Los equipos Gai y Kakashi regresan a Aldea Oculta de Konoha. Sakura le dice a Tsunade acerca del espía que Sasori tiene vigilando a Orochimaru y como se encontrarían; la Hokage considera que Naruto y Sakura deben ir a interceptarlo ya que es uno de su equipo quien debe ser salvado, pero debido a que Sasuke no está y a que Kakashi está débil decide llenar los huecos con 2 nuevos integrantes. Naruto se reencuentra con Shino (a quien no reconoce a primera vista), Kiba y Akamaru, Hinata (quien se desmaya luego de 2 contactos cercanos con Naruto) y Chōji . Mientras habla con Shikamaru y Chōji, son atacados por leones de tinta enviados por «Sai».

Naruto tiene una «batalla» con un kunai contra Sai, quien se defiende con su katana, quien luego es atacado por Shikamaru con su posesión de sombra y desaparece. Y aparece por primera vez Ino. La discusión de Tsunade por decidir si mandar o no a Naruto a la misión se lleva a cabo con los ancianos de la aldea quienes presentan a Danzō, quien dice que ya seleccionó a una persona para el equipo, de su organización raíz ANBU. Tsunade decide llamar a alguien de ANBU para que vaya en reemplazo de Kakashi, a quien da el nombre de Yamato y le dice que esté muy al pendiente del nuevo integrante del equipo, Sai. Luego están Naruto y Sakura esperando que lleguen los nuevos integrantes de su equipo, y Naruto se da cuenta de que el nuevo integrante en reemplazo de Sasuke es Sai.

Mientras Sai insulta a Naruto y a Sakura, Yamato toma el liderazgo del equipo mientras Kakashi se recupera en el hospital. Mientras se preparan, Sai recibe un sobre de un shinobi del ANBU raíz que contiene órdenes secretas de Danzo. Jiraiya entonces se reúne con Tsunade y Yamato en la habitación en el hospital donde se encuentra Kakashi para explicarle a Yamato cómo controlar a Kyūbi en caso de que se apodere de Naruto. Finalmente el nuevo equipo Kakashi comienza su nueva misión con Naruto y Sakura no muy contentos con Sai, para interceptar a un espía de Akatsuki y para recolectar información sobre Sasuke Uchiha.

El nuevo equipo Kakashi se dirige hacia el puente del Cielo y la Tierra, Naruto, Sakura y Sai ya se llevan mal apenas habiendo salido de la Aldea Oculta de la Hoja ya que Sai se ríe de Sasuke. Debido a esto Yamato se ve obligado a entrar en la disputa y tras mostrar su habilidad con el Mokuton (técnicas de madera) amenaza al equipo, obligándolos a escoger entre encerrarlos en una jaula para que se lleven bien o descansar en un hotel con aguas termales con el mismo propósito (trabajo en equipo).

Sakura ve a Sai dibujando junto a un río y descubre su gran talento artístico pero este nunca ha dado título a sus obras ya que nunca se le ocurre nada. Tras unos pequeños malentendidos el grupo se pone nuevamente en marcha. Pero antes de llegar al puente para reunirse con el espía, Yamato decide acampar, creando una cabaña gracias a su jutsu de Madera, con el fin de descansar, recopilar información y preparar el plan para interceptar y capturar al espía.

Yamato decide hacer un simulacro de lo que pasará y deberán hacer en el Puente del Cielo y la Tierra. Así, de esta manera, verá como pelean y conseguirá que mejoren el trabajo en equipo. Una vez acabado el simulacro; Sai, que es quien logra capturar a Yamato, consigue volver enfadar a Naruto, al haberle apresado con una técnica suya. Éste, se lo echó en cara, y como siempre, Sai se comparó con Sasuke y lo ridiculizó. A pesar de esto, Naruto, dijo que estaría dispuesto a formar equipo con él, tan solo, para poder rescatar a su amigo.

Naruto, Sakura y Sai se preparan para interceptar al espía que Sasori tiene infiltrado entre los hombre de Orochimaru. Entonces, Yamato usa su técnica y se convierte en Sasori. Cuando el espía llega el puente todos se llevan una gran sorpresa al descubrir que se trata de Kabuto, el subordinado de Orochimaru. Mientras tanto, Orochimaru, que los estaba espiando sin que estos se diesen cuenta, aparece de repente atacando a Kabuto el cuál estaba hablando con Yamato (camuflado como Sasori). Kabuto se puso al lado del falso Sasori y lo atacó de repente la marioneta se rompió y de ella salió Yamato. Orochimaru le reconoce y además le pide que llame a los tres que lo acompañan y que estaban ocultos. Orochimaru, se sorprende al ver a Naruto y Sakura, acompañados por el sustituto de Sasuke, Sai. Finalmente Naruto, enfadado, nota como el Kyūbi comienza a despertar en su interior.

Naruto, con el Kyūbi activado en su interior, ataca a Orochimaru cuando éste comienza a hablar de Sasuke. El golpe de Naruto envía a Orochimaru a unos 50 metros de distancia. Yamato, Sai y Sakura, al igual que Kabuto, se sorprenden por ver tal poder y Kabuto felicita a Naruto de que se haya convertido en un gran Jinchūriki. Tras una cordial felicitación del propio Orochimaru, se ve cómo a través de su cara/máscara destrozada aparece el rostro de Gen'yūmaru, el joven cuyo cuerpo está utilizando Orochimaru a espera de poder hacerse con el de Sasuke.

Después de eso Naruto aún más enfadado saca la tercer cola y se dispone a atacar a Orochimaru pero Kabuto decide atacar a Naruto y este en forma de Kyūbi lanza una bola gigante de chakra la cual hecha a Kabuto a volar y este se pega contra Sakura la cual se desmaya por un momento. Sai atento ve cómo el puente se va rompiendo poco a poco y decide comenzar su Misión Secreta, y hace su técnica en la que invoca a un Águila, Sakura estaba deslizándose hacia al precipicio pero Sai no la rescata y pasa a lado de ella, Yamato rápidamente utiliza su técnica Mukuton y logra salvar a Sakura y en ese momento ella despierta y Yamato crea un clon de el mismo para que vaya a observar que pasa cuando se ve una luz roja oscura que esta en el cielo el clon de Yamato se sube a un árbol y ve cómo desde ahí Naruto forma la cuarta y temida cola.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto detiene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

Sakura observa muy preocupada a Naruto mientras este se encuentra transformado en Kyūbi miniatura. En ese momento, Kabuto habla de cómo Naruto se ha llegado a convertir en Kyūbi para traer de vuelta a Sasuke. Esto hace que Sakura recuerde cuando Naruto le prometió y reafirmó su palabra de traer de vuelta a su amigo. Ella comienza a llorar y corre hacia donde está Naruto para intentar detenerlo y hacer que vuelva a la normalidad, pese a las advertencias de Yamato. Cuando Sakura llama la atención de Naruto, este la ataca con una de sus colas haciendo que quede lastimada. Yamato utiliza su Jutsu de madera para evitar que Naruto vuelva a atacar a Sakura y para que quede completamente inmovilizado. Después Kabuto se acerca a Sakura pero es bloqueado por la madera de Yamato. Él indica que solo quiere curarla y que no tiene sentido pelear, pues en ese momento ambos grupos persiguen el mismo objetivo: destruir Akatsuki.

Tras lanzar Orochimaru la espada, la figura de Sai se deforma y se transforma en tinta, ya que Sai utilizó un jutsu de clon. Sai le dice a Orochimaru que Danzō está muy interesado en contactar con él desde que atacó Konoha. Mientras Yamato termina de regenerar el cuerpo de Naruto, que está gravemente herido. Sakura comienza a curarle, a la vez que conversa con Yamato pidiéndole que le enseñe esa técnica. Yamato la explica quien es y que la técnica que acaba de usar con Naruto es gracias al colgante que éste lleva, cuyo poder solo puede ser utilizado por el Primer Hokage , por lo que es una técnica que no puede enseñarla. Yamato hace un comentario sobre los fuertes sentimientos que siente Sakura por Naruto pero éste despierta, dejando la frase interrumpida.

Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi.

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

Después de que Naruto supiera que él fue que atacó a Sakura, Yamato le dice a Naruto que si quiere rescatar a Sasuke y proteger a Sakura tendría que dejar de depender del chakra del Kyūbi. Mientras, Kabuto limpia sus instrumentos de medicina y Sai se da cuenta que perdió el libro de su hermano; Sakura empieza a leer el libro de Sai y llama a Naruto y a Yamato y ven que el libro de Sai narra las victorias de dos personaje de cabello negro y otro de cabello blanco, luego Naruto se da cuenta que el personaje de pelo negro es Sai y del cabello blanco su hermano. Más tarde, Kabuto, Sai y Orochimaru entran a la guarida sin saber que un clon de madera de Yamato los siguió y con el comunicador le avisa al verdadero Yamato, Sai logra ver a Sasuke mientras este le reprocha a Orochimaru por llegar tarde.

El episodio empieza cuando Orochimaru, Kabuto y Sai llegan a la habitación en que esta Sasuke y este comienza a hablarle sobre Naruto por lo cual Sasuke se enfurece y realiza un genjutsu sobre sai induciéndole miedo ante lo cual hasta el propio Sai se sorprende, luego Kabuto lo encierra y Naruto, Yamato y Sakura logran infiltrase y se dirigen hacia donde esta Sai. Pero en ese momento Kabuto se da cuenta que ha dejado un sobre en la habitación de Sai y vuelve al mismo tiempo que el equipo de Yamato se acerca.

Sai se sorprende al ver que Naruto, Sakura y Yamato entran en su habitación y comienzan a interrogarlo para saber que órdenes sigue con Danzō y para que quiere hablar con Orochimaru. El les dice que su misión fracasó en cuanto ellos entraron a la habitación y que Danzō planeaba unirse con Orochimaru para destruir Aldea Oculta de la Hoja y luego traicionar al sannin, Sakura le devolvió el libro de dibujos a Sai y le dice que gracias a este libro tiene un vínculo afectivo con su hermano y que por eso no puede evitar de demostrar sentimientos, a lo que el responde que este libro era para su hermano el cual luego murió estando enfermo casi terminándolo y desde ese día no recuerda que iba a dibujar en la página del centro.

Al descubrir los planes de Sai, Yamato, Sakura y Naruto comienzan a buscar a Sasuke por todo el lugar; habitación por habitación sin encontrar rastro de él. Naruto se desespera pero logra recordar muchas cosas cuando estaba con el Uchiha. Después de eso Sakura también recuerda y confía que traerán de vuelta a Sasuke.

Naruto y Sai se encuentran con Orochimaru poco después de que Sai recuperase el vínculo con su hermano y acabase el libro de dibujos, Sai se va a buscar a Sasuke a petición de Naruto, mientras este lucha con Orochimaru, tras unos instantes llegan Yamato y Sakura y Orochimaru huye para buscar y matar a Sai, el cual ya ha encontrado a Sasuke en una habitación con ayuda de sus técnicas para dar vida a los dibujos, pero su verdadero propósito es matar a Sasuke.

Finalmente Sai encuentra a Sasuke. Este se despierta y lo ve. Hay una explosión. Yamato y Sakura corren hacia el lugar de la explosión y se reúnen con Sai y ven a Sasuke sobre ellos. Naruto también consigue llegar. Sai promete que traerá a Sasuke de vuelta a Konoha.

Sasuke ataca a Naruto pero Sai los para. Entonces Sasuke aleja a Naruto y a Sai con su nuevo Chidori Nagashi. Entonces apuñala a Yamato con su espada llena de electricidad. Naruto mira a Sasuke con los ojos del Kyūbi y Sasuke con su Sharingan. En este momento, en el subconsciente de Naruto, Kyūbi se despiertan otra vez y le pide que lo libere completamente eliminando el sello. Ahora Sasuke es mucho más fuerte, y puede ver al Kyūbi dentro de Naruto. Al final Sasuke impide que el Kyūbi sea liberado dispersando su chakra de nuevo. Antes de que Sasuke saliera del subconsciente de Naruto, Kyūbi le dice que no se le ocurra matar a Naruto porque podría arrepentirse. Luego Yamato aleja a Sasuke y lo encierra con madera pero Sasuke logra escapar y se coloca arriba de nuevo.

Sasuke está a punto de utilizar su nueva técnica prohibida pero Orochimaru lo detiene, luego aparece Kabuto y los tres desaparecen entre las llamas. Naruto se decepciona por no poder haber hecho que Sasuke volviera, en Konoha Jiraiya le cuenta a Kakashi lo que pasaron Naruto, Sakura, Yamato y Sai desde que salieron de Konoha. Yamato y Tsunade hablan sobre la misión de Sai. Danzō habla con Sai y lo reta por no haber cumplido con la misión.

Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyūbi que esta atacándolos y luego despierta. Luego Sakura visita la biblioteca y se encuentra con Sai que este busca información de cómo relacionarse con la gente y cómo tratarlos, mientras Sakura le pregunta que lee. Después se reúnen con Naruto que se asombra que Sai esté ahí y se dirigen a visitar a Kakashi. Ellos tratan de informar a Kakashi lo ocurrido en la misión pero este les dice que Yamato le ha puesto al tanto de todo y les recalca que necesitan hacerse más fuertes para poder recuperar a Sasuke.

A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: fuego, rayo, viento, tierra y agua. Le dice que para hacer una técnica realmente poderosa debe saber manipular el chakra y combinarlo con alguno de estos elementos. Por ejemplo el Chidori que es una técnica de rayo. Muestra unos papeles especiales que muestran que tipo de chakra es la persona, si el papel se arruga es rayo, si se moja es agua, si se quema es fuego, si se parte en dos es viento y si se hace polvo es tierra.

Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, quien le recomienda que tiene que afilar el chakra en partes muy finas como sus cuchillas. Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión. En los límites del País del fuego una aldea se encuentra destruida, cuatro Ninjas la observan desde arriba hablando de cómo cambiar el País del Fuego, su objetivo es deshacerse de Konoha, muchos serán los peligros que les aguarden, pero deberán estar preparados para destruir el mal.

El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Yamato y Sakura se van a buscarlos mientras que Naruto desobedece dejando a Sai solo, por un problema que hubo entre los dos (Sai pensó que Naruto estaba asustado y se acercó demasiado para el gusto de Naruto). Naruto llega a un extraño lugar, cuando se adentra encuentra una tumba, en ese momento llega un chico llamado Sora y comienzan a pelear, más tarde llegaron los monjes y el equipo Yamato que después de presentarse llegaron al templo que Naruto había estado soñando.

El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era porque de los doce ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro ninjas. Más tarde Naruto sale en busca de Sora y lo encuentra entrenando con técnicas de viento. Naruto se da cuenta de que por alguna razón a él lo miran con los mismos ojos que lo miraban a él cuando aún era un chico. Sora le confiesa que quiere ser fuerte y vengar la muerte de su padre y juntos vuelven al templo. Mientras tanto los monjes observan que las tumbas han sido robadas y sin dudarlo más, el equipo Yamato sale en busca de ellas.

El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrones de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirigiéndose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfrenta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;Sora deja atrás a Sakura y ella se encuentra en una de las trampas de los ladrones y es atacada por una araña gigante que luego es derrotada por Sai, quedando herido en su brazo. Naruto se enfrenta a la otra integrante de los ladrones de tumbas (con la habilidad de manejar los chakras de fuego, agua, rayo, tierra y viento) ella intenta besarlo pero era un kage bunshin cosa que la hace amargar y le ataca fuertemente dejando mal herido de gravedad a Naruto.

El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

Asuma Sensei le reporta a Tsunade los estragos que hubo en una aldea provocados según el por el país de la lluvia, y después, el joven monje Sora conoce a Tsunade (de una manera muy peculiar) y le revela a Naruto la triste historia del pasado de su padre al que considera como héroe pero su pueblo lo considera como alguien que merecía morir, después de los problemas que tuvo Sora para adaptarse a Konoha con Akamaru y Kiba, Chōji y Rock Lee, Naruto le pide a Asuma que le muestre a Sora sus técnicas de viento y mientras Sora y Naruto entrenan para lograr dominar más sus poderes de viento, Furiido y sus secuaces atacan una aldea del clan Kohaku para el «bien» del País del Fuego.

El Equipo Kakashi se encuentra reunido, mientras Yamato les explica que Sora tomará el lugar de Sai mientras éste se recupera, Naruto y Sora entrenan con Asuma, Asuma les dice que deberán enfocar el elemento viento en el objetivo, después del entrenamiento Asuma los invita a comer ramen, ahí, Asuma le dice a Sora que se quede con él, se van a una tienda, Sora se da cuenta que Asuma le había regalado sus garras reparadas, después Sora se dirige al pueblo , en eso hace su aparición Furiido, tras una pequeña discusión con éste, Furiido le dice, que Asuma fue uno de los que mató a su padre, Kazuma, Furiido desaparece, mientras esto ocurría Tsunade se entera de que Danzō ha desaparecido, cuando Naruto se encuentra con Sora, éste está confundido por lo que Furiido le dijo, y muestra un poder escondido bastante superior a lo normal.

Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por él con su garra de la muerte que ha tomado otra forma. Después, Naruto, que había estado observando, resulta herido mientras protege a Sora del ataque de un desconocido, probablemente miembro del "NE" Furiido le dice a Sora que debe matar a Asuma y a la quinta Hokage para tomar venganza. Sora lo intenta, pero Naruto lo detiene. Sora escapa cuando Shizune y otro ninja llegan para salvar a Naruto, pero este persigue a Sora. Es ese momento una extraña tormenta deja a Konoha sin luz.

Konoha queda completamente sin luz, la villa entera se pone en estado de emergencia. Asuma, enviado por Tsunade va en busca de Naruto y Sora, finalmente, los encuentra. Asuma se da cuenta que los 4 invasores planean aniquilar la villa entera usando el poder relámpago que obtuvieron de cadáveres, reviviéndolos, Yamato se encarga de repeler los ataques, El equipo Konohamaru se encarga de llevar a toda la gente a un lugar seguro. Mientras los enemigos, que son muertos fuerzan por atacar.

Los ninjas de Konoha repelen a los muertos revividos del clan Kohaku. Los 4 guardianes, Seito, Tō'u, Nauma y Kitane, son revividos. Ellos planean usar su jutsu propio que consiste en lanzar un poderoso relámpago que destruirá Konoha. Asuma llama a Sakura y a Yamato para que se enfrenten a los ninjas del clan Kohaku Fūka, Fuen y Fuidō. Sakura se pregunta por qué Fuiido no está. Fuen ataca a Sakura, mientras Yamato pelea con Fuidō. Luego, Sora va a buscar a Furido para saber la verdad , mientras Naruto pelea con Fūka.

Sora se niega a dejar que la aldea sea destruida, a pesar de su rencor contra Asuma. Furiido lo golpea y afirma que su padre era igual de débil. Mientras tanto, Asuma pelea contra Kitane pero al final queda atrapado en un campo eléctrico hecho por Kitane. Yamato y Sakura derrotan a sus respectivos oponentes. Shikamaru se presenta en la entrada principal para ayudar a Chöji, Ino, Rock Lee, Kiba y Akamaru, Ebisu y los otros jōnin en contra de los zombis. Dada la derrota de Fudō a manos de Yamato su técnica de resucitación se desvanece.

Naruto sigue luchando con Fūka, y descubre su punto débil consiguiendo vencerla, mientras Sora esta con Furiido y Asuma logra vencer a Kitane.

Asuma descubre que Furiido era uno de los 12 guardianes ninjas y recuerda la pelea en la que le hizo esa cicatriz, descubre impresionado que Furiido era el padre de Sora. Naruto trata de calmar a Sora y este empieza a liberar un chakra de color rojo, entonces Furiido les explica a Naruto y Asuma que cuando el 4to hokage(Yondaime) sello al kyubi en un bebe de konoha con el chakra que andaba disperso por la zona formaron en Sora una especie de kyubi y este así puede utilizar el chakra del Jinchuriiki. Mientras Naruto hablaba con Sora, este le recrimina de que no sabe lo que siente estar solo.

Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, así que deciden dejarle el trabajo a Naruto, quien al acercarse a Sora, el chakra de Kyubi, se traspasa también al cuerpo de Naruto. Cuando Sora consigue sacar las cuatro colas, Naruto se niega a sacarlas también, mientras que hay un enfrentamiento entre el y el Kyubi, por suerte consigue quitarse el chakra del Kyubi de encima, gracias a su fuerza de voluntad, mientras que Sora, está a punto de convertirse en nada más y nada menos que el mismísimo Kyubi.

Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a la normalidad. Asuma logra matar a Furido donde hace aparición nuevamente Sai. al final del episodio aparecen Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki, persiguiendo a una mujer llamada Yugiito Nii, el jinchūriki del bijū de dos colas.

Asuma ve la tumba de su padre y recuerda aquellos momentos en los que únicamente era un tonto, luego aparecen Hidan y Kakuzu quienes no son la pareja perfecta, Hidan enoja a Yūgito Ni y este saca a Nekomata su Bijū en dos colas y ocurre una gran explosión cuando ataca a Hidan, Naruto, Sai y Sakura se encuentran en el hospital, Kakashi regresa de su misión y le entrega los informes a Tsunade y esta dice que Akatsuki ha comenzado su movimiento luego aparecen nuevamente “los hermanos Muerte”, con el Biju atrapado pero Hidan está haciendo su ritual de Jashin, su religión, mientras Kakuzu prepara la siguiente misión; capturar al Kyūbi...

Naruto comienza nuevamente con su entrenamiento y logra hacerlo rápidamente luego Kakashi le dice que deberá cortar la cascada para poder pasar a la fase final, Naruto comienza y pasa 1 día y medio y Naruto no deja de entrenar, mientras Zetsu se lleva al dos colas y Kakuzu e Hidan van al templo de fuego, donde se encuentran con Chiriku y comienzan una pelea, Chiriku utiliza una técnica en la que aparece una estatua de una mujer de la religión India, y esta golpea cuando intentan atacar a Chiriku en este caso Kakuzu, luego Hidan intenta atacarlo pero sucede lo mismo y entonces Hidan ataca de nuevo y Chiriku utiliza su técnica Raigou Senjusatsu ...

Naruto sigue con su entrenamiento esta vez consigue partir la cascada en dos por motivación de Sasuke, quien se fue de Konoha... Sakura se siente rota ya que todos se han hecho más fuerte y ella es aún la más débil, pero rápidamente ella recuerda lo que Yamato le dijo > ella se siente recuperada y está lista para demostrarle a todos de lo que está hecha... mientras tanto los otros 12 equipos ninjas están en busca de Kakuzu e Hidan quienes parecen se encontraran con el equipo Asuma...

Naruto suspende su entrenamiento por un tiempo para ir a comer ramen y se encuentra que el puesto ya no prepara ramen. Mientras tanto los 12 escuadrones mandados por Tsunade vigilan el País del Fuego a una radio de 150 km. Finalmente el equipo Asuma llega al Templo del Fuego y Asuma recuerda sus tiempos con Chiriku. Los Akatsukis siguen camino para cambiar el cuerpo del exguardián ninja, se revela que la cabeza de Asuma sale 35.000.000 ryous. También se revela que Kakashi puede realizar el Rasengan.

Todos los equipos de Konoha empiezan a moverse por todo el terreno hasta que Asuma manda un mensaje en el que dice que hay 5 puntos de intercambio los equipos se dispersan hasta que... Asuma se encuentra con Hidan entonces lo ataca Shikamaru utiliza su técnica de Sombras y detiene a Hidan entonces los otros Chūnin atacan los puntos vitales de Hidan pero descubren algo impresionantes... es inmortal.

Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiaba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

El escuadrón Asuma sigue combatiendo contra Hidan, que ha comenzado su ritual Jashin y a herido a Asuma. En el último instante, cuando Hidan estaba por asesinar al Sarutobi, Shikamaru logra atraparlo con su Jutsu y lo saca del círculo del ritual.

Así Asuma le corta la cabeza a Hidan pero luego Asuma es atacado por Kakuzu y luego éste le úne nuevamente la cabeza a Hidan con unos hilos que salen de su cuerpo y también éste comienza a pelear contra los otros Chūnin a los cuales derrota fácilmente; Hidan ataca a Asuma pero este esquiva la Hoz, pero con su pico anteriormente le había quitado sangre Asuma y sin que él se diera cuenta ya había comenzado el ritual, Hidan lo mata perforándose el pecho mientras los demás lo observaban y Kurenai... lo siente.

En el instante en que Asuma cae al suelo, Shikamaru es también derribado, pero por sorpresa aparecen Choji, Ino, Aoba y Raido para ayudar. Hidan y Kakuzu son llamados por el líder para el sellado del Nibi. Asuma les da sus últimas palabras al sus alumnos y finalmente muere.

Empieza el sellado del Nibi, el escuadrón Asuma regresa a Konoha y le es informado a Tsunade sobre la muerte de Asuma Sarutobi. Shikamaru le informará a Kurenai y, al final del capítulo, Naruto, Kakashi y Tanzou también acaban enterándose.

Kurenai se entera de la muerte de Asuma, se realiza el funeral del Sarutobi y se revelan las intenciones de Akatsuki.

El equipo 10 y Kakashi trazan una estrategia y localizan al dúo Akatsuki. Luego, Shikamaru los atrapa con su jutsu, y Choji intenta matar a Kakuzu, pero falla.

Choji y Shikamaru se ponen en posición y Kakashi atraviesa a Kakuzu con el Chidori. El Akatsuki libera sus corazones. Hidan entabla una batalla con el Kakashi y un corazón de Kakuzu realiza una técnica de viento. Luego otro de los corazones ataca a Shikamaru y a Choji con una técnica de Raiton. Sin embargo, es retenida por Kakashi. El tercer corazón efectúa una técnica de Katon.

Se termina de revelar el pasado y las habilidades de Kakuzu. Los ninjas de Konoha siguen luchando con los Akatsuki. Shikamaru aleja a Hidan de Kakuzu y realiza la trampa de los sellos explosivos. Hidan corta a Shikamaru y está dispuesto a realizar el ritual Jashin.

Hidan realiza el ritual de Jashin. Cuando creía que Shikamaru había muerto, este se levanta y revela que la sangre que había utilizado para su ritual era de Kakuzu. Kakashi la había obtenido justo cuando destruyó uno de sus corazones. Así, Kakuzu ya ha perdido dos corazones, y cuando éste se disponía a matar a Kakashi, Ino y Choji aparecen Naruto, Sai, Sakura y Yamato a salvarlos.

Continúa la batalla entre Shikamaru y Hidan. Shikamaru muestra que el escenario había sido preparado por él antes de la pelea y ataca a Hidan con cientos de sellos explosivos. Naruto finalmente muestra su nueva técnica Fūton Rasen Shuriken y se dispone a atacar a Kakuzu.

Shikamaru destroza el cuerpo de Hidan. Éste cae en un agujero que Shikamaru tenía preparado, y se dispone a enterrarlo vivo mientras es maldecido por Hidan. Mientras tanto, Naruto después de un intento fallido finalmente golpea a Kakuzu con su Fūton Rasen Shuriken destruyendo así dos de sus corazones.

Kakashi le da el golpe final a Kakuzu y todos regresan a Konoha. Shikamaru se encuentra con Kurenai en el cementerio, donde tras una conversación se da a entender que Kurenai está embarazada de Asuma. Tsunade, al ver las heridas de Naruto, le ordena a Kakashi que no permita que Naruto vuelva a utilizar su técnica, pues ésta le daña incluso a él y ni ella puede curarlo. Mientras tanto, en la guarida de Orochimaru, éste le ordena a Kabuto que llame a una misteriosa mujer llamada Guren.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru llegan al lugar pero se encuentran con una trampa creada para destruir cualquier evidencia de allí. Guren es atacada por algunos miembros del grupo que querían escapar de Orochimaru, pero son derrotados con facilidad. Mientras tanto Naruto comienza su entrenamiento con Jiraiya.

Guren llega con Orochimaru y muestra celos hacia Sasuke, por ser éste el favorito de Orochimaru. Naruto tiene problemas en su entrenamiento por no considerarse compatible con Gamariki y entonces invoca a Gamakichi y Gamatatsu con su brazo totalmente recuperado.

Naruto muestra avances en su entrenamiento. Sin embargo, llega un mensaje a Jiraiya que hace que éste se deba ir. Mientras tanto, el grupo de Kakashi sigue las pistas que ha dejado Guren, pero uno de los subordinados se entera de la presencia de estos. Naruto se da cuenta que tanto Gamakichi como Gamatatsu no pueden realizar técnicas Suiton.

Kabuto encarga a Guren el cuidado de Yūkimaru, éste enferma en el viaje y Guren debe cuidarlo. Mientras tanto, Shino encuentra una especie de insecto que sobrevivió a los cristales, y se dispone a empollar más. Tsunade ordena a Yamato unirse al equipo de búsqueda de Kakashi junto con Sai y Sakura.

Guren llega con sus subordinados junto con Yūkimaru y le informan de la presencia del equipo de búsqueda. Ella ordena el ataque inmediato. Mientras tanto, Naruto descubre la misión que se le había ocultado y convence a Tsunade que lo deje ir, por lo cual acelera su entrenamiento con Gamakichi y Gamatatsu.

Sakura interrumpe a Naruto en su entrenamiento para que puedan partir. Mientras tanto, los subordinados de Guren atacan al equipo de búsqueda separandolos, en una clara ventaja, se retiran tras descubrir la técnica que preparaba Shino. Ya habiendo analizado las habilidades de los enemigos, Guren se prepara para atacar.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

El equipo de Kakashi llega para ayudar al equipo de Kurenai y recuperar a Hinata. Guren decide retirarse y va al punto de reunión con sus hombres en su base. Después de que Hinata es liberada, Kakashi dice a Sakura y Sai que permanescan con ella hasta que ella este mejor, asi los demas persiguen a sus enemigos. En la base de Guren, Kabuto llega y lleva a todos al lago de antes. Él ata con una correa a Yūkimaru a su máquina y Guren crea cinco pilares cristalinos alrededor de ellos. Cuando la máquina amplifica el chakra de Yūkimaru, la bestia de tres colas comienza a emerger.

Yūkimaru se debilita al no poder contener al Biju, y Guren se dispone a luchar con el Sanbi, mientras Kabuto espaca. Guren ataca con múltiples ataques pero no tienen efecto en la bestia, Mientras tanto Naruto se hacerca al lago y ve al Sanbi. Kakashi, Yamato, Shino y Kiba estan sumidos en el humo, y los subordinados de Guren se disponen a atacarlos, pero Hinata advierte de esto gracias a su Byuakugan. Mientras tanto, Yukimaru se coloca el casco y detiene al Biju, y salva a Guren.

Dentro de la Poderosa Niebla, los ninjas de Konoha gestionan una cita con Naruto. Los ninjas refuerzan la guardia cuando se dan cuenta de que la niebla causa ilusiones. Naruto y sus amigos descubren que su enemigo es el poderoso Sanbi, ante esto, Kakashi decide pedir ayuda a la Aldea de Konoha.

Naruto entra en la niebla para buscar a Yuukimaru, mientras Guren sigue alerta para proteger a Yuukimaru, que se encuentra muy debil sin poder moverse. Cuando ambas partes de encuentran, Guren termina muy confundida por las palabras de Naruto

Los refuerzos de Konoha llegan al equipo de Naruto, quien traen consigo una nueva mision: Sellar al Sabi para que no caiga en las manos equivocadas y llevarse a Yukimaru quien posee un poder extraño que se vincula con el poderoso Sanbi

Se forman 3 equipos: el equipo que sellara al sanbi, conformado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de proteccion:Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleara con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

Hinata, Sakura y las demas, logran formar el sello, mientras un miembro de Akatsuki las espia, los insectos de Shino estan listos, y ahora son invulnebrables al ataque de Guren, mientras Lee, Ten Ten y Kiba con Akamaru logran vencer facilmente a los esclavos de Orochimaru

Kabuto planea romper la barrera de sellado de Konoha desde adentro usando el Poder de Yukimaru para así poder tener al Sanbi bajo control.

Yūkimaru decae y el Sanbi ataca a Guren. Yūkimaru usa su poder para contener al Sanbi, pero agota su chakra y es incapaz de hacerlo. Guren deja su posición y protege Yūkimaru con un escudo de cristal. Naruto sale a buscar a Yūkimaru, pero termina luchando contra el Sanbi con Guren. A pesar de sus esfuerzos para derrotarlo, la bestia los domina, y luego procede a tragarlos. Mientras tanto, Kakashi, Shino, y Sai encuentran a Yūkimaru inconsciente y huyen con él, dejando frustrado a Kabuto.

Guren trata de atacar a Naruto dentro del Sanbi, pero, en su debilitado estado, es incapaz de hacerlo y se desmaya. Mientras tanto, Kakashi le dice a Sakura y a Ino que sanen a Yūkimaru mientras el, Shizune, Kiba, Sai, y Hinata buscan a Naruto. Naruto y Guren pronto encuentran una horda de mini-sanbi que tratan de atacarlos, pero ellos los eluden y comienzan a discutir sobre Yūkimaru. Mientras Yūkimaru despierta, Naruto llama a un montón de clones de sombra para buscar una salida al estomago de la bestia. En otro lugar, Kabuto da Marcas de Maldición a los hombres de Rinji.

Naruto y Guren se ayudan el uno al otro de los hambrientos mini Sanbi cuando el equipo de Rinji ataca al grupo de Lee. Yūkimaru y Kakashi idean un plan para rastrear al Sanbi con el poder del chico y sacar a Naruto y a Guren. Después Naruto y Guren se escapan de una ilusión que hace la niebla, Naruto comienza a comprender las buenas intenciones de Guren. Yūkimaru entonces toca la canción que su madre le enseñó directamente encima donde el Sanbi esta sumergido y Kakashi hace una grieta en la barrera de la bestia; Naruto y Guren oyen la melodía y vuelan a su salida.

El Equipo de sellado se dispone a contener el tres colas otra vez, y decide a Sai tomar Yukimaru en algún sitio la caja fuerte, pero él es atacado por los hombres de Kabuto. Rinji los encuentra, pero ellos deciden no trabajar para Orochimaru más. Ellos de repente comienzan a sufrir efectos secundarios de sus poderes, y Rinji les da un antídoto después de la fabricación de ellos promete no traicionarlo. El Equipo de Sellado es atacado por los hombres de Rinji, pero es defendido por Kakashi, Yamato y Shino. Rinji hace a Yukimaru comer más píldoras para controlar al Sanbi.

El Equipo de sellado sigue sellando al Sanbi con la ayuda de Katsuyu mientras que Kakashi, Yamato y Shino derrotan a los hombres de Rinji y se disponen a encontrar a Yūkimaru. Mientras tanto, Naruto y Guren encuentran a Rinji con Yūkimaru, y Rinji le revela que Guren fue la que mató a su madre. Yūkimaru perdona a Guren, sin embargo Rinji trata de atacarla, pero es parado por Naruto. Entonces se revela que Rinji es Kabuto disfrazado, quien amenaza con matar a Naruto si él se mete en su camino.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Yūkimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Yūkimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Yūkimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Gozu rescata Guren y Yūkimaru, que ha perdido su capacidad de controlar el tres colas,. Tsunade ordena a los equipos volver a Konoha para reagruparse debido a sus heridas y porque Orochimaru no es capaz de controlar la bestia, y envía ANBUs para mantener el lago. Tobi y Deidara vuelven al lago, y después Deidara mata a los miembros de ANBU, los dos Akatsuki capturan fácilmente al Sanbi.

El cuerpo de Orochimaru está al límite y por ello Kabuto y Orochimaru evalúan el crecimiento de Sasuke desde los exámenes Chunin. Después de esto, Kabuto se marcha y Sasuke aprovecha esta oportunidad para atacar a Orochimaru. Tsunade se da cuenta que el Sanbi ha sido capturado por Akatsuki.

La batalla continúa y Orochimaru utiliza el jutsu de cambio de cuerpo, pero Sasuke realiza un inversión. Kabuto al entrar a la habitación ve las serpientes de Orochimaru y a Sasuke, preguntándose quien es en realidad. Sasuke, a través de un Genjutsu, le muestra el final de Orochimaru. En ese momento Tsunade, Naruto, Jiraiya e Itachi ven el atardecer suponiendo la muerte del Sannin.

Sasuke libera a Suigetsu de su prisión acuática y le solicita unirse a él en su búsqueda. Suigetsu responde que él con mucho gusto lo haría, con la condición que él le ayude a encontrar la Espada de Zabuza. No encuentran la Espada de Zabuza en su tumba, pero descubren que está en posesión de un hombre llamado Tenzen Daikoku. Se dirigen hacia su fortaleza y Suigetsu consigue la Espada sin mucho esfuerzo. Tal como fue prometido, Suigetsu se une a Sasuke y va con él a recoger al segundo miembro de su equipo.

El segundo miembro del equipo de Sasuke es una mujer llamada Karin. Después de la llegada de Sasuke y Suigetsu a la Guardia del Sur, el Uchiha le pide a Karin que los acompañe. A pesar de sus vacilaciones y peleas con Suigetsu, Karin acepta finalmente después de recordar su primer encuentro con Sasuke. Éste ordena a Suigetsu la liberación de los prisioneros y después parten para reclutar a Jugo, el miembro final del equipo.

Karin explica que la Guardia del Norte es un sitio para realizar experimentos horrorosos humanos. Se explica que Jugó es una persona con impulsos anormales homicidas y además es el portador exclusivo del Sello Maldito de Orochimaru. A su llegada, Sasuke y su equipo son atacados por un número masivo de prisioneros portadores del Sello. Sin embargo Sasuke y Suigetsu logran suprimirlos.

Luchando contra Sasuke, Jugo recuerda como él encontró a su amigo Kimimaro, y lo que experimentó con él. Después de recordar como Kimimaro murió por él, Jugo está de acuerdo con ir con ellos, creyendo que Kimimaro vive dentro de Sasuke. Después de compartir la información sobre el objetivo de matar a Itachi Uchiha, Sasuke llama a su equipo recién formado "Hebi". Mientras tanto, Naruto decide perseguir Itachi con las esperanzas de encontrar a Sasuke.

Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, el futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, la misión de destruir el Puente de Kannabi. Antes de partir, Kakashi revela su nuevo Jutsu: Chidori, técnica incompleta según las observaciones de Minato. Esa noche, Minato explica a Obito el motivo del suicidio del padre de Kakashi. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrada. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito no hace caso de él y se marcha solo.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Después de capturar al Jinchūriki del Cuatro colas, Itachi y Kisame son convocados por su líder e informados sobre la muerte de Orochimaru. Son advertidos sobre los movimientos de Sasuke y que irá tras Itachi. Más tarde, los bijū de Tres y Cuatro colas son sellados. Deidara y Tobi están dispuestos a luchar apuntando Naruto, Kakashi o Sasuke. Mientras tanto, Hebi junta provisiones en un depósito abandonado Uchiha y Kakashi monta el Equipo Kurenai, conducido por el mismo, para salir junto al Equipo Kakashi, conducido por Yamato, en la misión de capturar a Itachi.

Konoha (equipos Kakashi y Kurenai) empieza la búsqueda de Sasuke e Itachi, el equipo de Sasuke (Hebi) también empieza la búsqueda de Itachi. Sakura y Karin se cruzan, pero no se dan cuenta, mientras que Naruto se encuentra con Kabuto (quién se implantó en su cuerpo, los restos de Orochimaru). Deidara y Tobi encuentran a Sasuke y va a dar comienzo a una gran batalla.

Deidara entra en combate con Sasuke en una lucha feroz. Tras confirmar la habilidad innata de Sasuke, se dedica a realizar ataques de larga distancia desde el aire. La pelea se convierte en una lucha a la defensiva, y Sasuke, arrinconado, intenta escapar y esquivar los ataques. El resultado de la lucha a muerte con el Sharingan de Sasuke le trae terribles recuerdos a Deidara.

Sigue la intensa batalla entre Deidara y Sasuke, un genjustu realizado por el Uchiha lo salva de la explosión del Garuda C4, Sasuke realiza su Chidori con sus sello maldito nivel 2, pero se da cuenta que es un clon de arcilla, Deidara ha atrapado al Uchiha, pero Sasuke se da cuenta que con su espada y el jutsu eléctrico (Chidori) puede repeler los ataques de las bombas de arcilla, Deidara no puede contra Sasuke, dando a conocer un secreto, una cuarta boca en su pecho, comiendo la arcilla restante desata una gran explosión.

Deidara explota llevando consigo en la explosión a Sasuke y probablemente a Tobi, los ninjas cercanos se percatan de la explosión y quien lo habría provocado, surgiendo preocupación por el equipo de Sasuke. Suigetsu llega al lugar de la explosión pero ve que Sasuke ha sobrevivido usando a Manda como "escudo" que muere maldiciendo al Uchiha. La búsqueda para encontrar a Sasuke continua; Tobi aún vivo, se revela como Uchiha Madara, ante Pain y su compañera.

El equipo de Konoha rápidamente se dispone a perseguir a Sasuke por su olor, aprovechando que él está recuperándose de sus heridas, sin embargo Karin se percata de esto, e inmediatamente Sasuke emprende la huida. Naruto utiliza varios clones para hallar más fácilmente a Sasuke, uno de los clones se encuentra con Itachi, quien solo dice que quiere hablar con él. Mientras tanto en Konoha Jiraiya le informa a Tsunade que ha hallado el escondite del líder de Akatsuki. Tras una conversación se revela que el cuarto Hokage es el padre de Naruto. Jiraiya emprende una misión de infiltración al país de la lluvia, donde se oculta Pain.

Jiraiya era un niño genin su maestro era Hiruzen Sarutobi, el tercer Hokage y tenía como compañeros a Tsunade y Orochimaru; era un aprendiz muy desordenado y muy inquieto (igual que Naruto).Una de esas aventuras al joven genin quiere utilizar un jutus de telestransportación, lográndolo y llegando a un mundo gobernado por sapos. Jiraiya es entrenado por ellos. Transcurre el tiempo un adulto Jiraiya tiene que vivir una nueva guerra ninja, teniendo que regresar a Konoha, va a luchar junto con sus antiguos camaradas.

Hanzö en medio de la batalla nombra a los tres nijas "Los Sannin Legendarios", un nombre puesto desde esa guerra. Abatidos por la lluvia los tres ninjas se regocijan en un lugar seco llegando tres niños que piden comida, después que se les da, estos siguen a los Sannin, Orochimaru determina matar a los huérfanos pero Jiraiya pide encargarse de ellos. Viviendo juntos con Konan, Yahiko y Nagato, un día son atacados por un ninja pero Yahiko es salvado por Nagato, el Sannin ve en sus ojos el Rin'negan. Enseñándoles todas su técnicas después de tres años tiene que retirarse ante la tristeza de sus aprendices.

Jiraiya se infiltra a la aldea de la lluvia, Pain se da cuenta de un fuerte chakra. Jiraiya busca información sobre quien lidera esa aldea, donde los aldeanos le tienen respeto al líder. Dos ninjas subordinados de Pain van a un bar pero ya Jiraiya convertido como mesero, escucha la conversación; revelando su verdadera identidad, los encierra en el estómago de un sapo y les interroga ante la negativa de los dos ninjas, acto de comedia convierte a uno en sapo. el otro revela que Hanzö fue vencido por Pain, el ninja recuerda como el antiguo líder le nombró Sannin. Jiraiya no cree que haya sido vencido fácilmente. Pain abre una pared, entrando en una compuerta se ve 5 cuerpos más, saliendo el de a lado en busca del infiltrado

Jiraiya convoca a un sapo en un pergamino y habla sobre Naruto y sobre quien habría mandado al Kyubi, quien el Sannin revela que fue Madara Uchiha, el sapo no le cree ya que el Uchiha en ese tiempo no hubiera estado vivo. Jiraiya transformado en un ninja de la lluvia, va en busca de Pain, pero es visto por Konan.Konan se da cuenta que ha llegado y empapela al ninja e intenta rematarlo pero es suprimida por un Katon de su antiguo maestro.

Al no tener otra opción, Jiraiya y Gamaken comienzan su batalla contra Pain. Después de ocultar a sí mismo, Pain convoca a las criaturas para derrotar a Jiraiya. Al darse cuenta de que es contra un enemigo poderoso, Jiraiya utiliza un jutsu de barrera y se prepara para entrar en el modo de Ermitaño. Cuando Jiraiya tiene su jutsu listo para usar, Gamaken sale de la batalla. Jiraiya entra en modo de ermitaño y convoca a Fukasaku y Shima. Él encuentra a Pain, que convoca a dos otros caminos para entrar en pelea.

Jiraiya pelea contra 3 Pain que tienen el Rin'negan, usa jutsus e incluso va por un modo ermitaño cambiando su apariencia, pero son repelidos y bloqueados por su enemigo. El Sannin tiene que escapar entre las tuberías con Fukasuku y Shima y ver una solución de quien es el verdadero Pain ya que todos tiene el mismo dōjutsu, este llega a la conclusión que cada Pain tiene un propósito específico. Los tres Pain corren a buscar a Jiraiya, pero este pide a los sapos que hagan un sonido para provocar un genjutsu. En un acto de poder buscar al verdadero, usa técnicas y encierra a los tres en el genjutsu, y después siendo ultimados por Jiraiya, pero uno de ellos lo sorprende y logra destrozarle el brazo izquierdo, apareciendo ante él los 6 caminos de Pain incluido los 3 que asesinó. Jiraiya, horrorizado, se sorprende ya que ve un rostro conocido entre ellos.

Jiraiya se da cuenta que uno de los Pain es Yahiko, el Sannin logra atrapar a uno en una barrera y con un Rasengan tirarlo al ácido gástrico, este le lanza un arma perforándole el lado derecho de su pecho, recuerda que al Pain que asesinó es un ninja con quien lucho en el pasado. El Sannin de nuevo a la superficie tiene que lidiar su lucha contra los 5 restantes, uno de ellos cogiendo fuertemente su garganta y siendo rematado por los 5 demás. Jiraiya agonizando recuerda entre tristezas y como Minato lo eligió como el padrino de su hijo, recordando al padre de Naruto y al mismo Naruto. En lo último de su vida escribe un mensaje en números, pero uno de los Pain se percata lanzando su mano como explosivo; en recuerdos Jiraiya se hunde más y más en el agua, pensando como se llamaría su libro.

Jiraiya ha sido asesinado por Pain, pero el comienzo de otra pelea se acerca.El equipo de Konoha va en busca en Sasuke, mientras en joven Uchiha va en el encuentro con su hermano donde con un genjutsu le dice donde será su tan esperado encuentro.Los dos equipos corren en demasía pero el equipo de Sasuke es intervenido por Kisame, a que Suigetsu se enfrenta, mientras el equipo de Konoha se encuentra con Tobi, donde Naruto dicide luchar contra el Akatsuki. Mientras tanto Sasuke se acerca a la batalla decisiva contra su hermano Itachi.

Itachi recuerda el pasado cuando vivía en Konoha, y la noche en la cual cometió la masacre en contra de su clan; mientras Sasuke ha llegado al lugar donde se encuentra su hermano iniciándose la lucha, y las preguntas de Sasuke hacia su hermano sobre el tercer Uchiha, a quien Itachi le hace saber que es Madara Uchiha.

Itachi comenta que Madara Uchiha es el otro del clan que vive, pero este no cree las palabras de su hermano, la cual Itachi le muestra el pasado, la crueldad del clan Uchiha. Madara Uchiha y su hermano habían activado el Mangekyou Sharingan pero la desventaja era la ceguera que provocaba esta; la cual Madara extrae los ojos de su hermano para poder ver, así llegando a pelear contra el líder del clan Senju, el Primer Hokage, y ser aquel que mandó al Kyubi a Konoha hace 16 años.Itachi muestra los deseos de quitarle los ojos a Sasuke ya que este también muestra los estragos del Mangekyou Sharingan. La pelea inicia, Itachi muestra más poder que su hermano menor, propinándole golpes y patadas, dejándolo a Sasuke a merced de ser despojado de sus ojos.

Sasuke es despojado de su ojo izquierdo e Itachi pretende quitarle el ojo derecho, pero Sasuke rompe el Tsukuyomi de su hermano, Itachi dispone a realizar el Amterasu pero su hermano toma la delantera de la batalla lanzando un Kage Shuriken no Jutsu hiriendo a su hermano que sufre las consecuencias del Mangekyou Sahringan.Los hermanos combaten con Katon, siendo Sasuke el que pueda ganar la confrontación, mas Itachi activa el Amaterasu, llegando a quemar a su hermano, pero este utiliza una técnica de Sustitución, Sasuke lanza varias veces Katon Gouryuuka no Jutsu la cual intenta llegar a herir a su hermano. Sasuke tiene la posibilidad de ganar.

Sasuke recuerda la razón de su pelea, el odio a su hermano por haber matado a todo su clan. Los hermanos aún pelean Sasuke tiene la ventaja ya que utilizó el Katon para calentar la atmósfera, utilizando el Kirin lánzadole a Itachi, quien este se cubre con Susano'o, el ser cubre completamente a Itachi, mientras Sasuke escucha la voz interna de Orochimaru, deseando este sali, logrando su cometido saliendo este en un ataque de hidras, se empuña en pelar contra Susano'o siendo derrotado por Totsuka la espada de este; Sasuke ante la desesperación realiza ataques con armas pero es repelido por la fuerza del nuevo ser, Itachi se acerca para arrebatarle los ojos ante la impotencia de su hermano, Sasuke sin salida, Itachi con la victoria puesta, solo tiende a tocar su frente y caer al piso. Zetsu que observa la batalla no cree que Itachi haya perdido. Sasuke ha ganado e Itachi ha muerto.

Ha Terminado la batalla, Sasuke ha ganado. El equipo de Konoha se enfrenta a un complicado Tobi, quien puede evadir todo los ataques de sus rivales. Zetsu comunica Tobi que Sasuke ha vencido a su hermano y se dirije al lugar donde se perpetró la batalla, también va el equipo de Konoha.Zetsu le comunica también a Kisame y al equipo Hebi de la situación. Naruto se lamenta por la tardía llegada. Sasuke se despierta en la guarida de Akatsuki, Tobi se muestra como un Uchiha y desea contarle la verdad sobre Itachi. Sasuke activa repentinamente el Mangekyö Sharingan lanzando un Amaterasu a Tobi.Tobi cuenta que Itachi realizó esa batalla para salvarlo.

Tobi cuenta la verdad sobre Itachi, y el porqué tuvo que asesinar a todo su clan. La verdad se remonta hace 80 años donde el mundo ninja vivía en guerras sin treguas de paz, Madara se levanta como líder hasta enfrentándose al Primer Hokage, siendo también el autor de mandar al Kyubi a Konoha. Narra también las peripecias y la discriminación hacia los Uchiha.

Madara continúa contando porque Itachi asesinó a su clan. Itachi quería solo la paz, pero los Uchihas iniciarían una guerra civil la paz en que el creía se iba a desmoronar. Itachi asesinó a todos pero lo hizo por Konoha, dejando a Sasuke vivo por el cariño que le tenía. Sasuke no cree en esas palabras, recordando en un acantilado los momentos de familia y con su hermano, Hebi cambia a ser Taka el objetivo, destruir Konoha.

El equipo de Konoha decide dejar de buscar a Sasuke, mientras que el Uchiha recuerda como Itachi lloró cuando se fue de la aldea. Madara ahora puede usar a Sasuke a su manera envía a Taka a la misión de atrapar al ocho colas. En la aldea oculta de las nubes, se encuentra el Jinchūriki llamado Killer Bee, quien demuestra su fuerza logrando vencer a Jūgo y a Suigetsu, ahora dándose un combate uno a uno contra Sasuke.

Sasuke consigue la espada de Suigetsu y comienza la lucha contra Killer Bee, que muestra su habilidad como un espadachín con su Danza de Siete espadas. Sasuke es lastimado por el ataque, Karin le cura. Sasuke, Suigetsu, Jugo comienzan un ataque combinado sobre Bee hasta que decide utilizar el poder del ocho colas. Sasuke otra vez es herido,del cuello, Karin trata de curarlo, pero Jugo la detiene, Sasuke es curado otra vez por Jugo.

El grupo de Konoha regresa ante la fallida búsqueda de encontrar a Uchiha Sasuke, y ahora la nueva misión de Naruto es ser el protector del clan Tsuchigomo, quien tiene un pacto con el Tercer Hokage.

Los bandidos ninjas tienen una reunión con su jefe sobre el jutsu prohibido. En otra parte del equipo 7 intentan con Hotaru para que ellos sean sus guardespaldas, hasta que llegen a su aldea. Después de ver el pasado, Utakata despierta, se encuentra con los bandidos ninja y lucha contra ellos hasta que está acorralado. El Equipo 7 finalmente llega al pueblo de Hotaru y la dejan a su cuidado.

Al pasar de escena el tio de Hotaru la encierra en una habitacion junto a los 4 ninjas que la persiguieron anteriormente, los ninjas le quitan un pergamino el cual segun contiene el jutsu prohibido pero al abrirlo escapa de ahi hacia el bosque. Los ninja la persiguen en el bosque pero al alcanzarla Utakata la rescata y tiene una breve pelea contra los nijas, despues Hotaru despierta en una burbuja en el cielo; al bajar Hotaru le dice maestro a Utakata pero se molesta recordando lo que le hizo su sensei hace un tiempo, de un momento Hotaru le enseña a Utakata algo en su espalda para que la comprende y Utakata se sorprende cuando unos ninjas rastreadores de la aldea de la niebla lo atacan atandolo pero naruto entra en accion para salvar a Utakata.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Después de volver al monte Katsurugi, Tonbee, Hotaru, y el equipo 7 planean su próximo movimiento. Tonbee narra la historia del clan. Tonbee explica que si vuelve Shiranami el clan se restauraría. Naruto va en su búsqueda. Mientras tanto, los otros se preparaban para quitar el Kinjutsu. El grupo de cazadores ninjas siguen a Ukataka, pero se confrontan con una invocación.

Naruto llega donde se encuentra Shiranami, pero este es secuestrado por los bandidos, Naruto escapa por por la creación de las colas del Kyūbi, pero los bandidos usan una técnica más poderosa donde Naruto es vencido, Ukataka ha recibido el mensaje de Hotaru y se enfrenta a los bandidos. Shiranami se revela como el líder de los bandidos, y utiliza una técnica que controla a los habitantes y también a Hotaru.

Shiranami sujeta a Hotaru para liberar el jutsu prohibido. Shiranami afirma que Hotaru no es más que un "recipiente" para recoger la energía del chakra que liberará la técnica prohibida. Utakata y Naruto llegan pero son detenidos por un jutsu hecho por Shiranami. Sin embargo, se las arreglan para salir libres. Mientras tanto, el equipo 7 lucha contra los bandidos y los aldeanos y son incapaces de avanzar.Shiranami logra su cometido y libera la técnica.

Hotaru grita, creyendo que han matado a Naruto y Utakata, sin embargo, todavía continúan su viaje. Mientras tanto, el equipo 7 pelea contra bandidos y los derrota. Hotaru cuerpo comienza a desbordarse con chakra natural y Shiranami trata de escapar, pero es derrotado por Naruto. Utakata a continuación, utiliza su bestia para consumir y detiene el flujo de chakra. Al final, el equipo 7 y Hotaru y Utakata inician sus viajes, pero Utakata es emboscado por Pain y derrotado, con sus últimas fuerzas a las manos para contar las burbujas de Hotaru para vivir.

Akatsuki sella al seis colas, mientras Naruto recuerda su encuentro con Itachi. Sasuke deja el cuerpo de Killer Bee a Madara y se disponde ir a Konoha. Kakashi llama a Naruto para que vayan a ver a la Hokage, ya que les tiene una noticia, Fukasaku dirije la palabra, diciendo que Jiraiya ha muerto en combate contra Pain. Naruto triste sale de la sala y se dirije recordando a su maestro.

Naruto sigue aún triste por la noticia la muerte de Jiraiya, el equipo de Konoha tiene un cuerpo de Pain a que le realizarán estudios en la autopsia. Iruka se encuentra con Naruto, que este le invita a comer, pero es rechazado. Naruto aún más triste camina en la noche e Iruka lo encuentra de nuevo dándole ánimos. Shikamaru que busca descifrar el código va en busca de Naruto pero este desanimado no puee pensar en nada. Shikamaru lo lleva a ver a Kureni y da a mostrar que algún día dejar´un legado igual que su maestro; aún sinedo mas animado a descifrar el código.

Shikamaru, Naruto y Shiho aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribión antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no esta entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Naruto entrena con los sapos, para lograr el Senjutsu, pasando por muchas dificultades, Naruto está confiado que hará lo mejor de si mismo y le pone mucho entusiasmo. A Naruto se le entrega un libro, el último de Jiraiya y los recuerdos hacen llorar a Naruto. Akatsuki que está sellando al ocho colas se dan con la sorpresa que Sasuke fue engañado, saliendo solo un tentáculo, ante la risa de Zetsu.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue preogresando ahora enfrentánose en el entrenaminto a Fukasaku.

Pain ha llegado a Konoha para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Pain busca a Naruto, Danzō cuenta a Homura y Koharu que Pain ha llegado, este destruye de a pocos a la aldea. Los consejeros discuten con Tsunade sobre Naruto, pero la Quinta confía en el. El sapo encargado por Tsunade para el regreso de Naruto es asesinado por Danzō, mientras Konan y los "caminos" de Pain siguen interrogando sobre el paradero de Naruto y asesinando al que no le diga, ante Iruka se le presenta uno -Tendo- para preguntarle sobre lo mismo, Pain al no conseguir respuesta decide asesinarlo, pero el intento es detenido por Kakashi, que ahora luchará contra Pain.

Pain se enfrenta a Kakashi, Kakashi utiliza el Raikiri pero es replegado por una extraña fuerza invisible. En la lucha aparece otro Pain -Camino de los Demonios- que muestra su verdadera apariencia ante Kakashi, Pain atrae a Kakashi hacia su otro "camimo" pero cuando ya ha sido atravesado por el arma que lleva este, se revela que era un clon de rayo. Al campo de batalla llegan Chōza y Chōji, Kakashi les píde ayuda para derrotar a Pain, que utilizando un ataque padre e hijo no pueden contra el poder de Pain, utilizando cadenas logran detener a Pain, pero este utiliza su habilidad, logrando deshacerse de los 3 ninjas. Pain decide rematar a Kakashi con un clavo y se retira.

Konoha sigue siendo atacada, mientras Inoichi busca información en la mente del ninja; en ella se descubre que el le da un cadáver a Konan. Ese cadáver resulta ser el nuevo cuerpo de Pain, que irrumpe en la sala donde se encontra Inoichi y otros ninjas, Inoichi se da cuenta que ese cuerpo lo había visto cuando buscaba en la mente del ninja desconocido.

Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatandose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer.

Kiba y Tsume Inuzuka atacan a Pain (Gakidō) en la sala de examinaciones, mientras tanto el clan Aburame se encuentra con Konan. Tanto Pain ha llegado donde Tsunade donde la Hokage lo recuerda, Pain le dice sus intenciones, la de capturar al Kyūbi. Pero Tsunade le responde que Naruto ahora es máas fuerte y luchará por la aldea. Mientras Shizune y compañía analizan a Pain y que puede ser que este controle cuerpos ya muertos; una explosión se produce y aparece otro Pain (Ningendō) que tiene la habilidad de leer la mente como el clan Yamanaka, este le transfiere la información a Pain de la ubicación de Naruto. La información llega hacia Naruto.

Naruto busca al enemigo, Shima llega diciéndoles que el lugar donde están es Konoha. Tsunade se da cuenta que la aldea ha sido devastada por el Shinra Tensei de Pain, los aldeanos y shinobis sufrieron heridas después del ataque. Los caminos de Pain se levantan y de la habilidad de Jigokudō lanza al fenecido cuerpo muerto por Kakashi, que sale reconstruido y nuevo del portal, ahora los cinco se van a donde Pain. Cara a cara los 6 caminos de Pain contra Naruto, Shuradō se lanza contra Tsunade pero es destruido de un golpe por Naruto. Ahora Naruto puede enfrentarse a Pain, siendo la primera en atacar, Chikushōdō, con una técnica de invocación, logrando detenerlo del cuerno y lanzandolo, pero ella invoca dos nuevas bestias que ahora son detenidas por Fukasaku y Shima.

Naruto ha lanzado el Fūton: Rasen Shuriken hacia Pain, el ataque puede expandirse llevandose consigo a uno (Ningendō). Shikamaru se pregunta sobre lo que pasa a distancia lo cual Katsuyu le responde que es Naruto. La pelea aparte de Bunta, Hiro, y Ken continua, contra las invocaciones, Chikushōdō (el "camino" femenino de las invocaciones) ataca a Naruto, Fukasaku y Shima deciden ayudar, tanto Shima utiliza Senpō: Fūton Sunabokori, la arena nubla a Chikushōdō que recibir golpes, Pain no ve donde están, Naruto utiliza el Senpō Rasenrengan a Chikushōdō; que los dos estuvieron dentro de la boca de Bunta. Naruto ha perdido el Modo ermitaño, que ahora lucha cuerpo a cuerpo contra Pain.

Naruto ha derrotado a cuatro caminos de Pain, quedando solo dos, Pain utiliza el Bansho Ten'in atrayendo a Naruto, y cogido por Gakidō que puede absorver todo su chakra. Pero Naruto utiliza la fuerza natural convirtiendo a Gakidō en una estatua. Pain utiliza su Bansho Ten'in contra Fukasaku, asesinándolo. Pain le habla sobre la paz y la justicia y como es su deseo de obtenerla, es asi que el formó Akatsuki para obtener los poderes de los Bijūs y encontrar la paz; el deseo de Nagato.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto. Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero sólo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después asesinarla. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Naruto ha liberado el poder del Kyūbi, mostrándos ahora seis colas. Pain lo confronta inundando el lugar y enviándole ataques por doquier. Naruto desea continuar pero el collar que lleva para suprimir el poder del Kyūbi no lo deja continuar, destruyéndolo. Naruto se mueve con rapidez, sorprendiendo a Pain que usa Shinra Tensei sin efectividad, llegando a ser golpeado y tumbado por la fuerza descontrolada del Jinchūriki. Naruto reúne chakra para lazarlo a Pain mas este usa Bansho Ten'in aplastando a Naruto, Pain alaga el poder del Kyūbi, yéndose lejos con Naruto decide usar Chibaku Tensei, logrando capturar a Naruto dentro de una gran esfera. En la conciencia de Naruto el Kyūbi le habla a Naruto y hace que libere su poder; Yamato corre y ve en su mano que de seis ha cambiado a ocho.

El Cuarto Hokage aparece en la mente de Naruto y le impide que libere al Kyubi. ¿Este enfrentamiento entre padre e hijo dará la confianza necesaria a Naruto para detener a Pain de una vez por todas?

Naruto se enfrenta a Nagato y le dice que le va a dar la respuesta a la pregunta hecha por Pain anteriormente, luego se entera de lo que hizo que Nagato eligiera el camino del mal. ¿Cuál es la respuesta de Naruto y a qué conclusión llegará Nagato?

El Cuarto Hokage, Minato Namikaze, dejó su legado antes de fallecer. Naruto, Sakura y Sasuke tratan de encontrar el legado de Minato antes de que los otros equipos shinobi puedan llegar a ella.

Naruto, Sakura, Shikamaru, Ino y Choji continúan buscando el legado del Cuarto Hokage, mientras persiguen a algunos visitantes inesperados.

Nagato le cuenta a Naruto cómo conoció a Yahiko y Konan y cómo llegaron a convertirse en discípulos de Jiraiya.

Nagato revela la verdad sobre lo sucedido a Yahiko y lo que hizo que olvidara los ideales de Jiraiya. Contado su relato, le pide su respuesta a Naruto. ¿La respuesta de Naruto será suficiente para convencer a Nagato de detener sus malvados planes, o Naruto se verá obligado a matar Nagato?

Ya conocida la historia de Nagato, Naruto le dice su respuesta, declarando que no abandonará el legado de su maestro, y va a seguir luchando por la paz, no importa el dolor que le ha hecho pasar. Nagato reflexiona sobre lo que Naruto dice, pensando en sus últimos días como uno de los estudiantes de Jiraiya. ¿Cómo responderá Nagato en última instancia a Naruto?

Decidiendo creer en Naruto, Nagato utiliza el arte Gedo: Rinne Rebirth jutsu, gastando completamente su chakra, y así dar su vida, para revivir a cada persona de la aldea que murió en el ataque, diciendo que es lo menos que puede hacer. Konan se lleva los cuerpos de Yahiko y de Nagato, dándole a Naruto unas flores de papel en señal que deja los sueños de ellos dos a él.Naruto regresa a Konoha siendo recibido por todos los aldeanos como un héroe. Después de todos estos años, Naruto finalmente ha recibido el reconocimiento que siempre quiso.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presente, la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su sensei Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presente, la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto que este se logra deshacer de su maestro usando una técnica, en el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi logrando vencer a sus rivales. De vuelta al trama actual Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

En una reunión de urgencia, Danzō es elegido como el nuevo Hokage, Kakashi recuerda el pasado y la formación del equipo 7.

Inari y Tazuna están en Konoha para ayudar en la reconstrucción de la aldea, los recuerdos de los protagonistas hace tres años vienen otra vez.

Los recuerdos siguen, con la misión del equipo 7 llevando al señor avestruz, en donde también Naruto "enseña" a Tsukado a obtener la victoria.

Gaara decide ayudar a Konoha; también recuerdan que tuvieron una misión en conjunto con el Equipo 7, donde también se ve que Gaara logra crear lazos de amistad con su equipo.

Naruto y Sakura estan cuidando de Tsunade, la cual Sakura recuerda que Naruto regresa enfermo de una misión, la cual hace ordenar su captura, lo cual podría ser una enfermedad seria, al final se ve que el no estaba infectado, estallando de furia.

Ten-Ten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consiste en recolectar 1000 kunais.

Kotetsu es enviado a una misión para atrapar a una avestruz, con Shino, Naruto y Lee. El avestruz no se dejará atrapar fácilmente, rivalizando a los shinobis contra los cuatro ninjas animales.

Lee va a ver la situación de la Quinta, encontrándose con Sakura; recordando como Gai quería hacer una medicina para Lee, con la ayuda de Sakura, Naruto e Ino van a en la búsqueda los ingredientes.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro decide enseñarle como defenderse de los Genjutsu.

Naruto y Jiraiya, deciden ayudar a un niño y su aldea, que son aterrorizados por unos villanos, con algunas dificultades, maestro y alumno logran ser los vencedores.

La misión de atrapar a un gato en especial, Nekomata para una anciana coleccionista de huellas de las patas de estos animales. Los tres genin tienen que infiltrarse hasta pelear con los gatos del lugar, teniendo éxito en la misión.

Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Este último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón los otros ninjas lo llamaron el Genin Eterno. Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las órdenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Neji le relata al grupo de Konohamaru la misión en la cual él, Tenten y Kiba tendrían que rescatar a Hinata de los ninjas de Kumogakure, durante el ataque a Konoha que sucedió tres años atrás.

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Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo.

Shikamaru recuerda como el equipo 7 y el equipo 10 cooperaron en la misión de rescatar a la nieta de un jefe de la aldea, la cual logra terminar con éxito gracias a la ayuda de los dos equipos.

Naruto y Sakura tienen la misión de ser "las niñeras" de Naho, a los que ella rechaza porque desea que Sasuke la cuide, ya que previamente él la había salvado. Naruto tiene que cuidarla trasformado en Sasuke, ya que éste ha ido a una misión con Kakashi. Naruto y Sakura tienen que enfrentarse a algunos criminales, a los que no logran vencer hasta que el verdadero Sasuke llega para aliviar las cosas.

El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Naruto es golpeado por Karui por no revelar información acerca de Sasuke, lo cual desea ver al Raikage. Naruto es informado sobre la situación actual, el insiste de ver al Raikage para hablar con el y pueda perdonarlo, también informa que conoció al Cuarto Hokage y detuvo su transformación en el Kyūbi en su pelea contra Pain. Ante esto Kakashi decide que Naruto vaya.

Los Kages se preparan para ir a la reunión pactada por el Raikage. En su trayectoria Danzō es atacado por ninjas rebeldes mostrando el poder de su Sharingan; mientras en Konoha los ninjas de la aldea de las nubes se retiran. Sasuke hace también su movimiento para ubicar el lugar de reunión y saber quien ese Danzō, mientras tanto el Raikage se encuentra con sus informantes que mandó a Konoha; llegándose a saber que fueron seguidos por Naruto, Kakashi y Yamato.

Naruto suplica al Raikage que decline en su decisión de matar a Sasuke, la cual es rechazada. La reunión de los 5 Kages ha empezado tomando asuntos como Akatsuki y la forma de acabar con esta organización, la cual Danzō da a conocer que el líder es Madara, la petición de una alianza de la cinco naciones se da, pero la elección del líder de esta alianza parece que recaerá en Danzō.

La situación sobre Sasuke, empaña los sentimientos de sus camaradas de su antigua aldea, mientras él quiere dar el gran asalto en la reunión. Uno de los ninjas de la aldea de la niebla, usuario del Byakugan, ve que Danzō tiene el Sharingan en su poder, lo cual pide que quite sus vendajes, ante esto llega sorpresivamente Zetsu. Naruto piensa si Sasuke ha sido consumido por la venganza, ante tantos recuerdos se le aparece Madara que desea hablar con él.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por él, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Madara explica a Naruto la verdad sobre el Clan Uchiha y cómo surgió el odio de generación en generación y que Sasuke y Naruto están destinados a pelear; mientras Sasuke lucha contra el Raikage haciendo uso de su Mangekyō Sharingan y usando Amaterasu a la vez que se protege de los ataques del Kage con un escudo de huesos. Cuando la pelea alcanza su cénit, Gaara interviene. El Kazekage, al darse cuenta de que Sasuke ha tomado otra senda en su vida, decide atacar siendo ayudado por sus hermanos y Darui; sin efecto alguno, ya que Sasuke ha liberado Susano'o "su defensa absoluta".

Sasuke ataca con todo el poder de Susano'o, logrando salir en medio del caos en busca de Danzō, por lo que los presentes se percatan de su presencia siendo atacado por la Mizukage que tiene abatido al Uchiha, no tanto Zetsu aparece, para absorber el chakra y dárselo a Sasuke lo que continua su pelea, también entra en acción el Tsuchikage que logra encerrar en un jutsu al joven Uchiha para desintegrarlo, lo cual no es realizado ya que Madara salva a Sasuke y planea contar a todos sobre su plan: ojo de Luna (月の眼 "Tsuki no Me"?).

Madara habla sobre su plan la cual es reunir los Bijūs, para unificarlos en el Jūbi (Diez colas) la cual Rikudō Sennin, en el pasado, se convirtió el en Jinchūriki de esta bestia, logrando antes de su muerte poder repartir ese poder en nueve bestias, convirtiéndose en la luna; de allí el plan de Madara para conseguir el Tsukuyomi Infinito, recibiendo la negativa de los Kages para poder entregar los dos Bijūs restantes, Madara declara la 4ª Guerra Ninja. Los Kages planean como proteger a Killer Bee y Naruto sobre esta situación formándose una alianza a favor de la protección de ellos dos.

Sakura encuentra a Naruto y le confiesa que lo ama, pero Naruto no cree en sus palabras por lo ocurrido en el pasado. Mientras ella se retira decide ir por Sasuke sola. Mientras en la reunión de Kages todos están de acuerdo en proteger a los dos Jinchūrikis que restan; al mismo tiempo uno de ellos, Killer Bee, empieza una batalla contra Kisame que ha llegado a su encuentro.

Los planes de Danzō por detener a sus perseguidores hace efectos ya que uno de sus ninjas utiliza una técnica para encerrar al usuario del Byakugan de la aldea de la Niebla. Kisame lucha contra Bee que usa su Samehada para succionar el chakra del Jinchūriki, Killer Bee, que es ayudado por su Bijū como atacar a su rival, pudiendo transformarse con el manto del ocho colas, haciéndole un gran daño al Akatsuki, que ante un fuerte adversario se une con su katana viéndose una forma de mitad hombre, mitad pez, utilizando inmediatamente Suiton: Daibaku Suishōha, aprisionando a su rival que no puede contra el nuevo Kisame que aún puede succionar su chakra dejándolo fuera de combate.

Sai le habla sobre las verdaderas intenciones de Sakura al decirle sobre sus sentimientos, llegando a una conclusión, Sakura matará a Sasuke por sus propios medios; después de la conversación aparecen Gaara y sus hermanos para decirle la determinación que han tomado acerca de Sasuke. Fuu y Torune son mandados por Danzou a protegerlo mientras este se saca el armazón de su brazo derecho, ya que se han encontrado en el camino con Madara, la pelea empieza entre sus dos escuderos, pero Madara los vence fácilmente, ya que los "succiona", mientras Sasuke es curado por Karin sale al exterior donde ve a Danzō, lo cual su brazo muestra muchos Sharingan, la batalla entre el joven Uchiha y Danzō se aproxima.

Kakashi decide ir a detener Sakura, mientras tanto Naruto se desmalla ante la idea de que sus amigos puedan matar a Sasuke. La pelea entre los dos ninjas empieza con un ataque de Susano'o de Sasuke hacia Danzō, con el que se despejan las dudas de Sasuke sobre la verdad de Itachi. Los ataques del Uchiha son superiores al punto de utilizar Susano'o y Amaterasu al mismo tiempo, pero siendo anulado por Danzō, apareciendo una y otra vez, luego de aparentemente haber muerto. Utilizan ninjutsus de alto nivel, las habilidades de los dos los ponen en un punto de equilibrio ante la pelea, la cual en un acto de Sasuke libera cuervos al igual que Itachi, apareciendo este detrás de Danzō.

Sasuke usando un genjutsu no puede abatir a Danzō que usa un sello que deja inmóvil al Uchiha, Danzō coge su katana para ultimarlo, pero Sasuke realiza Susano'o más completo que puede aún disparar ataques a distancia, Madara explica los 10 sharingan que tiene Danzō lo cual puede utilizar la técnica prohibida por los Uchiha, Izanagi, aparte que tiene implantado ADN del Primer Hokage lo cual lo hace más hábil al utilizar esta técnica. El rival de Sasuke utiliza una invocación Baku, lo cual intenta aplacar a Susano'o, en el momento que Sasuke utiliza un Katon, Danzō logra ver un modo de ataque siendo golpeado por Susano'o, mientras Karin se da cuenta del tiempo que demora un ojo al cerrarse. Los dos protagonistas de esta batalla dan sus mejores ataques, al final Sasuke con su Chokuto y Danzō con un arma de chakra logran atravesarse mutuamente, sin saber si es el verdadero Danzō.

Sasuke ha logrado herir al verdadero Danzō, ya que Sasuke previamente había utilizado un genjutsu en el momento adecuado. Danzō sin escapatoria toma como rehén a Karin, pero el Uchiha atraviesa a los dos, que después intenta escapar sin salida. En su lenta agonía activa una técnica de sellado la cual Madara y Sasuke escapan, en eso Danzō recuerda una misión que tuvo con Sarutobi y compañeros junto al Segundo Hokage, en la cual tenía mucha envidia a Sarutobi por ser más fuerte y mejor que el, al mismo tiempo que iba ser nombrado Tercer Hokage.

Sakura duerme a sus compañeros para ir sola en busca de Sasuke, que este se encuentra junto con Madara que el ordena asesinar a Karin, en el momento que decide eliminar a su ex compañera aparece Sakura para confesarle que ha dejado la villa para irse con él.

Naruto recuerda toda las veces que pasó con Sasuke hace 3 años ya sea como compañeros de equipo hasta la vicisitudes, confrontaciones y encuentros, lo cual hace que vaya de nuevo en su búsqueda.

Sakura que ha llegado en busca de Sasuke le dice que se unirá a él: tanto Sasuke decide que mate a Karin, para aceptar la "oferta", la cual la intención de él era matarla, llegando antes Kakashi para salvar a Sakura. Maestro y ex-alumno pelean, demostrando más poder el Uchiha ante Kakashi que puede ver todo el odio que emerge de Sasuke. Sakura que ha terminado de curar a Karin va decidida a matar a Sasuke, no obstante este se da cuenta de la intención de ella, sosteniéndola del cuello, y un kunai determina asesinarla, pero esta vez llega Naruto para salvarla.

Naruto ha llegado al lugar de la pelea entre Kakashi y Sasuke, Naruto le reclama la actitud que este tiene, pero Kakashi le recuerda que ya no es el mismo. Kakashi intenta atacar de nuevo a su ex-alumno, pero es detenido por los clones de Naruto y este haciendo un Rasengan logra impactar con el Chidori de Sasuke, envolviéndolos en una esfera de luz, Naruto recuerda la similitud de sentimientos y emociones con Sasuke.

Los recuerdos entre los dos ninjas persisten, Naruto le hace recordar que él será su rival cuando vuelvan a enfrentarse.

Zatsu va a ver el cuerpo de Kisame revelando que este no está muerto, gracias a una técnica que del Zetsu blanco, mientras que Kisame se infiltra en la Aldea Oculta de las Nubes, ya que encuentra oculto aún en Samehada, que es llevada por Killer Bee, quien ha regresado a casa junto a su hermano. Mientras en el camino un grupo ANBU intercepta a Sai y compañía, para preguntar sobre Danzō, aclarando que este ha muerto y declarando que Kakashi es el nuevo Hokage.

Los señores feudales aprueban una alianza shinobi, mientras los Kages regresan a sus respectivas aldeas, el Kazekage revela lo sucedido en la reunión que tuvo con el resto de Kages, todas las naciones tienen el objetivo de detener a Madara.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Tsunade ha despertado y convoca una reunión de emergencia, mientras Naruto regresa al monte Myobokuzan para verse con el gran sapo, que le presenta el pergamino donde se puede abrir el sello que dejó el Cuarto Hokage.

Naruto pone la mano en el sello, antes de eso recuerda las veces que perdió el control, ahora desea entrenar para controlar al Kyūbi. Mientras en otro lado aparecen cadáveres que son encontrados por Anko, lo cual toda las pistas va a Kabuto, lo cual este se reúne con Madara siendo rechazado por ser traidor de Akatsuki, los dos negocian para aliarse en la guerra, Madara lo rechaza, pero Kabuto usa Edo Tensei lo cual tiene cinco cuerpos de Akatsuki muertos y otro féretro sin revelarse, lo cual Kabuto desea a Sasuke a cambio de ese cuerpo, lo cual Madara piensa y acepta el trato.

El Raikage decide que se haga una reunión entre los cinco Kages en tres días, pasado ese tiempo, la reunión se realiza tratando como tema principal como refugiar a Naruto y Killer Bee.

Naruto ayuda a un joven llamado Yusuke para atrapar aún pez espada que resulta ser una invocación de la guerra pasada, que asesinó a su padre; con la ayuda de Naruto, Yusuke logra atraparlo.

Ino, Chōji y Sakura son enviados a una misión para recolectar algunas hierbas ubicadas en una isla, ayudados por un mapa y también por Naruto van en busca de ello, pero también deben confrontar con algunos ninjas de Benisu.

Un barco se aproxima al barco donde está Naruto, en ese barco encuentra a un niño llamado Hishaku que le dice que todos han muerto causa de un cangrejo gigante. Naruto y Hishaku logran vencer al cangrejo gigante, pero él y el barco eran fantasmas.

El barco donde va Naruto es atacado por unos piratas que tomaron la isla. Naruto pelea para vengar a los pobladores de la isla y recuperar a su protector.

Los ninjas llegan a una isla poblada por enormes animales invocados, pero Ahora se encuentra con una chica que en realidad era parte de un proyecto para crear a un invocación final. Los ninjas pelean contra ese inmenso monstruo ayudados por la misteriosa chica.

Guy recuerda como quiso enseñar a Lee, alguna técnicas referidas en un menú, ya que la noche anterior se habían embriagado y causado destrozos en un lugar, con el trascurso recuerda que Lee lo hizo cuando bebió sake.

Naruto se topa con un mercader en una isla, donde el ninja estaba comprando comida para el viaje, el vendedor le regala un hongo, que resultó ser un hongo maligno, causándole problemas a toda la tripulación en su recorrido por la ruta del Silencio.

Naruto tiene que obedecer las demandas de sus sombras que se han rebelado contra el. Al final, resultó ser solo un sueño de Naruto, ya que cuando estaba discutiendo con sus clones, la polea del mástil se rompió y le iba a caer encima, pero uno de los clones, el cual estaba durmiendo, se percató de la polea y empujó a Naruto, salvándolo del golpe.

Tsunade nombra a Shikamaru Líder de la Cuarta División, lo que hace que se preocupe por si es lo bastante apto para hacerlo, así que su padre le aconseja ir con Naruto para se pruebe a sí mismo. Shikamaru, junto con Tenten, llegan a una isla donde el barco de Naruto iba a tocar puerto, pero cuando tratan de salir de la isla, Shikamaru se da cuenta de que están en un Genjutsu que los hace andar en círculos por la isla; Pero gracias a la inteligencia y astucia de Shikamaru, logran derrotar a los habitantes causantes de la ilusión y Shikamaru entiende y, finalmente se siente listo para aceptar su cargo.

Neji es designado para comandar las fronteras en la pronta guerra ninja, la cual algunos miembros del clan Hyūga deja conmocionado. Más tarde, Hinata se reúne con las demás chicas y amigos de Konoha recordando algunos pasajes del pasado.

Naruto se topa con un impostor que se hace llamar por él, para asaltar a los viajeros. El falso Naruto y su compañero pasan por apuros ya que unos mercenarios desean atrapar a Naruto, llevándose al falso. Iggy, compañero de este, le pide ayuda al verdadero Naruto para salvarlo.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

Naruto ayuda a una joven de la aldea de Nadeshiko llamada Shizuka de un tipo llamado Kokuyō que desea casarse con ella.

Shino recuerda la misión por la cual tenía que atrapar un bandido renegado de la Aldea oculta de la Cascada, lo cual es vencido y a la vez su rival se burla ya que el Genin usaba insectos como técnicas, Shino entrena mucho para volver a la misión pero esta vez va con sus amigos de equipo, Hinata y Kiba.

Tenten recuerda cuando era Genin y quería ser como Tsunade, al igual que muchos recuerdos como los entrenamientos con sus compañeros de equipo.

Sai recuerda lo que ha pasado desde que ha llegado a ser miembro del equipo Kakashi, sus enfrentamientos y algunas vicisitudes con sus compañeros.

Maruboshi cuenta al equipo Asuma, cómo los padres de estos lo salvaron durante la invasión a Konoha.

Kiba decide entrenar para ser más fuerte, así que le pide la ayuda a Kakashi, el cual lo ayuda con sus 'Ninken' (invocación de Kakashi) lo cual el Chūnin se rinde, con la ayuda de Akamaru lo lleva a un árbol donde con Naruto habían apostado una carrera por unos dulces, cuando eran niños; con el recuerdo Kiba decide una revancha con los perros lo cual logra vencer y no darse por vencido nunca más.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Un ninja llamado Ganryu ataca a Akatsuchi hiriéndolo gravemente, lo cual sus motivos era vengarse por lo sucedido hace tiempo entre la aldea de la niebla y de la piedra. Kurotsuchi va a buscar a Ganryu al igual que Naruto, el Jinchūriki habla con el convenciéndole de vivir en un mundo de paz.

Naruto llega a la isla y quiere ser entrenado por Killer Bee, pero este se niega. Con la ayuda de Motoi, El Jinchūriki de nueve colas va acompañado con Yamato hacia la 'Cascada de la Verdad' donde Naruto debe entrar en lo profundo de su mente, encontrándose con otro Naruto, quién se describe como lo más oscuro de su corazón. La pelea se inicia y los dos están igualados en fuerza.

Motoi cuenta el pasado que hubo entre Killer Bee y el, el odio de los aldeanos hacia el Jinchūriki del ocho colas, y que él intentó matarlo pero se dio cuenta que Killer Bee sufría más por el deprecio. Naruto después de escuchar recuerda que él y Gaara, aunque hayan sido al principio odiados por sus propias aldeas, pueden hacer muchas cosas. En ese momento un calamar ataca a Motoi, llegando Killer Bee a salvarlo y hacerle darse cuenta que siempre será su mejor amigo.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.