Nach dem Tod ihrer Eltern schreibt sich Jax (Priscilla Quintana) an der "Space Training Academy" auf der Erde ein, wo sie lernt, die Galaxie vor intergalaktischen Bedrohungen zu beschützen. Dort macht sie eine schockierende Entdeckung über ihre eigene Identität. (Text: Sky)

Atria 9 reist in ihre Heimatwelt, um sich ihren früheren Herrschern entgegenzustellen. Mit Hilfe von Jax und ihrer Lerngruppe plant sie ihre Klon-Schwestern und -Brüder von der Unterdrückung zu befreien.

Jax schließt sich Xander und den anderen Kadetten an, als ein geheimes Labor einen Notruf schickt. Dort angekommen, entdecken sie, dass die Wissenschaftler und die Kadetten Opfer eines geheimen Experiments wurden.

Thomas’ telepathischer Vater Billy D. versucht seinen entfremdeten Sohn für einen gefährlichen Einbruch zu rekrutieren, bei dem nichts so einfach ist, wie es zunächst den Anschein hat.

Nachdem Pilars bio-organische Implantate gehackt wurden, leiten Jax und Ralen eine Untersuchung ein, um ihre Freundin zu retten und herauszufinden, wer für den Hack verantwortlich ist und wie sie den Täter aufhalten können.

Jax entdeckt ein tödliches Geheimnis aus ihrer Vergangenheit, das sie mit der Hilfe von Ralen und Pilar verzweifelt zu verstehen versucht, während das CIS immer misstrauischer in Bezug auf Xanders Loyalität wird.

Als Xander Jax für eine gefährliche Mission rekrutiert, für die sie den Kontakt zu einer alten Flamme wiederaufnehmen muss, muss er sich seinen eigenen Gefühlen für Jax stellen und sich fragen, ob man wirklich jeden Befehl befolgen muss.

Jax, Xander und Ralen sind in einer außerirdischen Welt gefangen und haben keine Möglichkeit, nach Hause zu kommen. Sie müssen zusammenhalten, um zu überleben, doch verschiedene Interessen drohen, die Gruppe von innen zu zerstören. Letztlich muss Jax eine Entscheidung treffen, damit sie die Nacht überleben.

Ralen steht vor Gericht, weil ihm vorgeworfen wird, die „Tereshkova“ sabotiert zu haben. Als plötzlich Ralens Frau aus Zatar eintrifft, um ihn zu verteidigen, beginnen sogar seine Freunde an seiner Aufrichtigkeit zu zweifeln.

An der Akademie bereiten sich die Studenten auf die Feier des Armistice-Tages vor, an dem des Endes des Zatarianischen Krieges gedacht wird. Jax hat weiterhin mit der Erkenntnis zu kämpfen, dass Ralen verheiratet ist. Währenddessen muss Ralen seinerseits entscheiden, wo seine Loyalität wirklich liegt.

Jax und Xander haben mit einem gefährlichen Katz-und-Maus-Spiel auf dem Campus alle Hände voll zu tun. Jax trifft dabei auf einen überraschenden Verbündeten, der sie nicht nur beschützt, sondern ihr auch einen Hinweis darauf gibt, wer sie wirklich ist. Thomas sucht unterdessen nach seinem verschwundenen Vater.

Nachdem Leone Vokk, Jax und Xander die Scherben des Angriffs auf die Flottenausbildungsakademie von Leone Vokk aufgesammelt haben, müssen sich Jax und Xander Tierney stellen, um ihre finsteren Pläne für die galaktische Vorherrschaft zu stoppen, während Atrias Bürgerbewegung auf Adar, für Seeker zu kandidieren, ernsthafte Konsequenzen sowohl für die Klone als auch für ihre Freunde haben könnte.