Alors que sa fête de fiançailles avec Shaun approche, Léa se débat avec son organisation et stresse à propos de son mariage car elle a peur de revivre l’échec de sa première union. Lim voit arriver chez elle Mateo, le beau chirurgien rencontré lors de la mission humanitaire au Guatemala avec qui elle entretient une relation à distance. Il lui annonce son intention de s’installer dans la région de San Francisco. Elle est partagée entre la joie et la surprise. Salen Morrison, une patiente atteinte d’hyperactivité, consulte pour de multiples symptômes et donne du fil à retordre à tout le service, qui ne parvient pas à poser un diagnostic. A chaque tentative de biopsie de sa tumeur du rein, l’équipe se heurte à une nouvelle complication ou à une nouvelle pirouette de Salen.

Ethicure a officiellement racheté l’hôpital, ce que beaucoup voient d’un mauvais œil, d’autant plus que Salen semble vouloir s’immiscer dans certaines décisions médicales. Glassman, en pleine crise existentielle, décide de démissionner. Salen tente sans succès de le convaincre de rester. Park et Reznick s’occupent d’une détenue enceinte, condamnée à perpétuité pour avoir empoisonné son premier enfant. Shaun est responsable du choix du gâteau de mariage, mais il a du mal à prendre une décision...

Shaun et Lea envoient leurs faire-part de mariage. Shaun a fait une enveloppe pour sa mère mais Lea refuse de l’inviter. Mateo, l’amoureux de Lim, a du mal à obéir à son chef, Andrews. Sélène s’oppose à deux opérations car elles ne sont pas complètement prises en charge par les mutuelles des patients. Lim convainc Glassman d’intervenir, ce qui ne fait qu’empirer les choses.

Shaun demande à Sélène de retirer l’immense affiche sur la façade de l’hôpital où il figure en tant que « autiste et chirurgien ». Elle lui explique qu’elle la voit comme une source d’inspiration et lui propose de réfléchir rationnellement et non émotionnellement à cette demande. Une jeune patiente, Holly, arrive à l'hôpital. Son père, Walt, consacre tout son temps libre à chercher un diagnostic pour sa fille depuis 4 ans, face à l'échec de nombreux médecins. Il est persuadé qu’il s’agit d’une myopathie viscérale.

Sélène a mis au point un système d’évaluation des médecins pour les aider à améliorer leur relation client. Shaun, très mal noté, essaie différentes stratégies pour faire remonter sa note, en vain. Léa décide alors d’effacer en cachette les mauvais commentaires qu’il reçoit. Alex se pose des questions sur sa relation avec Morgan qu’il trouve perpétuellement insatisfaite. Audrey traite une patiente envoyée du Guatemala par Matéo. Ce dernier ne donne plus de nouvelles. La patiente, qui n’est autre que l’ex de Matéo, fait comprendre à Audrey que Matéo n’est pas fiable et que leur relation est vouée à l’échec.

Le docteur Park espère trouver un cœur O négatif pour greffer un jeune garçon qu’il suit depuis longtemps. Un patient inconscient et gravement blessé est amené sur un brancard. Il est dans un état désespéré et pourrait être le donneur mais Shaun s’acharne à le soigner, contre l’avis général. Le père de ce jeune homme aurait voulu lui parler et se réconcilier avec lui, avant qu’il tombe dans le coma. Les soins acharnés de Shaun endommagent le cœur. Pendant ce temps, Lea est allée trouver Glassman dans le Montana pour le persuader de revenir. Elle lui avoue avoir falsifié les résultats de popularité de Shaun pour l’aider. Morgan trouve comment se faire attribuer par Sélène la place vacante de Glassman.

Témoin d’un accident de la route, Shaun sauve Alma, une jeune femme enceinte qui faisait une tamponnade cardiaque, grâce à l’un des gestes chirurgicaux « sur le terrain » dont il a le secret, puis l’accompagne à Saint Bonaventure où elle est opérée. Elle va devoir subir une nouvelle opération pour réduire ses fractures du bassin, et privilégie l’option qui ne met pas en danger son bébé. Mais des complications obligent les médecins à pratiquer une césarienne en urgence.

Tout le monde est sous le choc après la mort d’un nouveau-né. Sélène manipule la mère pour que cette dernière n’attaque pas l’hôpital et renvoie le docteur Fremes, le pharmacien de l’hôpital désigné comme bouc émissaire. La coupe est pleine pour le docteur Lim. Elle est bien décidée à faire tomber Sélène à qui elle reproche de faire passer l’argent et les profits avant le bien-être des patients. Shaun est toujours en colère contre Léa. Mais grâce au docteur Glassman et à un patient, il finit par accepter de lui pardonner.

Une chanteuse très connue reçoit une greffe de trachée, au grand dam de Shaun qui prévoit une catastrophe. La patiente survit par miracle, mais l’intervention tentée par Andrews était, en effet, trop risquée. Un papa solo qui s’occupe de son fils handicapé a fait une chute. On découvre des ligaments ossifiés qui finissent par le laisser paraplégique après deux opérations. Il va devoir se séparer de son fils et le placer dans une institution. Toutefois, le docteur Reznick trouve le moyen de sauver le fils, qui était victime d’un faux diagnostic depuis son enfance.

Léa et Glassman persuadent Shaun de revenir sur sa démission et de retourner à l’hôpital pour préserver la fin de son internat et sa carrière. Shaun accepte de renoncer à prendre part à la "résistance". Celle-ci le reprend, à contrecœur. Lim, Léa et Glassman ainsi que Park et Asher, noyau dur de la "résistance", se retrouvent chez Lim et préparent un plan pour dissuader le fonds de pension censé racheter l’hôpital de faire confiance à Sélène. Mais cette dernière apprend ce qui se trame et arrive chez Lim. Elle licencie Léa, Lim et Glassman et menace de ruiner leur carrière.

Ethicure et Sélène Morisson sont enfin de l’histoire ancienne. Tout le monde essaie de se remettre au travail, mais chaque médecin rumine sa rancœur, en particulier Lim, Glassman et Andrews. Ce dernier finit par s’excuser de ne pas avoir réagi plus tôt. Léa et Shaun ont décidé de profiter du moment présent et d’annuler, pour l’instant, leur mariage. Mais finalement, cette décision ne convient pas à Shaun qui veut aller de l’avant. Il demande officiellement Léa en mariage, qui accepte.

Shaun surprend Léa en train de se masturber alors qu’ils n’ont pas fait l’amour depuis neuf jours. Il demande conseil à tout le monde pour résoudre la situation. Le fiancé d’une patiente atteinte d’une infection fongique grave découvre qu’elle lui a caché sa situation : elle est sans papiers. Dégoûté par son mensonge, il l’abandonne à son sort à l’hôpital. Glassman monte une équipe de softball à l’hôpital et explique à Andrews qu’il faut sortir de sa tour d’ivoire pour être un bon patron.

Morgan propose à Alex de chercher une maison pour emménager ensemble, mais il traîne les pieds. Morgan comprend que c’est une question d’argent et donc de fierté car Alex n’a pas les moyens et refuse qu’elle paie pour lui. Mais elle finit par le convaincre de se lancer dans un projet de vie commune. Asher et Shaun soignent Trent, un adolescent adepte du «biohacking», une pratique consistant à s’implanter des gadgets pour améliorer son corps, en conflit ouvert avec sa mère Carrie, suite au divorce de ses parents. Un des implants de Trent s’est infecté et doit être retiré.

Le personnel soignant se retrouve autour d’un grand repas organisé sous forme de buffet pour lequel chacun apporte un plat. Quelques heures plus tard, une quinzaine de personnes se retrouvent malades, souffrant d’hallucinations et de vomissements. Morgan et Léa mènent l’enquête pour savoir quel plat est à l’origine de la situation. Andrews et Lim, tous les deux affectés, se disent leurs quatre vérités. Park fait toutes sortes de déclarations à Morgan et Asher tente de cerner son nouveau petit ami, Jérôme.

Joan est une scientifique paralysée par la polio qui vit dans un poumon d’acier. Au cours d’une visite médicale de contrôle, le poumon d’acier tombe en panne. Shaun appelle Léa, qui a des talents de mécanicienne, pour le réparer. Un jeune homme vivant en foyer est gravement blessé et refuse de dire qui le maltraite. Le docteur Andrews comprend qu’il est dyslexique, comme lui. Il le prend sous son aile et lui offre un meilleur destin.

Le tournage du reportage de Sophie débute... Chacun des intervenants doit s’adapter à la présence de la caméra et hésite entre sincérité et mise en scène. Sophie creuse l’histoire de la relation entre Shaun et Léa, provoquant quelques réactions de défense. Shaun et Park doivent passer le test qui validera la fin de leur internat et leur passage au stade de médecin titulaire : gérer seuls de A à Z le cas d’un patient arrivé aux urgences. Assisté de Jordan, Shaun soigne Dana, une femme gravement brûlée. Le stress causé par le tournage lui fait faire une erreur, qu’il va bien sûr réparer. Léa reproche à Sophie d’instrumentaliser Shaun et lui demande à de couper tout ce qui a trait à cette erreur pour éviter que les spectateurs se focalisent là-dessus, mais Shaun finit par l’autoriser à diffuser les images car personne n’est infaillible, même pas le grand chirurgien qu’il est devenu malgré son autisme, et il est convaincu qu’il reste une source d’inspiration malgré cette erreur...

Sophie emmène Léa pour une journée intense de planification de mariage luxueuse. Et après un oubli presque fatal, le Dr Lim sent qu'un problème sous-jacent se cache derrière le comportement non professionnel de l'infirmière Villanueva.

Shaun et Lea prennent une décision importante dans leur vie et sont agréablement surpris par le soutien qu'ils reçoivent de leurs amis à l'hôpital. Pendant ce temps, lorsque les parents du Dr Wolke se présentent avec une révélation, Asher a du mal à accepter que lui et son père ne se comprennent peut-être jamais vraiment.