Décadas após a sua última fusão com Ultraman, Shin Hayata descobre uma nova ameaça contra a Terra. Seu filho, Shinjiro, também mostra sinais de poderes sobre-humanos.

Vestindo um protótipo, Shin é gravemente ferido quando salva o filho do ataque de Bemular. Desesperado, Shinjiro volta para resgatar o pai.

Shinjiro recebe a missão de exterminar um alienígena hostil, mas o alvo foge para a cidade, colocando uma grande quantidade de civis em perigo.

Depois de descobrir evidências de envolvimento alienígena em uma série de assassinatos bizarros, o agente Moroboshi entra em contato com um informante.

Moroboshi fica preocupado com a resistência de Shinjiro em executar alienígenas assassinos. Shin compartilha com o filho o verdadeiro significado de ser Ultraman.

Agora convicto, Shinjiro desperta um poder latente durante a luta contra um alienígena hostil. Rena se prepara para um grande concerto.

No concerto de Rena, um alienígena chamado Adad exige um confronto com Ultraman. As coisas vão de mal a pior quando Bemular se junta à confusão.

Shinijiro teme que seu disfarce seja revelado por um estudante. Mais tarde, ele é surpreendido por outro Ultraman, que aparece para ajudá-lo em batalha.

Seiji sonha com o dia em que alienígenas serão aceitos abertamente na Terra. Esperando lutar por sua causa, ele pede à Patrulha Científica que o aceite na equipe.

Seiji tem um confronto tenso com Shinjiro e Moroboshi sobre o uso de seus poderes. Rena pede a Shinjiro que dê um recado a Ultraman.

Moroboshi, Shinjiro e a força da Patrulha Científica protegerão Seiji em sua busca pela punição dos responsáveis por um acidente aéreo ocorrido há 12 anos.

O trio do Ultraman está perdendo a batalha contra os mercenários, mas, quando a esperança parece ter acabado, os poderes adormecidos de Shinjiro finalmente despertam.