In de eerste aflevering van het seizoen komt Batwing in actie. Een bewonderaar van Alice stuit op een van de verdwenen trofeeën van Batman en het team wordt meegesleurd in de waanzin.

Als er een nieuwe Killer Croc opduikt, wordt de samenwerking tussen Batwoman en Alice voor het eerst op de proef gesteld. Ondertussen gaat Jada Jet langs bij Wayne Enterprises.

Als er weer een verdwenen trofee in verkeerde handen valt, blijkt dat cryogenie een nieuwe bedreiging is. Batwing moet besluiten of hij klaar is om zijn pak aan te trekken.

Wanneer Ryan Gotham's "30 Under 30"-lijst haalt, maakt Luke zich zorgen over hoe Marquis' betrokkenheid bij Ryans stijgende populariteit als waarnemend CEO van Wayne Enterprises bij Jada terecht zal komen. Mary keert terug van een avondje uit en voelt zich niet helemaal zichzelf, terwijl de hallucinaties van Alice sterker worden. En wanneer Sophie's zus, Jordan, vermist wordt, beseffen zij en het Bat Team al snel dat het vermiste wapen van Freeze niet volledig onder controle is.

Ryan vraagt Sophie om haar te vergezellen naar een diner bij Jada, om te onderzoeken wat haar vervreemde moeder weet over Wayne Enterprises, maar de avond verandert wanneer een ongenode gast langskomt bij de intieme bijeenkomst. Terwijl de angstaanjagende avond zich ontvouwt, is Ryan getuige van een andere kant van Marquis en haar moeder.

Een trofee van Batman strikt een nieuwe gastvrouw en zij verspreidt haar stekeligheid door Gotham. Renee Montoya en Batwoman slaan alarm.

Terwijl de dynamiek van Ryans familie steeds ingewikkelder wordt, staan binnen het Bat-team Luke en Mary lijnrecht tegenover elkaar. Alice vindt ondertussen een nieuw hulpje.

Terwijl Mary en Alice gezusterlijk de banden blijven aanhalen, zoekt het Bat-team met hulp van Renee Montoya wanhopig naar de bron van de krachten van Poison Mary die misschien haar ondergang kan betekenen.

Ryan, Sophie en Luke proberen de OG Poison Ivy op te sporen wanneer alle tekenen wijzen op de terugkeer van Pamela Isley (BRIDGET REGAN) in Gotham.

Batwomans identiteit dreigt opnieuw openbaar te worden als een aantal van Gothams grootste schurken de handen ineenslaan. Sophie vergezelt Luke op een missie en Alice kruipt in Mary's hoofd.

Ryan, Sophie en Jada werken samen om Marquis tegen te houden, Mary wil boetedoen en de innerlijke demonen van Alice zorgen ervoor dat ze steeds verder ontspoort.

In de finale van het derde seizoen moeten Batwoman en een in paniek geraakt Bat-team alles uit de kast halen om Marquis met zijn kwaadaardige plan voorgoed een halt toe te roepen en bereikt Alice haar breekpunt.