Tre måneder er gået siden Tal-Rhos blev besejret og Natalie ankom til byen. Lois er utilfreds med Chrissys interviewpersoner på Gazette og skælder Jonathan ud for næsten at have sex med en pige. Lana hjælper borgmesterkandidaten Daniel Hart i valget mod borgmester George Dean. Mens Superman redder en nordkoreansk ubåd, får han smertefulde syn, som gentager sig under et jordskælv. Han ser et hold unge superkræfter redde folk fra minerne, som arbejder for generalløjtnant Mitch Anderson og DOD, men Superman nægter at prioritere Amerika over resten af verden. Sarah vender hjem fra lejren, men opfører sig distant over for Jordan. I Metropolis kæmper Natalie for at tilpasse sig sit nye liv. John kontakter Lois, som giver Natalie og John lov til at blive hos dem. En gigantisk hånd smadrer igennem en af minerne.

Clark oplever en anden vision og besøger Tal-Rho, som tilbyder hjælp, men Clark afviser ham. Senere forhindrer en vision ham i at besejre en fjende, og han må få hjælp fra Andersons hold. Samtidig ignorerer Lois trusler fra en af sine gamle kilder og interviewer en ekspert om rystelserne i minerne. Natalie bliver ven med Sarah, og Clark og Jordan accepterer Tal-Rhos tilbud om hjælp. De opdager, at rystelserne og Clarks syn skyldes en kosmisk begivenhed. Tal-Rho vender tilbage til fængslet, og Lana stiller op til borgmesterposten. Jonathan tror, at hans holdkammerat tager steroider, og Sarah afslører, at hun kyssede en pige ved navn Aubrey i lejren. Dr. Faulkner ringer til sin chef om minerne, og Lois afslører for Chrissy, at hendes gamle kilde er hendes søster Lucy Lane.

Clark oplever forværrede syner og konflikter med sine sønner, mens Lana fortsætter sin kampagne på trods af Tal-Rho-hændelsen. John finder en detoneret sten i minerne, og en mystisk figur i metaldragt dukker op og kæmper mod Superman. Natalie konfronterer sin far med, at han fortsætter med at kæmpe med rustningen. Jordan undskylder over for Sarah og forærer hende Marthas halskæde for at vise sit engagement. Jonathan opdager, at hans kæreste, Candice, sælger krystalstof, og beder hende om noget. Ally dukker op i stedet for Lucy, da Sam sørger for, at Lois og Lucy taler personligt. I det arktiske afsløres figuren at være en arret, bleg version af Superman med et spejlbillede af Supermans våbenskjold.

For fem år siden flyttede Lucy ud af Kent-lejligheden efter en strid med Lois om Ally. I nutiden truer Ally Lois, og Chrissy deltager i Allys begivenhed under et alias. Lucy konfronterer Lois, og Ally afslører, at Lois har udeladt detaljer om Lucy i en artikel, hvilket skaber spændinger mellem vennerne. Samtidig angriber en Superman-lignende figur Clark, men bliver afvist af John. Holdet angriber figuren mod Clarks råd og lider tab. Jonathan begynder at tage krystalstoffet, og andre karakterer har deres egne problemer at tackle.

Chrissy besøger Ally og får påtvunget sig et mystisk vedhæng, der giver hende mulighed for at møde en alternativ version af sig selv. Superman beskytter Ally mod en figur, der viser sig at være hans onde tvilling, som han besejrer og overgiver til Lara. Sam tager Jonathan med til Jordans træning, hvor han tager stoffet og bliver aggressiv. Hos Sarahs quinceañera fortæller Kyle sin affære til bartenderen Tonya, som fortæller Sarah og Lana overhører det. Chrissy fortæller Lois, at Allys onde tvilling har taget kontrol over den alternative verden, og på Tal-Rhos fæstning fortæller Clarks onde tvilling ham, at Ally vil ødelægge alt, hvad han elsker, medmindre han dræber hende.

Supermans andet jeg advarer om, at Ally vil blive gudlignende, hvis hun får fat i begge vedhæng, og han siger, at han ikke er stærk nok til at ødelægge dem. Samtidig bliver Anderson hånet af sin overordnede general Hardcastle for sit dårlige partnerskab med Superman. Kyle forsøger at undskylde til Lana, men hun afviser ham. Tonya fortæller Lana, at Kyle brød tingene af to år tidligere efter Sarahs ulykke. Jordan opdager, at Jonathan bruger X-Kryptonit og konfronterer ham efter at have overhørt, at Timmy blev fanget med den samme inhalator. Lucy taler med Lois om Ally, men Sam forbyder dem at diskutere det. Senere ved aftenens fodboldkamp bliver Jonathan sat i Timmys position, og Lucy skændes med Lois og går. Lana beder Kyle om at flytte ud. Anderson arresterer Superman for forræderi for at tilbageholde information og fængsler ham sammen med Tal-Rho.

Efter at Superman bliver fanget og fængslet sammen med Tal-Rho, forsøger han at få Anderson til at undersøge Ally og opdage, hvad der egentlig sker. Men efter at Anderson tvinger Superman til at give information, ender han med at slå Tal-Rho og falske Kryptonian-brødrene for at bryde ud. De flygter til Tal-Rhos fæstning, hvor Superman møder sin bizarro-duplikat og opdager, at hans andet jeg og Tal-Rho var uadskillelige, indtil Tal-Rhos kone forsøgte at dræbe ham. Men Anderson stjæler X-Kryptonit og Project 7734 våben og finder Tal-Rhos fæstning, hvilket fører til alvorlige konsekvenser for Superman og hans bizarre duplikat. Superman bringer Tal-Rho nær solen, så han kan heles, før han returnerer ham til fængslet. Imidlertid er der stadig mere på spil, da Anderson besøger Ally med det omvendte verdens vedhæng, og lovløse kræfter truer med at destabilisere den allerede anspændte situation yderligere.

For et år siden mistede Natalie sin mand John under en tidsmæssig anomali, og han vendte tilbage med hukommelsestab. Samtidig beslutter Chrissy sig for at følge Anderson til den omvendte verden ved minerne ved hjælp af portalen, og Superman redder Chrissy og Ally, men Lucy forsvinder stadig. Kyle hjælper Lana med hendes debat mod Dean, mens Sarah bliver venner med Jordan og forsvarer Jonathan fra en XK-forhandler. Natalie tilgiver Clark, og Lucy kommer tilbage og stjæler et nøglekort fra Sam til Ally.

Superman befrier Ally og går ind i den omvendte verden. Efter en måned vender han ikke tilbage, og John begynder at tage hans plads. På valgdagen støtter Lana Jonathan, da en forælder kritiserer ham. Jordan redder Kyle fra en brand, men Lois fortæller hende at undlade at bruge sine kræfter til at beskytte sin hemmelighed. Sam og Lois bliver fanget i et XK-center, men bliver reddet af Jordan. Lana vinder valget, og John og Natalie ser gamle videoer af deres mor. Sarah bryder op med Jordan og den omvendte Jonathan ankommer til Kent-huset og siger, at deres Clark var "for sent". Superman vender tilbage til jorden.

Superman races through the portal after Ally Allston, but when he arrives on the other side, he discovers everything on this parallel earth is... bizarre. Navigating his way through deceivingly familiar faces and landscapes, Superman goes on one wild ride in his fight to stop Ally from merging.

We pick up right where we left off with Jon-El smirking at Lois, who is still standing on the porch with Jordan. Jon-El, catches sight of his doppelganger Jonathan, standing not too far away. He lunges at him and Jordan tries to intervene but Jon-El appears to be stronger and faster than him.

We pick up right where we left off with Clark levitating in front of Lana. Meanwhile, Jordan and Jonathan question whether Lois and Clark are telling them the complete story. Lastly, Natalie tries her best to get Sarah to acknowledge Jordan.

Clark and Lois disagree on the best way to figure out if Ally Allston went to the Inverse World. Meanwhile, John Henry makes a surprising discovery and Lois sets out to track Lucy down.

Chrissy Beppo, with the authorization of the Department of Defense, has a message for the people of Smallville, not only is the merging of planets real, it is happening.