Na jarenlange training keert Kate Kane terug naar Gotham om lid te worden van het veiligheidsteam van haar vader Jacob, de Crows. Batman verdween drie jaar geleden en Gotham begint zich nu net aan te passen aan zijn afwezigheid. Wanneer de Wonderland Gang Kate's voormalige geliefde Sophie ontvoert, ontdekt Kate een geheim over haar neef Bruce dat haar leven zal veranderen ... en de levens van iedereen in Gotham.

Terug in Gotham, vechtend tegen Alice en de Wonderland Gang, blijft Kate Kane worden achtervolgd door de gebeurtenissen rond de dood van haar zus 15 jaar eerder. Terwijl de stad blijft hopen dat Batman is teruggekeerd, proberen Jacob Kane en de Crows de vijandelijke bende neer te halen. Kate blijft op zoek naar de erfenis van Bruce Wayne voor begeleiding, terwijl Luke Fox onbedoeld de vigilante heldhaftigheid van Batwoman binnenhaalt. Sophie en Kate worden gedwongen samen te werken, terwijl Mary zich in het vizier van Alice bevindt.

Terwijl de stad ongeduldig wacht op een ander bezoek van wie ze denken dat het Batman is, blijft Alice Kate beschimpen met een geheim, maar richt ze ook haar zinnen op Jacob en Catherine. Kate wordt bezocht door Tommy Elliot, een jeugdvriendin van haar neef die eindelijk zijn levenslange droom heeft gerealiseerd om rijker te zijn dan Bruce Wayne en een feest geeft zodat iedereen in Gotham zijn succes kan vieren. Mary krijgt een onverwachte nieuwe bestie wanneer Sophie wordt toegewezen om haar te beschermen. Luke en Kate werken samen om te ontdekken wie mogelijk een waardevol wapen uit het arsenaal van Batman heeft gehaald. En terwijl Batwoman geconfronteerd wordt met een nieuwe vijand, realiseert Kate zich dat ze weg moet lopen van haar nieuwe rol of de mantel volledig moet omarmen als Gothams nieuwe hoop.

Een nieuwe slechterik met oog voor alle dingen die schitteren in de stad. Kate probeert een evenwicht te vinden tussen haar persoonlijke leven en haar nieuwe rol als beschermer van Gotham. Catherine heeft een ongemakkelijke ontmoeting met Alice, die de familie Kane altijd een stap voor lijkt te zijn. Batwoman brengt Mary een bezoek om haar om een gunst te vragen. Ondertussen proberen Jacob en Sophie samen te stellen wie achter hun gevangene zat. Luke blijft het wapenarsenaal van Batwoman afstemmen terwijl het tweetal hun ongewenste bezoeker volgt en ontdekt dat ze meer sinistere plannen heeft dan glimmende glimmende objecten.

Alice neemt Kate mee op de trieste, bochtige weg van haar leven in de dagen na het ongeluk terwijl Jacob en Sophie proberen hen te volgen. Mary heeft ruzie met Catherine waardoor ze op zoek gaat naar Kate in Wayne Tower, maar in plaats daarvan wordt ze een niet gewenst gezelschap voor Luke.

Een verontrustende dood doet Gotham wankelen en de stad reikt naar hun nieuwe burgerwacht. Luke neemt Kate in vertrouwen, terwijl Sophie Jacob om een speciale opdracht vraagt. Alice zet haar snode plannen tegen de Kanes voort. Batwoman bezoekt Mary opnieuw.

Kate en Sophie moeten zich verzoenen met hun verleden, omdat Kate vraagt hoezeer ze haar voormalige geliefde kan vertrouwen. Kate en Luke hebben een ontmoeting met een oude vriend. Mary worstelt met het lot van de familie Kane terwijl Catherine de hulp van Jacob zoekt. Alice en een nieuw cohort zijn opnieuw bezig met snode plannen, maar haar motieven zijn meer dan ze lijken.

Kate en Alice zetten hun zuster/nemesis-dans voort, terwijl Alice en Mouse hun meest kwaadaardige plan tot nu toe construeren. Mary nodigt Kate uit voor een speciaal evenement ter ere van Catherine. En Jacob neemt een beslissing waardoor Kate perplex staat.

De groep gebruikt de uitvinding van Ray om nieuwe rekruten te volgen om het universum te helpen redden. De monitor stuurt Iris, Clark en Lois op zoek naar een mysterieuze Kryptonian, terwijl Kate en Kara op zoek gaan naar Bruce Wayne. Bovendien daagt Mia Sara uit, ontdekt Rory een verborgen talent en keert Lex Luthor terug.

Deze crossover begint op Supergirl S5E09 en gaat verder op de speciale aflevering van The Flash S6E09, Arrow S8E08 en Legends of Tomorrow.

Terwijl Gotham bezig is te reageren op de ongemakkelijke ontmoeting van Batwoman, viert Alice haar ultieme wraakactie met Mouse. Een verwoeste Mary concentreert zich op het proces van Jacob Kane, terwijl Sophie advies inwint over haar liefdesleven van een onverwacht persoon. Terwijl ze de nieuwste bedreiging voor Gotham aanpakken, geeft Luke prioriteit aan het beschermen van het geheim van Batwoman, en Kate moet beslissen wat ze bereid is te doen om de identiteit van Batwoman te respecteren ... en die van haarzelf.

Terwijl Kate tussen twee zussen staat, moeten Luke en Mary de oorzaak achter Beth's slopende hoofdpijn vinden. Een bezoeker levert goed nieuws aan Jacob, terwijl Sophie haar nieuwe rol tot het uiterste neemt en Alice een verwoestende ontdekking doet.

Een nieuwe slechterik zet haar tanden in Gotham en The Hold Up opent op grootse wijze. Sophie vraagt met tegenzin dat Batwoman afstand houdt, wetende dat hun interacties haar carrière in gevaar zouden kunnen brengen.

Batwoman en Luke volgen het spoor van een slechterik die zich richt op sociale media. Sophie krijgt een onverwacht bezoek van haar moeder en Mary biedt haar expertise om Kate te helpen. Jacob Kane wordt benaderd om een gunst goed te maken, terwijl Alice zich concentreert op haar plannen voor vergelding.

Meer van Alice's donkere verleden wordt onthuld wanneer Cartwright een verwrongen verhaal met Kate deelt terwijl Jacob op zoek gaat naar zijn eigenzinnige dochter. Mary en Luke volgen de moordenaar van Beth.

Kate begint haar instincten in twijfel te trekken en Luke krijgt verontrustend nieuws. Alice zoekt de hulp van haar zus met een speciale taak.

Batwoman komt voor een nieuwe uitdaging te staan wanneer een oude vijand opnieuw opduikt en de moed van de fatsoenlijke burgers van Gotham op de proef stelt. Ondertussen zoekt Alice haar grenzen op.

Een nieuw lid wordt lid van Batwoman's team en Batwoman gaat op zoek naar het dagboek van Lucius.

Wanneer leden van Gothams intelligentsia beginnen te verdwijnen, gaan Jacob en de kraaien op zoek naar de nieuwste moorddadige bedreiging voor de stad; Kate begint de loyaliteit van iedereen om haar heen in twijfel te trekken, precies op het moment dat ze die het hardst nodig heeft.

Wanneer Gotham's voormalige helden terugkeren om een score te vereffenen, bevinden Batwoman en Cmdr. Kane zich in de verdediging; Alice ontdekt wat Batwoman uiteindelijk zou kunnen verslaan; Cmdr. Kane weigert zich terug te trekken uit zijn oorlog tegen Batwoman.