을 흠씬 두들겨팬다. 사이드는 전쟁터에서의 고문 경력을 살려 소이어를 고문하고, 실수로 소이어의 손목 동맥을 건드리고 만다. 흡입기를 내놓는 대신 뭘 원하느냐는 사람들의 질문에 소이어는 케이트의 키스를 원한다고 한다.

사이드는 정글에서 다니엘 루소라는 불어 조난신호를 보냈던 여자에게 붙잡힌다. 다니엘은 사이드에게 알렉스가 어딨냐고 묻는다. 사이드는 학교 동창이었던 나디아를 고문하게 되면서 나디아와 점차 사랑에 빠지고, 나디아를 탈출시키려다 총상을 입은 사연을 다니엘에게 얘기한다.

한밤중에 클레어가 누군가 아기를 죽이려 바늘로 배를 찔렀다며 비명을 지르며 깨어난다. 아이를 임신한 클레어는 남자친구 토마스에게 버림받고 아이를 입양시킬 계획을 세우지만, 점성술사는 아이를 반드시 클레어 손으로 키워야 한다고 주장한다.

찰리와 클레어가 이든에게 납치된 사실을 알게 된 잭과 로크는 수색팀을 짠다. 로크와 분, 잭과 케이트는 양쪽으로 흩어져 정글로 들어가고, 나무에 매달려있는 찰리를 발견하고 숨을 쉬지 않는 찰리를 가까스로 살려낸다. 찰리는 아무것도 기억나지 않는다며 그들이 원하는 것은 클레어 뿐이었다고 말한다.

케이트와 소이어는 작은 폭포를 발견하고 물 속에 뛰어든다. 케이트는 자기 거라며 물속에서 은색 가방을 끌어올리지만, 소이어가 캐묻자 자기 가방이 아니라고 한다. 케이트는 잭에게 도움을 청해 죽은 연방 보안관 뒷주머니에서 열쇠를 꺼낸다. 사이드는 새넌에게 루소에게서 훔친 지도에 적힌 불어를 번역해 달라고 부탁한다.

분은 로크와 정글에서 발견한 쇳덩어리의 정체를 알아내기 위해 멧돼지 사냥도 그만두고 연구를 하고 있다. 로크는 분을 정글에 묶고 가버리고, 분은 살려달라고 소리치는 쉐넌을 구하기 위해 밧줄을 끊고 쉐넌을 구해 도망친다. 한편 선은 밭을 가꿔서 약초를 재배하고 과실수를 심는다. 부족한 위약품을 충당하고 식량난을 해결하기 위해서다.

마이클은 윌트가 로크와 붙어다니자 로크를 나무라고, 로크는 윌트에게 더이상 놀아줄 수 없다고 말한다. 섬에서 아들을 키우기 힘들다고 생각한 마이클은 뗏목을 만들 계획을 짠다. 한편 정글에 있던 분과 로크 앞에 클레어가 나타나고...

찰리와 진은 해변으로 가던 길에 이든의 공격을 받는다. 이든은 찰리에게 클레어를 데려오지 않으면 하나씩 죽이겠다고 협박한다. 해변에서 스티브가 이든에게 죽음을 당하자 잭은 로크와 분, 소이어, 찰리에게 총을 나눠주고, 이든을 생포할 계획을 짠다.

소이어는 멧돼지가 자기만 괴롭혔다고 생각하고 정글로 멧돼지를 잡으러 들어간다. 케이트는 소이어가 갖고 있는 권총을 회수하기 위해 소이어를 따라 정글로 들어간다. 소이어와 케이트는 진실게임을 하며 서로에 대해 조금씩 알아간다.

마이클은 뗏목에 불이 나자 진의 짓이라고 생각하고 진을 공격하고, 선은 마이클을 말리기 위해 진이 그런 게 아니라고 영어로 설명한다. 진은 지금까지 자신을 속여온 선에게 실망하고, 선은 처음부터 다시 시작하자고 애원한다.

마이클이 구조신호를 보내려면 배터리가 필요하다고 하자 잭은 사이드에게 루소의 거처를 묻는다. 헐리는 루소가 반복해 적어놓은 번호가 자신이 맞춘 로또 번호와 일치한다는 사실을 알고 경악한다. 헐리는 루소를 찾으러 정글로 들어가고, 잭과 사이드, 찰리도 헐리를 찾으러 뒤따라간다.

로크와 분은 해치를 열기 위해 갖은 방법을 다 동원하지만 열리지 않고, 로크는 다리가 말을 듣지 않자 괴로워한다. 로크는 꿈에서 경비행기가 추락하는 것을 보고 그곳으로 분을 데려가고, 분은 경비행기 무전으로 구조 신호를 보낸다. 예상치 않게 연락이 되자 분은 815기 생존자라고 알리지만, 그쪽에서는 자신들이 815기 생존자라고 말한다.

잭은 다리를 심하게 다친 분이 잠깐 의식이 돌아온 분은 비행기가 절벽 위에서 떨어졌다고 말하고, 잭은 로크가 거짓말을 했다는 것을 알게 된다. 잭은 문제는 피가 아니라 다리라는 것을 깨닫고 분의 다리를 자르려 하지만 분은 자신을 보내달라고 한다.

로크는 분의 장례식 때 나타나 자신의 잘못으로 분이 죽었다며 용서를 구한다. 쉐넌은 사이드에게 로크를 죽여달라고 하지만, 사이드는 로크의 말이 거짓이 아니란 걸 알고 돌아온다. 쉐넌은 잭의 가방 열쇠를 훔쳐 총을 꺼내 로크를 죽이러 가고, 잭과 케이트, 사이드는 쉐넌을 막는다.

케이트는 뗏목의 출발 시기가 다가오자 마이클을 찾아가 함께 떠나겠다고 한다. 마이클이 소이어 대신 바다나 보트에 대해 잘 알고 있는 케이트를 태우기로 하자, 소이어는 사람들에게 케이트가 죄수였다는 사실을 알린다.

마이클과 진, 소이어가 떠날 준비에 바쁜 사이, 루소가 해변으로 내려온다. 루소는 곧 다른 사람들이 올것이라며 경고한다. 로크는 루소에게 해치를 보여주며 해치를 열고 그 속에 숨겠다고 말한다. 잭과 사이드 등은 다이너마이트를 구하기 위해 루소와 함께 검은 바위를 찾으러 정글로 들어간다.

마이클과 월트, 진, 소이어는 순조롭에 향해를 계속한다. 사이드는 사람들을 이끌고 정글로 들어간다. 루소는 찰리에게 찾아가 사이드를 불러달라고 하고, 찰리가 사이드를 찾으러 간 사이 클레어의 아이를 데려가버린다. 사이드와 찰리는 루소를 찾으러 검은 연기가 피어오르는 장소를 향해 달려간다.

잭, 로크, 케이트, 헐리 일행은 다이너마이트로 해치 입구를 폭파시킨다. 그러나 잭은 시간 내에 캠프의 사람들을 모두 대피시킬 수 없다면서 해치를 포기 하자고 한다. 그러나 로크는 해치를 조사해 봐야겠다며 캠프를 떠난다.

해치 안에 들어갔던 로크와 케이트는 누군가에게 생포 당한다. 한편 마이클 일행은 정체 모를 사람들에게 월트를 빼앗기고 뗏목의 파편을 타고 표류하는 신세가 된다.

로크와 케이트는 뒤따라온 잭 덕분에 무사히 구출되고, 해치 안에서 생활하던 데스몬드를 만나게 된다. 그러나 이 와중에 데스몬드가 쏜 총 때문에 컴퓨터가 고장나게 된다.

해치의 식량을 책임지게 된 헐리는 찰리가 해치에 대해 아무리 물어도 잭의 요청대로 아무 말도 하지 않는다. 하지만 로크가 찰리에게 해치에 대해서 이야기해 주면서, 찰리의 원망을 사게 된다.

선은 결혼반지가 없어진 걸 알고 캠프의 이곳 저곳 반지를 찾아 헤맨다. 한편 아나 루시아 일행은 소이어와 마이클, 진을 앞세워 그들이 있던 캠프를 찾아가기로 결정한다.

사이드와 낭만적인 한때를 보내던 쉐넌은 또 다시 물에 흠뻑 젖은 월트를 목격하지만 사이드는 믿어 주지 않는다. 쉐넌은 자신을 믿어 주지 않는 사이드에게 실망하고 혼자 월트를 찾아 정글 속으로 나서는데...

비행기가 추락할 때, 꼬리 부분의 탑승자들 가운데 수많은 사람들이 목숨을 잃는다. 이 때 아나 루시아와 에코가 나서서 사람들을 돕는다. 그런데 한밤 중에 생존자 중 세 사람이 감쪽같이 사라지는 사건이 발생한다.

아나 루시아는 신디가 정체를 알 수 없는 그들에게 납치 당한 뒤 극도로 긴장한다. 그러던 중 갑자기 나타난 쉐넌을 총으로 쏘고 만다. 그리고 그녀는 쉐넌을 뒤쫓아 오던 사이드마저 나무에 묶어 버린다.

캠프에서는 쉐넌의 장례식이 열린다. 그러나 케이트는 잭에게 소이어를 간병하겠다고 말하고 소이어 옆을 지킨다. 한편 로크는 마이클과 에코에게 해치에 대한 필름을 보여주는데...

에코는 클레어에게 찰리가 성모상을 가지고 있다는 말을 듣는다. 에코는 찰리에게 성모상을 발견했던 곳으로 자신을 안내하라고 말한다. 한편 컴퓨터에 번호를 입력하려던 마이클은 화면을 통해 월트와 대화를 나누게 되는데...

잭과 로크는 마이클에 의해서 무기 창고에 갇히는 신세가 된다. 마이클은 이들을 가둔 뒤 아들 월트를 찾아 정글로 떠난다. 그러나 다행히 이들은 잭의 진찰을 받기 위해 해치에 왔던 소이어와 케이트에 의해 구출된다. 잭과 로크, 소이어는 무기를 가지고 마이클을 찾아 나서는데...

클레어는 찰리가 가지고 있던 성모상에 마약이 들어 있었다는 사실을 알게 된다. 그리고 찰리에게 그를 더 이상 믿을 수 없다며 자신과 애런 곁을 떠나달라고 말한다. 그 후 찰리는 이상한 꿈을 꾸고 마치 몽유병 환자처럼 이상한 행동을 보인다.

잭과 아나 루시아는 사람들에게 군대를 결성하자고 말하지만, 별다른 호응을 얻지 못한다. 로크와 잭은 만일을 사태를 위해서 모든 총을 무기 창고에 보관하고 둘만이 금고 번호를 공유한다. 한편 텃밭에서 혼자 일하던 선은 정체를 알 수 없는 누군가에게 납치당할 위험에 빠지게 되는데...

루소는 사이드를 찾아와 자신이 쳐놓은 덫에 걸린 한 남자를 넘겨준다. 그녀는 사이드에게 그가 바로 정체를 알 수 없는 그들 중 한 사람이라고 말하고 사라진다. 사이드는 그를 해치로 데려오고, 그의 정체를 알아내기 위해서 고문을 시작하는데...

클레어는 한밤중에 갑자기 열이 펄펄 끓는 애런 때문에 어쩔 줄을 모른다. 로크가 잭을 부르러 간 사이에 어디선가 나타난 루소는 클레어에게 애런이 감염된 것 같다고 말하고는 사라진다.

사고를 당하고도 또 텃밭에 나가 일하는 선에게 화가 난 진은 밭을 엉망으로 만들고, 화가 난 선은 해변으로 달려가다 갑작스러운 현기증를 느낀다. 한편 로크는 아나 루시아를 찾아가 헨리에 대해 이야기하는데...

잭과 로크는 헨리가 아나 루시아에게 지도를 그려 줬다는 사실을 알고 깜짝 놀란다. 한편 사이드와 아나 루시아, 찰리는 헨리가 그려준 지도를 가지고 기구를 찾아 정글을 헤맨다.

리비와 많이 가까워진 헐리는 함께 운동도 하고 그동안 감춰 두고 줄곧 먹었던 식량에 대해서도 얘기한다. 그리고 자신이 식량을 숨겨둔 비밀 장소로 그녀를 안내하는데...

버나드는 사람들에게 비행기나 인공위성에서 볼 수 있도록 모래사장에 커다랗게 SOS를 써놓자고 제안한다. 그러나 사람들의 호응을 얻지 못하고 결국 혼자 남게 된다. 한편 정글로 자신들을 위협했던 정체를 알 수 없는 그들을 찾아 나섰던 잭과 케이트 앞에 갑자기 마이클이 나타난다.

헐리는 리비를 기쁘게 해주기 위해서 피크닉을 계획한다. 한편 잭과 로크는 마이클에게 정체를 알 수 없는 그들에 대해서 자세한 정보를 얻게 되는데...

마이클은 아나 루시아를 죽이고 계획에 없이 나타난 리비까지 얼떨결에 쏘고 만다. 그리고 잭 일행이 해치에 도착할 무렵, 마이클이 뛰쳐나오며 헨리가 자기를 쏘고 달아났다고 말한다.

마이클이 아나 루시아와 리비를 죽이면서까지 헨리 게일을 풀어줘야 했던 사연이 공개된다. 마이클은 월트를 찾아 나서지만 곧바로 그들에게 생포된다.

잭은 마이클이 그들에게 넘어갔다는 사실을 알면서도 함께 월트를 찾아 나선다. 한편 로크는 에코에게 해치의 컴퓨터 버튼을 더 이상 누르지 말라고 말하지만 오히려 그에게 내쫓기고 만다.

에코는 찰리의 도움으로 다이너마이트를 찾아 문을 부수고 해치 안으로 들어가려고 하지만 실패한다. 한편 마이클은 친구들을 그들에게 넘겨준 댓가로 월트와 함께 배를 타고 섬을 떠나고, 잭, 케이트, 소이어는 그들에게 끌려 가는데...

그들이 살고 있는 마을 상공에서 오세아닉 항공 815편이 조각나며 폭발한다. 그들의 마을은 문명사회의 전원주택을 방불케 할 정도로 깔끔하고 아늑하다. 그들의 우두머리인 벤은 즉각 굿윈과 이든을 부르고, 생존자로 위장하여 정보를 알아내라는 특명과 함께 각각 꼬리와 동체 부분이 떨어진 곳으로 보낸다.

연기 신호를 보내고 만 하루가 지났는데도 아무런 소식이 없자, 사이드 일행은 버려진 부두에 배를 정박하고 다시 한 번 연기 신호를 보내기로 한다. 임신한 선이 걱정되는 진이 돌아가자고 주장하지만 의외로 선은 진의 의견에 완강히 반대하고 사이드와 공모하여 진을 속인다.

숲에서 깨어난 로크는 폭파 충격으로 벙어리가 된다. 해변 캠프로 돌아온 로크는 갑자기 뭔가를 만들기 시작하고, 궁금해하는 찰리에게 섬에서 대화하기 위해서라고 얘기한다. 로크가 만든 것은 다름아닌 인디언식 한증막. 찰리는 밖에서 보초를 서고, 안으로 들어간 로크는 명상을 시작하는데, 뜻밖에 분의 영혼이 나타나 로크에게 충고한다.

해치가 내파되면서 데스먼드는 폭파 충격으로 일종의 예지능력을 갖게 된다. 클레어의 텐트가 벼락에 맞을 것이라는 사실을 미리 알고, 데스먼드는 골프채를 이용해 피뢰침을 만들어 클레어와 애런을 위험에서 구한다.

에코가 있던 텐트에 불이 나고, 찰리와 헐리가 급히 에코를 부축해서 나무 밑으로 옮겨 눕히지만 에코는 어디론가 사라져버린다. 에코가 동생 예미를 만나러 비행기 추락장소로 가고 있다는 사실을 알아챈 로크는 사람들을 모아 비행기 추락 장소인 진주 해치로 향한다. 진주 해치에 도착한 일행은 회로 몇 개를 조작하자 TV로 다른 해치의 영상을 잡게 된다.

척추에 커다란 종양이 있는 벤은 잭이 수술을 해주길 바라지만, 잭은 거절한다. 소이어의 생명을 담보로 케이트를 잭에게 보내서 다시 설득해보지만, 잭은 또 다시 이를 거절한다. 그러나 소이어와 케이트가 함께 있는 것을 본 후, 잭은 심경의 변화를 일으키고 수술을 수락한다.

잭은 벤의 생명을 담보로 케이트와 소이어, 카알을 탈출시키는데 성공한다. 이 과정에서 잭은 줄리엣이 사고로 위장해서 수술 도중 벤을 죽여달라고 부탁했다는 사실을 폭로한다. 그러나 의외로 벤과 줄리엣은 대화로 타협점을 찾고, 줄리엣은 피켓을 죽여가면서까지 케이트 일행의 탈출을 돕는다.

전자기장 내파사건 이후 예지능력을 갖게된 데스먼드는 클레어의 텐트에 벼락이 떨어질 것을 미리 알고 피뢰침을 세워서 사고를 예방하고, 그 다음엔 물에 빠진 클레어를 구해낸다. 찰리와 헐리는 데스먼드가 과연 예지능력이 있는지, 어떻게 그런 능력을 갖게 됐는지를 알아내려고 데스먼드에게 술을 먹여 취하게 만든다.

벤을 살해하려했다는 혐의를 받게된 줄리엣은 원래 잭이 갇혀 있던 방에 감금되고, 잭은 소이어와 케이트가 갇혀 있던 우리로 옮겨진다. 동료 살해라는 중죄를 저질렀기 때문에 줄리엣은 처형당할 위기에 처하지만, 벤의 수술 부위가 감염되어 위급하게 되자 잭은 이를 이용하여 줄리엣의 처형을 중지시킨다.

빈센트를 쫓아 정글로 들어갔다가 전복된 미니 버스를 발견한 헐리는 어떻게든 그 버스를 고쳐야 한다는 생각에 집착하는데, 대다수 사람들은 아예 관심조차 보이지 않는다. 하지만 헐리는 희망을 버리지 않고 죽음도 불사한 채 무모하기 짝이 없는 시도를 하여 주변 사람들을 난감하게 만든다.

루쏘, 로크, 케이트와 함께 그들의 거주지를 찾아 나섰던 사이드는 우연히 통신시설을 발견하고, 거기 혼자 살고 미하일이란 남자가 쏜 총에 맞아 부상을 입는다. 다르마 이니셔티브 직원 중에서 자기가 유일한 생존자라면서 그럴듯한 얘기들을 늘어놓지만, 노련한 사이드를 속이지는 못 한다.

클레어는 섬을 탈출할 수 있는 방법을 찾았다며 바쁘게 움직이고, 선과 진은 클레어를 돕는다. 하지만, 클레어는 찰리와 데스먼드가 자꾸 자기가 하는 일을 방해하고 있다는 느낌을 지울 수가 없다. 한편 어렵게 음파 장애물을 통과하여 그들의 주거지로 잠입하는데 성공한 사이드 일행은 전혀 예상하지 못했던 광경을 마주하게 된다.

로크와 사이드. 케이트는 잭을 구하러 갔다가 그들에게 붙잡히는 신세가 되는데, 정작 잭은 캠프로 돌아갈 생각이 없다. 아침 일찍 줄리엣과 섬을 떠나기로 예정되어있기 때문인데, 이는 로크가 잠수함을 폭파시켜 버리는 바람에 무산되고 만다.

갑자기 니키가 죽고, 곧 파울로의 시체도 발견된다. 총상도 없고, 자상도 없어서 식중독을 의심해보지만 아니었다. 과거와 현재를 오가며 추락한 이후 니키와 파울로의 행적을 쫓아가는 와중에 데스먼드가 소이어와 니키가 말다툼을 하는 장면을 목격했다고 증언하자, 소이어가 용의자로 몰린다.

그들은 갑자기 짐을 꾸려서 어디론가 떠난다. 어떤 거래가 있었는지, 로크는 그들과 함께 떠나고, 케이트는 줄리엣과 나란히 정글 한 복판에서 깨어난다. 같은 수갑에 팔목이 묶인 상태였기 때문에 둘은 같이 행동할 수 밖에 없는데, 검은 연기 괴물과 마주쳐서 급박한 상황이 되자 줄리엣이 느닷없이 수갑 열쇠를 꺼낸다.

잭, 사이드, 케이트와 함께 해변에 있는 생존자 캠프에 도착한 줄리엣은 누구에게도 환영받지 못 하고, 잭마저도 줄리엣을 감싸주다가 난처한 입장에 처한다. 이때 마침 클레어가 위급한 증상을 일으키고, 줄리엣은 준비해둔 혈청을 주사하여 클레어를 치료한다.

누가 섬으로 오는 환영을 본 데스먼드는 찰리와 헐리, 진을 데리고 정글로 향한다. 데스먼드는 그게 페니일 꺼라고 생각하는데, 찰리는 이번 여행에서 죽을 운명이다. 찰리를 구해 줘야 할지 말지 고민하던 데스먼드는 결국 또 찰리의 목숨을 구해주고 마는데...

줄리엣은 야밤에 선을 깨워서 의료해치로 데려간다. 초음파 검사를 하고, 임신된 날짜를 추정하여, 아기 아빠가 재영이 아니라 진이라는 사실도 알려준다. 표면상으로는 도와준다는 것이었는데, 꼭 그런 것만은 아니었다. 한편 숲에서 우연히 미하일을 사로잡은 데스먼드 일행은 소련군 의무병 출신인 미하일의 도움으로 간신히 나오미를 살린다.

벤은 섬의 일원이 되고자 하는 사람은 서약에 해당하는 행동을 보여줘야 한다면서, 아버지 쿠퍼를 죽이라고 한다. 하지만 결국 로크는 아버지를 죽이지 못 하고 소이어를 끌어들이는데, 알고보니 소이어와 쿠퍼도 깊은 원한이 있는 관계였다. 한편 시간이 지나면서 나오미의 입에서 나온 뜻밖의 사실에 대해 아는 사람이 하나씩 둘씩 늘어간다.

아버지의 시체를 들쳐업고 벤 앞에 나타난 로크는 제이콥을 만나게 해달라고 벤에게 요구하고, 벤이 나오미 사건을 핑계삼아 이를 미루려하자 그 사실을 알려준 미하일마저 때려눕힌다. 결국 벤은 하는 수 없이 로크를 제이콥에게로 데려간다. 한편 잭을 의심했던 사이드와 소이어는 잭과 줄리엣으로부터 사건의 전모를 전해듣고 몹시 놀란다.

잭은 그들의 습격에 대비해서 반격할 준비에 여념이 없고, 사이드는 나오미의 무전기로 어떻게든 본선에 신호를 보내려한다. 하지만 뜻밖에도 그들의 습격은 24시간이 앞당겨졌고, 나오미의 본선과 연락을 취하려는 사이드의 노력은 방해 전파를 내보내고 있는 거울 해치의 존재가 알려지면서 좌절된다.

사수 셋(사이드, 진, 버나드)만 남겨놓은 채 생존자들은 잭의 인솔 하에 모두 송신탑으로 향하고, 그들은 예정대로 해질녘에 기습을 강행한다. 텐트 두 개를 폭파시켜서 그들 일행 중 일곱은 죽였지만, 세 번째 텐트는 폭파시키지 못 하고, 사이드, 진, 버나드는 모두 사로잡힌다.

벤의 농간에 속은 잭은 진, 버나드, 사이드가 모두 죽은 줄 알았지만, 고물 미니버스를 타고 헐리가 느닷없이 해변에 나타나서 순식간에 전세를 역전시킨다. 한편 우여곡절 끝에 방해전파 장비의 암호를 알아낸 찰리는 성공적으로 스위치를 끄고, 페니와의 화상전화를 통해서 중요한 정보를 데스먼드에게 알려주고 숙명처럼 익사한다.

줄리엣이 폭탄을 터뜨린 줄 모르는 잭, 소이어, 케이트. 눈을 떠 보니 다시 현재로 돌아와 있는데 그렇게 고생한 보람도 없이 백조 해치는 이미 지어졌다가 데스몬드가 폭파시킨 그대로다. 그런데 폭파된 해치 저 아래에서 죽은 줄 알았던 줄리엣의 목소리가 들린다.

사이드를 살릴 방법이 있다는 헐리의 말에 따라 소이어와 마일스를 제외한 나머지는 모두 사원으로 향하는데 사원으로 통한다는 동굴을 지나면서 '그들'에게 습격을 당해 잡히고 만다. 어쨌든 결국은 사원에 도착하는데 그들의 지도자로 보이는 일본인은 사이드를 사원 안의 어떤 샘으로 데리고 가서 익사시킨다.

분명히 죽었던 사이드가 멀쩡하게 살아나자 그들이 지도자는 사이드를 데려다가 전기 고문하고 뜨겁게 달군 부지깽이로 지지기까지 하면서 그 어떤 설명도 하지 않는다. 그렇게 심하게 당한 사이드를 보고 화가 나 지도자를 찾아간 잭. 지도자는 약 한 알을 주면서 사이드가 감염됐으니 그 약을 먹여 치료해야 한다고 설득한다.

리처드는 자신을 따르면 제이콥과 달리 최대한 존중해 줄 것이며 뭐든지 다 얘기해 주겠다는 로크의 제안을 거절한다. 소이어는 로크가 로크가 아니라는 걸 알고도 별반 놀라지도 않고 자신이 여기에 오게 된 이유를 알게 해 주겠다는 얘기에 로크를 따라나선다. 로크와 함께 도착한 낭떠러지 중간의 동굴 천장에는 수많은 이름이 적혀 있는데...

뜻밖에 클레어를 만난 진은 클레어가 뭔가 이상해졌음을 느낀다. 클레어는 잡아 온 그들의 일원을 죽인다. 헐리는 제이콥의 부탁을 받고 잭을 데리고 등대로 가서 이 섬으로 들어오려는 배에게 길을 알려주려 하는데, 잭은 그 등대의 거울에 비친 자신의 어릴 적 집을 보게 된다.

사이드는 자신을 죽이려 하는 도겐을 찾아가 담판을 지으려 하고.. 도겐은 사이드는 죽는 게 낫다며 차라리 떠나서 다신 돌아오지 말라고 추방령을 내린다. 사이드가 떠나려는 순간, 로크의 지시를 받은 클레어가 나타나고, 도겐은 잭과 헐리를 찾을 수 없자 사이드를 불러 로크를 죽임으로써 사이드가 선한 사람임을 증명해 보이라고 한다.

벤은 마일스 덕분에 제이콥을 죽인 사실이 드러나 일라나에게 죽을 위기에 처한다. 자기가 들어갈 무덤을 파고 있는 벤 앞에 불현듯 나타난 로크. 벤에게 자신이 이 섬을 떠나고 나면 이 섬을 이끌어 나갈 사람은 벤 뿐이라면서 라이플이 있는 곳을 알려 주고 일라나가 묶어 놓은 발목의 쇠사슬을 손짓 하나로 풀어 버린다.

로크와 행동을 같이 하기로 한 소이어는 진, 케이트, 사이드와도 만나게 된다. 그리고 로크의 지시대로 히드라 섬으로 가 아지라 항공 여객기를 찾는 소이어. 그런데 지독한 냄새와 함께 시체들이 즐비한 곳에서 조이라는 여자를 만난다. 자신이 마지막 생존자라는 조이에게 소이어는 의심을 늦추지 않는다.

19세기, 리처드는 병 걸린 아내를 위해 의사를 찾아갔다가 몸싸움 끝에 의도치 않게 살인을 저지르고 감옥에 들어간다. 그리고 그곳에서 만난 신부에 의해 노예로 팔려 간다. 리카르도를 싣고 가던 블랙록이라는 배는 폭풍우를 만나 난파하는데 눈을 떠 보니 이상하게도 숲 한 가운데다.

로크가 선을 찾아오겠다고 하지만 진은 그의 말을 믿지 않고 캠프를 떠나려 한다. 하지만 그 순간 어디선가 마취총이 발사돼 캠프의 모든 사람들이 의식을 잃고, 진은 위드모어의 부하들에게 끌려간다. 위드모어를 만난 진은 비행기 안 선의 짐에서 나왔다는 디지털 카메라를 통해 아직 한 번도 만나지 못한 딸 지연의 모습을 본다.

위드모어에 의해 다시 섬으로 끌려온 데스몬드. 위드모어는 엄청난 전자기파 속에 살아남은 사람은 데스몬드가 유일하다며 모두를 위해 데스몬드가 희생해 줘야 한다고 한다. 그리고 강한 전자기파에 노출된 데스몬드는 오세아닉 815편에서 내려 짐을 찾으러 가는 완전히 다른 생을 경험한다.

리처드의 얘기에 따라 비행기를 폭파시키기로 하고 블랙록에서 다이너마이트를 가져온 일라나. 불안해하는 휴고에게 열심히 설명하던 중 갑자기 다이너마이트가 터져 흔적도 없이 사라진다. 리처드는 다이너마이트를 가지러 블랙록으로 가자고 하지만 휴고는 한 발 먼저 블랙록에 도착해 아예 블랙록을 폭파시켜 버린다.

결국 다시 만나게 되는 로크 일행과 잭 일행. 로크는 잭에게 단둘이 얘기할 것을 제안하고 잭은 오래 전 이 섬에 처음 왔을 때 봤던 아버지의 망령이 사실은 현재 로크의 모습을 취하고 있는 바로 그 존재임을 알게 된다. 다 같이 보트를 타고 히드라 섬으로 가서 비행기를 타자는 로크. 소이어는 그 말에 따르는 듯하지만 로크를 전혀 믿지 않는다.

로크의 보트를 타고 섬에 도착해 위드모어를 만나려는 소이어 일행. 하지만 위드모어 쪽에서는 거래는 취소라며 이들을 우리에 가둔다. 잭, 사이드, 로크가 히드라섬으로 와서 소이어 일행을 구하고 비행기로 향하지만 미리 비행기에 도착해 밖에 있던 보초들을 죽인 로크는 비행기 기내 선반에서 C-4 네 덩이를 찾아낸다.

오래 전 난파된 배에 타고 있던 한 만삭의 여인이 바다 위로 솟구치고, 섬에 있던 또 다른 여인이 만삭의 여자를 도와 아이를 낳을 수 있게 해 준다. 제이콥이라는 이름의 사내아이가 태어나고, 잠시 후 생각지도 못했던 쌍둥이 동생이 태어난다. 섬에 있던 여인은 쌍둥이의 엄마를 돌로 쳐 죽이고 두 아이를 키운다.

클레어를 집에 데려온 잭. 다음날 아침 아들 데이비드와 클레어와 함께 아침 식사를 하던 중 한통의 전화가 걸려 온다. 오세아닉 항공사라면서 아버지 시신을 찾았다는 내용의 전화. 하지만 전화를 건 사람은 다름 아닌 데스몬드다. 데스몬드는 다시 로크의 학교를 찾아갔다가 벤을 만난다.

제이콥의 후임자가 되겠다고 나선 잭. 아직은 아무 변화도 느껴지지 않는데 제이콥이 지키라고 한 그 밝은 빛을 향해 가기로 한다. 데스몬드를 이용해 그 빛을 끔으로써 섬을 파괴하려는 로크의 생각을 간파한 소이어는 데스몬드가 갇혀 있는 우물로 향하고, 로크를 만나지만 데스몬드는 찾지 못한다.

로크는 우물 곁의 개 발자국을 따라가 로즈와 버나드의 집을 찾아내고 데스몬드는 두 사람을 위해 로크를 따라 나선다. 결국 중간지점에서 만나는 잭과 로크. 빛이 있는 섬의 중심부에 도착해 데스몬드를 그 아래로 내려보낸다.