하우스 탈옥에 성공하고 노먼이 남긴 펜이 가리키는 목적지로 향하는 엠마 일행. 하지만, 도중 거대한 괴물과 조우한다. 레이는 괴물을 유인해서 함정에 빠뜨리기 위해 엠마 일행과 떨어지지만 더 큰 궁지에 몰리게 된다. 한편, 괴물에게서 도망친 엠마 일행이었지만 치료했던 엠마의 상처가 터지면서 엠마는 출혈과 고열로 의식을 잃는다. 일행을 위기에서 구해준 전신을 두건과 망토로 가린 인간으로 추정되는 소녀와 덩치 큰 남자였는데.

엠마 일행을 구해준 것은 괴물이었다. 그들의 이름은 '무지카'와 '송 쥐'. 둘은 신앙 때문에 인간을 먹지 않는다고 말한다. 엠마와 레이는 다른 아이들이 잠들어있는 동안 송 쥬르 찾아가서 30년 전 인간들에게 무슨 일이 일어났는지, 이 세계는 지금 어떤 상황인지를 묻는다. 그리고 송 쥐는 이 세계에 대한 것, 그리고 '옛날이야기'라고 부르는 괴물과 인간의 세계에서 맺어진 어떤 '약속'에 대해서 이야기하기 시작한다. 그리고, 이 세계의 진실을 알게 된 엠마와 레이는 '괴물의 세계'에서 탈출하기로 결심하는데.

이 세계에서 살아가는 법을 가르쳐주고 펜이 가리키는 목적지까지 길 안내를 해준 무지카, 송쥬와 헤어진 엠마 일행은 윌리엄 미네르바가 있을 것으로 예상되는 'B06-32'를 목표로 황야를 나아간다. 목적지인 'B06-32'에 도착하지만 그곳은 아무것도 없는 황야였다. 하지만 펜에 새로운 패스워드를 입력하자 지도가 표시되면서 지하 셸터로 이어지는 입구가 나타난다. 셸터 안에는 충분한 설비가 있었고 아이들은 오랜만에 휴식을 취하지만 생활하던 중 몇 가지 불가사의한 일을 겪게 되는데.

갑자기 울려 퍼지는 전화벨 소리. 엠마는 두려워하면서 수화기를 든다. 그것은 윌리엄 미네르바로부터의 연락이었다. 하지만, 그 음성은 녹음된 것이었고 일행은 미네르바가 말해준 사실을 곱씹는다. 아이들은 인간 세계로 가기 위해 미네르바가 준비한 셸터에서 생활기반을 다진 뒤 하우스로 돌아가 필과 동생들을 구출할 계획을 세운다. 한편, 농원 본부의 지하실에는 감금된 이자벨라가 있었다. 탈주자들을 모두 데리고 돌아오는 것을 조건으로 농원에서 해방해 주겠다는 제안을 들은 그녀는 결의에 찬 얼굴로 '반드시 데리고 오겠습니다'라고 답하는데.

셸터를 습격한 추적자들로부터 도망친 엠마 일행은 괴물들의 마을에서 조금 떨어진 폐허가 된 신전을 거점으로 삼는다. 하지만 셸터와 하우스에 있었을 때와 달리 식량을 구하기가 힘들어서 살아남는 게 고작인 상태였다. 엠마는 잠든 아이들의 얼굴을 보면서 이 상태를 벗어나야 한다고 생각하지만 마땅한 방법이 생각나지 않아 자책하게 된다. 그러던 중 엠마 일행과 함께 식량을 조달하러 갔던 토마와 라니온이 돌아오던 길에 괴물의 마을에서 인간임을 들키게 되는데.

엠마와 레이의 눈앞에 출하당했던 노먼이 있었다. 이제 다시 만나지 못할 줄 알았기에 눈물을 흘리며 노먼을 끌어안는 엠마와 레이. 거점인 신전으로 돌아와서 다른 아이들과도 재회하는 노먼. 그 후 노먼은 출하된 날부터 지금까지 어떤 일을 겪었는지 이야기한다. 자신이 보내진 '람다 7214'에 대한 것과 그곳에서 알게 된 '어째서 괴물은 인간을 먹을 필요가 있는가' 그 진실에 대해서. 그리고 엠마가 바란 '식용아들이 웃으며 살 수 있는 미래'를 만들기 위해 노먼은 괴물을 몰살시키고 '괴물의 세계에서 식용아들이 안전하게 살 수 있는 세계를 만든다' 라고 아이들에게 말한다. 노먼의 작전을 듣고 기뻐하는 아이들 속에서 엠마만이 내키지 않는 표정을 짓고 있었는데.

노먼에게서 '사혈의 소녀'인 무지카에 대한 이야기를 들은 엠마와 레이. 무지카가 가진 힘에 놀라워하면서 엠마는 그 힘에 희망을 품는다. 하지만 노먼은 그 힘을 자신의 작전에 있어서 위험요소라고 판단하여 무지카와 송쥬를 죽이겠다고 말한다. 엠마는 '괴물들을 몰살시키고 싶지 않아'라고 노먼에게 말하지만 노먼도 물러서지 않고 담담히 엠마를 설득한다. 완전히 대립하게 된 두 사람이었지만 엠마는 노먼에게 어떤 거래를 제안하는데.

발작을 하면 피를 토하는 노먼. 노먼이 람다에서 실험당하지 않았다고 말한 것은 거짓말이었다. 노먼은 자신에게 남아있는 시간 동안 살아서 엠마와 재회하고 엠마와 동생들이 안심하고 살 수 있는 세계를 만들기를 바라며 싸우고 있었다. 한편, 엠마, 레이, 돈, 길다는 무지카, 송쥬와 재회하고 둘에게 도움을 요청하지만 갑자기 마을 쪽에서 폭발음이 들려온다. 노먼의 작전이 시작됐다는 것을 알게 된 엠마 일행은 서둘러서 괴물의 마을로 향하는데.

엠마 일행이 돌아오는 것을 기다리지 않고 작전을 실행한 노먼. 비루크와 그의 손녀를 죽기를 주저하고 있을 때, 노먼의 앞에 엠마와 레이가 송쥬를 데리고 나타난다. 노먼은 '작전은 이미 실행됐어, 이미 늦었어'라고 엠마 일행에게 말한다. 엠마는, 지금부터라도 괴물의 멸종을 막자고 노먼을 설득하지만 노먼은 엠마의 말을 듣지 않는다. 그런 노먼에게 엠마는 노먼의 본심을 들여다본 것처럼 말한다. 한편, 농원 본부에서는 아이들이 셸터의 무전기를 사용해서 농원의 정시 연락을 도청하고 있다는 것을 눈치챈다. 이에 이자벨라는 엠마 일행을 유인하기 위해 그레이스 필드 하우스의 식용아 전원을 출하하겠다는 정보를 흘리는데.

기구를 사용해 상공에서 농원에 침입하려는 작전을 농원 측에 흘리는 빈센트. 그 보고를 받은 피터도 경비 태세를 변경하고 탈주자들의 침입에 대비한다. 하지만 빈센트의 배신도 엠마 일행의 작전 중 하나였고 기구를 양동으로 써서 농원 침입 작전을 개시한다. 한편, 하우스에서는 식용아들의 출하 작업이 진행되어서 필은 이미 문에 도착해있었다. 그곳에 제미마가 나타나 필에게 엠마의 말을 전한다. 엠마는 하우스의 아이들과 신호를 보내 아이들을 시스터들과 떨어뜨려놓는데 성공한다. 아이들과 합류해서 인간 세계로 가는 엘리베이터에 탔지만 그랜마가 된 이자벨라가 이끄는 무장한 다수의 시스터와 피터에게 저지당하는데.

피터 러트리는 러트리 가문의 당주였던 형 제임스를 어렸을 적부터 존경했다. 하지만 약속을 지키는 것이 일족의 사명이라 믿었던 피터는 제임스가 스스로를 '윌리엄 미네르바'라고 칭하며 식용아를 구하기 위해 그들을 지원하는 것을 이해하지 못했고 형을 희생시켜서라도 세계의 질서를 유지하는 길을 선택한다. 자신의 운명에 대해서 말한 피터는 '자유로워지자'라고 말하며 그에게 손을 내민 엠마를 향해 온화한 표정을 지으며 스스로 목숨을 끊었다. 그리고 드디어 인간 세계로 이어지는 문에 도착한 일행은 미네르바의 펜을 사용해서 문을 열고 앞으로 나아간다. 하지만 엠마, 노먼, 레이, 시슬로, 바바라는 괴물의 세계에 남아 다른 식용아들을 구출하기로 하는데.