Bundesagentin Mary hat nach der Behandlung ihrer Schussverletzung nun endlich das Krankhaus verlassen. Doch kaum ist sie zu Hause, dauert es nicht lange, bis sie mit ihrer Mutter Jinx  in Streit gerät. Deshalb stürzt sie sich überhastet wieder in die Arbeit. Während sich Mary mit Arbeit ablenkt, gibt ihr Kollege Marshall nicht auf, Marys Schützen zu finden und zur Rechenschaft zu ziehen.

Marshall und Mary müssen einen Zeugen beschützen, der Opfer eines Einbruchs wurde. Die beiden kennen den Zeugen schon länger. Er spielte eine wichtige Rolle in ihrem ersten gemeinsamen Fall. Marshall und Mary erinnern sich dabei an ihr erstes Kennenlernen und ihre gemeinsame Vergangenheit. Außerdem möchte Allison das Budget für die WitSec-Einheit genaustens unter die Lupe nehmen und den Arbeitsablauf des Teams kennenlernen.

Vor drei Jahren wurde der Agent Wade Guthrie bei einem Undercover-Einsatz niedergeschossen und liegt seitdem im Koma. Da er damals ins Zeugenschutzprogramm aufgenommen wurde und somit jegliche Spur auf seine Identität verwischt ist, nahm seine Freundin an, dass er tot sei. So heiratete sie zwischenzeitlich Wades früheren Freund und Kollegen. Doch nun kehrt Wade zurück und die beiden entdecken ihre Liebe füreinander erneut. Mary muss indes enttäuscht feststellen, dass ihre Gefühle für Raphael nicht stark genug sind.

Mary hat sich endgültig von Raphael getrennt. Als Marshall davon erfährt, ist er sehr überrascht. Empfindet er etwa doch mehr für Mary als nur Freundschaft? Stan McQueen kümmert sich währenddessen um einen Boxer, der früher im Zeugenschutzprogramm war. Doch was führt ihn zurück zu seinem längst abgeschlossenen Fall?

Der ehemalige Mafia-Auftragskiller Dominic wurde zu seinem eigenen Schutz ins WitSec-Programm aufgenommen. Nun ist er zum ersten Mal richtig verliebt und kämpft ununterbrochen um die Aufmerksamkeit der jungen Frau. Als sie dennoch nichts von ihm wissen will, besteht die Gefahr, dass Dominic wieder zum Killer wird. Können ihn Mary  und Marshall  vor einem Rückfall schützen?

Vor rund 40 Jahren wurde Frank Jergens wegen eines misslungen Banküberfalls zu einer Haftstrafe verurteilt. Jetzt ist er wieder auf freiem Fuß und muss sich erst einmal wieder orientieren. In seinen Augen hat sich jede Menge in der Zwischenzeit verändert. Mary nimmt sich ihm an und versucht ihn behutsam in ein geregeltes, ehrliches Leben zurückzuführen.

Die Immobilienbetrügerin Natalie Vickers wird ins WitSec-Programm aufgenommen. Sie ist eine der wichtigsten Zeuginnen, die in einem großen Betrugsfall aussagen soll. Sowohl die russische Mafia als auch mehrer Banken sind darin verwickelt. Auf den ersten Blick integriert sie sich sehr gut ins Zeugenschutzprogramm, doch Mary und Marshall finden heraus, dass Natalie weiterhin Verbrechen begeht, um ihrem Freund zu helfen Der hat erhebliche Schulden bei der Russen-Mafia.

Nicht nur Mary hat mit ihrer Familie jede Menge Probleme. Ihre Mutter ist Alkoholikerin und ihre Schwester viel zu leichtgläubig, was sie von einer Katastrophe in die nächste stolpern lässt. Doch diesmal muss auch Marshall mit seinem Vater kämpfen. Seth Mann ist wie Marshall auch Beamter und äußerst erfolgreich in seinem Beruf. Jetzt steht er kurz vor der Pensionierung. Marshall befürchtet, dass sein Vater nun ein letztes Mal seine Arbeit beurteilen will, so wie er ein Leben lang alle Handlungen Marshalls beurteilt hat.

Mia stammt aus einer Familie des organisierten Verbrechens. Doch sie möchte sich davon lossagen, vertraut sich deshalb dem FBI an und wird ins WitSec-Programm aufgenommen. Mary freundet sich mit der jungen Frau an. Doch Mia ist todkrank und verschweigt eine wichtige Information.

Der obdachlose Walter Cooper wird ins Zeugenschutzprogramm aufgenommen. Er hat auf der Straße zwei Männer beobachtet, die eine Bombe in einem Mülleimer deponiert haben. Jetzt soll er gegen sie aussagen, damit sie verurteilt werden können. Bei den vorbereitenden Gesprächen für den Prozess äußert er Mary gegenüber den Wunsch seine Familie wieder zu sehen. Kann ihm Mary diesen Wunsch erfüllen?

Mary schlüpft in die Mutterrolle, um einem Mädchen Halt zu geben, dass im Zuge des Zeugenschutzprogramms von ihrer eigenen Mutter getrennt wurde. Schafft sie es auch das Mädchen vor größeren Schwierigkeiten zu bewahren? Brandi hingegen wird dringend ins Krankenhaus gerufen. Scott wurde wegen seiner Spielschulden brutal zusammengeschlagen. Nach langem Zögern gibt sie ihm Geld, um seine Verpflichtung zu bezahlen. Doch wird Scott damit auch wirklich den Schuldenberg abbezahlen.

Brandi hat eine wichtige Entscheidung getroffen. Sie möchte mit ihrem Freund Peter zusammenziehen. Mary hat keine Zeit für ihre Familie, da sie sich um Priester Gabe Andrews kümmern muss. Er hat den Mord an einer Stripperin beobachtet, weswegen die Täter auch ihn gerne tot sähen. Um ihn zu schützen, geraten Mary und Marshall in eine brutale Schießerei mit der russischen Mafia. Werden sie die Sache zu einem guten Ende bringen können?