Im Zuge eines spontanen Hüpfwettkampfs wird King Julien über die Zoomauern hinaus geschleudert und findet bei Tierliebhaberin Gladys, als vermeintliches Miezekätzchen, ein neues Zuhause. Dort wohnt bereits Zoe, ein Frettchen, die davor ein jämmerliches Straßendasein geführt hat. Auch bei ihr denkt Gladys, dass es sich um ein Schmusekätzchen handelt. King Julien gibt sich plötzlich alle Mühe eine gute Hauskatze abzugeben, denn er hat sich augenblicklich in Zoe verliebt und macht ihr gehörig den Hof …

Clemson stattet King Julien mal wieder einen Besuch ab und will ihm erneut die Königskrone streitig machen. Er hat ein Dokument, das bezeugt, dass Julien gar nicht der rechtmäßige König der Lemuren ist. Der neue König wird durch einen Wettbewerb ermittelt, als Thronanwärter gehen Julien und Clemson an den Start. Dank Kowalskis Hirntausch-Maschine spekulieren die Pinguine für jede Disziplin auf den Sieg, da sie – je nach Kategorie – den geeignetsten ihrer Männer in Juliens Körper an den Start schicken. Allerdings kommt Clemson ihnen auf die Schliche und lässt sie ganz schön auflaufen, indem er jeweils kurz vor Beginn die Kategorie ändert …

Alice wird von einem Pfleger dermaßen über ihr Funkgerät zugetextet, dass sie aus Versehen Marlenes Becken überchlort. Das hat zur Folge, dass Marlene nun schön gebleicht ihrem Pool entsteigt und alle Tiere sie nun plötzlich für einen Arktischen Nerz halten. Skipper verliebt sich unsterblich in sie und King Julien ist auch nicht abgeneigt eine Königin für sich zu finden! Doch gerade als Marlene versucht Skipper zu überzeugen, dass sie kein Arktischer Nerz ist, vermutet dieser, dass Arlene unsere Marlene um die Ecke gebracht hat. Sie muss fliehen. Nach einer langen Verfolgungsjagd gerät sie in die Fänge von Alice, die ihren Fehler wieder ausbügeln will und Marlene erfolgreich mit Haarfärbemittel behandelt.

Skipper kommt mit einer Chemikalie in Berührung, die ihn fortan bei jeder kleinsten Aufregung gefährlich aufblähen lässt. Die Pinguine versuchen jeglichen Ärger von ihm fern zu halten, und ihn mit den verschiedensten Methoden völlig zu entspannen, damit er nicht zerplatzt. Skipper gibt schließlich sogar seinen Anführerposten auf und schickt die Pinguine alleine los, als Lars, der Papageientaucher, sich wieder mal Zutritt zu ihrem Waffenarsenal verschafft. Doch als Lars Skipper seine Mannschaft gefesselt präsentiert, rückt die Gefahr des Zerplatzens völlig in den Hintergrund und Skipper eilt seinen Männern zu Hilfe …

Um ins Futterlager zu gelangen, leihen sich die Pinguine Maurice aus, weil der Zutritt nur über eine Daumenabdruckerkennung möglich ist, welche vorher von Kowalski dementsprechend manipuliert wurde. Maurice findet so viel Gefallen an der Mission, dass er sich den Pinguinen noch länger anschließen will. Und da King Julien darauf beharrt, auch prächtig ohne Maurice auszukommen, startet die Mission „Plünderung des Waffenlagers der Regierung“ Doch nicht immer heißt es „Ende gut, alles gut …“

Kowalski erfindet eine fantastische Leckerei: die Furros. Es handelt sich hierbei um eine Mischung aus Fisch und Churros. Der Nachteil ist jedoch, dass es sich um einen höchst süchtig machenden Snack handelt. Deshalb läuft die Produktion auch auf Hochtouren, bis die Pinguine mit Entsetzten feststellen müssen, dass dabei extrem giftige Abgase entstehen, die im Weltraum bereits eine riesige, toxische blaue Blase gebildet haben. Skipper ist der Sucht allerdings erlegen und futtert weiter Furros ohne Unterlass. So machen sich Kowalski, Private und Rico allein in ihren Flugzeugen auf, um die Blase zu vernichten und die Welt zu retten …

Durch eine kleine Schauspieleinlage gelingt es den Pinguinen den Commissioner davon zu überzeugen, ihre tägliche Fischration auf 15 Fische erhöhen zu lassen, wenn der Bürgermeister auf diese Forderung eingeht. Allerdings verliert der Commissioner unbemerkt sein Haarteil, welches dann bei Maurice auf dem Kopf landet und dort kleben bleibt, welcher dadurch wiederum von den Paviandamen als Pavian-Männchen anerkannt und maßlos verwöhnt wird. Die Pinguine machen sich umgehend auf die Jagd nach dem Toupet, da sie befürchten, dass das Treffen mit dem Bürgermeister platzt, wenn der Commissioner dieser haarige Angelegenheit gewahr wird...

Die Straußendame Shelly verliebt sich unsterblich in Rico, der wiederum ist jedoch völlig seiner Puppendame Püppchen verfallen. Shelly ist dementsprechend eifersüchtig auf Püppchen und entsorgt sie heimlich, still und leise im Müllcontainer. Doch sie muss sich schließlich schmerzlich eingestehen, dass sie bei Rico niemals landen kann. Sie versucht ihren Fehler wieder gut zu machen, und will Püppchen wieder aus der Tonne holen. Zu dumm nur, dass diese gerade von der Müllabfuhr geleert wurde und Püppchen nun auf dem Weg zur Müllhalde ist …

Die Pinguine werden mal wieder von Lars angegriffen und dabei kommt versehentlich eine unschuldige Zivilistin zu Schaden. Es handelt sich um Ma, eine liebenswerte Opossumdame, deren mütterlicher Betüddel-Instinkt äußerst ausgeprägt ist. Sie ist erstaunlich schnell genesen und erdrückt die Pinguine fast mit ihrer Liebe und Fürsorge. Sobald man sich dieser jedoch entgegenstellt, bleibt ihr im wahrsten Sinne des Wortes plötzlich die Luft weg – sie fällt zu Boden und bleibt reglos liegen. Und so versuchen es ihr alle Recht zu machen. Keiner erlaubt sich ein Widerwort, um jegliche Stresssituation für Ma zu vermeiden. Allerdings nur so lange, bis Marlene sie darüber aufklärt, dass Opossums jederzeit und beliebig oft in diese Starre verfallen können, und dass es sich dabei lediglich um eine ausgeklügelte Taktik handelt …

Sobald Marlene den Zoo verlässt gewinnt ihre wilde, ungezügelte Seite die Oberhand und sie hat keinerlei Kontrolle darüber. Darunter leidet sie sehr und Kowalski beschließt, ihr mit einer Erfindung zu helfen. Mit seinem „Persönlichkeits-Entflechter“ befreit er Marlene von ihrem wilden Wesen. Allerdings stellt sich bald heraus, dass Marlene nun regelrechter Angsthase ist, der sich nichts traut und sich vor allem fürchtet. Deshalb soll Marlene wieder mit ihrer wilden Natur vereint werden. Doch diese hat zwischenzeitlich das Weite gesucht und verbreitet als wildgewordenes Abbild von Marlene Angst und Schrecken …

Skipper möchte Private mal etwas Gutes tun. Wie es der Zufall so will, gastiert gerade die Show „Mondeinhörner auf dem Eis“ in der Stadt, und der Besuch der Vorstellung ist gebongt. Private darf sogar Roy und Bing mitnehmen, die mindestens genau so große Fans sind, wie er selbst. Allerdings ist es mit den beiden gar nicht so leicht sich ungesehen aus dem Zoo davon zu stehlen. Schließlich erreichen sie die Vorstellung, doch Roy und Bing landen versehentlich auf der Bühne und rocken unfreiwillig die Show …

Private wird von Amarillo Kid um Hilfe gebeten, der von zwei Erdhörnchen gejagt wird. Deshalb möchte er den „Westminster Putter“, einen Golfschläger, der einem stets zum Sieg verhilft, aus einem Golfclub entwenden, um die Erdhörnchen ein für allemal los zu werden und Private soll ihm dabei helfen. Skipper lehnt dies jedoch ab, denn Feinde bleiben nun mal Feinde. Also macht sich Private heimlich mit Amarillo Kid auf den Weg. Doch kaum dass sie den Schläger in den Händen halten, stellt sich heraus, dass Private von Amarillo Kid reingelegt wurde. Unterdessen schlagen die Erdhörnchen bei den restlichen Pinguinen auf, um sie vor Amarillo Kid zu warnen. Da bemerkt Skipper erst Privates Abwesenheit und gemeinsam gehen sie auf die Suche.

Mort gerät in die Fänge von Elmer, einem riesigen Straßenstreuner. Die Pinguine rücken sofort zum Rettungseinsatz aus und treffen dabei zu ihrem Glück auf Max, den vermeintlichen Mondkater. Mit seiner Hilfe schaffen sie es Elmer abzulenken und Mort zu befreien. Nur durch seine Gewieftheit gelingt es Max nicht von Elmer gefressen zu werden, da er sich ihm gegenüber als Lemur aus Madagaskar ausgibt …

Eine Abfallrakete der Pinguine landet mitten in der Nacht versehentlich im Gehege des überängstlichen Koalas Lennards. Der beschwert sich natürlich sofort bei den Besitzern, die ihm als Wiedergutmachung anbieten mit ihnen den Oben-ohne-Ninja-Action-Show-Filmmarathon im Fernsehen anzusehen. Da es vorraussichtlich sowieso acht Stunden dauern wird, bis der Müllgeruch in Lennards Gehege sich verzogen hat, willigt dieser gezwungenermaßen ein. Während die Pinguine schon bald einschlafen, bleibt der nachtaktive Lennard den ganzen Marathon über wach und findet - Oh, Wunder über Wunder! - tatsächlich gefallen an der brutalen Action die darin stattfindet! Sogar als es Morgen wird und Lennard müde in sein Gehege zurrückkehrt, ist er noch wie besessen davon und träumt sogar nur noch von Ninjas. Das hat zur Folge, das Lennard schlafwandelt und währendessen mal kurz alle Tiere im Zoo im ninjastil grün und blau prügelt. Können die Pinguine das wieder rückgängig machen?

Skipper möchte die Teamfähigkeit seiner Mannschaft testen und fordert von seinen Männern ihm einen schönen, eingesalzenen Bückling zu bringen. Kowalski, Rico und Private machen sich also auf den Weg zum Hafen. Dort angekommen, dringen sie in eine Fischfabrik ein, um den ersehnten Bückling für Skipper zu ergattern. Doch sie haben die Rechnung ohne Officer X gemacht, der immer noch auf Rache sinnt und seinen alten Job als Tierfänger wiederhaben möchte. Nach einer langen und nervenaufreibenden Jagd durch die Fischfabrik schafft es Officer X die Pinguine gefangen zu nehmen. Jetzt wird ihnen klar, dass sie sich nur mit der Hilfe von Teamwork aus ihrer Lage befreien können. Schließlich gelingt es ihnen und sie präsentieren Skipper den Bückling. Der hatte aber gar nicht die Absicht die Teamfähigkeit seiner Männer zu testen, er wollte einfach nur einen köstlichen Bückling.

Die Pinguine möchten sich heimlich zu einer Kinopremiere davonschleichen, doch der Zoo verfügt über ein neues Alarmsystem mit einem unsichtbaren Elektrozaun, der Ausbüchsen absolut unmöglich macht. Die Alarmanlage lässt sich einzig und allein mit einer Magnetkarte ausschalten, welche Alice stets bei sich trägt. So setzen die Pinguine alles auf Privates Niedlichkeitsfaktor, doch dieser befindet sich mitten in der Mauser und versetzt beim Versuch besonders putzig zu sein, alle Zoobesucher in Angst und Schrecken. Das Positive daran ist jedoch, dass Alice durch den ausbrechenden Tumult derart abgelenkt ist, dass es ein Pinguinspiel ist, die Magnetkarte zu entwenden …

Fred knackt im Park rein zufällig den Nussjackpot und sitzt auf einem riesigen Berg Eicheln. Da diese unter den Tieren des Central Parks wie Bargeld fungieren, hat er somit das große Los gezogen. King Julien bietet umgehend seine Unterstützung in Sachen „Eicheln ausgeben“ an, doch selbstverständlich hat auch Red bereits davon Wind bekommen und versucht die Eicheln an sich zu reißen …

Im Zoo wird ein neues Tier angeliefert und die Freude ist groß, als sich herausstellt, dass es von Madagaskar kommt. Allerdings ist sie nur von kurzer Dauer, denn es handelt sich um eine Fossa, Madagaskars blutrüstigstes Raubtier. Nach dem ersten Schock entpuppt sich das Raubtier jedoch noch als schnuckeliges kleines Baby und die Gefahr ist gebannt. Nicht jedoch für King Julien, da sich die Fossa ständig in seinen königlichen Puschelschwanz verbeißt. Bis King Julien schließlich Savio, die Riesenboa, in den Zoo schmuggelt, um der Fossa einen natürlichen Feind auf den Pelz zu schicken …

Im Zoo macht eine Blaue Hellseher-Henne von sich reden. Sie will die Weltherrschaft übernehmen, scheitert aber schließlich an einem kleinen Trick von Kowalski, der die Betrügerin auffliegen lässt. Und so entpuppt sie sich als ganz normale Henne, die lediglich extrem klug zu sein scheint und anhand von Wahrscheinlichkeitsrechnungen und psychologischen Studien bisher so erfolgreich „vorhersehen“ und manipulieren konnte …

Private soll vier Entenküken babysitten, währen der Rest der Gang zu einer Monstertruck-Rally will. Doch die wilden Küken schmeißen eine Party, die unbeabsichtigt Ratten und Wespen anlockt, die sich über das Party-Essen hermachen.

Die Pinguine versuchen sich mal wieder an einem Hindernisparcours, doch aus irgendwelchen Gründen schafft Skipper es nicht seine persönliche Bestleistung zu knacken. Völlig irritiert ruft er P.E.L.T aus, ein Test, der seine Führungsqualitäten prüfen soll. Er verlässt seine Männer und macht sich auf den Weg drei schwierige Prüfungen zu bestehen. Doch hinter all dem steckt die blaue Henne, die wieder einmal die Weltherrschaft an sich reißen will. Sie setzt Private, Kowalski und Rico außer Gefecht. Skipper, der zufällig noch mal ins Hauptquartier kommt, weil er seinen Fischsudbecher vergessen hat, sieht das und es kommt zum Duell zwischen ihm und der blauen Henne. Skipper gewinnt und stellt damit seine Führungskraft erneut unter Beweis.

Die Pinguine sind absolut entsetzt darüber, dass die Winky-Fabrik für immer die Produktion einstellen wird. Sie beschließen sich alle restlichen Schachteln Erdnussbutterpralinen, die noch in der Fabrik zu finden sind, unter den Nagel zu reißen. Private darf bei dieser Mission das Kommando übernehmen. Dies geht allerdings gehörig schief und schließlich muss er sogar die allerletzte Schachtel dieser köstlichen kleinen Süßigkeit opfern, um seine Freunde zu retten …

Die Gorillas Bada und Bing erhalten eine Lieferung Kochbananen aus ihrer Heimat. Das lässt sich King Julien natürlich nicht entgehen. Während die Gorillas schlafen, macht er sich über die Bananen her. Marlene bekommt das mit und möchte den König davon abhalten, doch sie verfällt auch dem Bananenrausch. Am nächsten Morgen bekommen Bada und Bing das mit und wüten wild marodierend durch den Zoo. King Julien und Marlene müssen aus dem Zoo fliehen. Sie benutzen das Auto der Pinguine zur Flucht. Die Gorillas verfolgen sie kreuz und quer durch die Stadt. Schließlich bauen der König und Marlene einen Unfall und entdecken dadurch eine neue Kiste mit leckeren Kochbananen. Die Ordnung ist wiederhergestellt.

Bei Skipper läuft einfach alles wie geschmiert, ganz egal was er auch anfasst. Und da ihm alles so glatt von der Flosse geht, beschließt er Plan „Omega Zulu“ endlich in die Tat umzusetzen und seine Geheimdienstakte aus dem Dänischen Konsulat zu entwenden. Zusammen mit Kowalski, Private und Rico verschafft er sich Zutritt in das schwer bewachte Gebäude und dringt bis in den Tresorraum vor um dort seine Akte an sich zu nehmen …

Rico benimmt sich mal wieder daneben. Er möchte unbedingt die neue Modekollektion für sein Püppchen haben und bringt damit das ganze Team in Gefahr. Also beschließen die restlichen Pinguine jedes Mal, wenn sich Rico gut benimmt, eine Murmel in ein Einweckglas zu packen. Falls er sich aber daneben benimmt, geschieht genau das Gegenteil. Das läuft auch eine Weile ziemlich gut, bis King Julien auf die Idee kommt, Püppchen für seine Zwecke zu entführen. Die Lemuren klauen das Püppchen und es entbrennt eine große Schlacht in einem Spielzeugladen. Allerdings gehen die Pinguine aus ihr siegreich hervor.

Der Nachrichtenreporter Chuck Charles wir aufgrund seines Alters vom Nachrichtensender gefeuert. Ein junger, aufstrebender Nachrichtensprecher namens Pete Peters übernimmt ab sofort seinen Platz. Chuck, der nicht so recht weiß, was er machen soll, landet schließlich als Zoowärter im Central Park Zoo. Unsere Pinguine wollen ihm helfen seinen alten Job wiederzubekommen und lassen sich allerflosse Einfallen um ihm zu helfen. Doch alles schlägt fehl. Letztendlich ist es eine gebrannte CD mit den Geheimnissen unserer Pinguine drauf, die Chuck wieder vor die Kamera katapultieren soll. Das können die Pinguine natürlich nicht zulassen und versuchen es mit allen Mitteln zu verhindern. Schließlich treffen sich alle im Fernsehstudio und kurz bevor Chuck die sensationelle Meldung verbreiten kann, klaut ihm Pete Peters die CD und schickt sie auf Sendung.

Kowalskis brandneuer Feindaufspürscanner arbeitet durch einen Kalibrierungsfehler genau entgegengesetzt. Freunde erkennt es als Feinde und umgekehrt. Beim Versuch den Scanner außer Betrieb zu setzen, lädt sich die Alarmprogrammierung versehentlich auf Skipper runter, der fortan Freund und Feind verwechselt, sich gegen die Pinguine stellt, auf „Beste Freunde“ mit Lars und King Julien macht und das Chaos nimmt seinen Lauf …

Ein Mal im Jahr findet der so genannte „Zoo-Schlummer“ statt, wo Kinder die Möglichkeit haben eine ganze Nacht im Zoo zu verbringen und dort unter freiem Himmel zu schlafen. Normalerweise wimmelt es dann nur so vor aufgeregten kleinen Zwergen, doch in dieser Nacht gibt es genau zwei Übernachtungsgäste: die Vesuvius-Zwillinge. Sie haben einfach alle Tickets aufgekauft um den Zoo ganz für sich allein zu haben – natürlich mit dem Hintergedanken dann sämtliche Zootiere in Ruhe quälen zu können. Doch es kommt anders als gedacht, denn die Zoobewohner nutzen auch ihre Chance – schließlich sind die gemeinen Zwillinge ihnen mindestens genauso ausgeliefert …

Die Pinguine begeben sich auf eine nächtliche Exkursion, um sich auf einer Ausstellung das legendäre Katana-Schwert von General Shingen anzusehen. Dummerweise stößt Private mit seinem Mondeinhorn-Kuscheltier dabei eine alte Urne um und befreit den darin eingeschlossenen bösen Geist von Kuchikukan, der einst von General Shingen dort eingeschlossen wurde. Kuchikukan ergreift umgehend Besitz vom Körper seines Retters, dem Mondeinhorn „Prinzessin Selbstachtungshorn“, und macht sich auf die Welt zu zerstören. Da Mort zwischenzeitlich das legendäre Schwert zerbrochen hat, wird sein Körper von General Shingen in Anspruch genommen, der gemeinsam mit den Pinguinen, den Lemuren und Marlene den Kampf gegen Kuchikukan aufnimmt, der immer mehr Macht erlangt …

Einer der Affen wird dazu ausgewählt auf den Mond zu fliegen. Das will Skipper nicht hinnehmen und beschließt selbst dorthin zu fliegen. Sie schalten die Affen mit Betäubungsgas aus. Aber bevor Skipper die Reise antreten kann, müssen die Pinguine erstmal einen Eignungstest bestehen. Alle versagen bei diesem Test, außer Private. Und so wird er, getarnt mit einem Affenkostüm, auf den Mond geschossen. Doch es läuft anders als erwartet, denn Private sollte sich vor laufenden Kameras enttarnen und der Welt zeigen, dass ein Pinguin auf dem Mond ist und kein Affe. Doch der Reißverschluss des Affenkostüms klemmt und somit denkt die Menschheit, dass es nach wie vor ein Affe ist, der als erstes auf dem Mond landet. Die restlichen Pinguine beschließen Private zu retten und fliegen mit ihrer Rakete auf den Mond. Sie befreien Private, doch bei der Rückreise erwartet sie eine unangenehme Überraschung.

Unsere Pinguine wollen ein Footballspiel sehen, doch leider geht ihnen der Knabberkram aus. Also machen sich Marlene und Skipper auf den Weg Nachschub zu kaufen. Sie haben allerdings nicht damit gerechnet, dass Officer X in dem Laden arbeitet. Und schon sitzen sie in der Falle. Das kriegen Private und Kowalski mit, die sich sofort aufmachen, um Skipper und Marlene zu retten. Doch aufgrund eines plötzlichen Schneesturms sind sie in Freds Baumhaus gefangen. Und Kowalski erfährt am eigenen Gefieder, was ein Hüttenkoller ist. Schließlich und endlich schaffen es Marlene und Skipper den Officer zu besiegen und auch die eingeschlossenen Pinguine kommen wieder frei.

Rico zündet versehentlich eine Bombe im unterirdischen Tunnelsystem der Pinguine, welches in Folge der Detonation nun einzustürzen droht. Skipper und Co. bitten die Biber um Hilfe, die ihres Zeichens perfekte Baumeister sind. Dummerweise kreuzen jedoch die beiden Dachsdamen Becky und Stacy auf und bringen die Bauarbeiten gehörig durcheinander, da sie in die Biber verliebt sind. Und sie stoßen dabei offensichtlich auch gehörig auf Gegenliebe …

Ein seltsames Schnabeltier namens Parker überbringt Kowalski die Nachricht, dass Doris, die Delfindame und zugleich seine große Liebe, seine Hilfe benötigt. Kowalski lässt alles stehen und liegen und eilt zu Doris. Skipper, Private und Rico folgen ihm flinker Flosse und stehen ihm auch zur Seite, als Doris ihn bittet ihren Bruder Francis zu befreien, der in einem Wasservergnügungspark als Showattraktion gefangen gehalten wird. Allerdings stellt sich jedoch einerseits heraus, dass Parker der Freund von Doris ist und Francis entpuppt sich als Flippy, bzw. Dr. Seltsam, der seit dem letzten Zusammentreffen mit den Pinguinen noch immer unter Gedächtnisverlust leidet. Als sich dann auch noch Parker als getarnter Gehilfe von Dr. Seltsam zu erkennen gibt und ihm wieder zu seiner wahren Identität verhilft, scheint das Böse die Oberhand zu gewinnen.