Per Zufall stoßen die Pinguine auf Buck Rockgut, einen Helden der Pinguinwelt. Er hat 47 Jahre sein Dasein in einem Bunker gefristet, um seinen Erzfeind, das Rote Eichhörnchen, endlich dingfest zu machen. Nachdem ihn unsere Freunde befreit haben, geht er sofort seinem Handwerk nach. Allerdings mit mäßigem Erfolg. Er verdächtigt sämtliche Zootiere, mit dem Eichhörnchen unter einer Decke zu stecken. Private glaubt nicht an den ganzen Humbug und möchte mit Hilfe von Fred dem Eichhörnchen dem Spuk ein Ende machen. Ob er erfolgreich sein wird?

Kowalski erfindet eine Zeitmaschine, die völlig neue Wege eröffnet. Ihm fehlt allerdings noch eine wichtige Dreingabe und zwar eine Chemikalie Namens Mcguffium 239. Die Pinguine schaffen es, diese zu besorgen. Als alles geregelt scheint, bekommt Private Besuch von einem Kowalski, der aus der Zukunft stammt und der ihn bittet, seine Erfindung zu vernichten. Doch dafür scheint es beinahe zu spät zu sein...

Roger, das singende Krokodil, möchte unbedingt weg aus seiner stinkenden Kanalisation. Die Pinguine möchten ihm natürlich dabei helfen, eine neue Bleibe zu finden. Doch das stellt sich als ziemlich kompliziert heraus, denn jeder Ort, den die Pinguine für ihn finden, ist ihm nicht recht.

Der neue Streichelzoo für Kinder soll eingeweiht werden. Zu diesem feierlichen Anlass ist auch der Chef der Parkbehörde geladen, der ihn höchstpersönlich eröffnen soll. Die Pinguine trauen dem Frieden allerdings nicht, denn in der Vergangenheit hat Skipper schon mal erlebt, wie bei einer solchen Zeremonie eine Taube ihr Geschäft auf dem Anzug des ehemaligen Parkbehörden-Chefs verrichtet hat. Damals konnte er es nicht verhindern. Diese Taube gibt es allerdings immer noch und auch dieses Mal versucht sie ihr Glück bei dem neuen Chef. Ob Skipper den Anschlag vereiteln kann?

Im Streichelzoo des Central Parks ereignet sich ein furchtbarer Unfall: Ein Schafsbock beißt ein Kind, was ist für die Pinguine Grund genug ist, dem Bock mal auf den Zahn zu fühlen. Dabei müssen sie jedoch eine Entdeckung machen, mit der niemand wirklich gerechnet hat.

Eilein ist wieder da und möchte endlich ein vollwertiges Mitglied der Pinguin-Mannschaft werden. Das will die Mutter des Entenkükens natürlich vermeiden und auch unsere vier Freunde halten es für keine gute Idee. Sie lassen sich eine so genannte Pinguin-Einsatz-Lizenz einfallen, die aber in Wirklichkeit gar nicht existiert. Eilein gibt dennoch nicht auf und beginnt sämtliche Tiere im Zoo zu vermöbeln, um so an diese Lizenz zu gelangen. King Julien ist zu guter Letzt derjenige, der es durch seine Liebe zum Tanzen schafft, das kleine Entenjunge vom Pfad der Gewalt abzubringen.

Durch den Fund eines goldenen Schlüssels gelangen die Pinguine auf die Spur eines sagenumwobenen Schatzes, den sie natürlich auch finden wollen. Doch nicht nur sie haben Interesse daran, sondern auch der Rattenkönig und sein Gefolge. Es entbrennt ein Wettlauf, der in der Entführung Marlenes endet. Ob die Pinguine dennoch eine Aussicht auf den Schatz haben?

Im Zuge einer Werbekampagne für den Zoo werden Fotos von allen Tieren geschossen. Das Problem dabei ist, dass die Pinguine auf einem dieser Fotos beim Kampfeinsatz abgelichtet sind. Das können dievier Watschler natürlich nicht zulassen, denn wenn dieses Foto an die Öffentlichkeit gelangen würde, wäre ihre Tarnung aufgeflogen. Also statten sie dem Fotografen einen Besuch ab...

Im Zoo geht scheinbar die Krätze um. Sie wurde von den Zoobesuchern eingeschleppt und offenbar auf Marlene übertragen. Da die Krankheit durch bloße Berührung übertragen wird, gehen die Tiere prompt auf Abstand zu Marlene. Schon bald stellt sich jedoch heraus, dass Marlene zwar die Ursache für den Juckreiz ist, ohne dabei allerdings die Überträgerin einer Krankheit zu sein.

Die Pinguine bekommen es mit einem Gürteltier namens Amarillo Kid zu tun: Es ist den Central Park Zoo gekommen um eine alte, offene Rechnung mit seinem Erzfeind Mr.Tux zu begleichen. Doch keiner von den Pinguinen weiß erstmal, wer dieser Mr. Tux eigentlich ist - bis sich Private outet und eine Geschichte erzählt.

Private beschwert sich lautstark darüber, dass er keinen Einblick in die geheimen Missionsunterlagen der Pinguine hat. Skipper sieht nur eine Möglichkeit, den Forderungen nachzukommen: Die Reifeprüfung. Und so wird Private auf einen Außeneinsatz in die Stadt geschickt, um eine wilde Bestie zu besiegen. Ob er die Mission erfolgreich durchführen wird?

Drei wilde Party-Kakerlaken ersuchen die Hilfe der gefiederten Freunde: Ein Exterminator will den Schaben an den Panzer und keiner kann sie beschützen. Skipper erklärt sich sofort bereit, die Kakerlaken zu schützen, schließlich möchte er sich einen Kampf gegen den Kammerjäger nicht entgehen lassen. Private ist allerdings dagegen, da er für Kakerlaken so gar nichts übrig hat und sie eher ekelerregend findet. Doch dem kleinen Private bleibt schließlich keine Wahl...

Bei einem Raubüberfall auf eine Brezelbude werden die Pinguine von einem Schüler namens Ronald beobachtet. Skipper verdächtigt diesen natürlich sofort der Spionage und möchte ein kleines Notizbuch an sich bringen, in dem Ronald all seine Beobachtungen genauestens dokumentiert hat. Was Skipper allerdings nicht weiß, ist, dass Ronald sich mit seiner Schulklasse auf einem Wandertag befindet und somit gar kein Spion sein kann. King Julien hat unterdessen ganz andere Probleme: Er erspäht in einem Museumsheftchen seinen geliebten Popokratzer aus Madagascar.

Der Zoo bekommt zwei neue tierische Bewohner - die Dachse Stacy und Becky. Leider haben die Dachse schon bald dermaßen einen Narren an Marlene gefressen, dass die Arme kaum noch einen Augenblick verschnaufen kann, da sie ständig von den beiden Neuzugängen belagert wird. Schließlich ist sie so genervt von den Beiden, dass ihr der Kragen platzt ihr etwas herausrutscht, das sie eigentlich gar nicht sagen wollte.

King Julien bittet die Pinguine, ihm bei einem riesigen Problem zu helfen, das in Form einer hässlichen Werbetafel vor seinem Gehege steht. Skipper, der gerade anderes zu tun hat, beauftragt Rico, das Problem aus der Welt zu schaffen. Rico kommt der Bitte nach, indem er die Werbetafel kurzerhand wegsprengt. Die Aktion gefällt King Julien so gut, dass er Rico ermutigt, immer weiter zu machen und alles, was nicht niet- und nagelfest ist, wegzublasen. Ob Skipper und die Anderen dieser Zerstörungswut ein Ende bereiten können?

Kowalski testet sein neues Notfall-Evakuierungssystem: Leider ist Private dabei der Leidtragende, denn er wird versehentlich in das Koalagehege zu Leonard, dem Koala katapultiert. Private möchte sich bei Leonard entschuldigen, doch der Koala ist völlig paranoid und lässt nicht mit sich reden. Als Leonard zu allem Überfluss in eine kurze Ohnmacht fällt, evakuiert Private ihn kurzerhand ins Pinguingehege. Dort reagiert der Koala nach dem Erwachen erwartungsgemäß panisch auf die neue Umgebung. Er gerät in seiner Rage auf das Evakuierungskatapult und wird mitten in die Innenstadt geschossen. Ob die Pinguine Leonard retten können?

Aus dem Hoboken Zoo wir ein neues Tier in den Central Park Zoo geliefert: Es ist eine Boa. Merkwürdigerweise verschwinden nach dem Eintreffen der Schlange mehrere Säugetiere aus ihren Gehegen. Skipper vermutet, dass die Schlange dahinter steckt, kann seinen Verdacht aber zunächst nicht beweisen. Ob er Recht behalten wird?

Skipper möchte einen ganzen Berg Pennys still und leise verschwinden lassen, damit niemand bemerkt, dass die Pinguine im Zoo unterwegs waren. Private schlägt vor, das Geld im Zoobrunnen zu versenken. Da ein versenkter Penny einem Wunsch gleichkommt, erfüllen sich fortan alle Tiere ihre sehnlichsten Wünsche - allerdings nicht nur die Tiere: Alice wirft ebenfalls einen Penny in den Brunnen und wünscht sich, endlich das Geheimnis der Pinguine zu erfahren...

King Julien erfährt durch einen Zufall, was hinter den sogenannten Aprilscherzen steckt. Das Problem daran ist, dass gar nicht der 1. April ist. Doch das ist dem König egal: Er fängt an, allen Zoobewohnern mehr oder weniger lustige Streiche zu spielen. Leider macht er dabei auch vor dem Nashorn Roy nicht halt...

Die Pinguine stoßen beim Fernsehen auf Privates Lieblingssendung, die Mondeinhörner - eine pädagogisch wertvolle Sendung für Kinder. In der Werbepause wird ein sprechendes Püppchen namens Rico beworben - klar, das Rico diese unbedingt haben muss.

Skippers Erzfeind Lars aus Dänemark ist zurück und will sich augenscheinlich mit Skipper versöhnen. Doch dieser traut ihm nicht und er soll recht behalten, da Lars die Pinguine und Marlene fesselt und in Juliens Vulkan einsperrt. Aber Rico durchbeisst das Seil und befreit alle. Nun steht ein Kampf zwischen Skipper und Lars bevor. Skipper gewinnt am Ende und Lars wird nach Hoboken geschickt.

Kowalski wird verboten, neue Dinge zu erfinden, da diese Skippers Ansicht nach sowieso nicht funktionieren und alle nur in Gefahr bringen. Doch Kowalski kann es einfach nicht lassen und erfindet eine Maschine, die Alles und Jeden unsichtbar machen kann. Doch leider geht beim Testlauf einiges schief und die Maschine macht sich selbstständig.

Durch eine Erfindung von Kowalski ist es den Pinguinen möglich, das Unerwartete zu erwarten und somit zu verhindern. Doch durch eine von Private versehentlich ausgelöste Kettenreaktion tritt das Unerwartete dann doch ein: Ein Baby samt Kinderwagen rollt aus dem Zoo heraus und in ständig neue Gefahren hinein. Nun ist es an den Pinguinen, eine waghalsige Rettungsaktion zu starten.

Rico kann es nicht lassen und dreht des Nächtens wieder einmal heimlich seine Runden mit dem Auto. Leider zerlegt er es bei dieser Gelegenheit in alle Einzelteile. Damit die anderen Pinguine nichts davon mitkriegen, schustert er den Wagen bis zum Morgengrauen schnell wieder zusammen. Allerdings hat das Auto Rico fortan auf dem Kieker: Es hat etwas regelrecht Böses an sich und verfolgt und traktiert den armen Pinguin. Ob sich das Problem beheben lässt?

Mort findet ein Spielzeug und damit beschäftigt er sich in jeder Sekunde. King Julien merkt jetzt wie sehr er vermisst Mort zu tretten und versucht diesen das Spielzeug weg zu nehmen. Als er dies nicht schaft, fragt er die Pinguine um Hilfe.

Private schlägt mit dem Propellerflugzeug ein Leck in die Hauptwasserleitung des Pinguingeheges. Wegen der riesigen Wasserfontäne bleibt der entstandene Schaden nicht lange unbemerkt und der Zoo beauftragt Klempner Gus mit der Behebung des Schadens. Bei den Pinguinen herrscht deshalb große Aufregung, denn Gus möchte am nächsten Tag den Boden des Schwimmbeckens ausschachten, um an das Rohr zu kommen. Ob sie die Entdeckung ihrer Kommandozentrale verhindern können?

Zwei Räuber überfallen ein Juweliergeschäft und stehlen ein wertvolles Diamantenhalsband. Auf der Flucht vor Polizei werfen sie es in King Juliens Gehege. Dieser freut sich sehr über sein neues Schmuckstück und glaubt den Pinguinen nicht, dass es sich dabei um Diebesgut handelt. Als die Gauner zurückkommen, um ihre Beute zu holen, stehen die Zeichen dementsprechend auf Sturm.

Skipper berichtet den anderen Pinguinen von einer ganz großen Sache. Er hat einen Plan vergraben, der sie darauf vorbereiten soll, sich dieser Sache zu stellen, allerdings weiß keiner, worum es dabei geht. Auch mit dem Plan gibt es ein Problem, denn Skipper hat ihn genau dort vergraben, wo demnächst ein Streichelzoo eröffnet werden soll. Ob die Pinguine rechtzeitig an das ominöse Stück Papier gelangen werden?

Die Pinguine wollen mehr über das Leben der anderen Tiere im Zoo herausfinden und betreiben dazu Spionagearbeit. Skipper betont mehrmals, dass die anderen Tiere auf keinen Fall erfahren dürfen, dass die Pinguine im Besitz solch delikater Daten sind. Private, der das Ganze gar nicht gut heißt, trinkt versehentlich ein Wahrheitsserum und erzählt jedem Zoobewohner von den Aktivitäten der Pinguine. Das lassen sich die anderen Tiere natürlich nicht gefallen und starten schnell eine Gegenaktion.

Der Zoo schließt zu den Weihnachtsfeiertagen und die Zootiere beginnen mit den Vorbereitungen zu Kinderweihnacht, das jährliche Weihnachtsfest für die jüngeren Tierkinder. Jeder Zoobewohner hat seine feste Aufgabe zugewiesen, aber Julien fordert eine Neuverteilung der Aufgaben...

Maurice verhält sich äußerst geheimnisvoll und flüstert ständig mit den Zoobewohnern. Julien wird prompt misstrauisch und fürchtet einen Aufstand, der ihn seinen Königsthron kosten könnte. Um dies abzuwenden, sucht er bei den Pinguinen Hilfe.

Kowalski erfindet auf den Papier einen Apparat der die Menschheit retten könnte. Zugleich besteht allerdings die 50 prozentige Gefahr der Ausrottung. Schweren Herzens beschließt Kowalski deswegen den Bauplan zu vernichten. Als das daneben geht, stehen die Zeichen auf Sturm.

Private versucht mit dem Gleitfallschirm auf dem Dach des Nachbarhauses zu landen, um im dortigen Delikatessengeschäft an den ausrangierten Thunfischsalat zu gelangen. Allerdings geht seine Mission gründlich in die Hose und er landet stattdessen mit einigen Blessuren in der Tierklinik. Dort wird er von Shawna, der reizenden Assistenzärztin, behandelt und verliebt sich Hals über Kopf in sie. Um ihr stets nah zu sein, opfert er sich fortwährend für weitere Fallschirmflüge und sorgt somit auch für ständig neue Verletzungen...

Die Zootiere leiden unter einer nicht enden wollenden Hitzewelle. Um dieser zu entfliehen, möchten sich Pinguine heimlich aus dem Zoo schleichen, um im East River ein kühles Bad zu nehmen. Da sie natürlich nicht so einfach an Zoowärterin Alice vorbeikommen, wird diese kurzerhand durch eine kleine List auf eine Kreuzfahrt geschickt.

Kowalski hat es mit Hilfe einer neuen Erfindung geschafft, sein Gehirn um ein vielfaches zu vergrößern. Das Problem ist nur, dass er die Nebenwirkungen dieses Experiments nicht bedacht hat. Sein Gehirn schrumpft wieder und er ist von nun an dumm wie Brot. Die restlichen Pinguine versuchen derweil eine Futterkanone zu manipulieren, weil diese sie nur mit lächerlichen Fischmengen versorgt. Am Ende stellt sich heraus, dass die Ernährung eine Lösung für Kowalskis Problem darstellen könnte.

Eine mysteriöse Tiertransportkiste kommt im Central Park Zoo an. In ihr steckt Clemson, ein neuer Lemur. Die Pinguine befürchten das Schlimmste und beobachten ihn auf Schritt und Tritt. Clemson hat nichts Besseres zu tun, als sich sofort bei King Julien einzuschleimen. Und so schafft er es prompt, Maurice als rechte Hand des Königs abzulösen. Doch das ist nicht das Einzige, was Clemson erreichen will: Mit einem fiesen Plan will er auch den Platz von Julien übernehmen.

Die Pinguine werden von zwei Kindern terrorisiert, doch Alice kommt und bringt die Beiden weg. Skipper merkt, dass ihr Tasche noch da steht in der sie die Gegenstände auf bewahren mit den sie auf die Zootiere werfen. skipper schickt Private vor um den Inhalt der Tasche zu sichern. Was Private jedoch findet lässt Skipper angst bekommen: Comichefte. Als Skipper dann vor seinem Team dies begründet, sagt er das es besser ist wenn man im Verborgenden arbeitet als für alle sichbar. Mit dieser Begründung entsorgt er die Comichefte in dem Müllkontener. Rico, kowalski und Private bekommen aber die Comics nicht mehr aus dem Kopf und deswegen gehen sie nachts heimlich zu dem Kontener und bergen die Comics...

Weil die Lemuren eine Party nach der anderen Feiern,sind die Pinguine durch den Schlafentzug total Übermüdet. Außer Private dieser schaut sich im Park lieber die Theateraufführungen an,redet danach allerdings wie ein Mensch aus dem Mittelalter. Durch den Schlafentzug glaubt Skipper, Private wäre ein Doppelagent und im Park geht deswegen hoch her...

Die Pinguine sind mit ihrer täglichen Abhöraktivität beschäftigt. Dabei schnappen sie merkwürdige Wortfetzen des Rattenkönigs auf und beschließen daher, sofort aktiv zu werden. Um mehr über die Pläne der Ratten erfahren zu können, benötigen sie allerdings einen Spion vor Ort. Mort entpuppt sich bei der Suche nach einem entsprechenden Pinguin als besonders geeignet - ob der neue Geheimagent einen guten Job machen wird?

Durch ein Spiel namens "Bombige Bowlingkugel" zerstören die Pinguine das Gehege des Koalas Lenard, weswegen dieser vorübergehend in ein Ausweichgehege ziehen muss. Was bietet sich da mehr an, als ihn zu einem Tier zu stecken, das ebenfalls aus seiner Heimat Australien kommt. Die Pinguine wollen das schlagfertige Känguru Joey darauf vorbereiten, doch der findet das überhaupt nicht lustig. Besonders, weil Lenard ein nachtaktives Tier ist und ihn um seinen Schlaf bringen würde. Die Pinguine möchten daraufhin vermitteln - mit fatalen Folgen.

Skipper und Julien streiten bei einem Zoovenir-Shop-Treffen, und Mason beschließt als Kompromiss, dass die beiden ihre Plätze für einen Tag tauschen müssen, damit sie zu einem besseren gegenseitigen Verständnis gelangen können. Skipper wird dann der König der Lemuren sein, während Julien den Pinguine Befehle gibt.

Ein Fax mit schrecklichen Nachrichten kommt zum Zoo: Maurice hat nur 24 Stunden zu leben. Also beschließen alle Tiere, seinem letzten Tag unvergesslich zu machen und behandeln ihn wie einen König, sogar King Julien.

Die Pinguine kriegen nicht genug Fisch, weil sie nicht niedlich genug sind. Kowalski verwendet deshalb eine Maschine, mit der er die Niedlichkeit von Rico und Private misst. Die Pinguine beginnen später die Niedlichkeit von Private zu ihrem Vorteil nutzen, weil Private der niedlichste ist.

Weil die Lemuren die Pinguine mit ihrer Musik stören schlägt Skipper vor, die Lemuren in den Streichelzoo und Roger in das Lemurengehege zu verlegen, doch leider macht Roger ein Problem nach dem anderem, während es sich Julien, Maurice und Mort gutgehen lassen.

Savio, die gefährliche Riesenboa, ist aus dem Hoboken-Zoo ausgebrochen und auf dem Weg in den Central-Park-Zoo, um fürchterliche Rache an den Zootieren zu nehmen. Die Pinguine errichten ein ausgeklügeltes Abwehrnetz um sich vor Savio zu schützen. Doch die Schlange durchbricht alle Schutzmechanismen und lockt die Tiere in eine Falle, um Vergeltung zu üben...

Kowalskis neueste Erfindung, die Strahlenkanone, soll eigentlich verdorbene Nahrung wieder in einen frischen Zustand umwandeln. Allerdings landet sie unfreiwilligerweise in der Kanalisation und feuert zuvor auch noch auf Skipper, der sich umgehend in einen kleinen, süßen, flauschigen Babypinguin zurückverwandelt. Um das rückgängig zu machen, muss die Kanone wieder her. Private, Kowalski und Rico geben Baby-Skipper in die Obhut von King Julien und tauchen in das Reich des Rattenkönigs ab...

Nachdem sie einen verdorbenen Hering verspeist haben, erkranken die Pinguine(außer Rico) an einer geistesverwirrenden Krankheit und sie werden süchtig nach Fisch,doch wenn sie diesem Drang nachgeben werden sie ewig so bleiben ! Wird es Rico gelingen seine Freunde von dem Fisch Konsum abzuhalten?

Den Pinguinen wird eine Postkarte zugeschickt. Da sie nicht lesen können gehen sie zu Phil und Mason die ihnen sagen das Privates Onkel zu besuch kommt. Der erste Eindruck von Onkel Nigel: Ein blöder Langweiler. Doch der Eindrucck täuscht. In Wahrheit ist Onkel Nigel ein Geheimagent. Der auf der Suche nach dem Roten Eichhörnchen ist. Später werden die Pinguine gekidnappt.Werden die Pinguine sich befreien können? Und das Rote Eichhörnchen besiegen?

Die Pinguine machen einen Segelausflug auf das Meer und geraten in einen schweren Sturm. Als sie wieder erwachen, bemerken sie, dass sie in Hoboken gestrandet sind. Kurz darauf werden sie in den Hoboken Zoo gebracht. Dort treffen sie auf ihre alten Rivalen aus dem Central Park Zoo und versuchen, das Beste aus der Situation zu machen. Schnell wird klar, dass der Hoboken Zoo ein dunkles Geheimnis beherbergt...

Skipper ist auf einer Streng Geheimen Mission ganz alleine in Shanghai unterwegs. Dort tapt er in eine Falle von Lars und verliert dabei sein Gedächtnis, irritiert wacht er Später auf einer einsamen Insel auf. Dr. Seltsam ,der mit Lars unter einer Decke steckt, hat in der Zwischenzeit das Pinguinhauptquatier geortet...

Die Familie ,der fiesen Vesuvius Zwillinge , übernimmt Tierpatenschaften im Zoo. Durch diesen Schachzug können die Zwillinge Skipper und King Julien zu sich nach Hause nehmen. Dort sollen sie sich verschiedenen Aufgaben stellen. Die anderen Pinguine und Lemuren versuchen die beiden zu retten.

Kowalski hat Naniten erschaffen,diese können jede Art von Maschine Steuern , Reparieren und verbessern. Laut Programmierung dürfen Sie keine Pinguine verletzen und die Naniten sollen auch die Pinguine beschützen. Durch einen Programmierfehler nehmen die Naniten den Job jedoch zu Ernst....

Die Pinguine können es nicht ertragen, dass eine Gruppe Pfadfinder, die einen Ausflug in den Zoo macht, mehr gute Taten vollbringt als sie selbst. Dies hat zur Folge, dass unsere geflügelten Freunde nun alles daran setzen, die Pfadfinder zu stoppen.

Mort kommt am Snackautomaten des Zoos vorbei und möchte unbedingt Käse-Flips haben. Das Problem ist nur, dass er ohne Geld nicht an die Leckerei kommt. Private, der ihn dabei beobachtet, möchte ihm helfen. Unglücklicherweise werden bei dieser Aktion beide in dem Automaten gefangen. Private versucht vergebens, einen Weg aus der Maschine zu finden, aber Mort vereitelt jeglichen Fluchtversuch. Mittlerweile versuchen die restlichen Pinguine verzweifelt, zusammen mit den Lemuren ihre vermissten Freunde wiederzufinden.

Mit seiner neusten Erfindung, einer umgebauten Stoppuhr, kann Kowalski die Zeit anhalten. Nachdem King Julien die Uhr klauen lässt , wird diese bei einem Kampf schwer beschädigt und die Zeit bleibt stehen. Nur King Julien und Kowalski bleiben verschont und sie versuchen die Uhr wieder zu reparieren.

Die Pinguine bekommen eine Video-Nachricht von Special-Agent Buck Rockgut, in dieser Nachricht warnt er die Pinguine vor einem Schläfer Agenten der im Auftrag des Pinguin Erzfeindes Nr.1, dem Roten Eichhörnchen, die Pinguine ausschalten soll. Kurz bevor der Name genannt wird bricht jedoch die Verbindung ab und die Pinguine müssen Erkennen das sogar ihr Hauptquartier nicht mehr sicher ist.

Julien ist augenscheinlich dafür verantwortlich das eine Zoobesucherin sich verletzt. Skippers Bauch sagt da etwas anderes...

Kowalski bricht sich die Beine und kann nicht auf eine Wissenschaftsmesse namens INVEXPO gehen.

Die Pinguine sind im Park um eine neue Erfindung von Kowalski auszuprobieren:den Pinguin-Kampfanzug. Doch die Erfindung will noch nicht so recht funktionieren, und so vergeht ein ganzes Jahr, bis der Anzug dann doch endlich funktioniert und die Pinguine, genervt von den vielen Fehlschlägen, in den Zoo zurückkehren. Dort wartet eine unschöne Überraschung auf Private: eine Schnecke namens Dail schmiert mit ihrem Schleim überall hässliche Bilder von Private auf die Mauern der Gehege! Als Private sie nach dem Grund für diese Gemeiheit fragt, behauptet die Schnecke, das Private mal auf sie draufgetreten sein soll. Private möchte es wieder gut machen, doch irgendwie macht er alles immer nur noch schlimmer. Als die Pinguine sich mal wieder entspannen, schleicht sich Dail in ihr Hauptquartier, stiehlt den Pinguin - Kampfanzug und beginnt Private damit anzugreifen...

King Julien braucht einen neuen Thron und schnappt sich die Toilette der Pinguine. Doch die ist eigentlich eine Mega-Stinkbombe...

Eine Junge Seelöwin landet im New Yorker Hafen in einer Fischfabrik,Private rettet sie und will sie in ihre Heimat bringen. Doch die anderen Pinguine trauen der Sache nicht,stehen Pinguine doch auf dem Speiseplan von Seelöwen GANZ oben...

King Julian hält sich von Zeit zu Zeit außerhalb seines Geheges auf, ohne darauf zu achten, dass jemand ihn sehen könnte, und hat damit sowohl sich selbst, als auch etliche Pinguinmissionen in Gefahr gebracht. Damit er nicht weiterhin so einen Blödsinn macht, erlauben ihm die Pinguine einen ihrer Geheimgänge zu benutzen, der direkt in den Park führt, unter der Bedingung, dass er keinem anderen Tier davon erzählt. Doch es kommt, wie es kommen muss: Julian kann sein Plappermaul nicht halten und so weiß bald der ganze Zoo von dieser kleinen Verbindung zur Freiheit und natürlich wollen nun alle einmal ihr muffiges Gehege verlassen und die frische Luft im Park einatmen. Schließlich gefällt es den Tieren dort so gut, dass sie nicht wieder in den Zoo zurückgehen wollen...

Die Pinguine wollen eine längst ausgestorbene Pinguinart, mithilfe eines Klonapparats wieder zum Leben erwecken. Dafür brauchen sie die Feder eines ausgestopften Exponats dieser Art, dass im Museum steht. Doch diese Aktion läuft schief: durch eine kleine Stange Dynamit zuviel werden alle ausgestopften Exponate in die Luft gejagt und der Alarm ausgelöst. In Panik geraten, schnappt sich Skipper irgendeine Feder und die Pinguine flüchten. Zurück im Hauptquartier stellt sich heraus, dass es die falsche Feder war. Statt einem ausgestorbenen Pinguin klettert nämlich der ebenfalls längst ausgestorbene Dodo "Dode" aus der Klonmaschine. Trotz der anfänglichen Enttäuschung, finden die Pinguine bald gefallen an ihm, da Dode, ganz genau so wie sie, einen Hang zum extremen besitzt, und beschließen stattdessen seinesgleichen wieder auf der Erde anzusiedeln.

Kowalskis neueste Erfindung, der Liebeslaser, soll Doris endlich dazu bringen seine Liebe zu erwidern. Er testet die Funktionalität vorher noch gründlich und alles funktioniert tadellos. Bis irgendwas schiefgeht, denn als Private einen Strahl abbekommt, beginnt er Kowalski abgrundtief zu hassen! Beim Versuch die Wirkung durch einen erneuten Beschuss wieder aufzuheben, werden jedoch alle Zoobewohner vom Laserstrahl getroffen, haben urplötzlich einen wahnsinnigen Hass auf Kowalski und jagen ihn durch sämtliche Gehege.

Kowalskis hat entgegen seinem Versprechen Flubbi, die grüne gallertartige würfelförmige Masse, damals nicht vernichtet und behauptet, dass sie nun völlig harmlos sei.

Der Roboter Lemmy kehrt unerwartet von seiner Marsmission in den Zoo zurück. Allerdings hat er einen unerwünschten Gast in seinem Blechbrustkorb: Einen Weltraumtintenfisch, der Lemmy vorübergehend zerstört. Um die Invasion zu verhindern, die der Weltraumtintenfisch plant, teilen sich die Lemuren und Pinguine in Teams auf um das Alientier zu fangen.

Marlene veranstaltet einen Spieleabend, nach kurzer Zeit gerät der Abend jedoch ausser Kontrolle und einige Zoobewohner werden auch noch in einem Geschäft von der Polizei umzingelt