그레이스 필드 하우스는 고아원이다. 그와 동시에 그곳은 엄마와 서른 여덟 명의 아이들이 소소한 행복을 느끼며 살아가는 집이었다. 11살인 엠마와 노먼, 레이는 하우스에서도 언니 오빠들인데다 매일 치러지는 시험에서도 항상 만점을 받는 우수한 아이들이었다. 그리고 입양이 결정된 코니를 배웅하던 밤, 코니가 놓고 간 물건을 전해주러 서둘러 뛰어간 엠마와 노먼은 보아서는 안될 것을 보고 마는데.

괴물의 식량으로 길러지는 아이들, 하우스는 농원, 다정한 엄마는 적. 하우스의 숨겨진 비밀을 알게 된 엠마와 노먼은 탈출을 계획한다. 하지만 이자벨라는 두 아이가 문에 왔었다는 사실을 눈치챈 모양이었는데.

새로운 어른, 시스터 크로네의 등장으로 감시자가 늘어나버린 하우스. 하지만 엠마와 노먼의 탈출 작전에 레이도 가담하면서, 발신기가 자신들의 몸 어디에 있는지 확인에 나섰다. 한편, 모두 다 함께 탈출할 날을 대비해 술래잡기를 가장한 훈련을 하던 아이들의 앞에 크로네가 술래를 자처하며 나섰는데.

아이들 중 스파이가 있다. 그게 누구인지 알아내기 위해 가족들의 움직임을 살펴보는 엠마와, 함정을 파놓는 노먼. 그런 와중에 세 사람은 원활하게 탈출하기 위해 돈과 길다에게도 하우스의 진실을 고하기로 하는데.

스파이의 정체가 레이인 것을 알아낸 노먼은 동요 없이 레이에게 이중 스파이가 되라는 제안을 한다. 이에 레이는 탈출하기 위해 스스로 스파이가 되었다는 사실을 밝힌다. 그리고 노먼의 스파이가 되는 대신 다 함께 탈출하는 것은 포기하고, 이를 엠마에게는 숨기라는 조건을 내거는데.

윌리엄 미네르바라는 사람의 책에서 모스 부호를 발견해낸 엠마와 노먼, 레이. 이에 아이들은 하우스 밖에 자신들의 편이 있을 거라는 추측을 하게 된다. 한편, 이자벨라의 비밀의 방에 들어가는 것에 성공한 길다와 돈. 하지만 그곳에서 코니와 관련된 엠마와 노먼의 거짓말을 알아버리고 마는데.

이자벨라를 엄마 자리에서 쫓아내고 그 지위를 차지하려는 자신의 목적과 함께 하우스의 관리 시스템에 대해 아이들에게 알려주며 협력을 제안한 시스터 크로네. 아이들은 더 많은 정보를 얻기 위해 그날 밤, 크로네의 방에 찾아가는데.

이자벨라의 배웅을 받으며 그랜마를 만나게 된 시스터 크로네. 위기에 내몰린 크로네는 이자벨라의 실수와 부정들을 그랜마에게 말한다. 하지만 그랜마는 이자벨라의 그 모든 것을 용인하며 되려 크로네를 나무라는데.

노먼의 출하가 결정되었다. 출하되기 전에 노먼을 먼저 탈출시키려는 엠마와 레이. 자신이 도망치면 둘이 더 위험해질 거라며 거절하는 노먼이지만 엠마와 레이는 열심히 설득에 나선다. 결국 노먼은 출하 날, 혼자 숲속을 달려갔고 로프를 이용해 담장에 올라서는 것에 성공하는데.

포기한 척하며 탈출 준비를 해온 엠마와 레이. 때는 레이의 출하 전날 밤, 하우스에 불을 지르고 도망칠 예정이었으나 사실 레이는 하우스와 함께 분신할 생각이었다. 그런 레이를 막아선 엠마는 노먼의 편지에 써있던 내용을 전달하는데.

하우스에 남게 될 4세 이하의 아이들에게 반드시 돌아오겠노라 맹세한 엠마. 그리고 5세 이상 아이들은 전부 벽으로 향했다. 한편 이자벨라는 본부에 연락해 탈주 경보를 울린다. 유일한 탈출로인 다리 주변의 경비가 강화되었지만 아이들의 모습은 좀처럼 나타나지 않았는데.