Na jarenlange training keert Kate Kane terug naar Gotham om lid te worden van het veiligheidsteam van haar vader Jacob, de Crows. Batman verdween drie jaar geleden en Gotham begint zich nu net aan te passen aan zijn afwezigheid. Wanneer de Wonderland Gang Kate's voormalige geliefde Sophie ontvoert, ontdekt Kate een geheim over haar neef Bruce dat haar leven zal veranderen ... en de levens van iedereen in Gotham.

Terug in Gotham, vechtend tegen Alice en de Wonderland Gang, blijft Kate Kane worden achtervolgd door de gebeurtenissen rond de dood van haar zus 15 jaar eerder. Terwijl de stad blijft hopen dat Batman is teruggekeerd, proberen Jacob Kane en de Crows de vijandelijke bende neer te halen. Kate blijft op zoek naar de erfenis van Bruce Wayne voor begeleiding, terwijl Luke Fox onbedoeld de vigilante heldhaftigheid van Batwoman binnenhaalt. Sophie en Kate worden gedwongen samen te werken, terwijl Mary zich in het vizier van Alice bevindt.

Terwijl de stad ongeduldig wacht op een ander bezoek van wie ze denken dat het Batman is, blijft Alice Kate beschimpen met een geheim, maar richt ze ook haar zinnen op Jacob en Catherine. Kate wordt bezocht door Tommy Elliot, een jeugdvriendin van haar neef die eindelijk zijn levenslange droom heeft gerealiseerd om rijker te zijn dan Bruce Wayne en een feest geeft zodat iedereen in Gotham zijn succes kan vieren. Mary krijgt een onverwachte nieuwe bestie wanneer Sophie wordt toegewezen om haar te beschermen. Luke en Kate werken samen om te ontdekken wie mogelijk een waardevol wapen uit het arsenaal van Batman heeft gehaald. En terwijl Batwoman geconfronteerd wordt met een nieuwe vijand, realiseert Kate zich dat ze weg moet lopen van haar nieuwe rol of de mantel volledig moet omarmen als Gothams nieuwe hoop.

Een nieuwe slechterik met oog voor alle dingen die schitteren in de stad. Kate probeert een evenwicht te vinden tussen haar persoonlijke leven en haar nieuwe rol als beschermer van Gotham. Catherine heeft een ongemakkelijke ontmoeting met Alice, die de familie Kane altijd een stap voor lijkt te zijn. Batwoman brengt Mary een bezoek om haar om een gunst te vragen. Ondertussen proberen Jacob en Sophie samen te stellen wie achter hun gevangene zat. Luke blijft het wapenarsenaal van Batwoman afstemmen terwijl het tweetal hun ongewenste bezoeker volgt en ontdekt dat ze meer sinistere plannen heeft dan glimmende glimmende objecten.

Alice neemt Kate mee op de trieste, bochtige weg van haar leven in de dagen na het ongeluk terwijl Jacob en Sophie proberen hen te volgen. Mary heeft ruzie met Catherine waardoor ze op zoek gaat naar Kate in Wayne Tower, maar in plaats daarvan wordt ze een niet gewenst gezelschap voor Luke.

Een verontrustende dood doet Gotham wankelen en de stad reikt naar hun nieuwe burgerwacht. Luke neemt Kate in vertrouwen, terwijl Sophie Jacob om een speciale opdracht vraagt. Alice zet haar snode plannen tegen de Kanes voort. Batwoman bezoekt Mary opnieuw.

Kate en Sophie moeten zich verzoenen met hun verleden, omdat Kate vraagt hoezeer ze haar voormalige geliefde kan vertrouwen. Kate en Luke hebben een ontmoeting met een oude vriend. Mary worstelt met het lot van de familie Kane terwijl Catherine de hulp van Jacob zoekt. Alice en een nieuw cohort zijn opnieuw bezig met snode plannen, maar haar motieven zijn meer dan ze lijken.

Kate en Alice zetten hun zuster/nemesis-dans voort, terwijl Alice en Mouse hun meest kwaadaardige plan tot nu toe construeren. Mary nodigt Kate uit voor een speciaal evenement ter ere van Catherine. En Jacob neemt een beslissing waardoor Kate perplex staat.

De groep gebruikt de uitvinding van Ray om nieuwe rekruten te volgen om het universum te helpen redden. De monitor stuurt Iris, Clark en Lois op zoek naar een mysterieuze Kryptonian, terwijl Kate en Kara op zoek gaan naar Bruce Wayne. Bovendien daagt Mia Sara uit, ontdekt Rory een verborgen talent en keert Lex Luthor terug.

Deze crossover begint op Supergirl S5E09 en gaat verder op de speciale aflevering van The Flash S6E09, Arrow S8E08 en Legends of Tomorrow.

Terwijl Gotham bezig is te reageren op de ongemakkelijke ontmoeting van Batwoman, viert Alice haar ultieme wraakactie met Mouse. Een verwoeste Mary concentreert zich op het proces van Jacob Kane, terwijl Sophie advies inwint over haar liefdesleven van een onverwacht persoon. Terwijl ze de nieuwste bedreiging voor Gotham aanpakken, geeft Luke prioriteit aan het beschermen van het geheim van Batwoman, en Kate moet beslissen wat ze bereid is te doen om de identiteit van Batwoman te respecteren ... en die van haarzelf.

Op de verjaardag van de zusjes Kane kampen Kate en Alice met demonen uit het verleden, en een onverwachte gast verschijnt verrassend in Gotham.

Terwijl Kate tussen twee zussen staat, moeten Luke en Mary de oorzaak achter Beth's slopende hoofdpijn vinden. Een bezoeker levert goed nieuws aan Jacob, terwijl Sophie haar nieuwe rol tot het uiterste neemt en Alice een verwoestende ontdekking doet.

Een nieuwe slechterik zet haar tanden in Gotham en The Hold Up opent op grootse wijze. Sophie vraagt met tegenzin dat Batwoman afstand houdt, wetende dat hun interacties haar carrière in gevaar zouden kunnen brengen.

Batwoman en Luke volgen het spoor van een slechterik die zich richt op sociale media. Sophie krijgt een onverwacht bezoek van haar moeder en Mary biedt haar expertise om Kate te helpen. Jacob Kane wordt benaderd om een gunst goed te maken, terwijl Alice zich concentreert op haar plannen voor vergelding.

Meer van Alice's donkere verleden wordt onthuld wanneer Cartwright een verwrongen verhaal met Kate deelt terwijl Jacob op zoek gaat naar zijn eigenzinnige dochter. Mary en Luke volgen de moordenaar van Beth.

Kate begint haar instincten in twijfel te trekken en Luke krijgt verontrustend nieuws. Alice zoekt de hulp van haar zus met een speciale taak.

Batwoman komt voor een nieuwe uitdaging te staan wanneer een oude vijand opnieuw opduikt en de moed van de fatsoenlijke burgers van Gotham op de proef stelt. Ondertussen zoekt Alice haar grenzen op.

Een nieuw lid wordt lid van Batwoman's team en Batwoman gaat op zoek naar het dagboek van Lucius.

Wanneer leden van Gothams intelligentsia beginnen te verdwijnen, gaan Jacob en de kraaien op zoek naar de nieuwste moorddadige bedreiging voor de stad; Kate begint de loyaliteit van iedereen om haar heen in twijfel te trekken, precies op het moment dat ze die het hardst nodig heeft.

Wanneer Gotham's voormalige helden terugkeren om een score te vereffenen, bevinden Batwoman en Cmdr. Kane zich in de verdediging; Alice ontdekt wat Batwoman uiteindelijk zou kunnen verslaan; Cmdr. Kane weigert zich terug te trekken uit zijn oorlog tegen Batwoman.

Een 25-jarige dakloze genaamd Ryan Wilder struikelt over Kate's batsuit.

Na haar snelle rit in de Batgear, gaat Ryan Wilder weer als zichzelf de dagelijkse uitdagingen van het leven aan; Alice heeft een nieuw, sluw plan om de aandacht te trekken van zowel Gotham als Safiyah; Ryan komt voor het eerst oog in oog te staan met Alice.

Terwijl Ryan Wilder zichzelf blijft bewijzen als Batwoman, komt ze de uitdaging van elke superheld tegen: een dubbelleven leiden. Mary is nog steeds Team Ryan, terwijl Luke nog steeds bedenkingen heeft - vooral wanneer Ryan enkele wijzigingen aanbrengt en een nieuw Batsuit onthult! Ondertussen baant Victor Szasz zich een weg door de straten van de stad, en Commander Kane laat The Crows proberen de stroom van Snakebite door Gotham te stoppen. Safiyah neemt kennis van Alice's capriolen en Sophie bevindt zich in onverwachte omstandigheden.

Terwijl Batwoman de verspreiding van Snakebite via Gotham probeert te bestrijden, dwingt een willekeurige ontmoeting haar om haar pijnlijke verleden opnieuw te bezoeken. Gesterkt door haar nieuwe rol, is Ryan Wilder vastbesloten ervoor te zorgen dat anderen zoals zij niet onopgemerkt blijven. Ondertussen krijgen degenen die het dichtst bij Kate staan een goede reden om te geloven dat ze nog leeft, waardoor onverwachte allianties en verraad worden afgedwongen.

Batwoman wordt benaderd door Commander Kane en Agent Moore om een berucht kunstwerk te boosten dat de weg naar Coryana - en Kate - onthult. Ondanks haar bedenkingen overtuigen Luke en Mary Ryan om de opdracht op zich te nemen, waardoor de spanningen binnen het Bat-team escaleren. Terwijl Alice probeert te voldoen aan Safiyah's verraderlijke verzoek, ontdekt ze langzaamaan dat ze zich misschien niet alles kan herinneren van haar tijd op Coryana.

Naarmate de kryptonietwond van Ryan Wilder ernstiger wordt, belemmert het het vermogen van Batwoman om Gotham te beschermen. De groeiende belangstelling voor het reproduceren van het serum van de Desert Rose brengt het leven van Mary en Commander Kane in gevaar. Ondertussen levert de hereniging van Alice met een mede-inwoner van Coryana onverwachte complicaties op.

Terwijl Ryan's toestand verslechtert, twijfelt ze aan de 'niet te doden'-code van Batwoman als ze zich realiseert dat de kans om haar moeder te wreken wegglijdt. Tatiana vult voor Alice de gaten op over haar tijd op Coryana en haar geschiedenis met Ocean.

Batwoman's capaciteiten worden als nooit tevoren op de proef gesteld, terwijl Alice's zoektocht naar Kate doorgaat; Sophie en Jacob richtten hun zinnen op Coryana; Luke en Mary kampen met een onverwachte gast.

Batwoman confronteert Gotham's grootste vijand, terwijl nieuwe informatie degenen die het dichtst bij Kate staan, dwingt moeilijke beslissingen te nemen. Ryans gevoelens voor Angelique brengen haar partnerschap met Luke en Mary in gevaar, terwijl Alice een verwrongen geheugensteuntje oploopt.

Terwijl Batwoman nog meer moeite doet om Black Mask uit te schakelen, duikt er een nieuwe vijand op, die de aandacht van het Bat-team afleidt op een verontrustend probleem in Gotham. Voortdurend gekweld door de fouten uit zijn verleden, bewandelt Jacob een gevaarlijk pad in een poging ze uit te roeien. Alice en Julia ontdekken dat ze een vijand gemeen hebben.

Nu Batwoman en The Crows elk op het spoor zijn van de False Face Society, botsen hun inspanningen en escaleert de boel. Alice zoekt Enigma op en Sophie en Ryan vinden een gemeenschappelijke basis.

Ryan wordt geconfronteerd met een moeilijke beslissing die haar zou kunnen ontmaskeren als Batwoman, waardoor er een breuk in het Bat Team ontstaat. Ondertussen beginnen de plannen van Black Mask voor Kate Kane zich te ontvouwen. Alice wordt herenigd met iemand uit haar verleden en Sophie moet beslissen waar haar loyaliteit ligt.

Als Sophie het moet opnemen tegen een vijand uit haar rookiedagen bij The Crows, worden Ryan, Mary en Luke ook in het spel van de schurk getrokken. Ondertussen draaien de rollen Alice aan wanneer ze in erbarmelijke omstandigheden verkeert, en Jacob blijft het verleden opnieuw bezoeken.

Batwoman staat voor een nieuwe uitdaging wanneer Gothams Snakebite verslaafden hunkeren naar meer dan de volgende oplossing.

Het leven van Luke Fox is in gevaar.

Wanneer een bekende vijand opduikt in Gotham, moeten Batwoman en Mary meer dan ooit op elkaar vertrouwen. Alice heeft een nieuwe missie en krijgt hulp van een onverwachte bondgenoot.

Black Mask schakelt een tandje bij met Circe als zijn handlanger.

Onverwachte bondgenootschappen zetten Gotham op z'n kop in de finale.

In de eerste aflevering van het seizoen komt Batwing in actie. Een bewonderaar van Alice stuit op een van de verdwenen trofeeën van Batman en het team wordt meegesleurd in de waanzin.

Als er een nieuwe Killer Croc opduikt, wordt de samenwerking tussen Batwoman en Alice voor het eerst op de proef gesteld. Ondertussen gaat Jada Jet langs bij Wayne Enterprises.

Als er weer een verdwenen trofee in verkeerde handen valt, blijkt dat cryogenie een nieuwe bedreiging is. Batwing moet besluiten of hij klaar is om zijn pak aan te trekken.

Wanneer Ryan Gotham's "30 Under 30"-lijst haalt, maakt Luke zich zorgen over hoe Marquis' betrokkenheid bij Ryans stijgende populariteit als waarnemend CEO van Wayne Enterprises bij Jada terecht zal komen. Mary keert terug van een avondje uit en voelt zich niet helemaal zichzelf, terwijl de hallucinaties van Alice sterker worden. En wanneer Sophie's zus, Jordan, vermist wordt, beseffen zij en het Bat Team al snel dat het vermiste wapen van Freeze niet volledig onder controle is.

Ryan vraagt Sophie om haar te vergezellen naar een diner bij Jada, om te onderzoeken wat haar vervreemde moeder weet over Wayne Enterprises, maar de avond verandert wanneer een ongenode gast langskomt bij de intieme bijeenkomst. Terwijl de angstaanjagende avond zich ontvouwt, is Ryan getuige van een andere kant van Marquis en haar moeder.

Een trofee van Batman strikt een nieuwe gastvrouw en zij verspreidt haar stekeligheid door Gotham. Renee Montoya en Batwoman slaan alarm.

Terwijl de dynamiek van Ryans familie steeds ingewikkelder wordt, staan binnen het Bat-team Luke en Mary lijnrecht tegenover elkaar. Alice vindt ondertussen een nieuw hulpje.

Terwijl Mary en Alice gezusterlijk de banden blijven aanhalen, zoekt het Bat-team met hulp van Renee Montoya wanhopig naar de bron van de krachten van Poison Mary die misschien haar ondergang kan betekenen.

Ryan, Sophie en Luke proberen de OG Poison Ivy op te sporen wanneer alle tekenen wijzen op de terugkeer van Pamela Isley (BRIDGET REGAN) in Gotham.

Batwoman racet tegen de klok om de stad te redden en heeft haar handen vol aan Jada's eisen, Mary's almaar toenemende kracht en een nieuwe romantische verwikkeling.

Batwomans identiteit dreigt opnieuw openbaar te worden als een aantal van Gothams grootste schurken de handen ineenslaan. Sophie vergezelt Luke op een missie en Alice kruipt in Mary's hoofd.

Ryan, Sophie en Jada werken samen om Marquis tegen te houden, Mary wil boetedoen en de innerlijke demonen van Alice zorgen ervoor dat ze steeds verder ontspoort.

In de finale van het derde seizoen moeten Batwoman en een in paniek geraakt Bat-team alles uit de kast halen om Marquis met zijn kwaadaardige plan voorgoed een halt toe te roepen en bereikt Alice haar breekpunt.