비행기 추락 사고로 어느 낯선 곳에 떨어진 잭은 다친 사람들을 도와 이리저리 바삐 움직이고, 케이트의 도움으로 자신의 상처를 꿰맨다. 잭과 케이트 외에도 쉐넌과 분, 마이클과 월트, 로크, 헐리와 클레어, 진과 선 등 많은 사람들이 생존해 있다. 잭과 케이트, 찰리는 무선 통신기로 구조 신호를 보내기 위해 비행기 조정석이 떨어진 곳으로 떠난다.

무선 통신기는 작동되지 않고, 소이어와 사이드는 추락 사고의 원인을 제공했다며 서로 싸운다. 잭이 파편을 맞은 사람을 구하는 동안 소이어와 사이드, 분과 쉐넌, 케이트, 찰리 일행은 산으로 올라가고, 가는 도중 북극곰을 만나자 소이어가 갖고 있던 총으로 쏘아 죽인다.

산에 갔던 사람들은 확실하지 않은 사실을 알려 공포를 조성하지 말고 비밀에 부치자고 합의한다. 총 때문에 서로 다투던 사람들은 케이트에게 총을 맡기기로 한다. 케이트는 잭에게만 이 사실을 얘기하고, 한편 잭은 우연히 혼수상태 빠진 보안관이 가지고 있던 케이트의 수배 전단을 보게 된다.

식량이 떨어지자 로크는 먹을 것을 찾아 캠프에 왔던 멧돼지들을 잡자고 제안한다. 케이트는 사이드가 만든 안테나를 달기 위해 멧돼지 사냥팀에 합류하고, 로크, 마이클과 함께 사냥을 떠난다.

잭은 물에 빠진 분을 구하지만, 분은 여자를 구하러 가는 자신을 왜 끌고 나왔냐며 오히려 화를 낸다. 헐리와 찰리는 얼마 남지 않은 물을 텐트에 넣어두기로 하고, 잭은 아버지의 환영을 쫒아서 숲으로 들어가버린다.

물을 받으러 계곡에 간 잭은 해변의 캠프를 동굴로 옮기는 게 좋겠다고 생각하고 사람들을 설득한다. 하지만 케이트는 해변에 남아 불을 피우며 구조를 기다려야 한다는 사이드의 의견에 따라 해변에 남기로 결정한다.

사이드와 케이트는 안테나를 달아 구조신호의 발신지를 찾으려 하고, 잭과 찰리는 동굴이 무너지는 바람에 찰리 혼자 탈출하고 잭은 안에 갇히고 만다. 찰리의 약을 보관하기로 한 로크는 세 번 약을 돌려달라고 말하면 돌려주겠다고 하며 본인의 의지로 약을 끊으라고 말한다.

소이어는 분이 쉐넌이 흡입기를 찾아 텐트를 뒤지자, 분을 흠씬 두들겨팬다. 사이드는 전쟁터에서의 고문 경력을 살려 소이어를 고문하고, 실수로 소이어의 손목 동맥을 건드리고 만다. 흡입기를 내놓는 대신 뭘 원하느냐는 사람들의 질문에 소이어는 케이트의 키스를 원한다고 한다.

사이드는 정글에서 다니엘 루소라는 불어 조난신호를 보냈던 여자에게 붙잡힌다. 다니엘은 사이드에게 알렉스가 어딨냐고 묻는다. 사이드는 학교 동창이었던 나디아를 고문하게 되면서 나디아와 점차 사랑에 빠지고, 나디아를 탈출시키려다 총상을 입은 사연을 다니엘에게 얘기한다.

한밤중에 클레어가 누군가 아기를 죽이려 바늘로 배를 찔렀다며 비명을 지르며 깨어난다. 아이를 임신한 클레어는 남자친구 토마스에게 버림받고 아이를 입양시킬 계획을 세우지만, 점성술사는 아이를 반드시 클레어 손으로 키워야 한다고 주장한다.

찰리와 클레어가 이든에게 납치된 사실을 알게 된 잭과 로크는 수색팀을 짠다. 로크와 분, 잭과 케이트는 양쪽으로 흩어져 정글로 들어가고, 나무에 매달려있는 찰리를 발견하고 숨을 쉬지 않는 찰리를 가까스로 살려낸다. 찰리는 아무것도 기억나지 않는다며 그들이 원하는 것은 클레어 뿐이었다고 말한다.

케이트와 소이어는 작은 폭포를 발견하고 물 속에 뛰어든다. 케이트는 자기 거라며 물속에서 은색 가방을 끌어올리지만, 소이어가 캐묻자 자기 가방이 아니라고 한다. 케이트는 잭에게 도움을 청해 죽은 연방 보안관 뒷주머니에서 열쇠를 꺼낸다. 사이드는 새넌에게 루소에게서 훔친 지도에 적힌 불어를 번역해 달라고 부탁한다.

분은 로크와 정글에서 발견한 쇳덩어리의 정체를 알아내기 위해 멧돼지 사냥도 그만두고 연구를 하고 있다. 로크는 분을 정글에 묶고 가버리고, 분은 살려달라고 소리치는 쉐넌을 구하기 위해 밧줄을 끊고 쉐넌을 구해 도망친다. 한편 선은 밭을 가꿔서 약초를 재배하고 과실수를 심는다. 부족한 위약품을 충당하고 식량난을 해결하기 위해서다.

마이클은 윌트가 로크와 붙어다니자 로크를 나무라고, 로크는 윌트에게 더이상 놀아줄 수 없다고 말한다. 섬에서 아들을 키우기 힘들다고 생각한 마이클은 뗏목을 만들 계획을 짠다. 한편 정글에 있던 분과 로크 앞에 클레어가 나타나고...

찰리와 진은 해변으로 가던 길에 이든의 공격을 받는다. 이든은 찰리에게 클레어를 데려오지 않으면 하나씩 죽이겠다고 협박한다. 해변에서 스티브가 이든에게 죽음을 당하자 잭은 로크와 분, 소이어, 찰리에게 총을 나눠주고, 이든을 생포할 계획을 짠다.

소이어는 멧돼지가 자기만 괴롭혔다고 생각하고 정글로 멧돼지를 잡으러 들어간다. 케이트는 소이어가 갖고 있는 권총을 회수하기 위해 소이어를 따라 정글로 들어간다. 소이어와 케이트는 진실게임을 하며 서로에 대해 조금씩 알아간다.

마이클은 뗏목에 불이 나자 진의 짓이라고 생각하고 진을 공격하고, 선은 마이클을 말리기 위해 진이 그런 게 아니라고 영어로 설명한다. 진은 지금까지 자신을 속여온 선에게 실망하고, 선은 처음부터 다시 시작하자고 애원한다.

마이클이 구조신호를 보내려면 배터리가 필요하다고 하자 잭은 사이드에게 루소의 거처를 묻는다. 헐리는 루소가 반복해 적어놓은 번호가 자신이 맞춘 로또 번호와 일치한다는 사실을 알고 경악한다. 헐리는 루소를 찾으러 정글로 들어가고, 잭과 사이드, 찰리도 헐리를 찾으러 뒤따라간다.

로크와 분은 해치를 열기 위해 갖은 방법을 다 동원하지만 열리지 않고, 로크는 다리가 말을 듣지 않자 괴로워한다. 로크는 꿈에서 경비행기가 추락하는 것을 보고 그곳으로 분을 데려가고, 분은 경비행기 무전으로 구조 신호를 보낸다. 예상치 않게 연락이 되자 분은 815기 생존자라고 알리지만, 그쪽에서는 자신들이 815기 생존자라고 말한다.

잭은 다리를 심하게 다친 분이 잠깐 의식이 돌아온 분은 비행기가 절벽 위에서 떨어졌다고 말하고, 잭은 로크가 거짓말을 했다는 것을 알게 된다. 잭은 문제는 피가 아니라 다리라는 것을 깨닫고 분의 다리를 자르려 하지만 분은 자신을 보내달라고 한다.

로크는 분의 장례식 때 나타나 자신의 잘못으로 분이 죽었다며 용서를 구한다. 쉐넌은 사이드에게 로크를 죽여달라고 하지만, 사이드는 로크의 말이 거짓이 아니란 걸 알고 돌아온다. 쉐넌은 잭의 가방 열쇠를 훔쳐 총을 꺼내 로크를 죽이러 가고, 잭과 케이트, 사이드는 쉐넌을 막는다.

케이트는 뗏목의 출발 시기가 다가오자 마이클을 찾아가 함께 떠나겠다고 한다. 마이클이 소이어 대신 바다나 보트에 대해 잘 알고 있는 케이트를 태우기로 하자, 소이어는 사람들에게 케이트가 죄수였다는 사실을 알린다.

마이클과 월트, 진, 소이어는 순조롭에 향해를 계속한다. 사이드는 사람들을 이끌고 정글로 들어간다. 루소는 찰리에게 찾아가 사이드를 불러달라고 하고, 찰리가 사이드를 찾으러 간 사이 클레어의 아이를 데려가버린다. 사이드와 찰리는 루소를 찾으러 검은 연기가 피어오르는 장소를 향해 달려간다.