그들이 살고 있는 마을 상공에서 오세아닉 항공 815편이 조각나며 폭발한다. 그들의 마을은 문명사회의 전원주택을 방불케 할 정도로 깔끔하고 아늑하다. 그들의 우두머리인 벤은 즉각 굿윈과 이든을 부르고, 생존자로 위장하여 정보를 알아내라는 특명과 함께 각각 꼬리와 동체 부분이 떨어진 곳으로 보낸다.

연기 신호를 보내고 만 하루가 지났는데도 아무런 소식이 없자, 사이드 일행은 버려진 부두에 배를 정박하고 다시 한 번 연기 신호를 보내기로 한다. 임신한 선이 걱정되는 진이 돌아가자고 주장하지만 의외로 선은 진의 의견에 완강히 반대하고 사이드와 공모하여 진을 속인다.

해치가 내파되면서 데스먼드는 폭파 충격으로 일종의 예지능력을 갖게 된다. 클레어의 텐트가 벼락에 맞을 것이라는 사실을 미리 알고, 데스먼드는 골프채를 이용해 피뢰침을 만들어 클레어와 애런을 위험에서 구한다.

에코가 있던 텐트에 불이 나고, 찰리와 헐리가 급히 에코를 부축해서 나무 밑으로 옮겨 눕히지만 에코는 어디론가 사라져버린다. 에코가 동생 예미를 만나러 비행기 추락장소로 가고 있다는 사실을 알아챈 로크는 사람들을 모아 비행기 추락 장소인 진주 해치로 향한다. 진주 해치에 도착한 일행은 회로 몇 개를 조작하자 TV로 다른 해치의 영상을 잡게 된다.

척추에 커다란 종양이 있는 벤은 잭이 수술을 해주길 바라지만, 잭은 거절한다. 소이어의 생명을 담보로 케이트를 잭에게 보내서 다시 설득해보지만, 잭은 또 다시 이를 거절한다. 그러나 소이어와 케이트가 함께 있는 것을 본 후, 잭은 심경의 변화를 일으키고 수술을 수락한다.

잭은 벤의 생명을 담보로 케이트와 소이어, 카알을 탈출시키는데 성공한다. 이 과정에서 잭은 줄리엣이 사고로 위장해서 수술 도중 벤을 죽여달라고 부탁했다는 사실을 폭로한다. 그러나 의외로 벤과 줄리엣은 대화로 타협점을 찾고, 줄리엣은 피켓을 죽여가면서까지 케이트 일행의 탈출을 돕는다.

전자기장 내파사건 이후 예지능력을 갖게된 데스먼드는 클레어의 텐트에 벼락이 떨어질 것을 미리 알고 피뢰침을 세워서 사고를 예방하고, 그 다음엔 물에 빠진 클레어를 구해낸다. 찰리와 헐리는 데스먼드가 과연 예지능력이 있는지, 어떻게 그런 능력을 갖게 됐는지를 알아내려고 데스먼드에게 술을 먹여 취하게 만든다.

벤을 살해하려했다는 혐의를 받게된 줄리엣은 원래 잭이 갇혀 있던 방에 감금되고, 잭은 소이어와 케이트가 갇혀 있던 우리로 옮겨진다. 동료 살해라는 중죄를 저질렀기 때문에 줄리엣은 처형당할 위기에 처하지만, 벤의 수술 부위가 감염되어 위급하게 되자 잭은 이를 이용하여 줄리엣의 처형을 중지시킨다.

빈센트를 쫓아 정글로 들어갔다가 전복된 미니 버스를 발견한 헐리는 어떻게든 그 버스를 고쳐야 한다는 생각에 집착하는데, 대다수 사람들은 아예 관심조차 보이지 않는다. 하지만 헐리는 희망을 버리지 않고 죽음도 불사한 채 무모하기 짝이 없는 시도를 하여 주변 사람들을 난감하게 만든다.

루쏘, 로크, 케이트와 함께 그들의 거주지를 찾아 나섰던 사이드는 우연히 통신시설을 발견하고, 거기 혼자 살고 미하일이란 남자가 쏜 총에 맞아 부상을 입는다. 다르마 이니셔티브 직원 중에서 자기가 유일한 생존자라면서 그럴듯한 얘기들을 늘어놓지만, 노련한 사이드를 속이지는 못 한다.

클레어는 섬을 탈출할 수 있는 방법을 찾았다며 바쁘게 움직이고, 선과 진은 클레어를 돕는다. 하지만, 클레어는 찰리와 데스먼드가 자꾸 자기가 하는 일을 방해하고 있다는 느낌을 지울 수가 없다. 한편 어렵게 음파 장애물을 통과하여 그들의 주거지로 잠입하는데 성공한 사이드 일행은 전혀 예상하지 못했던 광경을 마주하게 된다.

로크와 사이드. 케이트는 잭을 구하러 갔다가 그들에게 붙잡히는 신세가 되는데, 정작 잭은 캠프로 돌아갈 생각이 없다. 아침 일찍 줄리엣과 섬을 떠나기로 예정되어있기 때문인데, 이는 로크가 잠수함을 폭파시켜 버리는 바람에 무산되고 만다.

갑자기 니키가 죽고, 곧 파울로의 시체도 발견된다. 총상도 없고, 자상도 없어서 식중독을 의심해보지만 아니었다. 과거와 현재를 오가며 추락한 이후 니키와 파울로의 행적을 쫓아가는 와중에 데스먼드가 소이어와 니키가 말다툼을 하는 장면을 목격했다고 증언하자, 소이어가 용의자로 몰린다.

그들은 갑자기 짐을 꾸려서 어디론가 떠난다. 어떤 거래가 있었는지, 로크는 그들과 함께 떠나고, 케이트는 줄리엣과 나란히 정글 한 복판에서 깨어난다. 같은 수갑에 팔목이 묶인 상태였기 때문에 둘은 같이 행동할 수 밖에 없는데, 검은 연기 괴물과 마주쳐서 급박한 상황이 되자 줄리엣이 느닷없이 수갑 열쇠를 꺼낸다.

잭, 사이드, 케이트와 함께 해변에 있는 생존자 캠프에 도착한 줄리엣은 누구에게도 환영받지 못 하고, 잭마저도 줄리엣을 감싸주다가 난처한 입장에 처한다. 이때 마침 클레어가 위급한 증상을 일으키고, 줄리엣은 준비해둔 혈청을 주사하여 클레어를 치료한다.

누가 섬으로 오는 환영을 본 데스먼드는 찰리와 헐리, 진을 데리고 정글로 향한다. 데스먼드는 그게 페니일 꺼라고 생각하는데, 찰리는 이번 여행에서 죽을 운명이다. 찰리를 구해 줘야 할지 말지 고민하던 데스먼드는 결국 또 찰리의 목숨을 구해주고 마는데...

줄리엣은 야밤에 선을 깨워서 의료해치로 데려간다. 초음파 검사를 하고, 임신된 날짜를 추정하여, 아기 아빠가 재영이 아니라 진이라는 사실도 알려준다. 표면상으로는 도와준다는 것이었는데, 꼭 그런 것만은 아니었다. 한편 숲에서 우연히 미하일을 사로잡은 데스먼드 일행은 소련군 의무병 출신인 미하일의 도움으로 간신히 나오미를 살린다.

벤은 섬의 일원이 되고자 하는 사람은 서약에 해당하는 행동을 보여줘야 한다면서, 아버지 쿠퍼를 죽이라고 한다. 하지만 결국 로크는 아버지를 죽이지 못 하고 소이어를 끌어들이는데, 알고보니 소이어와 쿠퍼도 깊은 원한이 있는 관계였다. 한편 시간이 지나면서 나오미의 입에서 나온 뜻밖의 사실에 대해 아는 사람이 하나씩 둘씩 늘어간다.

아버지의 시체를 들쳐업고 벤 앞에 나타난 로크는 제이콥을 만나게 해달라고 벤에게 요구하고, 벤이 나오미 사건을 핑계삼아 이를 미루려하자 그 사실을 알려준 미하일마저 때려눕힌다. 결국 벤은 하는 수 없이 로크를 제이콥에게로 데려간다. 한편 잭을 의심했던 사이드와 소이어는 잭과 줄리엣으로부터 사건의 전모를 전해듣고 몹시 놀란다.

잭은 그들의 습격에 대비해서 반격할 준비에 여념이 없고, 사이드는 나오미의 무전기로 어떻게든 본선에 신호를 보내려한다. 하지만 뜻밖에도 그들의 습격은 24시간이 앞당겨졌고, 나오미의 본선과 연락을 취하려는 사이드의 노력은 방해 전파를 내보내고 있는 거울 해치의 존재가 알려지면서 좌절된다.

사수 셋(사이드, 진, 버나드)만 남겨놓은 채 생존자들은 잭의 인솔 하에 모두 송신탑으로 향하고, 그들은 예정대로 해질녘에 기습을 강행한다. 텐트 두 개를 폭파시켜서 그들 일행 중 일곱은 죽였지만, 세 번째 텐트는 폭파시키지 못 하고, 사이드, 진, 버나드는 모두 사로잡힌다.

벤의 농간에 속은 잭은 진, 버나드, 사이드가 모두 죽은 줄 알았지만, 고물 미니버스를 타고 헐리가 느닷없이 해변에 나타나서 순식간에 전세를 역전시킨다. 한편 우여곡절 끝에 방해전파 장비의 암호를 알아낸 찰리는 성공적으로 스위치를 끄고, 페니와의 화상전화를 통해서 중요한 정보를 데스먼드에게 알려주고 숙명처럼 익사한다.