El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Naruto es golpeado por Karui por no revelar información acerca de Sasuke, lo cual desea ver al Raikage. Naruto es informado sobre la situación actual, el insiste de ver al Raikage para hablar con el y pueda perdonarlo, también informa que conoció al Cuarto Hokage y detuvo su transformación en el Kyūbi en su pelea contra Pain. Ante esto Kakashi decide que Naruto vaya.

Los Kages se preparan para ir a la reunión pactada por el Raikage. En su trayectoria Danzō es atacado por ninjas rebeldes mostrando el poder de su Sharingan; mientras en Konoha los ninjas de la aldea de las nubes se retiran. Sasuke hace también su movimiento para ubicar el lugar de reunión y saber quien ese Danzō, mientras tanto el Raikage se encuentra con sus informantes que mandó a Konoha; llegándose a saber que fueron seguidos por Naruto, Kakashi y Yamato.

Naruto suplica al Raikage que decline en su decisión de matar a Sasuke, la cual es rechazada. La reunión de los 5 Kages ha empezado tomando asuntos como Akatsuki y la forma de acabar con esta organización, la cual Danzō da a conocer que el líder es Madara, la petición de una alianza de la cinco naciones se da, pero la elección del líder de esta alianza parece que recaerá en Danzō.

La situación sobre Sasuke, empaña los sentimientos de sus camaradas de su antigua aldea, mientras él quiere dar el gran asalto en la reunión. Uno de los ninjas de la aldea de la niebla, usuario del Byakugan, ve que Danzō tiene el Sharingan en su poder, lo cual pide que quite sus vendajes, ante esto llega sorpresivamente Zetsu. Naruto piensa si Sasuke ha sido consumido por la venganza, ante tantos recuerdos se le aparece Madara que desea hablar con él.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por él, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Madara explica a Naruto la verdad sobre el Clan Uchiha y cómo surgió el odio de generación en generación y que Sasuke y Naruto están destinados a pelear; mientras Sasuke lucha contra el Raikage haciendo uso de su Mangekyō Sharingan y usando Amaterasu a la vez que se protege de los ataques del Kage con un escudo de huesos. Cuando la pelea alcanza su cénit, Gaara interviene. El Kazekage, al darse cuenta de que Sasuke ha tomado otra senda en su vida, decide atacar siendo ayudado por sus hermanos y Darui; sin efecto alguno, ya que Sasuke ha liberado Susano'o "su defensa absoluta".

Sasuke ataca con todo el poder de Susano'o, logrando salir en medio del caos en busca de Danzō, por lo que los presentes se percatan de su presencia siendo atacado por la Mizukage que tiene abatido al Uchiha, no tanto Zetsu aparece, para absorber el chakra y dárselo a Sasuke lo que continua su pelea, también entra en acción el Tsuchikage que logra encerrar en un jutsu al joven Uchiha para desintegrarlo, lo cual no es realizado ya que Madara salva a Sasuke y planea contar a todos sobre su plan: ojo de Luna (月の眼 "Tsuki no Me"?).

Madara habla sobre su plan la cual es reunir los Bijūs, para unificarlos en el Jūbi (Diez colas) la cual Rikudō Sennin, en el pasado, se convirtió el en Jinchūriki de esta bestia, logrando antes de su muerte poder repartir ese poder en nueve bestias, convirtiéndose en la luna; de allí el plan de Madara para conseguir el Tsukuyomi Infinito, recibiendo la negativa de los Kages para poder entregar los dos Bijūs restantes, Madara declara la 4ª Guerra Ninja. Los Kages planean como proteger a Killer Bee y Naruto sobre esta situación formándose una alianza a favor de la protección de ellos dos.

Los planes de Danzō por detener a sus perseguidores hace efectos ya que uno de sus ninjas utiliza una técnica para encerrar al usuario del Byakugan de la aldea de la Niebla. Kisame lucha contra Bee que usa su Samehada para succionar el chakra del Jinchūriki, Killer Bee, que es ayudado por su Bijū como atacar a su rival, pudiendo transformarse con el manto del ocho colas, haciéndole un gran daño al Akatsuki, que ante un fuerte adversario se une con su katana viéndose una forma de mitad hombre, mitad pez, utilizando inmediatamente Suiton: Daibaku Suishōha, aprisionando a su rival que no puede contra el nuevo Kisame que aún puede succionar su chakra dejándolo fuera de combate.

Sai le habla sobre las verdaderas intenciones de Sakura al decirle sobre sus sentimientos, llegando a una conclusión, Sakura matará a Sasuke por sus propios medios; después de la conversación aparecen Gaara y sus hermanos para decirle la determinación que han tomado acerca de Sasuke. Fuu y Torune son mandados por Danzou a protegerlo mientras este se saca el armazón de su brazo derecho, ya que se han encontrado en el camino con Madara, la pelea empieza entre sus dos escuderos, pero Madara los vence fácilmente, ya que los "succiona", mientras Sasuke es curado por Karin sale al exterior donde ve a Danzō, lo cual su brazo muestra muchos Sharingan, la batalla entre el joven Uchiha y Danzō se aproxima.

Kakashi decide ir a detener Sakura, mientras tanto Naruto se desmalla ante la idea de que sus amigos puedan matar a Sasuke. La pelea entre los dos ninjas empieza con un ataque de Susano'o de Sasuke hacia Danzō, con el que se despejan las dudas de Sasuke sobre la verdad de Itachi. Los ataques del Uchiha son superiores al punto de utilizar Susano'o y Amaterasu al mismo tiempo, pero siendo anulado por Danzō, apareciendo una y otra vez, luego de aparentemente haber muerto. Utilizan ninjutsus de alto nivel, las habilidades de los dos los ponen en un punto de equilibrio ante la pelea, la cual en un acto de Sasuke libera cuervos al igual que Itachi, apareciendo este detrás de Danzō.

Sasuke usando un genjutsu no puede abatir a Danzō que usa un sello que deja inmóvil al Uchiha, Danzō coge su katana para ultimarlo, pero Sasuke realiza Susano'o más completo que puede aún disparar ataques a distancia, Madara explica los 10 sharingan que tiene Danzō lo cual puede utilizar la técnica prohibida por los Uchiha, Izanagi, aparte que tiene implantado ADN del Primer Hokage lo cual lo hace más hábil al utilizar esta técnica. El rival de Sasuke utiliza una invocación Baku, lo cual intenta aplacar a Susano'o, en el momento que Sasuke utiliza un Katon, Danzō logra ver un modo de ataque siendo golpeado por Susano'o, mientras Karin se da cuenta del tiempo que demora un ojo al cerrarse. Los dos protagonistas de esta batalla dan sus mejores ataques, al final Sasuke con su Chokuto y Danzō con un arma de chakra logran atravesarse mutuamente, sin saber si es el verdadero Danzō.

Sasuke ha logrado herir al verdadero Danzō, ya que Sasuke previamente había utilizado un genjutsu en el momento adecuado. Danzō sin escapatoria toma como rehén a Karin, pero el Uchiha atraviesa a los dos, que después intenta escapar sin salida. En su lenta agonía activa una técnica de sellado la cual Madara y Sasuke escapan, en eso Danzō recuerda una misión que tuvo con Sarutobi y compañeros junto al Segundo Hokage, en la cual tenía mucha envidia a Sarutobi por ser más fuerte y mejor que el, al mismo tiempo que iba ser nombrado Tercer Hokage.

Sakura duerme a sus compañeros para ir sola en busca de Sasuke, que este se encuentra junto con Madara que el ordena asesinar a Karin, en el momento que decide eliminar a su ex compañera aparece Sakura para confesarle que ha dejado la villa para irse con él.

Naruto recuerda toda las veces que pasó con Sasuke hace 3 años ya sea como compañeros de equipo hasta la vicisitudes, confrontaciones y encuentros, lo cual hace que vaya de nuevo en su búsqueda.

Sakura que ha llegado en busca de Sasuke le dice que se unirá a él: tanto Sasuke decide que mate a Karin, para aceptar la "oferta", la cual la intención de él era matarla, llegando antes Kakashi para salvar a Sakura. Maestro y ex-alumno pelean, demostrando más poder el Uchiha ante Kakashi que puede ver todo el odio que emerge de Sasuke. Sakura que ha terminado de curar a Karin va decidida a matar a Sasuke, no obstante este se da cuenta de la intención de ella, sosteniéndola del cuello, y un kunai determina asesinarla, pero esta vez llega Naruto para salvarla.

Naruto ha llegado al lugar de la pelea entre Kakashi y Sasuke, Naruto le reclama la actitud que este tiene, pero Kakashi le recuerda que ya no es el mismo. Kakashi intenta atacar de nuevo a su ex-alumno, pero es detenido por los clones de Naruto y este haciendo un Rasengan logra impactar con el Chidori de Sasuke, envolviéndolos en una esfera de luz, Naruto recuerda la similitud de sentimientos y emociones con Sasuke.

Los recuerdos entre los dos ninjas persisten, Naruto le hace recordar que él será su rival cuando vuelvan a enfrentarse.

Zatsu va a ver el cuerpo de Kisame revelando que este no está muerto, gracias a una técnica que del Zetsu blanco, mientras que Kisame se infiltra en la Aldea Oculta de las Nubes, ya que encuentra oculto aún en Samehada, que es llevada por Killer Bee, quien ha regresado a casa junto a su hermano. Mientras en el camino un grupo ANBU intercepta a Sai y compañía, para preguntar sobre Danzō, aclarando que este ha muerto y declarando que Kakashi es el nuevo Hokage.

Los señores feudales aprueban una alianza shinobi, mientras los Kages regresan a sus respectivas aldeas, el Kazekage revela lo sucedido en la reunión que tuvo con el resto de Kages, todas las naciones tienen el objetivo de detener a Madara.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Tsunade ha despertado y convoca una reunión de emergencia, mientras Naruto regresa al monte Myobokuzan para verse con el gran sapo, que le presenta el pergamino donde se puede abrir el sello que dejó el Cuarto Hokage.

Naruto pone la mano en el sello, antes de eso recuerda las veces que perdió el control, ahora desea entrenar para controlar al Kyūbi. Mientras en otro lado aparecen cadáveres que son encontrados por Anko, lo cual toda las pistas va a Kabuto, lo cual este se reúne con Madara siendo rechazado por ser traidor de Akatsuki, los dos negocian para aliarse en la guerra, Madara lo rechaza, pero Kabuto usa Edo Tensei lo cual tiene cinco cuerpos de Akatsuki muertos y otro féretro sin revelarse, lo cual Kabuto desea a Sasuke a cambio de ese cuerpo, lo cual Madara piensa y acepta el trato.