Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presente, la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su sensei Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presente, la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto que este se logra deshacer de su maestro usando una técnica, en el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi logrando vencer a sus rivales. De vuelta al trama actual Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

En una reunión de urgencia, Danzō es elegido como el nuevo Hokage, Kakashi recuerda el pasado y la formación del equipo 7.

Inari y Tazuna están en Konoha para ayudar en la reconstrucción de la aldea, los recuerdos de los protagonistas hace tres años vienen otra vez.

Los recuerdos siguen, con la misión del equipo 7 llevando al señor avestruz, en donde también Naruto "enseña" a Tsukado a obtener la victoria.

Gaara decide ayudar a Konoha; también recuerdan que tuvieron una misión en conjunto con el Equipo 7, donde también se ve que Gaara logra crear lazos de amistad con su equipo.

Naruto y Sakura estan cuidando de Tsunade, la cual Sakura recuerda que Naruto regresa enfermo de una misión, la cual hace ordenar su captura, lo cual podría ser una enfermedad seria, al final se ve que el no estaba infectado, estallando de furia.

Ten-Ten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consiste en recolectar 1000 kunais.

Kotetsu es enviado a una misión para atrapar a una avestruz, con Shino, Naruto y Lee. El avestruz no se dejará atrapar fácilmente, rivalizando a los shinobis contra los cuatro ninjas animales.

Lee va a ver la situación de la Quinta, encontrándose con Sakura; recordando como Gai quería hacer una medicina para Lee, con la ayuda de Sakura, Naruto e Ino van a en la búsqueda los ingredientes.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro decide enseñarle como defenderse de los Genjutsu.

Naruto y Jiraiya, deciden ayudar a un niño y su aldea, que son aterrorizados por unos villanos, con algunas dificultades, maestro y alumno logran ser los vencedores.

La misión de atrapar a un gato en especial, Nekomata para una anciana coleccionista de huellas de las patas de estos animales. Los tres genin tienen que infiltrarse hasta pelear con los gatos del lugar, teniendo éxito en la misión.

Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Este último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón los otros ninjas lo llamaron el Genin Eterno. Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las órdenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Neji le relata al grupo de Konohamaru la misión en la cual él, Tenten y Kiba tendrían que rescatar a Hinata de los ninjas de Kumogakure, durante el ataque a Konoha que sucedió tres años atrás.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Shikamaru recuerda como el equipo 7 y el equipo 10 cooperaron en la misión de rescatar a la nieta de un jefe de la aldea, la cual logra terminar con éxito gracias a la ayuda de los dos equipos.

Naruto y Sakura tienen la misión de ser "las niñeras" de Naho, a los que ella rechaza porque desea que Sasuke la cuide, ya que previamente él la había salvado. Naruto tiene que cuidarla trasformado en Sasuke, ya que éste ha ido a una misión con Kakashi. Naruto y Sakura tienen que enfrentarse a algunos criminales, a los que no logran vencer hasta que el verdadero Sasuke llega para aliviar las cosas.