柳生一剑于东瀛所向披靡，他远渡中原觅对手，结果武当掌门苍璧也败于其剑下。苍璧临终前传位给师弟苍松，并留下锦囊予华山掌门楚莽，希望利用魔教第一高手燕北飞对付一剑，来挽回中原武林的面子，苍松无奈依计行事。

苍松等四大掌门往雪岭找燕北飞，只有苍松顺利通过有毒雾的吊桥，北飞对他另眼相看。飞妻楚心如原来是楚莽的女儿，当年心如为与北飞一起与父反目，北飞遂携妻儿隐居避世。柳生一剑寻至雪岭，北飞为了家人拒与他一战。

楚莽利用女儿逼使燕北飞与柳生一剑决斗，北飞为了楚心如只好答应，但他要楚莽将来为他与心如补办婚礼。北飞为了妻儿燃起战意，一剑则为追求剑道而绝情，其妻甘愿死于其剑下。一剑再无牵挂，他与北飞的激战终于展开。

燕北飞成功击败柳生一剑，一剑自尽，淹没海中。楚莽为北飞夫妇补办婚礼，实则布下杀局，苍松遵师兄遗命无奈出手，但故意留情。北飞知其苦衷，托他照顾其子燕孤鸿。楚莽乘乱刺杀女儿，北飞怒杀他后随楚心如共赴黄泉。

苍松欲带燕孤鸿回武当，但孤鸿视他为杀父仇人，并趁机逃去。苍松退出武当，恢复原名秦百川，他寻回女儿莫愁后，于江南崛起，建立势力。孤鸿漂泊无依，后来遇上少女辛晓月及其同伴，大家互相扶持，于困苦中长大成人。

燕孤鸿等人因杀了人而避进风流坊，辛晓月求老板收留，不惜牺牲色相及被虐打，孤鸿等人得悉后合力杀掉老板，晓月成为风流坊主人，孤鸿等则成为杀手。孤鸿于行动中被莫愁目睹其样貌，他奉命杀掉莫愁，莫愁竟一心求死。

莫愁死前欲见儿子初阳一面，燕孤鸿让她骨肉重逢，三人相处仿如一家人。辛晓月妒忌莫愁，欲加害其母子，幸被孤鸿阻止。孤鸿爱上莫愁，莫愁却似有顾虑，假装负情离他而去。晓月趁机向孤鸿示爱，却遭他拒绝而伤心不已。

莫愁千方百计令燕孤鸿对她死心，孤鸿满腹疑问，感觉她藏着很多秘密。陆晴因妻子与屠彪有私情，于是请七星楼楼主秦百川帮忙，百川派楚江南前去处理。江南解决事情后，却遭九色旗堂主万黑旗暗算，幸孤鸿出手将他救走。

万黑旗布下天罗地网来对付楚江南，江南暗中捉了九色旗的少主扭转败局。客栈内多人被杀，燕孤鸿目睹莫愁杀人，他追问原因，却遭莫愁逃去。吴钩发狂胡乱杀人，秦百川受其兄吴钰所托望能制止他，并决定亲自前往调查。

秦百川查出吴钩发狂的原因，揭发吴钰因奸不遂而杀掉弟妇的丑事，吴钰以死赎罪。燕孤鸿重遇同伴韩灰，发现韩灰行动失败后变得一蹶不振，孤鸿看到杀手的悲哀亦萌生退意，但辛晓月接到一个被要胁的交易，就是杀秦百川。

秦百川之子秦汨往温家堡惩治奸淫民女的赵氏兄弟，他见堡主之女温艳容行为可恶，遂施计让赵氏兄弟奸污她，待堡主严惩两人。燕孤鸿为刺杀百川作准备，莫愁对他暗中监视。百川于寿宴上突然宣布秦汨的婚讯，秦汨感愕然。

秦汨要娶的人竟是温艳容，原来秦百川感秦汨处理赵氏兄弟之事不当，要他对艳容作补偿。燕孤鸿与百川终遇上，两人皆认出对方，孤鸿誓要为父报仇。孤鸿重遇莫愁，莫愁向他道出受神秘人逼害的事，其后更突然将孤鸿刺伤。

莫愁对燕孤鸿有情，终不忍杀他，但神秘人暗中监视二人，被孤鸿发现，更遭莫愁杀掉。秦百川受好友之托，撮合其子与九色旗小婢的婚事。楚江南前往提亲，让端木俊受辱作胁以完成任务。莫愁暗下麻药，孤鸿得悉仍愿服下。

端木俊不甘受辱，将秦百川好友一家灭门，挑起两帮之战。九色旗主端木旗欲捉莫愁，燕孤鸿出手阻止，并惊悉她是百川之女。孤鸿对百川难以下杀手，故忍痛离去。当年百川因莫愁未婚产子而跟她脱离关系，父女间仍存隔阂。

九色旗发动攻势，秦汨误中圈套受重伤，幸为一直诈死的吴钩所救，原来他正是秦百川的后着。燕孤鸿为莫愁自暴自弃，杀百川的期限已过，辛晓月被委托人逼害。韩灰代往刺杀百川，结果被吴钩所杀，韩灰的死终令孤鸿振作。

燕孤鸿为韩灰收尸，百川留下他陪伴莫愁，孤鸿立下决心要为韩灰报仇。百川派吴钩潜伏于万黑旗身边伺机行刺他，惜其身分被端木旗识破。吴钩死前告知百川七星楼内有内奸，其后孤鸿发现堂主乔春甫正是委托他杀百川的人。

秦百川与乔春甫一起调查内奸，两人对楚江南起疑。春甫暗中逼燕孤鸿尽快执行任务，孤鸿担心辛晓月的安危，无奈偷偷向莫愁下毒，藉此找机会刺杀百川。百川与孤鸿前往找初阳回来，虽然孤鸿暗中布下杀局，最终事败被擒。

燕孤鸿被逼出卖莫愁，莫愁虽感痛心，但她仍求秦百川放过孤鸿。孤鸿获释，他发现风流坊已毁，而辛晓月却不知所终。莫愁带初阳四处寻觅孤鸿不果。百川发现楚江南夜放信鸽与九色旗通讯，认定他为内奸，只好将他除掉。

辛晓月来到雪岭找燕孤鸿，孤鸿为了莫愁，放弃风流坊，晓月誓要杀秦百川作报复。孤鸿往找百川，着他提防乔春甫，并与百川冰释前嫌，泯掉恩仇。百川派秦汨杀春甫，秦汨因不忍下手竟将他放走，春甫却回来要与百川对质。

秦百川不信任乔春甫，春甫终轰顶自尽。七星楼损兵折将，端木旗密谋对付秦汨，向温家堡施以突袭。秦汨与温艳容赶往营救，艳容被捉，木旗以她威胁百川。秦汨急于救妻，百川要他忍耐并设局，欲施声东击西之计来救艳容。

万黑旗差点中了调虎离山之计，岂料他发现温艳容原来已有身孕，认定秦汨必来救人，遂与端木旗折返伏击他，结果秦汨被打成残废，艳容的骨肉亦胎死腹中。其后秦百川带秦汨夫妇前往雪岭，让燕孤鸿及莫愁代为照顾他们。

七星楼战况凶危，秦百川担心秦汨，迟迟未肯动身赶回七星楼。秦汨不想负累百川，宁愿战死沙场，结果他独闯敌阵，壮烈牺牲。百川忍痛反击九色旗，掠夺其金库，他又安排楚江南代为打理七星楼，准备与端木旗决一死战。

楚江南安排小莲服侍秦百川，伺机偷袭他，原来江南才是内奸，他与万黑旗、辛晓月合谋瓜分七星楼与九色旗。百川中毒受伤，幸他留有后着，他带小莲负伤而逃，躲藏起来疗伤。晓月往找燕孤鸿与莫愁，欲探出百川的下落。

燕孤鸿与莫愁从辛晓月口中得悉楚江南的阴谋，不禁担心秦百川的安危。百川躲于密室内，其友梁四为守秘密而牺牲一家的性命。温艳容带孤鸿往见乔春甫，原来他并未死，两人决定寻找百川与陆隐峰，望能重整旗鼓对付江南。

燕孤鸿发现秦百川逃走的秘道，从蛛丝马迹找到百川，时莫愁等人被辛晓月、楚江南捉去，莫愁发现当日污辱她的人正是江南。百川让小莲离开，但她原来是晓月的人。江南逼孤鸿带他去杀百川，岂料百川棋高一着，早已离去。

燕孤鸿与楚江南展开激战，秦百川、陆隐峰等赶至，江南一败涂地。莫愁等人被辛晓月挟持，孤鸿赶往救人，幸他们已被小莲相救。百川、莫愁放过江南，并查出万黑旗原是他的同谋，百川将此消息通知端木旗，欲收渔人之利。

小莲与燕孤鸿早于大漠认识，她自称是昔日圣教教主之女，要与孤鸿一起光复圣教，秦百川对其身分感到怀疑。端木旗对万黑旗起疑，他逐步削去黑旗的势力。黑旗暗中部署谋反，他捉了端木俊，准备与楚江南一起铲除木旗。

万黑旗以端木俊作人质要胁端木旗，木旗竟亲手杀子。黑旗遭楚江南出卖而功败垂成，至死方知江南才是木旗的亲儿。辛晓月遭七星楼追杀，幸得燕孤鸿与小莲报讯才逃过一劫，时其同伴常欢却跟她反目，并要将她交予秦百川。

辛晓月获李迈相救，躲藏于其主人的大宅内。九色旗与七星楼暂息干戈，但仍暗潮汹涌，秦百川着燕孤鸿一家回雪岭隐居。晓月发现李迈的主人竟是陆隐峰，心惊下匆匆逃离。晓月往找莫愁，孤鸿回来赫然发现莫愁已遭人杀害。

莫愁与初阳被杀，燕孤鸿悲愤莫名，他认定辛晓月为杀人凶手，誓要杀她报仇，途中却被楚江南设局误导，时端木旗假装生擒江南，欲以他与秦百川议和。百川对议和一事虽有疑虑，但仍往赴约，木旗与江南早已布下杀局恭候。

楚江南突袭秦百川，百川识破江南与端木旗的关系，因而早有防备重创江南，木旗遂带江南离去。辛晓月得知燕孤鸿在破庙等她，前往解释自己并非凶手，孤鸿不信，晓月跳崖以表清白。百川隐瞒伤患，孤鸿决回雪岭告别江湖。

秦百川内伤未愈，乔春甫欲找陆隐峰助阵不果。燕孤鸿日夜守于莫愁墓前，不支昏厥，幸得小莲照顾与鼓励，孤鸿终走出阴霾。端木旗冒险练就神功，欲一举歼灭七星楼。孤鸿找到燕北飞的剑谱，在小莲的帮助下决意潜心修练。

端木旗的死极神功原来一生人只可发功三次，然后便会经脉尽断。乔春甫不理秦百川反对，甘作牺牲，成功逼木旗发功。百川施计令木旗再耗一次功力后，与他一同困于密室生死相搏，木旗因怕死而不敢发功，终死于百川手下。

端木旗已死，楚江南走投无路，最终自行了断。秦百川以为江湖平定，遂萌生退意，岂料柳生一剑竟再重现，他令江南复活并收他为徒，要江南代为血洗中原武林。燕孤鸿苦练剑法，得小莲启发，成功领略燕北飞剑法之精髓。

燕孤鸿对小莲生出情愫，但他强自压抑。辛晓月原来未死，她怀疑小莲才是杀莫愁的凶手，但孤鸿不信。小莲似有隐衷，自揭并非圣教后人后离去。柳生一剑派楚江南挑战秦百川，百川战败经脉被废，一剑挑起此战似另有目的。

秦百川伤重而亡，死前终明白柳生一剑之目的，他要令燕孤鸿变成燕北飞。辛晓月发现小莲是一剑的女人，她被一剑打下山崖而成残废，无法向孤鸿告密。孤鸿对小莲动情，一剑要小莲假装爱上孤鸿，助他练成北飞的有情之剑。

燕孤鸿虽爱小莲，却不敢背弃亡妻，时柳生一剑出现为孤鸿解开心结，孤鸿终抛开顾虑，但小莲因不忍伤害孤鸿而离去。楚江南叛变，一剑被其所伤，他着小莲往找孤鸿，孤鸿终以有情之剑杀败江南，一剑相约孤鸿十日后决战。

燕孤鸿变成燕北飞，他与柳生一剑终展开决战，可是此时小莲因欺骗孤鸿而内疚，竟向孤鸿揭出真相，孤鸿悲痛莫名，丧失斗志。一剑多番刺激孤鸿欲逼他再战，他既道出自己乃杀莫愁母子之真凶，又锁起孤鸿，但孤鸿仍拒战。

（大结局）小莲私放燕孤鸿，孤鸿得苍木道长点化，终放下怨恨。一剑展开大屠杀，孤鸿为救无辜答应一战。决战进行，孤鸿受伤倒地，小莲情急下趋前慰问，并坦承最爱原来是孤鸿，一剑盛怒，最终败亡，小莲选择自尽相随。