All'indomani dell'esplosione su Z'ha'dum, Sheridan è dato per morto e Garibaldi è scomparso. Delenn lotta per mantenere unita l'alleanza contro le Ombre e Londo assume la sua nuova posizione su Centauri Prime come consigliere per la sicurezza dell'imperatore.

Su Z'ha'dum, Sheridan fluttua tra la vita e la morte. Nel frattempo, G'Kar rischia l'imprigionamento per cercare di trovare Garibaldi.

Ivanova e Marcus partono con la White Star alla ricerca di altri First One per aiutare nella guerra, mentre Londo cerca di convincere G'Kar a ingoiare il suo orgoglio in modo che Cartagia lo trovi divertente. Una misteriosa nave spaziale si dirige verso Babylon 5.

Con i Vorlon che distruggono interi mondi, Babylon 5 fatica a gestire i rifugiati. Con un Vorlon a bordo, non possono fare una mossa senza che loro lo sappiano, quindi Sheridan decide di ucciderlo. Su Centauri Prime, Cartagia spiega a Londo come diventerà un dio quando i Vorlon distruggeranno il pianeta.

Quando iniziano a giungere notizie che le Ombre stanno distruggendo anche i pianeti, Sheridan si prepara per un'ultima resa dei conti con le Ombre e i Vorlon. Nel frattempo, su Narn, Londo prepara tutto: le catene di G'Kar sono state indebolite ed è stata acquisita un'arma non rilevabile. Stanotte Cartagia deve morire.

Nelle ore che precedono l'incontro tra le Ombre e i Vorlon e l'alleanza di Sheridan a Corriana 6, Ivanova e Lorien cercano gli ultimi First One, mentre Londo torna a Centauri Prime nella speranza di eliminare l'influenza delle Ombre prima dell'arrivo dell'assassino Vorlon.

Bester arriva a Babylon 5 con informazioni sui piani del Presidente Clark per screditare la stazione. Ma ha un prezzo da pagare: vuole che vadano a Z'ha'dum per cercare qualsiasi avanzo di tecnologia che possa aiutare a riportare in vita la sua amata. Garibaldi si dimette dalla carica di capo della sicurezza.

Una squadra di giornalisti dell'ISN arriva alla stazione e vuole fare un servizio su Babylon 5. Sheridan si rifiuta in un primo momento, ma alla fine accetta in base alla teoria che almeno una piccola parte del loro conflitto sarà mostrata.

Quando il suo clan ha dei dubbi sulle ragioni che l'hanno spinta a prendere Sheridan come compagno, Delenn deve recarsi a Minbar per partecipare al "Sogno". Sheridan invia Marcus e Franklin su Marte per prendere contatto con la resistenza.

Marcus e Franklin incontrano il loro collegamento con la resistenza marziana, ma vengono accolti sotto la minaccia delle armi dalla resistenza stessa. Nel frattempo, Sheridan affronta Garibaldi in merito al suo atteggiamento.

Delenn indaga sugli attacchi alle navi delle razze alleate dei Minbari e incontra per la prima volta i Drakh. Su Marte, Franklin raduna i leader della resistenza alla causa di Sheridan.

Garibaldi riceve il primo incarico dal suo nuovo datore di lavoro: aiutare una persona a salire e scendere dalla stazione senza passare per la dogana. È piuttosto sorpreso di sapere chi sia questa persona. Nel frattempo, Ivanova si prepara per la prima trasmissione de "La voce della Resistenza".

Sheridan elabora un piano eccentrico per convincere la Lega ad accettare le pattuglie della White Star ai loro confini, mentre Delenn cerca l'aiuto di Neroon per porre fine alla guerra civile scoppiata su Minbar.

La casta dei guerrieri ha circondato lo stand della casta religiosa nella capitale di Minbar e chiede di arrendersi o di essere distrutta. Nel frattempo, Bester fa un'offerta a Lyta per il suo corpo.

Dopo che Clark ha ucciso 10.000 rifugiati disarmati, Sheridan si mobilita nuovamente per la guerra. Il primo obiettivo è Proxima 3, che viene bombardata fino a sottometterla. Allo stesso tempo, Londo cerca di convincere G'Kar a partecipare a una dichiarazione congiunta Centauri-Narn a sostegno della guerra contro Clark.

Mentre le forze di Sheridan continuano a dirigersi verso la Terra, a Garibaldi viene finalmente concesso di incontrare faccia a faccia il suo datore di lavoro, William Edgars, su Marte, e dopo un interrogatorio assistito da un telepate gli viene finalmente detto cosa deve fare per ottenere la completa fiducia di Edgars. Nel frattempo, il dottor Franklin scopre che Lyta può influenzare i telepati modificati dall'Ombra.

Dopo aver organizzato l'arresto del padre di Sheridan, Garibaldi dà la notizia al suo ex comandante e lo esorta a recarsi su Marte per organizzare un'operazione di salvataggio. Ma Garibaldi droga Sheridan non appena arriva sul posto e lo consegna alle forze di Clark. Infine, Edgars rivela a Garibaldi i suoi piani.

In una stanza tetra, un interrogatore cerca di costringere Sheridan ad ammettere di essere stato sotto l'influenza aliena e di aver lavorato per sabotare la Terra.

L'unico ostacolo che rimane tra Sheridan e la Terra è una flotta vicino a Marte. Con l'aiuto della resistenza, Sheridan progetta di far salire di nascosto i telepati modificati da Shadow sulla flotta, sperando di disabilitarla abbastanza a lungo da permettergli di conquistare la Terra. Nel frattempo, Marcus è determinato a trovare un modo per aiutare Ivanova.

Clark è morto e la guerra civile è finita, ma diverse questioni sono irrisolte. Ivanova è addolorata per la morte di Marcus, Lise è scomparsa e Sheridan deve ora affrontare le conseguenze delle sue azioni. Ha fatto la cosa giusta, ma in modo scomodo.

In un futuro lontano, qualcuno sta archiviando filmati relativi al destino della Terra e dell'Alleanza Interstellare.