Bester arriva alla stazione per rintracciare uno spacciatore di "polvere", una droga illegale che conferisce a persone normali poteri telepatici temporanei. Anche G'Kar è interessato alla droga. La vede come una potenziale arma contro i Centauri, ma prima deve testarla.

Un archeologo arriva a Babylon 5 con un grave massaggio: su Ganimede è stata trovata una nave Shadow inattiva. Deve essere distrutta prima che cada nelle mani del Presidente Clark.

Il cacciatorpediniere rinnegato "Alexander" arriva a Babylon 5 e Sheridan è costretto ad annunciare la secessione della stazione dall'Alleanza Terrestre e a prepararsi per un attacco da parte delle forze di Clark. Nel frattempo, Delenn è costretta a recarsi a Minbar quando il Consiglio Grigio si rifiuta di agire in seguito all'aumento dell'attività dell'Ombra.

Delenn si prepara a una cerimonia di rinascita, il computer della stazione subisce un interessante cambiamento, Londo "incoraggia" Refa a smettere di frequentare le Ombre e i resti dei Guardiani della Notte di Babylon 5 progettano di colpire Sheridan attraverso Delenn.

Vir torna su Babylon 5 e scopre che ora ha una moglie e che due Narn sono alla ricerca del suo sangue. Nel frattempo, Ivanova indaga sulle attività del misterioso Centauri Abrahamo Linconi.

Un uomo misterioso arriva su Babylon 5 vestito di cotta di maglia e armato di spada. Il suo nome? Re Artù - Figlio di Uther Pendragon, venuto ad aiutare quando ce n'è più bisogno.

Bester torna su Babylon 5, questa volta in cerca di aiuto contro un nemico comune: le Ombre. Nel frattempo, G'Kar chiede di essere incluso nel Consiglio di Guerra.

Morden torna per assicurarsi di nuovo la collaborazione di Londo, Garibaldi affronta Franklin a proposito degli stimolanti e Kosh dà a Sheridan una vittoria contro le Ombre, ma a un prezzo.

Ivanova riceve una chiamata di soccorso da lei stessa che implora aiuto mentre le Ombre distruggono Babylon 5. È datata otto giorni nel futuro. Contemporaneamente, su Minbar, Sinclair riceve una lettera di Valen, vecchia di nove secoli, che gli comunica la necessità di intraprendere un'azione drastica per evitare quel futuro.

Mentre Sheridan è bloccato nel tempo, vedendo uno scorcio di una futura Centauri Prime in rovina, gli altri continuano con il loro piano per portare Babylon 4 indietro nel tempo.

Arriva il nuovo ambasciatore Vorlon, Sheridan decide che è giunto il momento di testare l'efficacia dei telepati contro le navi Ombra, Franklin è in viaggio a Downbelow e si innamora di una cantante.

Garibaldi indaga su un'area in cui è scomparso un addetto alla manutenzione e trova un intero piano dimenticato dopo la costruzione, compresi i suoi abitanti piuttosto strani. Nel frattempo, Delenn sta per assumere il ruolo di Ranger One, ma Neroon giura di fermarla.

Londo costringe Vir a partecipare a un piano per uccidere G'Kar. Sheridan fatica a capire le tattiche delle Ombre.

Conosciuto il prossimo obiettivo delle Ombre, si prepara un massiccio contrattacco. Ivanova e Marcus si mettono in avanscoperta con la White Star, mentre la flotta resta in attesa nell'iperspazio. Allo stesso tempo, Franklin deve finalmente affrontare i suoi problemi mentre giace ferito a morte a Downbelow.

Dopo essersi ripresa dallo shock di vederla, Anna dà a Sheridan un ultimatum: venire a Z'ha'dum con lei o non sapere mai cosa le è successo lì.

All'indomani dell'esplosione su Z'ha'dum, Sheridan è dato per morto e Garibaldi è scomparso. Delenn lotta per mantenere unita l'alleanza contro le Ombre e Londo assume la sua nuova posizione su Centauri Prime come consigliere per la sicurezza dell'imperatore.

Su Z'ha'dum, Sheridan fluttua tra la vita e la morte. Nel frattempo, G'Kar rischia l'imprigionamento per cercare di trovare Garibaldi.

Ivanova e Marcus partono con la White Star alla ricerca di altri First One per aiutare nella guerra, mentre Londo cerca di convincere G'Kar a ingoiare il suo orgoglio in modo che Cartagia lo trovi divertente. Una misteriosa nave spaziale si dirige verso Babylon 5.

Con i Vorlon che distruggono interi mondi, Babylon 5 fatica a gestire i rifugiati. Con un Vorlon a bordo, non possono fare una mossa senza che loro lo sappiano, quindi Sheridan decide di ucciderlo. Su Centauri Prime, Cartagia spiega a Londo come diventerà un dio quando i Vorlon distruggeranno il pianeta.

Quando iniziano a giungere notizie che le Ombre stanno distruggendo anche i pianeti, Sheridan si prepara per un'ultima resa dei conti con le Ombre e i Vorlon. Nel frattempo, su Narn, Londo prepara tutto: le catene di G'Kar sono state indebolite ed è stata acquisita un'arma non rilevabile. Stanotte Cartagia deve morire.

Nelle ore che precedono l'incontro tra le Ombre e i Vorlon e l'alleanza di Sheridan a Corriana 6, Ivanova e Lorien cercano gli ultimi First One, mentre Londo torna a Centauri Prime nella speranza di eliminare l'influenza delle Ombre prima dell'arrivo dell'assassino Vorlon.

Bester arriva a Babylon 5 con informazioni sui piani del Presidente Clark per screditare la stazione. Ma ha un prezzo da pagare: vuole che vadano a Z'ha'dum per cercare qualsiasi avanzo di tecnologia che possa aiutare a riportare in vita la sua amata. Garibaldi si dimette dalla carica di capo della sicurezza.

Una squadra di giornalisti dell'ISN arriva alla stazione e vuole fare un servizio su Babylon 5. Sheridan si rifiuta in un primo momento, ma alla fine accetta in base alla teoria che almeno una piccola parte del loro conflitto sarà mostrata.

Quando il suo clan ha dei dubbi sulle ragioni che l'hanno spinta a prendere Sheridan come compagno, Delenn deve recarsi a Minbar per partecipare al "Sogno". Sheridan invia Marcus e Franklin su Marte per prendere contatto con la resistenza.

Marcus e Franklin incontrano il loro collegamento con la resistenza marziana, ma vengono accolti sotto la minaccia delle armi dalla resistenza stessa. Nel frattempo, Sheridan affronta Garibaldi in merito al suo atteggiamento.

Delenn indaga sugli attacchi alle navi delle razze alleate dei Minbari e incontra per la prima volta i Drakh. Su Marte, Franklin raduna i leader della resistenza alla causa di Sheridan.

Garibaldi riceve il primo incarico dal suo nuovo datore di lavoro: aiutare una persona a salire e scendere dalla stazione senza passare per la dogana. È piuttosto sorpreso di sapere chi sia questa persona. Nel frattempo, Ivanova si prepara per la prima trasmissione de "La voce della Resistenza".

Sheridan elabora un piano eccentrico per convincere la Lega ad accettare le pattuglie della White Star ai loro confini, mentre Delenn cerca l'aiuto di Neroon per porre fine alla guerra civile scoppiata su Minbar.

La casta dei guerrieri ha circondato lo stand della casta religiosa nella capitale di Minbar e chiede di arrendersi o di essere distrutta. Nel frattempo, Bester fa un'offerta a Lyta per il suo corpo.

Dopo che Clark ha ucciso 10.000 rifugiati disarmati, Sheridan si mobilita nuovamente per la guerra. Il primo obiettivo è Proxima 3, che viene bombardata fino a sottometterla. Allo stesso tempo, Londo cerca di convincere G'Kar a partecipare a una dichiarazione congiunta Centauri-Narn a sostegno della guerra contro Clark.

Mentre le forze di Sheridan continuano a dirigersi verso la Terra, a Garibaldi viene finalmente concesso di incontrare faccia a faccia il suo datore di lavoro, William Edgars, su Marte, e dopo un interrogatorio assistito da un telepate gli viene finalmente detto cosa deve fare per ottenere la completa fiducia di Edgars. Nel frattempo, il dottor Franklin scopre che Lyta può influenzare i telepati modificati dall'Ombra.

Dopo aver organizzato l'arresto del padre di Sheridan, Garibaldi dà la notizia al suo ex comandante e lo esorta a recarsi su Marte per organizzare un'operazione di salvataggio. Ma Garibaldi droga Sheridan non appena arriva sul posto e lo consegna alle forze di Clark. Infine, Edgars rivela a Garibaldi i suoi piani.

In una stanza tetra, un interrogatore cerca di costringere Sheridan ad ammettere di essere stato sotto l'influenza aliena e di aver lavorato per sabotare la Terra.

Garibaldi riesce a malapena a convincere Lyta e Franklin che il suo recente comportamento è stato causato da Bester, e i due organizzano un salvataggio per Sheridan. Nel frattempo, Ivanova viene informata che è stata tesa una trappola al prossimo punto di incontro della flotta da parte di un gruppo di cacciatorpediniere completamente nuovi e tecnologicamente avanzati.

L'unico ostacolo che rimane tra Sheridan e la Terra è una flotta vicino a Marte. Con l'aiuto della resistenza, Sheridan progetta di far salire di nascosto i telepati modificati da Shadow sulla flotta, sperando di disabilitarla abbastanza a lungo da permettergli di conquistare la Terra. Nel frattempo, Marcus è determinato a trovare un modo per aiutare Ivanova.

Clark è morto e la guerra civile è finita, ma diverse questioni sono irrisolte. Ivanova è addolorata per la morte di Marcus, Lise è scomparsa e Sheridan deve ora affrontare le conseguenze delle sue azioni. Ha fatto la cosa giusta, ma in modo scomodo.

In un futuro lontano, qualcuno sta archiviando filmati relativi al destino della Terra e dell'Alleanza Interstellare.

Lochley assume il comando di Babylon 5 e Byron le chiede asilo a bordo della stazione. Un assassino si impegna a uccidere Sheridan durante il suo insediamento.

Londo crolla per un attacco di cuore e deve combattere con il suo senso di colpa in uno stato di sogno. Delenn viene a sapere che Lennier sta progettando di lasciare Babylon 5 per unirsi ai Rangers.

Un piccolo mondo afflitto da razziatori chiede aiuto all'Alleanza. Garibaldi cerca di formare un'unità di intelligence di telepati.

Vediamo l'azione dal punto di vista di due addetti alla manutenzione mentre una razza di alieni selvaggi attacca la stazione.

Quattro ranger arrivano da Minbar con un rapporto sulla situazione di Delenn, mentre un racket di Downbelow decide che è ora di sbarazzarsi di Zack.

Bester arriva alla stazione per arrestare i telepatici di Downbelow e Londo sfugge per un pelo a un attentato quando la nave su cui doveva salire esplode.

Quando altri telepati arrivano alla stazione, gli abitanti di Downbelow iniziano a prenderne atto. La tensione cresce fino a quando uno dei telepati viene aggredito e gli altri decidono di vendicarsi, contro la volontà di Byron. Nel frattempo, Franklin cerca di scoprire perché gli Hyach nascondono parte della loro storia medica.

I Brakiri acquistano una parte di Babylon 5 per una cerimonia religiosa in cui i morti dovrebbero tornare. I comici Rebo e Zooty arrivano per fare uno spettacolo sulla stazione.

Londo inizia a sospettare che non tutto sia a posto su Centauri Prime, quando un suo buon amico viene assassinato. Su Babylon 5, Byron cerca di costringere il Consiglio a concedere a lui e ai suoi telepati un proprio pianeta.

I telepatici si sono chiusi in un'area di Downbelow e i loro trucchi telepatici costringono Lochley a chiedere aiuto a Bester. G'Kar trova un vecchio amico rinchiuso in una cella del palazzo di Centauri.

Arrivano altre unità di segugi e la lotta con la fazione violenta dei seguaci di Byron si intensifica fino a quando si impadroniscono di Medlab, con Garibaldi e Franklin.

Sembra che l'Alleanza avrà una svolta nelle indagini sui recenti attacchi alle linee di navigazione, quando un possibile testimone potrebbe essere sopravvissuto all'ultimo attacco e essersi rifugiato sul pianeta natale dei Drazi. Garibaldi viene inviato a cercarlo, ma i problemi di alcolismo del capo dell'Intelligence complicano la missione. G'Kar torna su Babylon 5 per scoprire che il suo libro è stato pubblicato e che ora è una venerata figura religiosa.

Un telepatico uccide il suo compagno di stanza e fugge su una nave diretta a Babylon 5. Bester viene incaricato di catturarlo e porta con sé due stagisti PSI Cop per mostrare loro come lavora. Bester viene incaricato di catturarlo e porta con sé due stagisti poliziotti PSI per mostrare loro come funziona.

Delenn riassegna Lennier a una missione di addestramento dei Ranger al confine dello spazio Centauri, sperando che possa trovare qualche prova riguardo al coinvolgimento di Centauri negli attacchi della compagnia di navigazione. Vir subisce alcuni drammatici cambiamenti quando scopre di essere il nuovo ambasciatore Centauri in Babylon 5.

Lennier indaga sui segnali di Centauri che potrebbero essere collegati agli attacchi. Lyta cerca di portare avanti il sogno di Byron di trovare un mondo natale per i telepati. Lise fa visita a Garibaldi solo per scoprire che ha ripreso a bere.

Le prove raccolte contro i Centauri vengono presentate al consiglio dell'Alleanza interstellare e viene emesso un boicottaggio contro i Centauri. Per reazione, i Centauri si ritirano dall'Alleanza e chiariscono che aggireranno il blocco con la forza, se necessario.

Sheridan autorizza finalmente la flotta della Stella Bianca a partecipare alla guerra. Delenn si reca a Minbar per avviare un progetto congiunto Minbari-Terra per la costruzione di un prototipo di nave cacciatorpediniere della White Star. Vir assume Franklin e Lyta per indagare sul perché i Drazi non restituiscano i corpi delle navi Centauri distrutte.

Mentre Centauri Prime viene bombardato, i Drakh, i veri padroni della guerra, si rivelano a Londo. Lo costringono ad assecondare il loro piano per allontanare i Centauri dall'Alleanza e usare ciò che resta come loro nuova casa.

Earth Force ordina l'arresto di Lyta per aver finanziato il terrorismo contro il Corpo PSI. Sheridan affronta Garibaldi per il suo alcolismo. G'Kar è alle prese con la sua crescente massa di fedeli.

Tessa Holloran, ex Numero Uno della resistenza marziana, arriva con un avvertimento per Lise e Michael: un assassino è stato ingaggiato per ucciderli. Nel frattempo, G'Kar si prepara a partire, anche se non tutti ne sono felici.

Siamo verso la fine del 2262 e i cambiamenti sono numerosi. Londo, G'Kar e Garibaldi sono già partiti e Franklin assumerà a breve il suo nuovo incarico sulla Terra. Infine, Sheridan e Delenn partono per Minbar, dove si trova il quartier generale dell'Alleanza appena terminato.

Vent'anni dopo la sua morte e resurrezione a Z'ha'dum, Sheridan sente che la sua forza vitale sta svanendo e invita alcuni vecchi amici per un ultimo incontro.