Os membros da Seção 9 procuram um homem chamado Philip Kukushkin, um russo que parece saber muito sobre a criação dos pós-humanos.

O comando americano de operações especiais se junta à equipe da Seção 9 na luta contra Suzuka Mizukane, uma pós-humana implacável.

Ao extrair informações de Kukushkin, a equipe da Seção 9 descobre dados chocantes sobre o programa de IA desenvolvido pelo governo dos EUA.

Com receio de que Purin possa ser uma espiã americana, a Major manda uma equipe de Tachikoma investigar o passado que ela esconde.

Togusa finalmente percebe que estava preso nas próprias lembranças. De repente, ele acorda em uma Tóquio devastada em 2045.

Batou e os outros têm notícias de Togusa e vão para Tóquio. Em Fukuoka, a Major descobre que uma pós-humana sequestrou um submarino nuclear.

Batou e o grupo recebem de Peculiar uma atualização sobre a situação dos pós-humanos. Major e Purin encontram os outros em Tóquio.

Para retomar o controle do submarino nuclear sequestrado, Mizukane e Takashi Shimamura viram alvos da equipe da Seção 9.

Shimamura desperta e toma uma decisão desesperada, deixando Kusanagi e sua equipe em uma situação impossível.

Kusanagi e sua equipe fazem o possível para impedir que o Império Americano ponha em prática um plano atroz para dar fim ao impasse nuclear com N.

A equipe da Seção 9 começa a viver suas vidas como se nada tivesse acontecido. Só Kusanagi estranha isso.