Longtemps après sa dernière fusion avec Ultraman, Shin Hayata apprend que la Terre est de nouveau menacée. Mais son fils semble lui aussi doté d'une force surhumaine.

Malgré sa combinaison, Shin est gravement blessé en sauvant son fils d'une attaque de Bemular. Au bord du désespoir, Shinjiro retourne à son secours.

Alors que Bemular prépare le terrain pour d'autres attaques extraterrestres, Edo de l'équipe d'investigation demande à Shinjiro de devenir le prochain Ultraman.

Shinjiro est envoyé en mission pour exterminer un extraterrestre hostile, mais celui-ci se précipite vers la ville et met en danger de nombreux civils.

Après avoir démontré l'implication des extraterrestres dans une série de crimes étranges, l'agent Moroboshi contacte un informateur qui se trouve dans une enclave alien.

La réticence de Shinjiro à exécuter les aliens meurtriers inquiète l'agent Moroboshi. Une discussion avec son père lui ouvre les yeux sur la réalité du rôle d'Ultraman.

D'abord dominé au combat par un alien hostile, Shinjiro puise dans ses ressources pour activer un pouvoir latent. De son côté, Rena se prépare pour un grand concert.

Au concert de Rena, un extraterrestre qui se fait appeler Adad exige de se battre contre Ultraman. Mais le pire est à venir, car Bemular veut lui aussi en découdre.

Shinjiro craint que son secret ne soit dévoilé par un autre élève. Lors d'un combat, il voit avec surprise un Ultraman rebelle lui venir en aide.

Seiji a un échange tendu avec Shinjiro et Moroboshi au sujet de l'utilisation de ses pouvoirs. Rena veut transmettre un message à Ultraman.

Moroboshi, Shinjiro et les forces alliées partent protéger Seiji qui cherche à punir les responsables d'une tragédie aérienne survenue il y a 12 ans.

Le combat contre les mercenaires est bien mal engagé pour le trio Ultraman, mais contre tout espoir, Shinjiro éveille enfin un pouvoir qui sommeillait en lui.