狡猾で意地悪なリーダー格のアリソンが失踪して1年が過ぎた。同じグループだったアリア、スペンサー、ハンナ、エミリーはすっかり疎遠になっていたが、ある日を境に4人のもとに”A”と名乗る人物からメールが送られてくる。それはアリソンが4人を監視していることを匂わせる内容だった。

アリソンの失踪当夜をめぐる数々の疑惑が浮上し、4人の苦悩は続く。さらにやっかいなことに、ジェンナが、ここペンシルベニア州ローズウッドに戻ってきた。ジェンナの帰郷をきっかけに忌まわしい過去がよみがえり、4人が結束するきっかけとなった“ある出来事”が蒸し返される。

因果応報――この言葉の意味を誰よりもかみしめている4人は、“アリソンを偲ぶ会”を企画する一方で、決着のつかないプライベートな問題を抱えていた。行く先々で”A”の影がちらつくなか、4人は過去を清算し、前に進むことができるのか。

“A”のいやがらせにうんざりした4人は不審な送り主からの電子メールや携帯メールをすべてブロックする。しかし正体不明の亡霊を遠ざけたからといって、トラブルの種が尽きるわけではない。4人は本当に”A”をかわし続けることができるのだろうか。

“A”を無視したツケが4人に返ってくる。4人は口紅で書かれた”A”からのメッセージに苦しめられ、さらにティーンエイジャーならではの恋の悩みも抱える。そして長年育んできたロマンスは先の見えないグレーゾーンに突入する。

卒業生を迎えて盛大に行われる学園祭に向けて、ローズウッド高校の実行委員はキャンパスの飾りつけに大忙し。女子生徒は“学園祭のクイーン”の座を狙って盛り上がっていたが、4人はそれを遠巻きに見ているだけだった。

悲劇の学園祭から一夜が明け、4人は事態の収拾に乗り出す。4人はトビーに関する重大な情報をつかむが、それは一部の人間にとっては喉から手が出るほど欲しい情報だった。そのころ、アリアのもとに”A”以外の怪人物からメールが送りつけられ、モンゴメリー家に緊張が走る。

前々から計画してきた“アリソンを偲ぶ会”がいよいよ開催される運びになった。最後の準備に追われる4人の前に、アリソンの兄ジェイソンが現われる。だがジェイソンの目的は妹の追悼ではなかった。

全国統一試験（SAT）の当日、ローズウッドの町に暴風が吹き荒れ、SATは急きょ延期される。しかし校内に閉じ込められた4人は、テストの中止を喜ぶ間もなくトラブルに見舞われる。

アリソンの失踪事件に関する新たな物証が見つかり、FBIがローズウッドに乗り込んでくる。4人は誕生会を兼ねたグラムキャンプ（豪華なキャンプ旅行）に誘われるが気がすすまない。しかし”A”のメールからキャンプに”A”が来ることを察したスペンサーは、この機会を利用して”A”の脅迫を終わらせることを提案。

何もかもお見通しの”A”は脅迫だけでは飽き足らなくなったのか、巧妙で危険なゲームを仕掛けてくるようになる。ハンナが自動車事故で入院し、”A”の正体が見え始めた今、4人はこれまでの経緯をおさらいすることにした。そもそも”A”を名乗る人物は、どうやってすべてを知り得たのか。

ハンナが退院の日を迎えたことは喜ばしいかぎりだが、車椅子に乗せられ”A”の影におびえる姿は、生還者というよりもヒッチコック映画の悲劇のヒロインを思わせた。ほかの3人はハンナを支えながら、自分自身のトラブルにも対処しなくてはならない。一方、アリアとエズラは何者かに脅されるが、その犯人が生徒のなかにいるとにらむ。

ローズウッドの不安定な人間模様に4人は翻弄される。ノエルにつきまとわれるエズラはアリアともども逃げ場を失い、追い詰められる。そしてハンナは”A”に操られて盗難事件に関わってしまう。ハンナはトラブルメーカーに逆戻りしてしまうのか、それとも”A”の指令を毅然とはねのけることができるのか。そんな4人の前に思わぬ救世主が現われ、希望の光が射す。

ローズウッド高校ではワシントンD.C.への修学旅行の資金を集める名目で、ダンス大会が開かれることになった。しかし4人は募金活動どころではない。家計を助けるためにアルバイトを探すがなかなか見つからないハンナに”A”はある仕事を依頼するが、ハンナはそれを断りきれるのか。

元の生活を取り戻したい4人だったが、今ではデートや部活さえもままならない。ハンナは相変わらず”A”の言いなりだが、次の命令は仲間のひとりを巻き込む危険性を秘めていた。

ローズウッド高校水泳部の“ローズウッド・シャークス”が出場する競泳会は4人にとって波乱の舞台と化す。一方、スペンサーは同級生の頼みで家庭教師を引き受け、手がかりを引き出そうとする。

教師と保護者の面談会で、内緒の恋人と父親が対面する。誰にも相手にされないクラスメートに手を差し伸べる。ライバルの告白に心が揺れる。信じてはいけない相手に深入りする。いずれの場面でも”A”は口を出さずにはいられないらしい。4人にとっては、これが今の日常なのだ。

不安と恐怖と疑惑が日増しに募り、4人は”A”の正体を想像せずにはいられない。それは4人を恨んでいる彼女なのか、それとも裏の顔をもつ義理の兄なのか。あるいは見ず知らずの誰かが4人を翻弄しているのか。悪魔の正体を暴けるのは時間だけなのかもしれない。

ショッキングな警察発表を受けて4人は嫌疑をかけられ、オオカミ少年扱いされる。すべての状況証拠はイアンが真犯人であることを指しているのに、どこでどう間違えたのか。あるいは、これも”A”が仕掛けた罠かもしれない。事情聴取を受けることになった4人は”A”のことを洗いざらい話すべきか、黙っているべきなのか。

ローズウッドでは誰もが隠し事をしているが、バレるのは時間の問題だ。捜査当局はアリソン事件の解明に全力をあげ、スペンサーを“重要参考人”と決めつけるが、4人は身近な人物に疑いの目を向ける――心を捧げた恋人は良からぬ思惑を秘めているのでは？

ローズウッドの市民祭はまるで“秘密の見本市”だ。男女関係であれ、身元であれ、思惑であれ、誰もが何かしらを隠している。だが、いつまでも秘密を隠し通す必要はない。いずれは、めざとい”A”には何もかもバレてしまうのだから…。そのころ、ローズウッド署のギャレット・レイノズル刑事は4人を執拗にマークする。その監視の目は4人が思う以上に近くにあった。

4 人はアリソンが残した手がかりを入手し、今度こそ”A”の暴走とアリソンの事件に終止符を打とうと意気込むが、4人の推理を裏づける確証はどこにもない。それでも4人は”A”の正体を暴けるのか。頼みの綱は1本のビデオテープと事件当日のあいまいな記憶だけ。しかし情報提供者の登場で、”A”の息の根を完全に止めることができる――はずだった。