太陽暦佰九拾⼋年、東京皇国。人々は原因不明の“人体発火現象”と、その犠牲者のなれの果て、炎の怪物“焰ビト”の脅威に怯えて暮らしている。“焰ビト”に対抗する特殊消防隊の新人隊員で、悪魔の足跡と呼ばれる発火能力を持つ少年・シンラは、桜備大隊長の率いる第8特殊消防隊に配属されることに。

配属初日の夜、突如、勤務地・第8特殊消防教会に警報が鳴り響く。“焰ビト”の出現。

いよいよシンラ初出動の任務が始まる――。

全ての特殊消防隊の新人隊員が技能を競う「消防官新人大会」。「第8」の新人として出場しているシンラは、十二年前の火事の真相の鍵を握る人物が会場内にいるのではと密かに目を凝らしていたのだが、「第1」の新人・タマキの「ラッキースケベられ」に巻き込まれ、そのまま競技開始の時間に……。競技開始直後から一人先行するシンラだったが、そこに一人の男が姿を見せる。意味深な態度の男が、シンラに語った事とは――。

罪を犯した消防士・ミヤモトは“焰ビト”化したにも関わらず人間のような「自我」を残していた。 現場に到着する「第8」の隊員達。シンラは、まるで人間のように振る舞う相手に、一瞬戸惑うが、その使命感と正義感で”焰ビト”となったミヤモトを圧倒する。 だが、そこに突如として現れたのは、第5特殊消防隊とその大隊長・プリンセス火華だった。管区を無視してまでやってきた「第5」の目的とは一体……。

「第5」火華大隊長との一件以来、どこか浮かない顔のアイリス。シンラは気遣いからアイリスに声をかけるが、やはりどこか翳りのある笑みで返されてしまう。 桜備は、”焰ビト”の秘密を解明するためには、「第5」を調査する必要があることと、その方法としては戦闘も辞さないことを隊員達に伝え、シンラも新たな任務に意気込む。 その夜。アイリスは他の隊員達とは別の決意を固めて、一人、「第5」の本拠地へと赴くのだった。

かつて同じ修道院で暮らしていたアイリスとヒバナ。まだ無垢な少女だった二人の穏やかな生活は、ある日突然に失われ、火華の心は悲しみと憎悪で塗りつぶされた……。 「第5」火華大隊長に挑み、猛攻をうけ続けるシンラだったが、彼女の過去を聞き、奮起。人々を救う「ヒーロー」としての心持ちを新たに立ち向かってゆく。

「第５」火華大隊長の協力を得られることになった「第８」。彼女からの情報提供により、“焰ビト”を人工的に生み出している者の存在と、新宿地区がこの問題に深く関わっている可能性を知る。 新宿地区を管轄する、バーンズ大隊長率いる第１特殊消防隊の関与を調査する為、桜備大隊長はシンラとアーサーに潜入調査を命じる。シンラは今度こそ「十二年前の火事」の秘密を聞き出せるのではという思いを秘め、任務に赴く。

第１特殊消防隊の潜入調査を続けるシンラとアーサー。一見、平穏な日が続いていたある朝、第１特殊消防大聖堂に唐突に警報が鳴り響く。５体の“焰ビト”が同時発生した知らせを受け出動する「第１」にシンラ達も同行するが、現場の新宿でシンラは謎の“蟲”によって人が“焰ビト”になる瞬間を目撃する。しかも犯人は「第１」の中隊長のローブを着た男。姿を隠した犯人を追ったシンラが追い詰めた先にいたのは――。

憧れの先輩隊員であったレッカ中隊長の無情な拳によって、最大の危機を迎えていたタマキを救ったのは、間一髪のところで現れたシンラだった。苦戦しながらもレッカを追い詰めていくシンラ。

「第１」レッカの事件の報告の為、シンラは特殊消防隊の大隊長会議に参加することになる。初めて赴いた「中央」でシンラは、特殊消防隊全８部隊の大隊長らと東京皇国を統べる皇王ラフルス三世にまみえる。白装束、伝導者、そして“アドラバースト”。新たな謎や事実が語られた会議の後、同じ「中央」にある教皇庁の展望台をひとり訪れたシンラの前に、何の前触れもなく、あの不吉な男が現れる。

最も新しい特殊消防隊として設立された「第８」。 その設立のきっかけは３年前、一般消防士だった桜備と東京皇国軍の軍人だった火縄の運命的な出会いにあった。火縄の語った設立までの顛末は、「第８」の持つ使命や意義に深く結びついたものであった。

白装束の調査の為「第７」管轄の浅草へやって来た「第８」。早々に見せつけられた、最強の消防官と言われる「第７」の大隊長・紅丸の破天荒な鎮魂に驚きを隠せない「第８」の面々だが、浅草の独特なスタイルを否定することなく自然体で接し、次第に町民たちとも馴染んでゆく。

紺炉から「第7」設立時の話を聞き、紅丸と紺炉の間に深いつながりを感じたシンラ。一方、町に出た紅丸は町中で起きる喧嘩や言い争いの大混乱に出会う。

白装束らの策謀によって炎と混沌に包まれる浅草。町が秩序を失い、とるべき道を見失った町民たちは導きを求めるが、「第７」の大隊長・紅丸は自ら統率をとることに未だ迷いを感じていた。 白装束らと交戦していたシンラとアーサーの前には、驚異的な力を持つ鬼の“焰ビト”が立ちはだかる。その猛攻に劣勢となる中、シンラは“アドラバースト”を宿すその両脚に妙な違和感を感じ――。

第8特殊消防隊の元に現れた怪しい白衣の男。それは、巨大企業「灰島重工」から「第8」に配属された研究員リヒトだった。不自然な人事をいぶかしく思う「第8」の面々。 そんな中「機関員」の不在という問題を前に、桜備はシンラ達にヴァルカンという男を訪ねるよう命じる。様々な組織からのスカウトを拒否してきたというその孤高の凄腕技術者とは、一体どのような男なのか。

“アドラリンク”によって強力な殺意を感じ取り、工房に留まることを決めたシンラ。アーサー、アイリスと別れて一人森を探索するシンラは、敵と交戦するも、その老獪な戦術の前に倒れてしまう。 工房ではアーサーが白装束らの襲撃を抑えていたが、次第に劣勢となっていく。ヴァルカンは、リサやユウをアイリスに託し逃げるよう伝えるが……。

森ではシンラが拘束され、工房でもDr.ジョヴァンニの魔の手によってヴァルカン達は危機を迎えていた。動きを封じられたシンラは、戦線離脱寸前。まさにヴァルカンにとどめを刺そうとするDr.ジョヴァンニを阻止することはできるのかーー。 劣勢の戦場。〝天照のキー〟なるアイテムを巡り、さらなる混戦を極める中、突如白き装束をまとった「少年」がシンラ達の前に現れる。

激化していく白装束一味との闘いへの対応を協議する為、「第8」の桜備のもとに集まった火華、紺炉、カリム。来たる死闘を戦い抜くべく、実戦経験の不足を指摘されたシンラとアーサーのレベルアップのため、二人の修行の相手として、紺炉は「第7」の大隊長にして最強の消防官・紅丸を提案する。 かくして、再び浅草に赴いたシンラとアーサーは、修行を成功させ新たな力を得ることは出来るのか。

リヒトの調査によって白装束らのアジトが判明する。そこは、聖陽教が禁忌の地とする「地下（ネザー）」と呼ばれる場所だった。地下鉄道の遺構から 暗闇に閉ざされ「地下（ネザー）」への侵攻を試みる「第8」だったが、待ち構えていた敵の罠によって隊を分断されてしまう。マキの前にはフレイルが、そして、タマキとアイリスの前には最強の刺客が立ちはだかる。

隊を分断され、単独で「地下（ネザー）」を進む火縄。暗闇と霧が視界を妨げる中、突如、閃光とともに飛び来る炎の矢。 白装束の射手・アローの冷徹な攻撃に負傷し苦戦するも、部下であるシンラの人格を軽視するアローの言葉が、火縄の感情に火を灯す。アローを倒すため火縄が手にしたものとは――。

桜備とヴァルカンの前に立ちはだかる、Dr.ジョヴァンニと幾本もの巨大な炎の触手を纏ったリサ。Dr.ジョヴァンニの呪縛に苦しむリサを、桜備とヴァルカンは救うことが出来るのか。一方、シンラとリヒトはついにショウの元へと辿り着く。兄・シンラは、“地下”の闇から唯一人の弟・ショウを連れ戻せるのか――。

“アドラリンク”によってシンラは漆黒の炎の中、ショウを抱くように立つ“伝導者”の姿を垣間見る。 圧倒的な強さのショウにことごとく攻撃を返されるシンラだったが、諦めることなく何度でも立ち上がり愚直に向かっていく……。今、シンラを支えているのは母との約束、そして兄としての意地だった。

“アドラリンク”によって、時間を止めたショウに干渉する術を得たシンラ。さらに、絶対的な凍てついた時間の中にいるショウの意識へ“アドラリンク”を通じてシンラの記憶が流れこむ。自身の知らない過去に触れたショウは――。目視不可能な光速の兄弟喧嘩、勃発！

ショウとの戦いで負った瀕死のケガから生還したシンラの元に、第1特殊消防隊大隊長・バーンズが現れる。バーンズは、シンラと家族を引き裂いた“１２年前”の火事の真相を知っていると言う。自身の過去に隠された残酷な真実と向き合うに値する成長と覚悟を示すことを、シンラに求めるバーンズ。全ての想いを込めたシンラの一撃は、バーンズの心に届くのか。あの火事の真実へ――