친구들, 안녕! 안티는 자취를 감췄지만 우리는 계속 싸이몬에 맞서 다이노시티를 지키고 있어! 그런데 안티게임회사에서 모바일게임 ‘싸이몬’을 출시했어. 뭔가 수상해! 안티가 대체 무슨 일을 꾸미고 있는 걸까? 다이노파워즈 시즌2 첫 번째 이야기. ‘또 다른 시작!’

얘들아! 정전 때문에 사건사고가 끊이지 않고 있어. 그런데 볼타의 공격이 싸이몬에게 전혀 먹히지 않아. 수상한 전학생 루시는 진실을 알려 주겠다고 하질 않나, 제노트리케를 소환하라고 하질 않나… 루시를 믿어도 되는걸까?

얘들아, 안녕! 전투훈련을 위해 찾아간 캠핑장에 싸이몬이 나타났어! 숲을 얼음으로 얼려버리는 싸이몬. 으앗! 사람들까지 얼려버리다니! 시원이가 로카를 소환했는데… 로카는 빙판을 제대로 걷지도 못 해. 시원이는 과연 이 위기를 어떻게 해결할까?

다이노시티가 뿌연 안개로 뒤덮인다. 이로 인해 도로 곳곳에 교통사고가 발생한다. 버스를 타고 가던 동해와 루시는 싸이몬이 만들어낸 안개 때문에, 입체교차로 난간에 걸치는 아찔한 사고를 겪는다. 겁에 질린 동해는 용기를 내 승객들을 인솔하고, 제노프테라와 메타브라키를 소환한다. 제노프테라와 메타브라키가 힘을 합쳐 버스를 안전하게 구하고 싸이몬을 무찌른다. 다이노시티에 안개가 걷히고 다시 맑은 하늘이 돌아온다.

온순하던 다이노들이 폭력적으로 변해 사람들을 위협하기 시작한다. 다이노파워즈 멤버들은 다이노들을 난폭하게 만드는 싸이몬을 찾아낸다. 최강은 제노티라노를 소환한다. 하지만 싸이몬의 공격으로 제노티라노 마저 폭력적으로 돌변해버린다. 이에 최강과 아이들은 다이노봇을 소환한다. 다이노봇은 메타봇의 전투데이터와 강력한 다이노파워로 싸이몬을 제거한다. 정상으로 돌아온 다이노들은 다시 가족의 품으로 돌아갈 수 있게 된다.

안티게임회사 싸이몬개발부는 인공지능 AI ‘릴리’를 개발한다. 릴리는 다이노파워즈에게 접근하여 정보를 빼내 올 인간형 AI로봇 부트, 크리퍼, 혹스, 슬래머를 만들어낸다. 그러나 아직 어떠한 데이터도 입력되어 있지 않은 상태인 부트는 마냥 순수하기만 하다. 한편, 도시에서는 우박을 만들어내는 싸이몬이 나타나 사람들을 위험에 빠트린다. 시원과 최강은 제노다이노를 소환하지만 거듭된 공격과 수비 실패로 인해 위기에 몰린다. 최강은 루시의 도움으로 제노티라노를 휴먼모드로 변신시켜 싸이몬을 제거하는 데 성공한다.

다이노파워즈 아이들이 비행기를 타고 수학여행을 떠난다. 첫 비행기 탑승에 신난 동해와 반디. 하지만 갑자기 나타난 싸이몬 때문에 비행기 엔진에 불이 붙고, 위험에 처하게 된다. 동해는 하늘을 나는 제노프테라를 소환하고, 반디는 제노트리케를 소환해 제노프테라를 엄호한다. 하지만 독수리처럼 강한 싸이몬의 공격에 당하고 마는 제노프테라. 루시는 동해에게 제노프테라를 휴먼모드로 변신시키라고 한다. 휴먼모드로 변신한 제노프테라는 바람의 힘이 깃든 테라쏘드를 이용해 싸이몬을 무찌른다. 비행기는 기장의 노련한 운전솜씨와 제노다이노들의 도움으로 무사히 공항에 착륙하게 된다.

학교에서 농촌으로 체험학습을 떠난다. 최강네 반에 전학 온 슬래머도 아이들과 함께 씨앗을 심으며 체험학습을 한다. 그런데 갑자기 농수가 나오지 않기 시작한다. 루시는 최근 저수지가 마르는 현상이 계속 일어나고 있다고 알려준다. 최강과 시원은 조사에 나선다. 두 사람은 저수지에서 난로를 이용해 물을 마르게 하는 싸이몬과 맞닥뜨린다. 시원의 제노스테고와 최강의 제노티라노의 합동공격으로 싸이몬을 해치운다. 싸이몬이 사라지자 메마른 땅에 비가 내리며 가뭄이 해소된다.

담임선생님은 아이들에게 항상 ‘있는 그대로의 자신을 사랑하라’는 조언을 한다. 그런 담임선생님이 까만 피부를 가리기 위해 하얗게 화장을 하며 외모에 집착한다. 한편, 머리부터 발끝까지 화려하게 치장한 전학생 ‘크리퍼’가 등장하여 반디에게 접근한다. 싸이몬의 붉은 리본에 묶이면 외모에만 집착하게 된다는 것을 알게 된 다이노파워즈. 반디는 루시의 도움으로 제노트리케 휴먼모드를 소환한다. 하지만 소심한 성격의 제노트리케는 싸이몬과의 대결에서 소극적인 태도를 보인다. 반디의 ‘넌 그 자체로 완벽해!’ 라는 말에 반응한 제노트리케는 싸이몬과의 일대일 대결에서 승리한다.

안티는 AI로봇들의 공격 업그레이드가 더딘 것에 화를 내며 당장 공격할 것을 명령한다. 이에 AI릴리는 공격코드가 완벽하지 않다며 대안을 제시한다. 루시의 태블릿을 해킹해 소환 프로그램을 마비시키겠다는 계획을 설명하고 슬래머에게 악성코드를 심는 임무를 맡긴다. 슬래머는 루시 몰래 악성코드를 심는데 성공한다. 한편 도시에선 싸이몬이 해킹으로 도시를 혼란에 빠뜨린다. 이를 막기 위해 다이노파워즈 아이들은 제노다이노를 소환하려 하지만 소환 프로그램이 작동하지 않아 실패하고 만다. 위기의 순간 다이노봇을 소환하게 된 다이노파워즈는 싸이몬을 해치우고 도시를 구한다.

시원과 혹스는 함께 보드를 타러 가기로 한다. 다음 날, 약속장소로 향하던 시원은 반디에게서 사람들이 남자와 여자로 편을 나눠 다투고 있다는 연락을 받는다. 시원과 반디는 사람들의 몸에 박혀 있는 흑장미 이펙트를 발견한다. 두 사람은 거리에 떨어져 있는 디지털 흑장미를 쫓아 싸이몬을 찾아낸다. 시원은 루시의 도움으로 아크스테고 휴먼모드를 소환한다. 아크스테고는 싸이몬의 장미 채찍을 아크배트로 잘라버리고 싸이몬을 제거한다. 한편, 약속장소에서 홀로 시원을 기다리고 있던 혹스. 시원이 반디와 함께 있다는 말을 듣고는 질투의 감정에 사로잡혀 괴물로 변해 버린다.

사이 좋게 지내야 할 아이들이 한 아이를 괴롭히는 일명 ‘왕따’ 현상이 다이노시티 곳곳에서 벌어진다. 반디와 최강은 놀이터에서 울고 있는 아이를 발견하고 싸이몬을 찾아 나선다. 버거랜드 인근에서 싸이몬을 발견하고 제노다이노를 소환하려는데, 루시가 나타나 인적이 드문 곳으로 유인하라고 한다. 반디는 아크트리케를 소환하여 싸이몬을 숲속 공터로 유인한다. 아크트리케가 휴먼모드로 변신하여 아크드릴로 싸이몬을 무찌른다. 한편, 함께 스케이트 보드를 타기 위해 최강의 집 앞에서 한참을 기다리던 부트는 늦은 시간에도 오지 않는 최강에게 배신감을 느끼며 괴물로 변한다.

싸이몬의 거울을 본 사람들은 자신을 실제보다 훨씬 뚱뚱하게 인식해 극단적인 다이어트를 시작한다. 한편, 동해도 다이어트에 돌입한다. 배가 엄청 고픈데도 슬래머에게 자신의 음식을 양보하는 동해. 슬래머는 그런 동해에게서 ‘우정’의 감정을 느끼고 동해에게 음식을 건넨다. 하지만 동해는 싸이몬을 쫓아 급히 나가느라 슬래머의 옷에 음식을 엎어버린다. 거절당했다는 생각에 슬래머는 분노한다. 동해와 시원, 루시는 강변공원에서 싸이몬을 발견한다. 동해는 아크프테라를 소환하여 싸이몬을 제거하는 데 성공한다. 한편, 슬래머는 동해가 다이노파워즈와 함께 웃고 있는 것을 목격한다. 슬래머의 분노는 폭발하고 결국, 괴물로 변해버린다.

싸이몬이 도시 곳곳에 금화를 뿌려 사람들을 현혹한다. 도로에 뿌려진 금화를 줍기 위해 정신없이 도로로 뛰어드는 사람들. 싸이몬은 급기야 금화폭탄을 이용해 주택가에 불까지 낸다. 이를 발견한 최강은 아크티라노를 소환해 소방대원들의 화재 진압을 돕고 싸이몬을 물리친다. 한편, 길을 지나던 크리퍼는 최강이 빌려간 자신의 목걸이가 바닥에 떨어져 있는 것을 발견한다. 크 리퍼는 자신이 아끼는 목걸이를 버린 최강에게 분노를 느끼며 괴물로 변하게 된다.

릴리는 괴물화에 성공한 AI로봇들에게 데이터스캐너를 주며 다이노파워즈의 전투데이터를 수집해 오라는 명령을 내린다. 한편, 도시 곳곳에서는 갑자기 생긴 구덩이 때문에 크고 작은 사고가 발생한다. 최강과 제노티라노는 소방관인 하늬(최강母)를 도와 구조활동을 펼친다. 그때, 괴물부트가 나타나 데이터스캐너로 제노티라노의 전투데이터를 빼앗아간다. 루시는 방어막 형성이 가능한 다이노봇을 소환하여 데이터스캐너를 피하라는 조언을 한다. 이에 최강과 아이들은 다이노봇을 소환한다. 다이노봇은 싸이몬을 제거하고, 괴물부트에게 총공격을 펼친다. 이에 괴물부트는 다음을 기약하며 후퇴한다.

다이노시티 주민들은 원인을 알 수 없는 소음에 밤잠을 설치고 두통을 호소한다. 최강과 반디는 다이노시티 곳곳에 남아있는 거대한 손톱자국을 발견하고는 싸이몬의 소행임을 직감한다. 한편, 최강과 다툰 반디는 우연히 마주친 크리퍼와 시간을 보내게 된다. 두 사람은 네일아트를 하며 어느 새 친한 친구가 된다. 그러던 중, 반디는 싸이몬을 발견한다. 아크트리케는 싸이몬 제거에 성공하지만 괴물이 된 크리퍼의 기습 공격에 당하고 만다. 괴물크리퍼는 자신이 칠해준 반디의 네일아트을 보게 된다. 결국 아크트리케를 공격하지 못하고 도망가 버린다. 반디는 괴물이 왜 자신과 아크트리케를 공격하지 않고 도망갔는지 의아해한다.

학교에서 산으로 야외수업을 떠난다. 맑은 공기를 마시며 즐거운 시간을 보내는 다이노파워즈. 그런 모습이 못마땅한 혹스는 최강과 동해 사이를 갈라놓기 위해 꾀를 쓴다. 결국 동해는 최강을 오해하게 된다. 도시에는 매연을 내뿜는 싸이몬이 나타나 공기를 오염시킨다. 동해, 최강은 지난 일은 묻어두고 제노프테라와 아크티라노를 소환해 힘을 합쳐 싸이몬을 물리친다. 하지만 갑자기 나타난 괴물혹스의 전기공격에 당하고 만다. 괴물혹스는 시시하다며 한꺼번에 처리하는 것이 재밌겠다는 말을 남기고 사라져버린다. 최강, 동해는 쓰러진 아크티라노와 제노프테라를 끌어안고 절규한다.

괴물혹스가 나오는 악몽을 꾼 최강, 훈련장으로 달려가 제노티라노 전투데이터 회복훈련을 한다. 루시는 최강에게 시너지를 내기 위해선 전투데이터 회복이 필수임을 설명한다. 다음날 시원과 크리퍼는 청소를 하며 친해진다. 슬래머는 릴리의 명령을 받고 시원을 미행하다가 그만 쓰레기를 뒤집어쓰게 된다. 슬래머는 정체를 들키지 않기 위해 골목길로 몸을 숨기고 괴물로 변한다. 시원, 최강은 사라진 슬래머를 찾아다니다, 괴물슬래머를 만나게 되고 전투를 벌인다. 괴물슬래머는 아크스테고를 제압하지만 시원 때문에 마음이 흔들려 제거하지 못한다. 릴리는 못마땅해하며 슬래머를 철수시킨다. 시원은 슬래머를 수상히 여기며, 전학 온 다른 학생들까지 모두 의심하기 시작한다.

사진 콘테스트에 한 팀으로 참가하게 된 반디, 크리퍼, 최강, 부트. 크리퍼와 부트는 반디, 최강과 어울리며 평범한 아이들의 일상과 감정을 즐긴다. 크리퍼와 부트의 감정변화를 알아챈 릴리는 AI에게 공격코드를 입력하여 공격력을 증폭시킨다. 공격코드가 입력된 크리퍼와 부트는 최강과 반디 앞에서 괴물로 변해 정체를 들키게 된다. 한편, 안티게임회사 잠입에 성공한 큐브박사는 AI릴리의 존재를 추적한다.

혹스와 슬래머는 릴리의 명령으로 시원, 동해를 미행하다 들키게 되고, 어떨결에 농구를 하며 친해지게 된다. 이를 못마땅하게 여긴 안티는 릴리를 재촉한다. 릴리는 혹스와 슬래머에게 공격코드를 전송해서 강제로 다이노파워즈를 공격하게 한다. 시원, 동해는 각자의 자리에서 AI괴물들과 전투를 벌인다. AI괴물들의 공격에 속수무책으로 당하고 마는 다이노파워즈. 한편 싸이몬개발부로 위장하여 잠입하고 있던 큐브박사는 안티에 맞설 방법을 강구한다.

최강은 듀오파워를 작동시켜 제노티라노와 아크티라노의 파워와 스피드를 강화한다. 그러나 듀오파워를 작동시킬 수 있는 시간은 단 1분이다! 제노티라노와 아크티라노는 팀워크를 발휘하여 결국 괴물부트를 제거한다. 한편, 아크트리케와 제노트리케는 괴물크리퍼를 제거하는 대신 포박하여 큐브박사 연구실로 데리고 간다. 루시와 반디는 괴물크리퍼의 공격성을 없애 착한AI괴물로 만들고자 한다.

루시는 악성코드에 감염된 크리퍼의 몸에 백신을 주입한다. 한편, 시원과 동해는 제노다이노와 아크다이노의 힘을 합쳐 시너지를 낼 수 있는 듀오파워를 이용해 괴물슬래머와 괴물혹스를 물리친다. 전투를 마친 아이들은 큐브박사 연구실에 모인다. 치료 중인 크리퍼를 보고 깜짝 놀라는 최강과 시원. 다이노파워즈 아이들은 크리퍼를 두고 의견충돌이 일어난다. 그때 코드를 분석하던 루시가 이상한 에너지를 감지한다.

힘을 회복한 괴물안티는 다이노파워즈 멤버들을 큐브공간으로 끌어들인다. 아이들은 다이노봇을 소환하려 하지만 큐브공간에 쳐진 방어시스템 때문에 메타시스템이 작동되지 않는다. 루시는 외부에너지 자극에 대항하여 만들어진 로봇 제노다이노를 소환하면 방어시스템을 뚫을 수 있다고 조언한다. 아이들은 남은 메타포인트로 제노다이노 4대를 소환한다. 4대의 제노다이노들이 시너지를 낼 수만 있다면 승산이 있는 상황. 하지만 안티는 큐브스페이스의 디지털큐브를 자유자재로 움직이며 제노다이노를 공격하여 이를 방해한다.

큐브박사가 보낸 제노파워 코드를 전송받은 루시. 코드를 실행시켜 제노다이노들의 힘을 하나로 합친다. 제노파워 에너지로 큐브스페이스의 결계를 풀고 괴물안티를 물리친다. 릴리는 고철이 된 괴물안티의 잔해에서 데이터를 빼내 코드를 분석한다. 릴리는 안티가 괴물로 변신한 것과 같은 알고리즘을 활용해 몸을 만들고 괴물릴리가 된다. 괴물릴리는 안티가 갖고 싶어했던 다이노파워즈의 힘 '다이노파워'의 존재를 인지하고 이를 뺏으려 한다.

강력해진 괴물릴리는 다이노시티를 넘어 전세계를 통제하겠다는 야욕을 드러낸다. 루시는 괴물릴리가 공격기술을 쓰려면 엄청난 전력을 필요로 한다는 것을 간파하고, 고압전기를 동력으로 삼는 아크다이노를 소환할 것을 제안한다. 아크다이노들이 열세에 몰린 순간, 크리퍼와 혹스가 나타나 다이노파워즈를 대신하여 괴물릴리의 공격을 막아낸다. 아크다이노는 크리퍼와 혹스의 희생으로 각성하게 된다. 고압의 스파크 '아크볼트'가 아크다이노 4대의 몸을 휘감는다.

전극성을 지닌 4대의 아크다이노가 직렬로 서서 아크볼트 파워를 최대치로 끌어올린다. 강력한 '아크볼트 에너지'를 발사해 괴물릴리를 파괴한다. 괴물릴리는 폭파되어 사라지고 안티의 블랙큐브만 남게 된다. 루시는 안티가 다시 힘을 회복하지 못하도록 블랙큐브를 연구실로 가져가 봉인시키려 한다. 순간 큐브스페이스가 붕괴되기 시작하고, 루시는 서둘러 포털코드를 실행시켜 아이들과 함께 빨리 현실세계로 이동하려 한다. 하지만 지면이 크게 흔들리며 들고 있던 블랙큐브를 놓치고 만다.

다이노파워즈가 안티와 릴리를 제거한 후, 안티게임회사 중역들은 붕괴된 큐브스페이스에서 찾아낸 블랙큐브와 모바일게임 '싸이몬'에서 발생되는 블랙에너지를 결합하여 안티를 복구하고자 한다. 이에 싸이몬개발부는 안티게임회사 옥상에 블랙옵서버를 설치한다. 블랙큐브와 블랙에너지가 결합되는 순간, 거대한 폭발과 함께 블랙안티가 모습을 드러낸다. 최강과 아이들은 다이노봇으로 블랙안티에 맞서려 하지만 소환에 실패한다. 블랙에너지가 큐브팔찌에 결함을 일으킨 것이다. 루시는 새로운 코드를 만들어낸다. 최강과 아이들은 코드를 이용하여 제노다이노들을 합체로봇 '제노라이즈'로 변신시킨다.

블랙안티는 싸이몬게임 유저들에게 최면을 걸어 큐브박사를 찾도록 명령한다. 위치가 노출된 큐브박사는 유저들을 피해 몰래 빠져나가려다 들키고 만다. 큐브박사는 특수고글을 통해 유저들의 몸에 블랙안티의 검은 기운이 감도는 것을 보고 안티의 소행임을 파악한다. 그때 블랙안티가 나타나 큐브박사를 납치하려 한다. 하지만 제노라이즈가 나타나 이를 저지하며 전투를 벌인다. 제노라이즈는 큐브박사를 태우고 블랙안티를 피해 도망친다.

모바일게임 '싸이몬' 유저들의 핸드폰에서 발생된 블랙에너지가 실시간으로 블랙안티에게 전송된다. 블랙에너지를 흡수한 블랙안티는 더욱 강력해지고. 이에 맞서는 제노라이즈는 열세에 몰린다. 최강과 아이들은 블랙옵서버를 정지시켜 블랙안티가 블랙에너지를 흡수하지 못하게 한다. 기세를 몰아 블랙안티에게 치명타를 입히는 제노라이즈. 블랙안티는 '차원의 문'(평행세계로 연결되는 문. 시즌1)을 만들어내 평행세계로 넘어간다.

다이노파워즈는 블랙안티를 쫓아 평행세계로 나아가려 하지만 차원의 문을 열 수 없다. 루시의 조언으로 아크라이즈를 소환하여 전기에너지를 통해 차원의 문을 열고 평행세계로 이동한다. 블랙안티를 추적하던 아크라이즈는 안티캐슬에서 블랙안티와 마주한다. 부상을 회복한 블랙안티는 아크라이즈를 향해 무차별 공격을 퍼붓고, 아크라이즈는 위기 상황에 몰린다. 처음으로 소환된 아크라이즈는 자신의 힘을 모두 발휘하지 못하고 고전한다.

싸이몬개발부는 멈춰버린 블랙옵서버를 재가동시켜 평행세계의 블랙안티에게 블랙에너지를 전송한다. 블랙안티는 더 많은 블랙에너지를 모으기 위해 현실세계의 유저들이 싸이몬게임을 멈추지 못하게 한다. 현실세계의 유저들은 게임을 멈추고 싶어도 멈추지 못해 고통스러워한다. '게임을... 멈출 수가 없어...' 한편, 아크라이즈는 블랙안티의 공격을 받고 합체가 풀린다. 메타포인트가 부족해 합체를 할 수 없는 상황. 큐브박사는 메타디멘터(시즌1 최후의 전투 이후 평행세계에 방치되었다는 설정)를 개조하여 아크다이노들을 다시 아크라이즈로 합체시킨다.

아크라이즈는 블랙옵서버를 파괴하기 위해 자신이 가진 모든 다이노파워를 안티의 캡슐에 불어넣는다. 캡슐을 타고 현실세계로 전송된 다이노파워가 블랙옵서버를 파괴시킨다. 현실세계의 게임 유저들은 게임을 멈추며 정상으로 돌아오지만, 블랙안티는 움직임을 멈추지 않는다. 다이노파워즈는 큐브팔찌에 남아있는 마지막 다이노파워를 아크라이즈에게 전달한다. 아크라이즈는 다이노파워가 응축된 아크펀치로 블랙안티에게 최후의 일격을 날린다. 마침내 블랙안티는 소멸되고 길고 긴 싸움은 끝이 난다. 그리고 이 모든 상황을 지켜보고 있는 지구침략단의 뒷모습으로 시즌3 새로운 빌런의 등장을 예고하며 끝난다.