Alors que la brigade du SWAT se prépare à enfoncer la porte d'un cambrioleur de haut vol, un drone bourré d'explosif est utilisé pour commettre un attentat sur la plage. À peine Hondo et son équipe sont réassigné sur cette affaire qu'un second drone se fait sauter en centre-ville. L'équipe doit agir rapidement pour éviter que la liste des victimes ne se rallonge. Parallèlement, Lucas décide de lancer son affaire de food-truck en plus de sa carrière dans la police

La Gourou d'une secte dissoute plusieurs années auparavant suite à une descente de police s'évade avec l'aide d'anciens membres. Elle a l'intention d'enlever des innocents pour les immoler par le feu dans un rituel macabre. Par ailleurs, le SWAT se voit assigner un observateur par la mairie: la Lieutenante Piper Lynch.

La Lieutenante Lynch et le Commandant Hicks s'affrontent sur les méthodes du SWAT, en particulier l'importance de l'entraînement. Lynch obtient de la mairie l'assignation du SWAT à une mission d'infiltration: Un gang autrefois dissout tente de se reformer en obligeant une pointure dans la fausse monnaye à leur fabriquer des faux billets afin de pouvoir s'acheter un arsenal suffisant pour déclencher une guerre avec la police.

Alors que Deacon passe une journée détente avec sa famille dans un marché de fleurs, des motards aux tactiques militaires font irruption et ouvrent le feu dans la foule. Bien que la famille de Deacon n'ait rien, ce dernier et ses collègues mettent tout en œuvre pour stopper ces narcotrafiquant colombiens qui utilisent les fleuristes pour distribuer leur drogue sous les ordres du Général Emiliano Murido. Mais le Général est protégé par la CIA et ses criminels se révèlent plus dangereux que prévu quand ils vont jusqu'à attaquer Deacon et sa famille dans sa maison. De son côté, Lucas à du mal à trouver des investisseurs pour son affaire.

Un convoi de la police de Los Angeles transportant des armes saisies est attaqué par une bande armée parfaitement coordonnée à Long Beach. Le S.W.A.T va devoir collaborer avec la police de Long Beach pour retrouver ces armes; et Street va devoir renouer avec son frère adoptif, qui est en contact avec le milieu criminel et avec qui il est en mauvais termes. Quant à Lucas, le reste de son équipe se décide finalement à investir dans son affaire.

Amina Amhadhi, une militante des droits de l'Homme du Moyen-Orient, est kidnappée juste après son discours par une équipe de mercenaires de son pays. Le S.W.A.T. est assignée à cette affaire par la gouverneure pour la retrouver. Entretemps, Lucas rencontre des problèmes avec le food-truck qu'il a acheté.

Le S.W.A.T. poursuit une équipe de trois hommes et cherche à déjouer leur projet de cambriolage avant qu'il ne soit trop tard. Hondo rencontre une femme des quartiers riches qui gère un centre social dans une communauté défavorisée. Street poursuit sa relation avec Molly Hicks et l'annonce au Commandant. Chris dit à Kira qu'elle n'est pas amoureuse de Ty et qu'elle souhaiterait n'être qu'avec elle.

L’équipe du S.W.A.T. mène des négociations tendues avec une famille qui prend un officier en otage car ils sont menacés d'expulsion. Au même moment, Hondo aide son père qui vient de connaître un problème de santé. La relation entre Chris, Kira et Ty est à un tournant critique...

Ava Ilich, policière des services de lutte contre le crime organisé, a été enlevée par les membres du réseau de trafic sexuel qu'elle avait infiltré. Le S.W.A.T. est appelé pour retrouver la jeune femme. Hondo et ses coéquipiers procèdent à de nombreuses arrestations, secourant au passage plusieurs jeunes filles bulgares, forcées de se prostituer. L'étau se resserre mais Ava reste introuvable.

L'équipe du S.W.A.T. doit assurer la sécurité d'un chef de guerre lors de son extradition par la Cour pénale internationale. De plus, le père de Hondo tente de faire amende honorable auprès de Charice. Le frère adoptif de Street, Nate, demande de l'aide d'un patron corrompu et Deacon, à contrecoeur, fait une thérapie pour sa fille, Lila.

Street est tiraillé entre son devoir envers son équipe et son engagement auprès de son frère, Nate. De leur côté, le reste du groupe s'occupe d'un gang qui vole les camions qui livrent les casinos.

Hondo et l'équipe du S.W.A.T. se rassemblent pour soutenir Street. Ce dernier risque sa vie pour aider son frère adoptif Nate à se détacher d'un réseau de drogue.

Hondo, Deacon, Tan et le commandant Hicks se lancent dans une chasse à l'homme à travers Tokyo lorsqu'ils escortent un fugitif extradé vers le Japon. Ce dernier est parvenu à échapper à la garde locale. De retour à Los Angeles, le reste de l'équipe du S.W.A.T. recherche tous les contacts du criminel se cachant dans la ville...

L'équipe du S.W.A.T. recherche le lien éventuel entre les victimes d'un tireur isolé ciblant les femmes. De plus, Luca participe à une enquête sur un homicide dans son quartier. Pendant ce temps, le lieutenant Lynch pousse Chris à répondre à une interview pour la presse et la relation Hondo-Nichelle progresse...

Le deuxième emploi de Deacon dans la sécurité entraîne le reste de l'équipe à enquêter sur l'enlèvement de la femme d'un sportif au cours d'un match de boxe. De son côté, Darryl est frustré par son manque de droits paternels concernant son fils et Tan se prépare à présenter à sa mère, sa petite amie, Bonnie.

Après un cuisant échec, l'équipe du S.W.A.T. doit protéger un hôtel rempli de civils menacé par les chefs de gangs les plus dangereux de Los Angeles dispersés dans le bâtiment. Les efforts de Luca pour coordonner au mieux la mission se compliquent quand son frère, Terry, journaliste indépendant, souhaite filmer le groupe...

Hondo et l'équipe du S.W.A.T. tentent de venir sauver Buck, leur ancien chef d'unité, craignant qu'il ne se fasse du mal. Des flashbacks révèlent la recherche de Buck, qui coïncide avec l'une des missions les plus difficiles qu'a connu l'équipe. Chaque membre reçoit des conseils et aborde les difficultés mentales et émotionnelles inhérentes à leur mission.

L'équipe du S.W.A.T. recherche un condamné qui s'est évadé et qui a pour projet de tuer Tan et tous les policiers qui l'ont mis en prison il y a des années. De son côté, Chris fait face à la corruption en interne après qu'elle est arrêtée un jeune homme qui est ressorti aussitôt en raison de son puissant père. Pendant ce temps, Hondo reçoit la visite surprise de sa sœur, Winnie, sa venue a un impact sur la relation entre Hondo et Nichelle...

Chris n'accepte pas que le fils de l'adjoint au maire qu'elle avait arrêté alors qu'il conduisait en état d'ébriété s'en sorte sans encombre. Elle se lance dans un combat qui semble perdu d'avance. Par ailleurs, le SWAT se lance à la poursuite d'un couple qui sème la mort...

Informée du lieu et de l'heure de l'atterrissage d'un avion chargé de drogue, l'équipe, secondée par la brigade des stups, tente d'interpeler les trafiquants. Mais l'avion les repère et redécolle avant de s'écraser un peu plus loin, dans la banlieue de Los Angeles. La traque continue alors au sol. Hondo tente de recoller les morceaux avec Nichelle. Luca, quant à lui, appréhende son retour sur le terrain...