Los equipos Gai y Kakashi regresan a Aldea Oculta de Konoha. Sakura le dice a Tsunade acerca del espía que Sasori tiene vigilando a Orochimaru y como se encontrarían; la Hokage considera que Naruto y Sakura deben ir a interceptarlo ya que es uno de su equipo quien debe ser salvado, pero debido a que Sasuke no está y a que Kakashi está débil decide llenar los huecos con 2 nuevos integrantes. Naruto se reencuentra con Shino (a quien no reconoce a primera vista), Kiba y Akamaru, Hinata (quien se desmaya luego de 2 contactos cercanos con Naruto) y Chōji . Mientras habla con Shikamaru y Chōji, son atacados por leones de tinta enviados por «Sai».

Naruto tiene una «batalla» con un kunai contra Sai, quien se defiende con su katana, quien luego es atacado por Shikamaru con su posesión de sombra y desaparece. Y aparece por primera vez Ino. La discusión de Tsunade por decidir si mandar o no a Naruto a la misión se lleva a cabo con los ancianos de la aldea quienes presentan a Danzō, quien dice que ya seleccionó a una persona para el equipo, de su organización raíz ANBU. Tsunade decide llamar a alguien de ANBU para que vaya en reemplazo de Kakashi, a quien da el nombre de Yamato y le dice que esté muy al pendiente del nuevo integrante del equipo, Sai. Luego están Naruto y Sakura esperando que lleguen los nuevos integrantes de su equipo, y Naruto se da cuenta de que el nuevo integrante en reemplazo de Sasuke es Sai.

Mientras Sai insulta a Naruto y a Sakura, Yamato toma el liderazgo del equipo mientras Kakashi se recupera en el hospital. Mientras se preparan, Sai recibe un sobre de un shinobi del ANBU raíz que contiene órdenes secretas de Danzo. Jiraiya entonces se reúne con Tsunade y Yamato en la habitación en el hospital donde se encuentra Kakashi para explicarle a Yamato cómo controlar a Kyūbi en caso de que se apodere de Naruto. Finalmente el nuevo equipo Kakashi comienza su nueva misión con Naruto y Sakura no muy contentos con Sai, para interceptar a un espía de Akatsuki y para recolectar información sobre Sasuke Uchiha.

El nuevo equipo Kakashi se dirige hacia el puente del Cielo y la Tierra, Naruto, Sakura y Sai ya se llevan mal apenas habiendo salido de la Aldea Oculta de la Hoja ya que Sai se ríe de Sasuke. Debido a esto Yamato se ve obligado a entrar en la disputa y tras mostrar su habilidad con el Mokuton (técnicas de madera) amenaza al equipo, obligándolos a escoger entre encerrarlos en una jaula para que se lleven bien o descansar en un hotel con aguas termales con el mismo propósito (trabajo en equipo).

Sakura ve a Sai dibujando junto a un río y descubre su gran talento artístico pero este nunca ha dado título a sus obras ya que nunca se le ocurre nada. Tras unos pequeños malentendidos el grupo se pone nuevamente en marcha. Pero antes de llegar al puente para reunirse con el espía, Yamato decide acampar, creando una cabaña gracias a su jutsu de Madera, con el fin de descansar, recopilar información y preparar el plan para interceptar y capturar al espía.

Yamato decide hacer un simulacro de lo que pasará y deberán hacer en el Puente del Cielo y la Tierra. Así, de esta manera, verá como pelean y conseguirá que mejoren el trabajo en equipo. Una vez acabado el simulacro; Sai, que es quien logra capturar a Yamato, consigue volver enfadar a Naruto, al haberle apresado con una técnica suya. Éste, se lo echó en cara, y como siempre, Sai se comparó con Sasuke y lo ridiculizó. A pesar de esto, Naruto, dijo que estaría dispuesto a formar equipo con él, tan solo, para poder rescatar a su amigo.

Naruto, Sakura y Sai se preparan para interceptar al espía que Sasori tiene infiltrado entre los hombre de Orochimaru. Entonces, Yamato usa su técnica y se convierte en Sasori. Cuando el espía llega el puente todos se llevan una gran sorpresa al descubrir que se trata de Kabuto, el subordinado de Orochimaru. Mientras tanto, Orochimaru, que los estaba espiando sin que estos se diesen cuenta, aparece de repente atacando a Kabuto el cuál estaba hablando con Yamato (camuflado como Sasori). Kabuto se puso al lado del falso Sasori y lo atacó de repente la marioneta se rompió y de ella salió Yamato. Orochimaru le reconoce y además le pide que llame a los tres que lo acompañan y que estaban ocultos. Orochimaru, se sorprende al ver a Naruto y Sakura, acompañados por el sustituto de Sasuke, Sai. Finalmente Naruto, enfadado, nota como el Kyūbi comienza a despertar en su interior.

Naruto, con el Kyūbi activado en su interior, ataca a Orochimaru cuando éste comienza a hablar de Sasuke. El golpe de Naruto envía a Orochimaru a unos 50 metros de distancia. Yamato, Sai y Sakura, al igual que Kabuto, se sorprenden por ver tal poder y Kabuto felicita a Naruto de que se haya convertido en un gran Jinchūriki. Tras una cordial felicitación del propio Orochimaru, se ve cómo a través de su cara/máscara destrozada aparece el rostro de Gen'yūmaru, el joven cuyo cuerpo está utilizando Orochimaru a espera de poder hacerse con el de Sasuke.

Después de eso Naruto aún más enfadado saca la tercer cola y se dispone a atacar a Orochimaru pero Kabuto decide atacar a Naruto y este en forma de Kyūbi lanza una bola gigante de chakra la cual hecha a Kabuto a volar y este se pega contra Sakura la cual se desmaya por un momento. Sai atento ve cómo el puente se va rompiendo poco a poco y decide comenzar su Misión Secreta, y hace su técnica en la que invoca a un Águila, Sakura estaba deslizándose hacia al precipicio pero Sai no la rescata y pasa a lado de ella, Yamato rápidamente utiliza su técnica Mukuton y logra salvar a Sakura y en ese momento ella despierta y Yamato crea un clon de el mismo para que vaya a observar que pasa cuando se ve una luz roja oscura que esta en el cielo el clon de Yamato se sube a un árbol y ve cómo desde ahí Naruto forma la cuarta y temida cola.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto detiene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

Sakura observa muy preocupada a Naruto mientras este se encuentra transformado en Kyūbi miniatura. En ese momento, Kabuto habla de cómo Naruto se ha llegado a convertir en Kyūbi para traer de vuelta a Sasuke. Esto hace que Sakura recuerde cuando Naruto le prometió y reafirmó su palabra de traer de vuelta a su amigo. Ella comienza a llorar y corre hacia donde está Naruto para intentar detenerlo y hacer que vuelva a la normalidad, pese a las advertencias de Yamato. Cuando Sakura llama la atención de Naruto, este la ataca con una de sus colas haciendo que quede lastimada. Yamato utiliza su Jutsu de madera para evitar que Naruto vuelva a atacar a Sakura y para que quede completamente inmovilizado. Después Kabuto se acerca a Sakura pero es bloqueado por la madera de Yamato. Él indica que solo quiere curarla y que no tiene sentido pelear, pues en ese momento ambos grupos persiguen el mismo objetivo: destruir Akatsuki.

Tras lanzar Orochimaru la espada, la figura de Sai se deforma y se transforma en tinta, ya que Sai utilizó un jutsu de clon. Sai le dice a Orochimaru que Danzō está muy interesado en contactar con él desde que atacó Konoha. Mientras Yamato termina de regenerar el cuerpo de Naruto, que está gravemente herido. Sakura comienza a curarle, a la vez que conversa con Yamato pidiéndole que le enseñe esa técnica. Yamato la explica quien es y que la técnica que acaba de usar con Naruto es gracias al colgante que éste lleva, cuyo poder solo puede ser utilizado por el Primer Hokage , por lo que es una técnica que no puede enseñarla. Yamato hace un comentario sobre los fuertes sentimientos que siente Sakura por Naruto pero éste despierta, dejando la frase interrumpida.

Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi.

Después de que Naruto supiera que él fue que atacó a Sakura, Yamato le dice a Naruto que si quiere rescatar a Sasuke y proteger a Sakura tendría que dejar de depender del chakra del Kyūbi. Mientras, Kabuto limpia sus instrumentos de medicina y Sai se da cuenta que perdió el libro de su hermano; Sakura empieza a leer el libro de Sai y llama a Naruto y a Yamato y ven que el libro de Sai narra las victorias de dos personaje de cabello negro y otro de cabello blanco, luego Naruto se da cuenta que el personaje de pelo negro es Sai y del cabello blanco su hermano. Más tarde, Kabuto, Sai y Orochimaru entran a la guarida sin saber que un clon de madera de Yamato los siguió y con el comunicador le avisa al verdadero Yamato, Sai logra ver a Sasuke mientras este le reprocha a Orochimaru por llegar tarde.

El episodio empieza cuando Orochimaru, Kabuto y Sai llegan a la habitación en que esta Sasuke y este comienza a hablarle sobre Naruto por lo cual Sasuke se enfurece y realiza un genjutsu sobre sai induciéndole miedo ante lo cual hasta el propio Sai se sorprende, luego Kabuto lo encierra y Naruto, Yamato y Sakura logran infiltrase y se dirigen hacia donde esta Sai. Pero en ese momento Kabuto se da cuenta que ha dejado un sobre en la habitación de Sai y vuelve al mismo tiempo que el equipo de Yamato se acerca.

Sai se sorprende al ver que Naruto, Sakura y Yamato entran en su habitación y comienzan a interrogarlo para saber que órdenes sigue con Danzō y para que quiere hablar con Orochimaru. El les dice que su misión fracasó en cuanto ellos entraron a la habitación y que Danzō planeaba unirse con Orochimaru para destruir Aldea Oculta de la Hoja y luego traicionar al sannin, Sakura le devolvió el libro de dibujos a Sai y le dice que gracias a este libro tiene un vínculo afectivo con su hermano y que por eso no puede evitar de demostrar sentimientos, a lo que el responde que este libro era para su hermano el cual luego murió estando enfermo casi terminándolo y desde ese día no recuerda que iba a dibujar en la página del centro.

Al descubrir los planes de Sai, Yamato, Sakura y Naruto comienzan a buscar a Sasuke por todo el lugar; habitación por habitación sin encontrar rastro de él. Naruto se desespera pero logra recordar muchas cosas cuando estaba con el Uchiha. Después de eso Sakura también recuerda y confía que traerán de vuelta a Sasuke.

Naruto y Sai se encuentran con Orochimaru poco después de que Sai recuperase el vínculo con su hermano y acabase el libro de dibujos, Sai se va a buscar a Sasuke a petición de Naruto, mientras este lucha con Orochimaru, tras unos instantes llegan Yamato y Sakura y Orochimaru huye para buscar y matar a Sai, el cual ya ha encontrado a Sasuke en una habitación con ayuda de sus técnicas para dar vida a los dibujos, pero su verdadero propósito es matar a Sasuke.

Sasuke ataca a Naruto pero Sai los para. Entonces Sasuke aleja a Naruto y a Sai con su nuevo Chidori Nagashi. Entonces apuñala a Yamato con su espada llena de electricidad. Naruto mira a Sasuke con los ojos del Kyūbi y Sasuke con su Sharingan. En este momento, en el subconsciente de Naruto, Kyūbi se despiertan otra vez y le pide que lo libere completamente eliminando el sello. Ahora Sasuke es mucho más fuerte, y puede ver al Kyūbi dentro de Naruto. Al final Sasuke impide que el Kyūbi sea liberado dispersando su chakra de nuevo. Antes de que Sasuke saliera del subconsciente de Naruto, Kyūbi le dice que no se le ocurra matar a Naruto porque podría arrepentirse. Luego Yamato aleja a Sasuke y lo encierra con madera pero Sasuke logra escapar y se coloca arriba de nuevo.

Sasuke está a punto de utilizar su nueva técnica prohibida pero Orochimaru lo detiene, luego aparece Kabuto y los tres desaparecen entre las llamas. Naruto se decepciona por no poder haber hecho que Sasuke volviera, en Konoha Jiraiya le cuenta a Kakashi lo que pasaron Naruto, Sakura, Yamato y Sai desde que salieron de Konoha. Yamato y Tsunade hablan sobre la misión de Sai. Danzō habla con Sai y lo reta por no haber cumplido con la misión.