いまやアリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの4人は町中の噂になっていた。イアンの遺体は忽然と消え、ローズウッドの住人はゆうべの教会で本当は何があったのかと首をひねる。4人の親は（警察と同様に）何を信じていいのか分からず、娘たちをカウンセラーのもとへやることにした。

しばらくの間、別々に行動せざるを得なくなった4人だが、今ほどお互いが必要なときはない。一方、ローズウッド高校を去ることになったエズラは最後の授業を終えたあと、会って話がしたいとアリアに迫るが、アリアには何も話すことはなかった。アリアはこのままエズラに別れを告げるつもりなのか。

親が決めた“冷却期間”が明けるまで、4人には何か気晴らしが必要だ。アリアはホリス大学で陶芸のクラスを受講することにした。しかし、ジェンナも同じクラスを受講していることが分かる。

ハンナの計らいで、ルーカスは憧れの女の子とデートすることになった。ハンナはルーカスの力になろうとするが、ケイレブの介入によってハンナの善意は裏目に出てしまい、ルーカスのデートは悲惨なことに…。一方、アリアはジェイソンに偶然再会し、ある記憶がよみがえる。

イアンに関するショッキングな一報がローズウッドをかけめぐる。4人とその家族はようやく訪れた事件の結末に複雑な思いを抱く。しかしエミリーだけは事件はまだ終わっていないと確信し、見落としている点がないかどうか、事件を最初から洗い直そうとする。

ローズウッド・チャリティ・ファッションショーが開催される日、4人の前にアリソンの母親ジェシカ・ディローレンティスが現れ、娘に代わってファッションショーに出演してほしいと訴える。アリアはこの機会を利用して、アリソンが失踪した日のジェイソンの記憶を掘り起こそうと考える。

今日は引っ越しの日。新しい我が家に移るエミリーは、環境になじむことができず疎外感を覚える。心穏やかでないのはハンナも同じだが、その理由はケイレブにあった。ケイレブは相変わらずいかがわしい"ビジネス"に関わっているが、悪びれる様子はまるでない。一方、アリアはエズラとジェイソンの板ばさみにあう。

ジェイソンがローズウッドに戻ってくる。多くの謎につつまれた彼を信用せず、帰郷の動機に疑いを抱く者もいれば、違和感を覚える者もいる。スペンサーはエミリーとともにジェイソンが家に隠しているものは何なのか調べようと行動を起こすが、それが判った時、彼女たちは…。一方アリアは、別の理由からジェイソンのことで思い悩んでいた。

アリアは、スペンサーとエミリーが調べたジェイソンについての報告を聞き、難しい立場に立たされる。公園で起きた出来事とスペンサーへの否定できない気持ちに折り合いをつけようとしながら、アリアに対して思いやりと弱さをみせるジェイソンのことを、どうして友達は危険な人物だと言うのか、アリアは思い悩む。

"A"の脅迫に振り回されたエミリーは限界に達していた。彼女を救うために、唯一信頼できて自分たちの秘密を守ってくれる人物、アン・サリバンのところに向かう。そしてついに、"A"によって与えられた苦しみを自分たち以外の人間に明かすことによって、彼女たちの心は安らぎを取り戻し、エミリーもまた新しい勇気を得ることができた。

4人は重大なミスを犯してしまう。"A"の支配を振り払うことのできない彼女たちは、その代償を払わねばならなくなる。時間が刻々と迫る中、親友を救うため "A"の命令を遂行することになる

アリソンが失踪する前のハロウィンでのこと。5人の親友たちはこの季節最大のパーティを楽しみに待っていた。ところが、女ローズウッドのお祭り気分をよそに、アリソンと親友たちに、何かもっと不吉なことが起こりそうな気配が漂っていた。

アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーが逮捕されて1ヶ月が経ち、ローズウッドの町と4人の少女たちに大きな変化が訪れていた。彼女たちの関係にはもはや親友とは言いがたい、険悪なムードが漂っている。いったい何が彼女たちをこれほど分裂させたのか？

"A"と遭遇しそうになった4人は、自分たちが"A"の正体をつかめるほど近づいているのかもしれないと思い始める。そして4人はハッキングを得意とするケイレブに協力を依頼するが、ケイレブを危ないことに巻き込みたくないハンナは、これ以上計画のために危険な扉を開けたくないと思っていた。

ルーカスが行方不明になり、湖で起こったことについて質問攻めにされたハンナは息をつくこともできない。ケイレブは友達を探し出そうと決心するが、ハンナはその手助けを渋り、かえって事を大きくしてしまう。ハンナは増大する"A"の問題を明かすことなく、ボートでの出来事をケイレブに話すことができるのだろうか？

4人は"A"のせいで多くの犠牲を払ってきた。ハンナは、ケイレブに調査を手伝わせるのはやめてほしいと、3人に懇願する。ケイレブが関われば関わるほど、彼がターゲットになる危険性が高まる。一方アリアは、今もまだ返事をくれないエズラとの関係を必死でつなぎとめようとしていた。

ハンナはケイレブのことをアリア、エミリー、スペンサーに話したあと、3人の態度がよそよそしく何かをたくらんでいるように感じたが、それが何なのかはわからない。しかし、ハンナが感じるよそよそしさは、3人の後ろめたさが原因なのだろうか？

ローズウッド高校の"真実を語る日"は、学校の生徒たちにとって、不満をぶちまけ、いじめを防止するチャンスだった。そして4人にとっては、いくつかの緊急課題に対する答えを得られるチャンスでもある。一方エミリーは、ローズウッド高校の水泳チームに戻るため、思いもよらない情報源の助けを借りることになる。

ハンナが最初から心配していたとおり、"A"の電話の解読に関わったケイレブを"A"は懲らしめることにする。ワイルデン刑事とギャレット刑事は、偽のハッキング行為をおこなったとしてケイレブを告発し彼のコンピュータを没収するが、ハンナと友人たちはこれがいい結果にならないことを確信する。警察はケイレブのコンピュータから何を探そうというのか？

"A"はずっと、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーをゲームのターゲットにしてきた。そのために4人は家族や友人たちから心を閉ざし、孤立するしかなかったのだ。ところが新たに"A"の犠牲者を知ったとき、それが固い絆で結ばれたグループ以外の人間だったことに4人は驚く。しかし"A"はなぜ、4人以外の人間をターゲットに選んだのか？

罪の意識にさいなまれる父親。自分の娘を信用できない父親。娘に秘密を隠している父親。行動に移すことができない父親。父親たちにとってありがたくない、毎年開催される父と娘のダンスパーティは決して楽しいものにはならないだろう。そんな中、アシュリーは驚くべき情報源からの助けを借り、ハンナに何が起こっているのか、その答えを見つけ出そうとしていた。

アリソンが死ぬ前に知っていたことを何とか探り出したい4人の前に、生前のアリソンを知る人物が現れ、大きな手掛かりを得る可能性が出てくる。ダンカンは4人が求める答えすべてにつながる鍵を握っているようだが、4人は自分たちのガードを緩めて彼を信頼することができるのか？

新しい手掛かりの意味を探ろうとする4人は、人形を修理する店に導かれる。そこには見覚えのあるいくつかの人形が置かれ、口にする以上のことを知っていそうな少年がいた。いったいなぜアリソンはこんな気味の悪い奇妙な場所に来たのか？

ローズウッドで開かれるジュニアリーグの仮面パーティは、"A"にとって巧妙なゲームを仕掛ける完ぺきな場所である。だが逃げ足の速い少女たち4人とのゲームを、"A"はこれで終わらせるつもりなのか？セカンド・シーズンのフィナーレを飾るこのエピソードで、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは、ついに自分たちを苦しめてきた張本人と対面することになる。