Nachdem eine ihrer Zeuginnen tot aufgefunden wird, kehrt Mary auf eigenen Wunsch aus ihrer Beurlaubung zurück und muss sich notgedrungen als Marshalls Assistentin versuchen. Lily Atkins und ihr Mann wurden vor vielen Jahren von einer Biker-Bande angeschossen. Ihr Mann verstarb, sie überlebte, sagte gegen die Gang aus und kam mit ihren drei Kindern als Lily Adams ins Zeugenschutzprogramm. Nachdem Lily nun tot aufgefunden wird, deuten die Indizien zunächst auf einen Selbstmord hin. Doch schnell entpuppt sich der Abschiedsbrief, in dem Lily von einer seltenen Erbkrankheit berichtet, die sie zum Suizid bewogen habe, als eine Fälschung.

Marys Zeuge ist so schüchtern, dass er nicht frei vor Menschen reden kann. Nur mit Hilfe eines weitverbreiteten Rauschmittels lockert sich seine Zunge – das bringt Mary in arge Bedrängnis. Marys Entführung mag vorbei sein, aber sie leidet immer noch unter den Folgen der traumatischen Erfahrung. Dabei hilft ihr auch nicht, dass sie die Psychologin Shelley Finkle zur Seite gestellt bekommt, die ihr posttraumatisches Verhalten beobachten und analysieren soll. Auch die neue Büroleiterin Eleanor Prince, die ihre Nase in alle Angelegenheiten steckt, ist für Marys Stressbewältigung nicht unbedingt förderlich.

Als eine Zeugin aufgrund ihrer Beziehungen die Erziehung ihrer Kinder vernachlässigt, springt Mary kurzerhand als Babysitter für die vaterlose Familie ein. Maureen Stewart ist ständig auf der Suche nach dem geeigneten Lebenspartner. Was sie jedoch in ihrem florierenden Beziehungsleben bremst, sind ihre drei Kinder Tripp, Billy und Gretel. Als sie den Mord an ihrem kurzzeitigen Liebhaber beobachtet und gegen die Mörder aussagt, kommt sie mit ihren drei Kindern als Maureen Sullivan in das Zeugenschutzprogramm und in Marys Obhut. Zwei Monate nach Maureens Umzug nach Albuquerque erfährt Mary, dass Tripp, Maureens ältester Sohn, die Schule schwänzt und Maureen mit den zwei jüngeren Kindern verschwunden ist.

Marys Zeuge Lewis rettet mutig einige Menschen aus einem einstürzenden Haus, wird dann aber selbst in den Trümmern gefangen. Seine lebensgefährlichen Verletzungen beunruhigen Mary weniger, als ein potentieller Profikiller, der Lewis erwischen könnte. Die ehemaligen Soldaten Lewis Fowler und Harrison Locke arbeiten nach ihrer aktiven Militärzeit als Söldner in Krisengebieten. Ihre oftmals dreckige Arbeit besteht darin, internationale Terroristen, die amerikanische Staatsbürger entführt haben, mit einem Gegenschlag zur Aufgabe zu bewegen. Vor fünf Monaten lief eine Mission in Mexico City anders als geplant. Nachdem der Sprengstoffexperte Locke einen wohldurchdachten Plan selbstständig änderte und bei einer Explosion siebzehn Menschen tötete, sagt Fowler gegen seinen ehemaligen Partner und Freund aus.

Als ein jüdischer Zeuge von einem merkwürdigen Unbekannten urplötzlich aufgespürt wird, muss Mary in erster Linie ihren Zeugen schützen, doch dann wird sie auch zu dessen Eheberaterin. Avi Rosenzweig ist ein glücklich verheirateter orthodoxer Jude, der insgeheim auf Drängen der albanischen Mafia Raubkopien von DVDs aus dem Geschäft des Großvaters seiner Frau produziert und vertrieben hat. Nach seiner Entlarvung tritt er ins Zeugenschutzprogramm ein, um gegen die Gangster auszusagen, die ihn dafür bezahlt haben, ihre schmutzige Arbeit zu tun. Avis Frau Rachel, die von seinen Übeltaten beschämt ist, weigert sich jedoch, mit ihm zusammen ins Zeugenschutzprogramm zu gehen. Avi muss zwar, um nicht aufzufallen, notgedrungen seinen Glauben aufgeben, will jedoch nicht auf seine Frau verzichten.

Als Stans erster Zeuge zusammen mit seiner Dienstmarke tot aufgefunden wird, müssen Mary und Marshall tief in die Vergangenheit eintauchen, um die Unschuld ihres Chefs zu beweisen. Vor zwanzig Jahren stand der junge Komiker Willie Ripp kurz vor seinem Durchbruch. Während einer Feier mit seiner Freundin Gwen Jones wurde er unfreiwillig Zeuge, wie Billy Cooper, der Besitzer des Clubs in dem er auftrat, einen seiner Kollegen ermordete. Bevor Cooper auch Willie töten konnte, gelang diesem mit seiner Freundin die Flucht. Das Paar trat in das Zeugenschutzprogramm ein

Nach einem Brückeneinsturz mit Todesfolgen sagt der Architekt gegen den korrupten Bauunternehmer aus und wird so zu einem von Marshalls Zeugen. Doch ihn plagen immer noch Gewissensbisse. Norman Baker ist mit Leib und Seele Brückenkonstrukteur. Als die von ihm entworfene Beaumont Bridge in Omaha einstürzt und dabei Menschen sterben, ist Norman fassungslos. Pflichtbewusst sagt der Architekt gegen den Bauunternehmer Karl Hogeland aus, den Norman durch einen fahrlässigen Umgang mit minderwertigen Baumaterialien für den Schuldigen hält.

Als ein Gefängnis-Insasse von Stichwunden tödlich verletzt in der Dusche aufgefunden wird, ruft der Aufseher den bescheidenen Dennis Sampson in sein Büro und macht ihm ein verlockendes Angebot: Wenn er Informationen über den Mörder liefert, wird er als Gegenleistung ins Zeugenschutzprogramm aufgenommen. Drei Monate später wird der Besitzer des Blumenladens, in dem Mary für Dennis einen Job gefunden hat, ebenfalls niedergestochen. Dennis ist die einzige Verbindung zwischen den beiden Fällen, scheint jedoch selbst zu schwach, um einer Fliege etwas zu Leide zu tun.

Als Brandi wegen Drogendelikten und Beihilfe zum Mord verhaftet wird, muss Mary für die Unschuld ihrer Schwester und gegen die Rachepläne von Agent O’Connor kämpfen. Marys schlimmster Albtraum wird wahr, als ihr neuer Erzfeind Agent O’Connor sie völlig unvermittelt aus dem Schlaf reißt und mit einem Team von FBI-Agenten Brandi unter anderem wegen illegalen Drogenbesitzes und Drogenschmuggels verhaftet. Mary fährt sofort zum Gericht, um Antworten von ihrer Schwester zu bekommen, während Raphael sich um die verwirrte Jinx kümmern soll. Brandi schwört, dass sie keine Ahnung hat, welche Informationen das FBI haben könnte, die eine Verhaftung rechtfertigen würden

Weil die Aussage eines neuen Zeugen an das Besuchsrecht für seinen Sohn gebunden ist, macht sich Mary auf die Suche nach dem verschwundenen Jungen. Ed Fogerty ist Sicherheitsbeauftragter einer internationalen Schifffahrtsgesellschaft in der Nähe von Chicago. Eines Nachts überrascht er unabsichtlich zwei Arbeiter dabei, wie sie einen Ferrari für eine illegale Verschiffung ins Ausland vorbereiten. Wie sich herausstellt, sind die beiden Männer nur ein kleines Glied in einer international verzweigten Bande von Autoschiebern. Deshalb bekommt Ed das Angebot, in das Zeugenschutzprogramm aufgenommen zu werden, wenn er gegen die beiden Helfershelfer aussagt. Er stimmt zu, will aber nicht auf das nach seiner Scheidung festgelegte, regelmäßige Besuchsrecht für seinen Sohn Miles verzichten.

Mary und Marshall müssen die frühreife, verschwundene Tochter eines Zeugen ausfindig machen, da dieser nur vor Gericht aussagen will, wenn das Mädchen wohlbehalten wieder auftaucht. Als Jesus Morenos Frau Carmen von seinen dubiosen Geschäftspartnern niedergeschossen wird, macht seine Tochter Olivia ihn für den Mord verantwortlich. Sie hasst ihn umso mehr dafür, dass er sie mit ins Zeugenschutzprogramm nimmt. Als kleine Rache und um der Tristesse der Provinz zu entkommen, verführt Olivia scheinbar die jungen Männer von Albuquerque. Kurze Zeit vor Jesus’ alles entscheidender Zeugenaussage gegen seinen ehemaligen Geschäftspartner Felix Calderon verschwindet sie dann jedoch spurlos.

Während Mary widerwillig als technische Beraterin für ein Schulungsvideo einspringen muss, begleitet Marshall einen seiner Zeugen auf eigene Faust zu einer Beerdigung. Stan beauftragt Marshall damit, als technischer Berater für die Neuauflage des Schulungsvideos für die U.S. Marshals im Zeugenschutzprogramm zu fungieren. Marshalls Freude über die ungewöhnliche Aufgabe währt jedoch nicht lange, denn kurze Zeit später wird er über den Tod des Sohnes von einem seiner Zeugen informiert. Widerwillig muss Mary nun für ihn einspringen.

Als Marys Zeugin, eine professionelle Geldfälscherin, unter Mordverdacht gerät, müssen Mary und Marshall ihr Privatleben näher durchleuchten. Helen Trask ist eine der talentiertesten Fälscherinnen von Hundert-Dollar-Noten. Als sie ihre geliebte Freundin Ahn Li in flagranti mit einem ihrer nordkoreanischen Geschäftspartner erwischt, ruft Helen den Secret Service, um sich selbst, Ahn und den Geschäftspartner anzuzeigen. Trotz der Tatsache, dass nun ein Kopfgeld von zehn Millionen Dollar auf sie ausgesetzt wurde und sie durch ihre Aktion ein wahres Wespennest zwischen dem Secret Service, der CIA, chinesischen Gangstern und der nordkoreanischen Regierung platziert hat, will sie nichts anderes, als ihre verräterische Freundin wiederzusehen.

Als die Frau eines Zeugen entführt wird und eine Lösegeldforderung bei ihm eintrifft, machen die U.S. Marshals Mary und Marshall Jagd auf den unbekannten Kidnapper. Obwohl der Oxford-Absolvent und Aktionär Phillip Ashmore freiwillig seinen Kollegen Arnie Ford dem FBI ausliefert, weil dieser das Geld von ahnungslosen Anlegern veruntreut hat, sieht er seine eigene Schuld dadurch nicht beglichen. Nachdem er mit seiner Frau ins Zeugenschutzprogramm eingetreten ist, will er sein komplettes Vermögen und das beträchtliche Erbe seiner bei einem Fährunglück in Asien verstorbenen Eltern auflösen, um damit den geprellten Firmenkunden eine Entschädigung zu zahlen.

Im Auftrag der US-Regierung muss Mary eine eigenwillige Freiheitskämpferin beschützen, gar nicht so einfach, denn Francesca ist dickköpfiger als Mary. Schnell gerät die Situation außer Kontrolle. Auf Veranlassung des State Departments ist U.S. Marshal Mary Shannon mit der Bewachung der hübschen und resoluten südamerikanischen Freiheitskämpferin Francesca Garcia betraut. Die temperamentvolle Revolutionärin hat sich auf einen Deal mit der amerikanischen Regierung eingelassen. Während diese sie in den Staaten versteckt hält, unterstützt sie Francescas Gefolgschaft vor Ort bei der Rebellion gegen den Diktator El Presidente. Um die Sache noch brisanter zu gestalten, verbreitet die US-Regierung außerdem die Nachricht, dass Francesca, die Heldin der Arbeiterbewegung, von dem skrupellosen Machthaber El Presidente und seinen Handlangern gefangen genommen und gefoltert wurde.